SNP檢測方法講課版1課件

SNPs的檢測方法2005.8.121主要內(nèi)容SNPs的定義SNPs的研究意義SNPs的研究進展和方向SNPs的檢測方法2SNPs的定義定義：單核苷酸多態(tài)性(singlenucleotidepolymorphisms,SNPs)主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。(99.9%)32.基因多態(tài)性研究研究SNPs本身對機體的影響（生理特征、病理條件下的千差萬別）

5SNPs研究進展和方向1.SNPs數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建發(fā)現(xiàn)2.SNPs功能的研究（在1的基礎(chǔ)上）6SNPs檢測方法1.理想的檢測SNPs的方法

——發(fā)現(xiàn)未知的SNPs，或檢測已知的SNPs(1)靈敏度和準確度的要求（反應(yīng)原理嚴緊）(2)快速、簡便、高通量(操作和分析的自動化程度高）(3)費用相對低廉73.每種SNPs的檢測方法都可將之看成由

區(qū)分SNPs特異位點的原理方法

和

數(shù)據(jù)的檢測分析手段

兩部分組成。9SNPs檢測方法的分類一、區(qū)分SNPs位點的方法

1.基于雜交的方法2.基于酶的方法3.以構(gòu)象為基礎(chǔ)的方法4.直接測序的方法二、檢測分析技術(shù)

1.凝膠分析技術(shù)2.熒光檢測技術(shù)3.DNA芯片4.質(zhì)譜檢測技術(shù)101.基于雜交的方法原理:短的核苷酸探針在和互補的目的片段進行雜交時，完全匹配和有錯配兩種情況下，根據(jù)雜交復(fù)合體穩(wěn)定性的不同而將SNPs位點檢測出來。（差異越大，檢測的特異性就越好）11核酸肽探針

（Peptidenucleicacids，PNA)其骨架是肽鍵特點：1、與靶分子高特異性地結(jié)合（3個方面的影響）2、鏈擠入（形成三鏈復(fù)合結(jié)構(gòu)）（表達調(diào)控以及反義治療方面）3、對核酸酶和蛋白酶均不敏感（體外應(yīng)用）131、與靶分子高特異性地結(jié)合Tm值高受鹽濃度影響?。ǖ望}濃度的體系）△Tm更大（一個PNA堿基的錯配會使其Tm值降低8-20度）所以，PNA/DNA的非特異結(jié)合能得到很好的排除。14

LNA(lockednucleicacids)其結(jié)構(gòu)是在RNA分子的2′羥基和核糖環(huán)的4′碳原子間連入一個亞甲基的“橋”。特點：1.能以很高的親和性和互補的DNA、RNA或LNA結(jié)合（構(gòu)象更利于雜交的穩(wěn)定）

2.匹配和不匹配的△Tm增加152）雜交+熒光共振分子信標（雙分子間雜交）蝎狀探針（分子內(nèi)雜交）17分子信標（Molecularbeacons）18蝎狀探針（Scorpionprimer）191）DNA聚合酶等位基因特異性PCR多重等位基因特異性PCRTaqman法引物延伸法焦磷酸測序法21等位基因特異性PCR22Taqman法23基本步驟（液相）1.設(shè)計PCR擴增含SNPs位點的一段DNA2.對PCR產(chǎn)物進行純化（去除引物和dNTP)3.引物延伸4.延伸產(chǎn)物檢測（放射性同位素標記法、發(fā)光檢測法、凝膠為基礎(chǔ)的熒光檢測法、質(zhì)譜分析法、變性高壓液相色譜法等）25APEX

(arrayedprimerextension)——固相26292)連接酶聯(lián)合鏈式反應(yīng)(combinedcha