第2講 生物信息學(xué)序列分析國內(nèi)外重要的文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫

第二講國內(nèi)外重要的文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫一、國內(nèi)主要網(wǎng)絡(luò)文獻(xiàn)資源檢索系統(tǒng)1、CNKI中國知網(wǎng)

Website:CNKI(ChinaNationalKnowledgeInfrastructure)中國知識基礎(chǔ)設(shè)施工程，清華大學(xué)1996年創(chuàng)辦，國內(nèi)第一個(gè)全文、多功能的電子學(xué)術(shù)期刊。（1）分類途徑（2）字段途徑。篇名、關(guān)鍵詞、機(jī)構(gòu)、中文摘要、引文、基金、全文、中文刊名。（3）提供初級檢索、二次檢索、高級檢索。（4）CAJ全文瀏覽器的安裝。（5）聚類檢索功能截止2010年10月，文獻(xiàn)總量7242萬篇。文獻(xiàn)類型包括：學(xué)術(shù)期刊、博士學(xué)位論文、優(yōu)秀碩士學(xué)位論文、工具書、重要會(huì)議論文、年鑒、專著、報(bào)紙、專利、標(biāo)準(zhǔn)、科技成果、知識元、哈佛商業(yè)評論數(shù)據(jù)庫、古籍等；還可與德國Springer公司期刊庫等外文資源統(tǒng)一檢索。其中最為重要的是：中國期刊全文數(shù)據(jù)庫（CJFD）

《中國期刊全文數(shù)據(jù)庫（CJFD）》是目前世界上最大的連續(xù)動(dòng)態(tài)更新的中國期刊全文數(shù)據(jù)庫，積累全文文獻(xiàn)800萬篇，題錄1500余萬條，分九大專輯，126個(gè)專題文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫。知識來源：國內(nèi)公開出版的6100種核心期刊與專業(yè)特色期刊的全文。覆蓋范圍：理工A（數(shù)理化天地生）、理工B（化學(xué)化工能源與材料）、理工C（工業(yè)技術(shù)）、農(nóng)業(yè)、醫(yī)藥衛(wèi)生、文史哲、經(jīng)濟(jì)政治與法律、教育與社會(huì)科學(xué)、電子技術(shù)與信息科學(xué)。收錄年限：1994年至今，6100種全文期刊的數(shù)據(jù)完整性達(dá)到98%。更新頻率：CNKI中心網(wǎng)站及數(shù)據(jù)庫交換服務(wù)中心每日更新，各鏡像站點(diǎn)通過互聯(lián)網(wǎng)或衛(wèi)星傳送數(shù)據(jù)可實(shí)現(xiàn)每日更新，專輯光盤每月更新（文史哲專輯為雙月更新），專題光盤年度更新。此外，還包括中國優(yōu)秀博碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫（CDMD）

《中國優(yōu)秀博碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫（CDMD）》是目前國內(nèi)相關(guān)資源最完備、收錄質(zhì)量最高、連續(xù)動(dòng)態(tài)更新的中國博碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫，迄今已完成2000-2003年80000本論文的數(shù)據(jù)加工與入庫。知識來源：每年收錄全國300家博士培養(yǎng)單位的優(yōu)秀博/碩士學(xué)位論文約28000篇

覆蓋范圍：理工A（數(shù)理化天地生）、理工B（化學(xué)化工能源與材料）、理工C（工業(yè)技術(shù)）、農(nóng)業(yè)、醫(yī)藥衛(wèi)生、文史哲、經(jīng)濟(jì)政治與法律、教育與社會(huì)科學(xué)、電子技術(shù)與信息科學(xué)。

收錄年限：2000年至今。

更新頻率：CNKI中心網(wǎng)站及數(shù)據(jù)庫交換服務(wù)中心每日更新，各鏡像站點(diǎn)通過互聯(lián)網(wǎng)或衛(wèi)星傳送數(shù)據(jù)可實(shí)現(xiàn)每日更新，專輯光盤每季度更新。

中國重要報(bào)紙全文數(shù)據(jù)庫（CCND）

《中國重要報(bào)紙全文數(shù)據(jù)庫（CCND）》是目前國內(nèi)少有的以重要報(bào)紙刊載的學(xué)術(shù)性、資料性文獻(xiàn)為收錄對象的連續(xù)動(dòng)態(tài)更新的數(shù)據(jù)庫，目前已累積文獻(xiàn)210萬篇。

知識來源：國內(nèi)公開發(fā)行的400多種重要報(bào)紙，每年精選80萬篇文獻(xiàn)。

覆蓋范圍：文化、藝術(shù)、體育及各界人物、政治、軍事與法律，經(jīng)濟(jì)、社會(huì)與教育、科學(xué)技術(shù)、戀愛婚姻家庭與健康。分六大專輯，36個(gè)專題數(shù)據(jù)庫。

收錄年限：2000年6月至今。

更新頻率：網(wǎng)上數(shù)據(jù)每日更新，光盤每月更新。重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫

《中國重要會(huì)議論文集全文數(shù)據(jù)庫》（CPCD）收錄我國各級政府職能部門、高等院校、科研院所、學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)等單位的論文集，年更新100000篇文章，內(nèi)容覆蓋理工、農(nóng)業(yè)、醫(yī)藥衛(wèi)生、文史哲、經(jīng)濟(jì)政治法律、教育與社會(huì)科學(xué)綜合等各方面，現(xiàn)已經(jīng)上網(wǎng)60000篇文章，9月份累計(jì)文獻(xiàn)量可達(dá)100000篇。收錄來源：我國各級政府職能部門、高等院校、科研院所、學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)等單位的會(huì)議論文集收錄量：1000本論文集近10萬篇論文及相關(guān)資料，每年增加1500本論文集約10萬篇論文及相關(guān)資料學(xué)科范圍：理科（數(shù)理化天地生）、工程學(xué)科、農(nóng)林、醫(yī)藥衛(wèi)生、電子技術(shù)、信息科學(xué)文學(xué)、歷史、哲學(xué)、經(jīng)濟(jì)、政治、法律、教育、社會(huì)科學(xué)收錄年限：1998年至今更新頻率：網(wǎng)上數(shù)據(jù)每日更新，光盤數(shù)據(jù)每季度更新。2、重慶維普或3、萬方數(shù)據(jù)庫

4、國家科技圖書文獻(xiàn)中心（NationalScienceandTechnologyLibrary）

Website:5、杭州市科技信息網(wǎng)二、PubMed數(shù)據(jù)庫檢索/PubmedPubMed數(shù)據(jù)庫概述1）.由美國國立醫(yī)學(xué)圖書館所屬國家生物技術(shù)信息中心(NCBI)建立。2）.登錄PubMed的網(wǎng)址：/PubMed3）.收錄范圍

MEDLINEOLDMEDLINEIn-processcitationsPublishersuppliedcitationsMEDLINE收錄了全世界70多個(gè)國家和地區(qū)的4800余種生物醫(yī)學(xué)期刊，起始時(shí)間1966年，目前文摘條目1200萬篇，年報(bào)道量近40萬條，英文刊物占90%、3/4有英文摘要，每周更新。內(nèi)容涉及：醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、牙醫(yī)學(xué)、護(hù)理學(xué)、衛(wèi)生保健、獸醫(yī)學(xué)等專業(yè)。記錄標(biāo)注[PubMed-indexedforMEDLINE]OLDMEDLINE

forpre-1966citationsIn-processcitations

是臨時(shí)性醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫，每天接收新數(shù)據(jù)，經(jīng)MeSH詞表標(biāo)引后，每周向medline移加一次。記錄標(biāo)注[PubMed-inprocess]

PublisherSuppliedCitation出版商直接向PubMed遞送的電子記錄中不被Medline收錄的部分。記錄標(biāo)注[PubMed-assuppliedbypublisher]4）PubMed的特點(diǎn)免費(fèi)提供題錄和文摘可與提供原文的網(wǎng)址鏈(部分免費(fèi)獲?。┨峁z索詞自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配操作簡便、快捷5）PubMed的基本檢索功能詞語檢索及自動(dòng)詞語匹配作者姓名檢索雜志名稱檢索截詞檢索短語檢索邏輯運(yùn)算符檢索

詞語檢索及自動(dòng)詞語匹配詞語檢索：在檢索框中鍵入一到多個(gè)檢索詞，按“GO”鍵，即顯示檢索結(jié)果?！癱lear”按鈕可以幫你清除查詢框中的內(nèi)容，然后開始一個(gè)新的查詢。

自動(dòng)詞語匹配：PubMed能自動(dòng)利用它的“自動(dòng)詞語匹配”功能將重要的詞語結(jié)合在一起，并將不規(guī)范的詞語轉(zhuǎn)換成規(guī)范的用詞。如：輸入vitaminccommoncold，系統(tǒng)會(huì)將自動(dòng)轉(zhuǎn)換成(“ascorbicacid”[MeSHTerms]ORvitaminc[TextWord])AND(“commoncold”[MeSHTerms]ORcommoncold[TextWord])進(jìn)行檢索。這種處理能使檢索結(jié)果更精確和全面。MeSH——MedicalSubjectHeading作者姓名檢索在檢索框內(nèi)按照姓+名縮寫(不用標(biāo)點(diǎn))的格式鍵入作者姓名，如SmithJA，HuangJF，系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)在作者字段內(nèi)進(jìn)行檢索?？梢栽谛彰蠹覽AU]或[au]au—author雜志名檢索在檢索框中鍵入雜志全名molecularbiologyofthecell也可以直接鍵入Medline的期刊標(biāo)準(zhǔn)縮寫形式，如：molbiolcell，鍵入刊物的ISSN(國際標(biāo)準(zhǔn)出版物代碼）進(jìn)行檢索，如1059-1524

可以在雜志名稱后加[ta]

ta—titleabbreviation截詞檢索截詞符“*”代表多個(gè)字符，將*加在檢索詞后表示對所有以該詞開頭的詞進(jìn)行檢索；如：bacter*，可以檢出bacter,bacteria,bacterium,bacteriophage等詞。

短語檢索用“”把檢索詞括起來，強(qiáng)制PubMed進(jìn)行詞組檢索。如“singlecell”。當(dāng)用雙引號括起詞語時(shí)，PubMed將不執(zhí)行自動(dòng)詞語匹配功能。邏輯運(yùn)算符檢索在檢索框中輸入邏輯運(yùn)算符，注意要大寫!!執(zhí)行順序從左向右，可用括號來改變此順序。如：lungcancerANDsmoke#1OR#2(#1OR#2)AND#36)PubMed輔助檢索工具限定(Limits)預(yù)覽/索引(preview/index)檢索歷史(history)粘貼板(Clipboard)細(xì)節(jié)(Details)Limits（限定檢索）字段限制：著者、刊名、篇名等23個(gè)字段數(shù)據(jù)輸入時(shí)間：默認(rèn)檢索可回溯到1966年，限制選擇30天-10年7種文獻(xiàn)類型限制7種語種12種子集

Previw/index（檢索策略預(yù)覽）瀏覽檢索式改變檢索式（可用檢索式編號如：#1OR#2）瀏覽索引（index）

History檢索式回顧編輯檢索式。如:#3ANDchildClipboard作用：存放檢索結(jié)果，以便集中打印存盤或定購Details顯示檢索詞轉(zhuǎn)換匹配運(yùn)算詳細(xì)過程用途：轉(zhuǎn)換、確定規(guī)范詞如：livercancerliverneoplasms修改檢索策略3、其它檢索功能1）JournalDatabase：期刊檢索2）MeSHDatabase：主題詞檢索3）CitationMatcher：單篇/多篇引文匹配器

4）ClinicalQueries：臨床咨詢1）期刊數(shù)據(jù)庫

（Journaldatabase）通過輸入刊名、縮寫名、ISSN等瀏覽期刊文獻(xiàn)。2）MeshDatabase功能：確定規(guī)范檢索詞、副主題詞、查看詞義注釋、樹狀結(jié)構(gòu)。例如：檢索有關(guān)SARS的藥物治療情況3）.引文匹配器（CitationMatcher）作用：輸入題錄信息，查找特定文獻(xiàn)檢索步驟：點(diǎn)擊頁面左邊的“SingleCitationMatcher”，按界面提示分別填入所知信息，點(diǎn)擊[Search]按鈕，可得到相應(yīng)的特定文獻(xiàn)信息。4）.臨床查詢(ClinicalQueries)是專為臨床醫(yī)生設(shè)置的?？梢詸z索某一臨床主題領(lǐng)域的治療、診斷、疾病和預(yù)后4個(gè)方面內(nèi)容的文獻(xiàn)，同時(shí)還可選擇強(qiáng)調(diào)敏感度（查全）或是專指度（查準(zhǔn)），也可以檢索該主題詞領(lǐng)域的系統(tǒng)性綜述、Mata分析等類型文獻(xiàn)。4、檢索結(jié)果的處理顯示保存打印1）顯示檢索結(jié)果(Display)PubMed可用10多種不同的格式顯示檢索結(jié)果，默認(rèn)Summary格式。2）檢索結(jié)果輸出（sendto)TextFile

ClipboadE-mailSendtofile3）獲取原文及相關(guān)資源聯(lián)機(jī)獲取原文（linkout）相關(guān)文獻(xiàn)查找（relatedarticle)NCBI其他數(shù)據(jù)庫資源（生物信息學(xué)等）Pub