TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解

TCGA數(shù)據(jù)庫介紹專題上海爾云-云生信團體.9.20/TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第1頁1.前言2.數(shù)據(jù)產(chǎn)生歷程5.目前已有的癌癥種類3.barcode4.Datatypesanddatalevels6.數(shù)據(jù)下載解讀目錄TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第2頁序言01/TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第3頁TCGA-theCancergenomeATLAScancerGenomeTranscriptomeClinicEpigenomeProteomeTCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第4頁癌癥種類豐富，樣本量大34kindsofcancer325samplesonaverageTCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第5頁TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第6頁/TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第7頁數(shù)據(jù)產(chǎn)生歷程02/TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第8頁TCGA數(shù)據(jù)產(chǎn)生歷程：1.組織樣本和臨床數(shù)據(jù)起源網(wǎng)站(TSS)搜集數(shù)據(jù)發(fā)送到Biospecimen關鍵資源(BCRs)。2.BCRs提交臨床數(shù)據(jù)和元數(shù)據(jù)到數(shù)據(jù)協(xié)調(diào)中心(DCC)和測序中心(GSCs),獲取組織變異數(shù)據(jù),然后提交給DCC。3.GSCs提交跟蹤文件,序列比對后文件到癌癥基因組學中心(CGHub)。4.提交給DCC和CGHub數(shù)據(jù)可供研究團體和基因組數(shù)據(jù)分析中心(GDACs)使用。5.分析pipeline以及由GDACs產(chǎn)生數(shù)據(jù)結果經(jīng)過DCC保留到研究小區(qū)（community）中。http:///abouttcga/overviewTCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第9頁barcode解讀03/TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第10頁詳細請見：https:///display/TCGA/TCGA+barcodeTCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第11頁DaTATYPESANDLEVELS04/TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第12頁DATATYPESTCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第13頁DataLevelLevelTypeDescription1RawLow-leveldataforsinglesample單個樣本低級數(shù)據(jù)Notnormalized未標準化2ProcessedNormalizedsinglesampledata標準化單個樣本Interpretedforpresenceorabsenceofspecificmolecularabnormalities解釋異常個體3Segmented/InterpretedAggregateofprocesseddatafromsinglesample單個樣本整合在了一起Groupedbyprobedlocitoformlargercontiguousregions(insomecases)依據(jù)probe位置分組4Summary/RegionsofInterest(ROI)Quantifiedassociationacrossclassesofsamples量化關聯(lián)類樣本Associationsbasedontwoormore兩個或多個關聯(lián)Molecularabnormalities分子水平異常Samplecharacteristics樣本特征Clinicalvariables臨床變異DATALEVLESTCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第14頁注意：低水平測序數(shù)據(jù)存放在CGHubhttps:///,申請下載時需要DUNSnumber.TheCancerGenomicsHub(CGHub)isasecurerepositoryforstoring,cataloging,andaccessingcancergenomesequences,alignments,andmutationinformationfromtheCancerGenomeAtlas(TCGA)consortiumandrelatedprojects.TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第15頁當前已經(jīng)有癌癥種類05TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第16頁癌癥種類豐富，樣本量大34kindsofcancer325samplesonaverageTCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第17頁詳細見：TCGApublicationguideline,/publications/publicationguidelinesTCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第18頁數(shù)據(jù)下載及解讀06/TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第19頁TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第20頁TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第21頁TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第22頁

最簡單方法：/tcga/tcgaHome2.jspTCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第23頁TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第24頁TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第25頁

第1封郵件通知下載申請已經(jīng)提交第2封給出下載鏈接Step4TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介紹專題醫(yī)學知識講解第26頁Step4文件內(nèi)容File_manifest.txt，對所下載文件說明TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫介