上海市臨檢中心 PCR培訓(xùn)課件 17、鮑蕓-臨床實驗室分子檢測結(jié)果報告規(guī)范

臨床實驗室基因檢測結(jié)果報告規(guī)范上海市臨床檢驗中心分子生物學(xué)室

鮑蕓2018.4上海市臨床檢驗中心Shanghai

CenterforClinical

LaboratoryOutline基因檢測結(jié)果報告規(guī)范的重要性基因檢測結(jié)果報告規(guī)范的依據(jù)結(jié)果報告的內(nèi)容HGVS標(biāo)準(zhǔn)命名特殊報告要求常見錯誤舉例上海市臨床檢驗中心Shanghai

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Laboratory基因檢測報告規(guī)范重要性分析后質(zhì)量保證的重要內(nèi)容臨床基因檢測報告是基因檢測結(jié)果的主要展示形式，對機(jī)體易感性評估、疾病診斷、預(yù)后、治療監(jiān)測、遺傳咨詢、健康管理以及家庭生育計劃制定等均具有重要的參考價值。臨床基因檢測報告缺乏統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)與規(guī)范，給臨床解讀、診療和遺傳咨詢帶來了巨大的困難。上海市臨床檢驗中心Shanghai

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Laboratory規(guī)范依據(jù)

CNAS-CL02醫(yī)學(xué)實驗室質(zhì)量和能力認(rèn)可準(zhǔn)則

中國醫(yī)師協(xié)會檢驗醫(yī)師分會分子診斷專家委員會.臨床基因檢驗診斷報告模式專家共識

臨床基因檢測報告規(guī)范與基因檢測行業(yè)共識探討

StandardsandGuidelines

forthe

Interpretation

ofSequenceVariants:AJointConsensus

Recommendation

ofthe

American

CollegeofMedicalGenetics

andGenomics

andthe

Association

forMolecularPathology.

Recommendations

forreporting

results

ofdiagnostic

genetictesting(biochemical,

cytogenetic

andmolecular

genetic).

Genetic

ServicesQualityCommitteeofthe

EuropeanSocietyofHumanGenetics.

ACMGclinical

laboratory

standardsfornext-generation

sequencing.上海市臨床檢驗中心Shanghai

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LaboratoryISO15189相關(guān)條款—結(jié)果報告5.8.1總則?

每一項檢驗結(jié)果均應(yīng)準(zhǔn)確、清晰、明確并依據(jù)檢驗程序的特定說明報告。?

實驗室應(yīng)規(guī)定報告的格式和介質(zhì)（即電子或書面的）及其從實驗室發(fā)出的方式。?

實驗室應(yīng)該有程序保證檢驗結(jié)果正確轉(zhuǎn)錄。?

報告中應(yīng)包括解釋檢驗結(jié)果所必需的信息。?

當(dāng)檢驗延誤可能影響患者醫(yī)護(hù)時，實驗室應(yīng)有通知檢驗申請者的方法。上海市臨床檢驗中心Shanghai

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LaboratoryISO15189相關(guān)條款—結(jié)果報告5.8.2報告特性?

實驗室應(yīng)確保下述報告特性能夠有效表述檢驗結(jié)果并滿足用戶要求：a)對可能影響檢驗結(jié)果的樣品質(zhì)量的評價；b）按樣品接受/拒收標(biāo)準(zhǔn)得出的樣品適宜性的評價；c)危急值（適用時）；d）結(jié)果解釋，適用時可包括最終報告中對自動選擇和報告結(jié)果的解釋的驗證（見5.9.2）。上海市臨床檢驗中心Shanghai

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LaboratoryISO15189相關(guān)條款—結(jié)果報告5.8.3報告內(nèi)容?

報告中應(yīng)包括但不限于以下內(nèi)容：a)清晰明確的檢驗項目識別，適當(dāng)時，還包括檢驗程序；b)發(fā)布報告的實驗室的識別；c）所有由委托實驗室完成的檢驗的識別；d)每頁都有患者的識別和地點；e)檢驗申請者姓名或其他唯一識別碼和申請者的詳細(xì)聯(lián)系信息；f)原始樣品采集的日期，當(dāng)可獲得并與患者有關(guān)時，還應(yīng)有采集時間；上海市臨床檢驗中心Shanghai

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LaboratoryISO15189相關(guān)條款—結(jié)果報告5.8.3報告內(nèi)容?

報告中應(yīng)包括但不限于以下內(nèi)容：g）原始樣品的類型；h）測量程序（適當(dāng)時）；i)以SI單位或可溯源至SI單位，或其它適用單位報告的檢驗結(jié)果；j)生物學(xué)參考區(qū)間、臨床決定值，或支持臨床決定值的直方圖/列線圖（適用時）；注：在某些情況下，將生物學(xué)參考區(qū)間清單或表格在取報告之處發(fā)給所有服務(wù)用戶可能是合適的。k)結(jié)果解釋（適當(dāng)時）；注：結(jié)果的完整解釋需要臨床背景信息，而這些信息實驗室不一定可獲取。上海市臨床檢驗中心Shanghai

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LaboratoryISO15189相關(guān)條款—結(jié)果報告5.8.3報告內(nèi)容?

報告中應(yīng)包括但不限于以下內(nèi)容：l)其他警示性或解釋性注釋（例如，可能影響檢驗結(jié)果的原始樣品的品質(zhì)或量、委托實驗室的結(jié)果／解釋、使用研發(fā)中的程序）；m)作為研發(fā)計劃的一部分而開展的檢驗項目的識別。這些項目尚無明確的測量性能聲明；n)復(fù)核結(jié)果和授權(quán)發(fā)布報告者的識別（如未包含在報告中，則在需要時可用）；o)報告及發(fā)布的日期和時間（如未包含在報告中，在需要時應(yīng)可提供）；p）頁數(shù)和總頁數(shù)（例如：第1頁共5頁、第2頁共5頁等）上海市臨床檢驗中心Shanghai

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Laboratory結(jié)果報告的內(nèi)容第一類是報告正文--必不可少的內(nèi)容第二類是可以附錄形式呈現(xiàn)的相關(guān)信息上海市臨床檢驗中心Shanghai

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Laboratory報告正文—基本要素

題目與格式?

臨床基因檢驗診斷報告應(yīng)具有醒目的題目，并有統(tǒng)一的格式。

受檢者的基本信息?

報告中明確包含患者唯一性標(biāo)識、患者全名、性別、出生日期、必要時注明種族、籍貫或地域來源。當(dāng)家族成員多人同時送檢時，應(yīng)有足夠信息區(qū)分家庭成員的身份，需要時包含家族或譜系信息等。對于家系的說明，表格或譜系所提供的信息更適合連鎖分析。

臨床信息?

臨床醫(yī)師應(yīng)在申請檢驗時提供簡要的臨床信息，應(yīng)至少包含疾病的診斷或初步診斷、申請檢驗?zāi)康模ㄖ感枰鞔_疾病發(fā)病狀態(tài)或攜帶者狀態(tài)等）、家族史或既往史。上海市臨床檢驗中心Shanghai

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Laboratory報告正文—基本要素檢測樣本的信息：?

每個樣本應(yīng)當(dāng)有唯一性標(biāo)識，注明樣本類型、樣本采集時間、樣本接受時間、報告時間、需要時注明樣本狀態(tài)（如：已分離的DNA或已裂解白細(xì)胞等）。常見的樣本類型包括DNA、外周血、干血片、唾液、組織等。送檢機(jī)構(gòu)及醫(yī)師的信息?

包括申請醫(yī)師的姓名、送檢機(jī)構(gòu)名稱及聯(lián)系信息。檢測項目?

對檢測項目有清晰明確的標(biāo)識。上海市臨床檢驗中心Shanghai

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Laboratory報告正文—基本要素檢測方法及適用范圍和局限性?

應(yīng)對檢測覆蓋的范圍給予說明。若所做的檢測并非全基因組或全外顯子組檢測，則應(yīng)提供具體檢測的基因包（panel）的名稱，并在附錄中列出基因包內(nèi)所有的基因、檢測區(qū)域以及和所對應(yīng)的疾病的列表或網(wǎng)上信息的鏈接。?

應(yīng)簡要描述檢測方法，包括檢測材料及檢測步驟，并說明相應(yīng)方法的適用范圍和局限性。例如，對于高通量捕獲測序，應(yīng)說明目標(biāo)區(qū)域的覆蓋度、目標(biāo)區(qū)域的平均測序深度（X）、以及目標(biāo)區(qū)域平均深度>30X（或其他）位點所占的百分比。行業(yè)共識認(rèn)為，根據(jù)測序深度>30X的數(shù)據(jù)得出的胚系變異較為可靠，測序深度低于

30X的變異位點則假陽性率較高。若目標(biāo)基因存在覆蓋度較差或測序敏感度較低的區(qū)域，且該區(qū)域包含該基因常見的致病突變，則需在報告中說明，并考慮用其他實驗方法（如一代測序或其他特殊的檢測方法）補(bǔ)充檢測。高通量捕獲測序?qū)截悢?shù)變異（copynumbervariants，CNVs）、動態(tài)突變、復(fù)雜結(jié)構(gòu)重排等變異類型的檢測存在局限性，需在報告中加以說明。上海市臨床檢驗中心Shanghai

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Laboratory報告正文—基本要素檢測結(jié)果及結(jié)果解讀?

被檢出的基因變異及檢測結(jié)果是否有可能構(gòu)成患者的病因?

對于報告正文中列出的變異，應(yīng)在報告中提供該基因變異對應(yīng)的疾病信息，包括已知的遺傳方式、臨床表現(xiàn)、發(fā)病率、外顯率、發(fā)病年齡等，并標(biāo)明信息的出處。若同一基因的不同位點與不同的疾病對應(yīng)，則需明確列出與檢出致病變異相關(guān)的疾病信息，同時還應(yīng)提供與變異位點致病性判定有關(guān)的輔助信息，如該變異在正常人群數(shù)據(jù)庫（如gnomAD數(shù)據(jù)庫、千人基因組數(shù)據(jù)庫、ExAC數(shù)據(jù)庫等）中的各種族中最高等位基因頻率、是否已有對于該變異致病或不致病的文獻(xiàn)報道、文獻(xiàn)中相關(guān)描述的內(nèi)容、軟件預(yù)測對蛋白功能及結(jié)構(gòu)的影響、家系中與癥狀共分離情況、是否新生變異等。上海市臨床檢驗中心Shanghai

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Laboratory報告正文—基本要素檢測結(jié)果及結(jié)果解讀?

報告的結(jié)論語對于受檢者和送檢醫(yī)師均十分重要，需要放在報告開頭的顯要部位。結(jié)合國內(nèi)的實際情況，建議該部分采用以下形式呈現(xiàn)，按照變異的致病性和變異的臨床相關(guān)性分類，可分為：（1）與臨床表型相關(guān)的致病變異；（2）與臨床表型相關(guān)的疑似致病變異；（3）與臨床表型相關(guān)而臨床意義未明的變異；（4）與部分臨床表型相關(guān)的臨床意義未明的變異；（5）與臨床表型無關(guān)但為受檢者所要求且能有舉措的意外發(fā)現(xiàn)。建議與臨床表型相關(guān)的致病、疑似致病、臨床意義未明變異可在報告+正文,或報告+首頁,中體現(xiàn)，而僅與部分臨床表型相關(guān)的意義未明變異、經(jīng)檢測前咨詢和知情同意約定報告的意外發(fā)現(xiàn)等，在靠后的地方出現(xiàn)，供臨床醫(yī)師參考。專門的攜帶者檢測結(jié)果或家族中其他隨檢成員的致病突變的攜帶身份，應(yīng)該列出與先證者的親屬關(guān)系，單獨(dú)出具檢測報告。上海市臨床檢驗中心Shanghai

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Laboratory報告正文—基本要素檢測結(jié)果及結(jié)果解讀?

在描述性報告中，首先列出結(jié)論和相關(guān)變異的標(biāo)準(zhǔn)命名和致病性類別的列表。之然后簡要地解釋是如何綜合分析得出的結(jié)論。如果新的檢測和臨床信息能幫助解釋或排除某些可疑變異的致病性，則應(yīng)列出相應(yīng)建議。具體變異位點的描述和分類依據(jù)可隨后逐個詳細(xì)描述。?

按以上分類的報告結(jié)論，仍需遺傳咨詢師或臨床專家結(jié)合基因相關(guān)疾病的遺傳模式進(jìn)一步分析?；驒z測機(jī)構(gòu)不能代替臨床醫(yī)師對受檢者作出臨床診斷，而是應(yīng)將檢測結(jié)果客觀列出并進(jìn)行說明。受檢者所患為何種疾病以及應(yīng)該如何治療仍需由臨床醫(yī)師作出判斷。上海市臨床檢驗中心Shanghai

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Laboratory報告正文—基本要素建議?

遺傳咨詢或后續(xù)擴(kuò)大范圍的遺傳檢測，或家系內(nèi)驗證檢測，或其它檢測。參考文獻(xiàn)?

列出報告中變異致病性判定所參考的原始文獻(xiàn)報告簽發(fā)?

檢驗報告撰寫者、報告結(jié)果核對者和報告終審及簽發(fā)者（親筆簽名或電子簽名）。若為第三方檢測機(jī)構(gòu)完成的檢測，則應(yīng)在報告中加蓋第三方檢測機(jī)構(gòu)的“檢測報告專用章”上海市臨床檢驗中心Shanghai

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Laboratory附錄—特定要素檢測中靶基因名稱或范圍更為詳細(xì)的相關(guān)疾病臨床表型和遺傳方式檢測的技術(shù)參數(shù)、數(shù)據(jù)質(zhì)量、變異位點Reads圖、Sanger測序圖疾病臨床干預(yù)及其他有用的資源信息(包括可參與的臨床試驗及研究)等。上海市臨床檢驗中心Shanghai

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Laboratory結(jié)果報告—小結(jié)

在正文中應(yīng)簡單明了地突出主要信息，包括受檢者信息、檢測信息、檢測結(jié)果、對于結(jié)果的解讀說明以及后續(xù)進(jìn)一步診斷就醫(yī)的建議等。

正文的內(nèi)容應(yīng)包括兩類結(jié)果。第一類是檢測范圍內(nèi)與患者臨床表型相關(guān)或高度懷疑的變異位點。第二類是與目標(biāo)疾病無關(guān)、但獲得受檢者知情同意需要報告的臨床上可有所舉措的意外發(fā)現(xiàn)(incidentalfindings)。這兩類致病和可能致病變異可以在正文中以表格形式簡明列出。

附錄中則可列出此次檢測的補(bǔ)充信息，如檢測基因的范圍、基因?qū)?yīng)疾病的背景知識、檢測方法細(xì)節(jié)、檢測的局限性、質(zhì)控數(shù)據(jù)及附圖等。上海市臨床檢驗中心Shanghai

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Laboratory規(guī)范命名結(jié)果報告?

清晰簡明、準(zhǔn)確、解釋、權(quán)威分子遺傳?

參考序列和命名應(yīng)使用最新HGVS

(human

genome

variationsociety)命名；?

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Laboratory規(guī)范命名—

HGVSruleallvariants

should

bedescribedatthemost

basiclevel,

the

DNAlevel.Descriptions

atthe

RNA

and/or

proteinlevel

may

begiveninaddition.?

descriptions

shouldmakeclearwhether

the

changewasexperimentally

determined

or

theoreticallydeduced

bygivingpredicted

consequences

inparentheses?

descriptions

atRNA/protein

level

shoulddescribethe

changesobservedonthatlevel(RNA/protein)

andnottry

toincorporateanyknowledge

regarding

the

change

atDNA-levelallvariants

shouldbedescribedin

relationtoanacceptedreference

sequence.?

the

referencesequencefileusedshouldbe

public

andclearly

described,

e.g.NC_000023.10,

LRG_199,

NG_012232.1,

ENST00000357033,

NM_004006.2,NR_002196.1,

NP_003997.1,

etc..規(guī)范命名—HGVSruleSpecificabbreviationsareusedtodescribedifferentvariant

types.?

“>”(greaterthen)

indicatesa

substitution

(DNAandRNAlevel);g.123456G>A,

r.123c>u?

asubstitution

at

theprotein

level

isdescribed

asp.Ser321Arg?

“del”

indicatesadeletion;c.76delA?

“dup”

indicatesaduplication;c.76dupA?

“ins”indicates

aninsertion;

c.76_77insG?

duplicating

insertions

are

described

asduplications,

notasinsertions?

“inv”indicatesaninversion;

c.76_83inv.

Notused

atproteinlevel?

“con”indicatesaconversion;NC_000022.10:g.42522624_42522669con42536337_42536382?

“fs”indicates

aframeshift;p.Arg456GlyfsTer17

(orp.Arg456Glyfs*17)?

“ext”indicatesanextension;

p.Met1ext-5上海市臨床檢驗中心Shanghai

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Laboratory規(guī)范命名—HGVSrulealetterprefix

should

beusedtoindicatethe

typeofreferencesequence

used?

“c.”

foracoding

DNAsequence(e.g.

c.76A>T)?

"g."

foragenomic

sequence(e.g.

g.476A>T)?

"m."

foramitochondrial

sequence(e.g.

m.8993T>C)?

"n"

foranon-coding

RNAreferencesequence(geneproducinganRNAtranscript

butnota

protein)?

"r."foranRNAsequence(e.g.r.76a>u)?

"p."foraproteinsequence(e.g.

p.Lys76Asn)上海市臨床檢驗中心Shanghai

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Laboratory規(guī)范命名

DNA水平vs蛋白水平？?

優(yōu)選DNA水平描述?

括號后可描述相應(yīng)蛋白變異或RNA情況

DNA水平變異?

可能不會導(dǎo)致蛋白質(zhì)序列的變化?

會影響RNA的穩(wěn)定性或者激活隱蔽剪切位點

蛋白質(zhì)水平的變化?

經(jīng)常是由基因序列推測出來?

不是實驗直接得出的結(jié)論

只使用蛋白質(zhì)水平的變異可能引起錯誤?

CFTR最常見的突變：p.Phe508del,?

c.1521_1523delCTT？c.1522_1524delTTT？上海市臨床檢驗中心Shanghai

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Laboratory規(guī)范命名—舉例?

MYBPC3(NM_000256.3),heterozygous

c.1504C>T

(p.Arg502Trp),基因名稱序列編號雜合突變基因水平蛋白水平版本號exon17,

pathogenic.變異分類外顯子編號上海市臨床檢驗中心Shanghai

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Laboratory規(guī)范命名—補(bǔ)充說明不同數(shù)據(jù)庫版本，基因堿基號碼或密碼子號碼可能不同當(dāng)某個非正式命名被廣泛采用，報告中可以包含此名稱?

可用括號將其備注在標(biāo)準(zhǔn)命名的后面?

或在報告中單獨(dú)加以報告說明，以使分析報告的人更加明確，避免出現(xiàn)理解錯誤上海市臨床檢驗中心Shanghai

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Laboratory特殊報告要求藥物代謝基因檢測報告NIPT檢測報告分子病理檢測報告遺傳病基因檢測報告上海市臨床檢驗中心Shanghai

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Laboratory藥物代謝基因檢測報告ClinPharmacol

Ther.

2016February

;99(2):

172–185.doi:10.1002/cpt.280藥物代謝基因檢測報告藥物治療相關(guān)的報告：應(yīng)結(jié)合患者的臨床資料以及比較全面的藥物相關(guān)基因信息等給予用藥建議。?根據(jù)個體的遺傳信息調(diào)整用藥劑量，以增加藥物療效，減少藥物不良反應(yīng)的發(fā)生。?根據(jù)個體的遺傳信息確定用藥的種類，避免應(yīng)用針對特定基因型個體無效或可能產(chǎn)生嚴(yán)重藥物不良反應(yīng)的藥物。中華人民共和國國家衛(wèi)生和計劃生育委員會.藥物代謝酶和藥物作用靶點基因檢測技術(shù)指南(試行)概要NIPT檢測報告1.送檢單位和送檢醫(yī)師姓名。2.孕婦基本信息，包括姓名、年齡、末次月經(jīng)時間、孕周等。3.標(biāo)本信息，包括標(biāo)本編號、標(biāo)本狀態(tài)、采血日期等。4.檢測項目和檢測方法。5.目標(biāo)疾病檢測值、參考范圍、低風(fēng)險或高風(fēng)險結(jié)果。6.結(jié)果描述與建議。7.檢測單位、檢測時間、檢測人員及審核人員簽名。8.臨床報告審核發(fā)放時間、審核醫(yī)師簽名。孕婦外周血胎兒游離DNA產(chǎn)前篩查與診斷技術(shù)規(guī)范.

國衛(wèi)辦婦幼發(fā)【2016】45號孕婦外周血胎兒游離DNA產(chǎn)前篩查與診斷技術(shù)規(guī)范.

國衛(wèi)辦婦幼發(fā)【2016】45號分子病理檢測報告—報告內(nèi)容1、檢測名稱，如ＸＸＸ

基因變異檢測報告。2、患者基本信息：姓名，年齡，性別，住院號，送樣醫(yī)院科室及醫(yī)師等。3、樣本信息：病理號，取材部位，樣本類型（FFPE組織、新鮮組織、血液等）、送檢日期、報告日期等。4、病理信息：腫瘤組織類型、位置、TNM

分期、細(xì)胞含量、腫瘤細(xì)胞比例、特殊說明（出血、壞死、酸脫鈣處理等）。5、檢測技術(shù)：包含所用基因panel、檢測平臺名稱，分析軟件版本號等。6、結(jié)果列表應(yīng)包含：基因名稱、變異在染色體位置、變異頻率、cDNA

的Genbank

號（NM開頭）及符合人類基因組變異協(xié)會（HGVS）

書寫規(guī)范的突變類型、編碼蛋白Genbank

號（NP開頭）

及突變類型、雜合／

純合狀態(tài)等。7、臨床意義解讀和批注：體細(xì)胞突變，報告各個腫瘤檢測到的變異位點及臨床意義。胚系突變，對于檢測到的變異位點的致病性予以相應(yīng)的臨床解釋。臨床意義解讀要客觀平實的描述，對于疾病相關(guān)性只描述既往研究中的療效或預(yù)測，不能出現(xiàn)使用何種治療手段或策略的語言。8、若檢測失敗，應(yīng)闡述失敗原因。9、最終報告應(yīng)由檢測者、報告醫(yī)師或指定審核人聯(lián)合簽發(fā)。臨床分子病理實驗室二代基因測序檢測專家共識[J].中華病理學(xué)雜志,2017,46(3):145-148.分子病理檢測報告—臨床意義的解讀和批注對于腫瘤體細(xì)胞突變，根據(jù)突變的類型和已有的報道及指南，基因變異提倡分級的處理方式。Ａ

級：美國食品藥品管理局（FDA）或CFDA批準(zhǔn)的用藥治療靶點；寫入中外診療指南有明確診斷/治療/預(yù)后意義的變異。在報告中注釋該變異位點的臨床診斷/治療/預(yù)后意義的權(quán)威指南來源。Ｂ

級：尚未進(jìn)入診療