腫瘤的分子分型30分鐘課件

腫瘤的分子分型

及臨床檢測

2010.4目前臨床檢測的主要項(xiàng)目與化療相關(guān)的基因mRNA的表達(dá)量(ERCC1/BRCA1,TYMS，RRM1,TUBB3,STMN1,TOP2A)與分子靶向相關(guān)的基因的突變

(EGFR,KRAS,BRAF)

基因的拷貝數(shù)異常(her2,EGFR)

基因的遺傳多態(tài)性（UGT1A1,CYP2D6）遺傳性腫瘤的分子診斷遺傳性乳腺癌家族

10%的乳腺癌是家族遺傳的，其中主要的原因是

BRCA1（首選I,55%），BRCA2（首選II,,35%）遺傳性非息肉性大腸癌（HNPCC）

MSH2(首選1，~60%)，MLH1(首選2,~30%)，MSH6(次選,~4%)家族性結(jié)直腸息肉綜合癥（FAP）首選APC，次選MYH

使用的主要技術(shù)方法：定量PCR使用的主要技術(shù)方法：基因測序FISH熒光毛細(xì)管電泳使用的主要技術(shù)方法：基因測序突變篩查的關(guān)鍵1、必須采用同一個(gè)體正常細(xì)胞對照2、必須排除數(shù)據(jù)庫中的SNP多態(tài)（大多數(shù)公司缺少）3、如何看待突變篩查的靈敏度問題？4、微缺失和插入的檢出（測序最佳）5、出現(xiàn)耐藥現(xiàn)象后建議對后期的腫瘤組織重新進(jìn)行突變檢查（取材困難）6、未知突變的篩查和確認(rèn)（探針方法失效）腫瘤基因突變篩查方法優(yōu)劣比較

測序：準(zhǔn)確性高（幾乎100%）靈敏度一般（測序的靈敏度為10%）可以篩查任何未知突變對插入缺失的判斷準(zhǔn)確焦磷酸測序：準(zhǔn)確性高（幾乎100%）靈敏度一般（靈敏度約為10%）可以篩查任何未知突變對插入缺失的判斷準(zhǔn)確

測序片段只有100-150bp，通量太低測序突變篩查的難點(diǎn)石蠟標(biāo)本的PCR十分困難為了提高成功率采用多次PCR造成的引入突變，造成假陽性純化方法直接決定了測序質(zhì)量，天昊平臺(tái)有改進(jìn)后的純化方法，比其他測序公司純化效果好很多測序數(shù)據(jù)的分析，需要排除“假突變”，SNP，如何判讀插入缺失突變。突變樣本的測序結(jié)果

肺癌胸水標(biāo)本EGFR外顯子21錯(cuò)義突變Leu858Arg舉例說明天津腫瘤醫(yī)院——開始自己做測序，結(jié)果反復(fù)出現(xiàn)假突變，最后與我們合作。福建腫瘤醫(yī)院——大腸癌石蠟標(biāo)本KRAS基因PCR成功率低于50%，且不會(huì)排查SNP，后選擇與我們合作。定量PCR檢測的技術(shù)要點(diǎn)必須使用腫瘤組織作為檢測對象，組織必須保存在特定的保存液中，石蠟片子中mRNA降解嚴(yán)重，量又少，定量PCR成功率較低。對同一個(gè)樣本必須使用GAPDH或者B-actin作為對照基因，校正取樣細(xì)胞數(shù)的差異必須進(jìn)行2重復(fù)的定量實(shí)驗(yàn)，防止操作失誤和隨機(jī)誤差基因表達(dá)的高或低是一個(gè)相對值，需臨床數(shù)據(jù)和資料才能確定何種表達(dá)水平適合用何種治療方案。定量PCR檢測結(jié)果腫瘤治療的分子分型和異病同治傳統(tǒng)的腫瘤的形態(tài)學(xué)和組織學(xué)分類在化療治療方面顯示出局限性大樣本多中心的化療臨床研究為分子分型提供了大量的數(shù)據(jù)分子分型的結(jié)果與臨床療效的研究為腫瘤化療的同病異治和異病同治提供了科學(xué)依據(jù)臨床遺傳分子診斷項(xiàng)目的

規(guī)范化和標(biāo)準(zhǔn)化運(yùn)作樣本采集要求：實(shí)驗(yàn)室質(zhì)控要求：儀器和試劑的選擇：結(jié)果分析和解釋的要求：原泰-天昊檢測平臺(tái)的優(yōu)勢測序是突變篩查的金標(biāo)準(zhǔn)！盡管靈敏度有所欠缺，但是對于未知突變的檢測和準(zhǔn)確度都是最好的。國內(nèi)尚未批準(zhǔn)任何一家臨床細(xì)胞分子遺傳學(xué)專業(yè)醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所，原泰-天昊已經(jīng)著手向衛(wèi)生部門申請臨床細(xì)胞分子遺傳學(xué)專業(yè)醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所醫(yī)療機(jī)構(gòu)許可，其余公司也處于自行檢測階段。突變測序的數(shù)據(jù)需要詳細(xì)分析，排除假陽性（例如SNP干擾，例如PCR引入突變等）原泰-天昊檢測平臺(tái)的優(yōu)勢采用探針方法檢測突變只能檢測已知突變，大大提高漏檢率采用焦磷酸測序準(zhǔn)確度和靈敏度與測序類似，但是測序片段太短我們可以對合格的穿刺標(biāo)本進(jìn)行腫瘤突變篩查以及定量PCR檢測我們的實(shí)驗(yàn)結(jié)果接受第三方權(quán)威評(píng)測和單盲，雙盲實(shí)驗(yàn)原泰-天昊遺傳中心

——專注于DNA分析SNP分型基因測序篩查突變、插入、缺失等STR分型（全基因組掃描，候選STR，腫瘤LOH，親緣鑒定）CNV芯片分析的拷貝數(shù)定量分析甲基化定性和甲基化定量分析基因表達(dá)定量(Sybrgreen和Taqman方法)技術(shù)團(tuán)隊(duì)介紹姜正文博士：美國辛辛那提大學(xué)歸國博士，遺傳學(xué)專業(yè)，從事科研10多年奚慧峰博士（顧問）：美國辛辛那提大學(xué)博士，生物統(tǒng)計(jì)專業(yè)，特長為遺傳統(tǒng)計(jì)分析劉燕博士：新疆醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院心內(nèi)科大夫，復(fù)旦大學(xué)遺傳所博士畢業(yè)，從事醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)研究8年丁達(dá)：復(fù)旦大學(xué)遺傳所畢業(yè)，參與973肺癌關(guān)聯(lián)研究項(xiàng)目，從事遺傳學(xué)研究6年2008年后主要合作項(xiàng)目上海中山醫(yī)院臨床藥理中心——藥物代謝酶P450系列SNP與蘭索拉唑等藥物的藥代，藥動(dòng)分析（國家自然）新疆石河子大學(xué)——哈薩克族高血壓與TGFB1,eNOS，CBS等基因25個(gè)SNP的關(guān)聯(lián)（3個(gè)國家自然基金）上海兒科醫(yī)院——青少年身高相關(guān)基因的7個(gè)SNP關(guān)聯(lián)研究（上海市科委重點(diǎn)項(xiàng)目）天昊遺傳分析平臺(tái)的臨床研發(fā)進(jìn)展Accucopy技術(shù)（專利提交中）進(jìn)行多個(gè)基因mRNA的同時(shí)定量，應(yīng)用于檢測和科研。Snpscan和iMLDR技術(shù)進(jìn)行高通量低成本的SNP分型，用于科研。一種新的Kras突變檢測方法和一種新的分支桿菌鑒定方法專利已經(jīng)通過初審中國人重大遺傳疾病的微衛(wèi)星標(biāo)記篩選項(xiàng)目進(jìn)入尾聲（2009年上海市科委浦江人才計(jì)劃項(xiàng)目），預(yù)計(jì)對11種遺傳病的遺傳篩查微衛(wèi)星標(biāo)記申請專利，包括2種家族性腫瘤臨床科研合作、交流其他腫瘤的靶向治療敏感性研究胰腺癌KRAS與西妥昔單抗？？胃腸間質(zhì)瘤、慢粒C-kit與格列衛(wèi)頭頸部腫瘤艾必妥？？？化療的個(gè)體化方案的研究大樣本多中心的回顧性和前瞻性研究新的化療藥與DNA損傷修復(fù)基因的關(guān)系——培美曲塞靶向治療與基因：（以表皮生長因子受體酪氨酸激酶信號(hào)傳導(dǎo)通路為例）

作為EGFR信號(hào)通路下游分子KRAS因子在肺癌患者腫瘤組織中存在激