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文檔簡介

第十二章DNA的生物合成

DNA是由四種脫氧核糖核酸所組成的長鏈大分子,是遺傳信息的攜帶者。生物體的遺傳信息就貯存在DNA的四種脫氧核糖核酸的排列順序中。

DNA通過復(fù)制將遺傳信息由親代傳遞給子代;通過轉(zhuǎn)錄和翻譯,將遺傳信息傳遞給蛋白質(zhì)分子,從而決定生物的表現(xiàn)型。DNA的復(fù)制、轉(zhuǎn)錄和翻譯過程就構(gòu)成了遺傳學(xué)的中心法則。

在RNA病毒中,其遺傳信息貯存在RNA分子中。因此,在這些生物體中,遺傳信息的流向是RNA通過復(fù)制,將遺傳信息由親代傳遞給子代,通過反轉(zhuǎn)錄將遺傳信息傳遞給DNA,再由DNA通過轉(zhuǎn)錄和翻譯傳遞給蛋白質(zhì),這種遺傳信息的流向就稱為反中心法則。

DNAdependentDNApolymerase——DDDPDNAdependentRNApolymerase——DDRPRNAdependentRNApolymerase——RDRPRNAdependentDNApolymerase——RDDPDNA復(fù)制的特點(diǎn)

一、半保留復(fù)制

DNA在復(fù)制時(shí),以親代DNA的每一股作模板,合成完全相同的兩個(gè)雙鏈子代DNA,每個(gè)子代DNA中都含有一股親代DNA鏈,這種現(xiàn)象稱為DNA的半保留復(fù)制。

DNA以半保留方式進(jìn)行復(fù)制,是在1958年由M.Meselson和F.Stahl所完成的實(shí)驗(yàn)所證明。該實(shí)驗(yàn)首先將大腸桿菌在含15N的培養(yǎng)基中培養(yǎng)約十五代,使其DNA中的堿基氮均轉(zhuǎn)變?yōu)?5N。將大腸桿菌移至只含14N的培養(yǎng)基中同步培養(yǎng)一代、二代、三代。分別提取DNA,作密度梯度離心,可得到下列結(jié)果:

二、有一定的復(fù)制起始點(diǎn)DNA在復(fù)制時(shí),需在特定的位點(diǎn)起始,這是一些具有特定核苷酸排列順序的片段,即復(fù)制起始點(diǎn)(復(fù)制子)。在原核生物中,復(fù)制起始點(diǎn)通常為一個(gè),而在真核生物中則為多個(gè)。

三、需要引物

參與DNA復(fù)制的DNA聚合酶,必須以一段具有3’端自由羥基(3’-OH)的RNA作為引物(primer),才能開始聚合子代DNA鏈。RNA引物的大小,在原核生物中通常為50~100個(gè)核苷酸,而在真核生物中約為10個(gè)核苷酸。RNA引物的堿基順序,與其模板DNA的堿基順序相配對。

四、雙向復(fù)制DNA復(fù)制時(shí),以復(fù)制起始點(diǎn)為中心,向兩個(gè)方向進(jìn)行復(fù)制。但在低等生物中,也可進(jìn)行單向復(fù)制(如滾環(huán)復(fù)制)。

五、半不連續(xù)復(fù)制由于DNA聚合酶只能以5'→3'方向聚合子代DNA鏈,即模板DNA鏈的方向必須為3'→5'。因此,分別以兩條親代DNA鏈作為模板聚合子代DNA鏈時(shí)的方式是不同的。以3'→5'方向的親代DNA鏈作模板的子代鏈在復(fù)制時(shí)基本上是連續(xù)進(jìn)行的,其子代鏈的聚合方向?yàn)?'→3',這一條鏈被稱為領(lǐng)頭鏈(leadingstrand)。而以5'→3'方向的親代DNA鏈為模板的子代鏈在復(fù)制時(shí)則是不連續(xù)的,其鏈的聚合方向也是5'→3',這條鏈被稱為隨從鏈(laggingstrand)。由于親代DNA雙鏈在復(fù)制時(shí)是逐步解開的,因此,隨從鏈的合成也是一段一段的。DNA在復(fù)制時(shí),由隨從鏈所形成的一些子代DNA短鏈稱為岡崎片段(Okazakifragment)。岡崎片段的大小,在原核生物中約為1000~2000個(gè)核苷酸,而在真核生物中約為100個(gè)核苷酸。

DNA復(fù)制的條件

一、底物以四種脫氧核糖核苷酸(deoxynucleotidetriphosphate)為底物,即dATP,dGTP,dCTP,dTTP。

(dNMP)n+dNTP(dNMP)n+1+PPi

二、模板(template)DNA復(fù)制是模板依賴性的,必須要以親代DNA鏈作為模板。親代DNA的兩股鏈解開后,可分別作為模板進(jìn)行復(fù)制。

三、引發(fā)體和RNA引物引發(fā)體(primosome)由引發(fā)前體與引物酶(primase)組裝而成。引物酶本質(zhì)上是一種依賴DNA的RNA聚合酶(DDRP),該酶以DNA為模板,聚合一段RNA短鏈引物(primer),以提供自由的3'-OH,使子代DNA鏈能夠開始聚合。

四、DNA聚合酶(DDDP)(一)種類和生理功能:在原核生物中,目前發(fā)現(xiàn)的DNA聚合酶有三種,分別命名為DNA聚合酶Ⅰ(polⅠ),DNA聚合酶Ⅱ(polⅡ),DNA聚合酶Ⅲ(polⅢ),這三種酶都屬于具有多種酶活性的多功能酶。參與DNA復(fù)制的主要是polⅢ和polⅠ。

polⅠ為單一肽鏈的大分子蛋白質(zhì),可被特異的蛋白酶水解為兩個(gè)片段,其中的大片段稱為Klenowfragment,具有5'→3'聚合酶活性和3'→5'外切酶的活性。

polⅢ由十種亞基組成,其中α亞基具有5'→3'聚合DNA的酶活性,因而具有復(fù)制DNA的功能;而ε亞基具有3'→5'外切酶的活性,因而與DNA復(fù)制的校正功能有關(guān)。

原核生物中的三種DNA聚合酶

(二)DNA復(fù)制的忠實(shí)性:為了保證遺傳的穩(wěn)定,DNA的復(fù)制必須具有忠實(shí)性。DNA復(fù)制時(shí)的忠實(shí)性主要與下列因素有關(guān):1.遵守嚴(yán)格的堿基配對規(guī)律;2.DNA聚合酶在復(fù)制時(shí)對堿基的正確選擇;3.對復(fù)制過程中出現(xiàn)的錯(cuò)誤及時(shí)進(jìn)行校正。

五、DNA連接酶DNA連接酶(DNAligase)可催化兩段DNA片段之間磷酸二酯鍵的形成,而使兩段DNA連接起來。DNA連接酶催化的條件是:①需一段DNA片段具有3'-OH,而另一段DNA片段具有5'-Pi基;②未封閉的缺口位于雙鏈DNA中,即其中有一條鏈?zhǔn)峭暾?;③需要消耗能量,在原核生物中由NAD+供能,在真核生物中由ATP供能。六、單鏈DNA結(jié)合蛋白單鏈DNA結(jié)合蛋白(singlestrandbindingprotein,SSB)又稱螺旋反穩(wěn)蛋白(HDP)。這是一些能夠與單鏈DNA結(jié)合的蛋白質(zhì)因子。其作用為:①使解開雙螺旋后的DNA單鏈能夠穩(wěn)定存在,即穩(wěn)定單鏈DNA,便于以其為模板復(fù)制子代DNA;②保護(hù)單鏈DNA,避免核酸酶的降解。

七、解螺旋酶解螺旋酶(unwindingenzyme),又稱解鏈酶或rep蛋白,是用于解開DNA雙鏈的酶蛋白,每解開一對堿基,需消耗兩分子ATP。目前發(fā)現(xiàn)存在至少存在兩種解螺旋酶。

八、拓?fù)洚悩?gòu)酶(topoisomerase)拓?fù)洚悩?gòu)酶Ⅰ可使DNA雙鏈中的一條鏈切斷,松開雙螺旋后再將DNA鏈連接起來,從而避免出現(xiàn)鏈的纏繞。拓?fù)洚悩?gòu)酶Ⅱ可切斷DNA雙鏈,使DNA的超螺旋松解后,再將其連接起來。大腸桿菌拓樸異構(gòu)酶Ⅰ的結(jié)構(gòu)DNA生物合成過程

一、復(fù)制的起始DNA復(fù)制的起始階段,由下列兩步構(gòu)成。

(一)預(yù)引發(fā):1.解旋解鏈,形成復(fù)制叉:由拓?fù)洚悩?gòu)酶和解鏈酶作用,使DNA的超螺旋及雙螺旋結(jié)構(gòu)解開,堿基間氫鍵斷裂,形成兩條單鏈DNA。單鏈DNA結(jié)合蛋白(SSB)結(jié)合在兩條單鏈DNA上,形成復(fù)制叉。DNA復(fù)制時(shí),局部雙螺旋解開形成兩條單鏈,這種叉狀結(jié)構(gòu)稱為復(fù)制叉。

2.引發(fā)體組裝:由蛋白因子(如dnaB等)識別復(fù)制起始點(diǎn),并與其他蛋白因子以及引物酶一起組裝形成引發(fā)體。

(二)引發(fā):在引物酶的催化下,以DNA為模板,合成一段短的RNA片段,從而獲得3'端自由羥基(3'-OH)。

二、復(fù)制的延長

(一)聚合子代DNA:由DNA聚合酶催化,以3'→5'方向的親代DNA鏈為模板,從5'→3'方向聚合子代DNA鏈。在原核生物中,參與DNA復(fù)制延長的是DNA聚合酶Ⅲ;而在真核生物中,是DNA聚合酶α(延長隨從鏈)和δ(延長領(lǐng)頭鏈)。

(二)引發(fā)體移動(dòng):引發(fā)體向前移動(dòng),解開新的局部雙螺旋,形成新的復(fù)制叉,隨從鏈重新合成RNA引物,繼續(xù)進(jìn)行鏈的延長。

三、復(fù)制的終止

(一)去除引物,填補(bǔ)缺口:在原核生物中,由DNA聚合酶Ⅰ來水解去除RNA引物,并由該酶催化延長引物缺口處的DNA,直到剩下最后一個(gè)磷酸酯鍵的缺口。而在真核生物中,RNA引物的去除,由一種特殊的核酸酶來水解,而岡崎片段仍由DNA聚合酶來延長。

(二)連接岡崎片段:在DNA連接酶的催化下,形成最后一個(gè)磷酸酯鍵,將岡崎片段連接起來,形成完整的DNA長鏈。

(三)真核生物端粒的形成:端粒(telomere)是指真核生物染色體線性DNA分子末端的結(jié)構(gòu)部分,通常膨大成粒狀。其共同的結(jié)構(gòu)特征是由一些富含G、C的短重復(fù)序列構(gòu)成,可重復(fù)數(shù)十次至數(shù)百次。

線性DNA在復(fù)制完成后,其末端由于引物RNA的水解而可能出現(xiàn)縮短。故需要在端粒酶(telomerase)的催化下,進(jìn)行延長反應(yīng)。端粒酶是一種RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合體,它可以其RNA為模板,通過逆轉(zhuǎn)錄過程對末端DNA鏈進(jìn)行延長。

端粒酶(telomerase)的作用機(jī)制DNA的損傷與修復(fù)

一、DNA的損傷(突變)

由自發(fā)的或環(huán)境的因素引起DNA一級結(jié)構(gòu)的任何異常的改變稱為DNA的損傷,也稱為突變(mutation)。常見的DNA的損傷包括堿基脫落、堿基修飾、交聯(lián),鏈的斷裂,重組等。

(一)引起突變的因素:1.自發(fā)因素:(1)自發(fā)脫堿基:由于N-糖苷鍵的自發(fā)斷裂,引起嘌呤或嘧啶堿基的脫落。每日可達(dá)近萬個(gè)核苷酸殘基。(2)自發(fā)脫氨基:胞嘧啶自發(fā)脫氨基可生成尿嘧啶,腺嘌呤自發(fā)脫氨基可生成次黃嘌呤。每日可達(dá)幾十到幾百個(gè)核苷酸殘基。(3)復(fù)制錯(cuò)配:由于復(fù)制時(shí)堿基配對錯(cuò)誤引起的損傷,發(fā)生頻率較低。

2.物理因素:由紫外線、電離輻射、X射線等引起的DNA損傷。其中,X射線和電離輻射常常引起DNA鏈的斷裂,而紫外線常常引起嘧啶二聚體的形成,如TT,TC,CC等二聚體。這些嘧啶二聚體由于形成了共價(jià)鍵連接的環(huán)丁烷結(jié)構(gòu),因而會(huì)引起復(fù)制障礙。

3.化學(xué)因素:

(1)脫氨劑:如亞硝酸與亞硝酸鹽,可加速C脫氨基生成U,A脫氨基生成I。

(2)烷基化劑:這是一類帶有活性烷基的化合物,可提供甲基或其他烷基,引起堿基或磷酸基的烷基化,甚至可引起鄰近堿基的交聯(lián)。

(3)DNA加合劑:如苯并芘,在體內(nèi)代謝后生成四羥苯并芘,與嘌呤共價(jià)結(jié)合引起損傷。

(4)堿基類似物:如5-FU,6-MP等,可摻入到DNA分子中引起損傷或突變。

(5)斷鏈劑:如過氧化物,含巰基化合物等,可引起DNA鏈的斷裂。

(二)DNA突變的類型:

堿基的轉(zhuǎn)換(三)DNA突變的效應(yīng):

1.同義突變:基因突變導(dǎo)致mRNA暗碼子第三位堿基的改變但不引起暗碼子意義的改變,其翻譯產(chǎn)物中的氨基酸殘基順序不變,但有時(shí)可引起翻譯效率降低。

2.誤義突變:基因突變導(dǎo)致mRNA暗碼子堿基被置換,其意義發(fā)生改變,翻譯產(chǎn)物中的氨基酸殘基順序發(fā)生改變。

3.無義突變:基因突變導(dǎo)致mRNA暗碼子堿基被置換而改變成終止暗碼子,引起多肽鏈合成的終止。

4.移碼突變:基因突變導(dǎo)致mRNA暗碼子堿基被置換,引起突變點(diǎn)之后的氨基酸殘基順序全部發(fā)生改變。

二、DNA損傷的修復(fù)

DNA損傷的修復(fù)方式可分為直接修復(fù)和取代修復(fù)兩大類。

(一)直接修復(fù):

1.光復(fù)活:(lightrepairing):這是一種廣泛存在的修復(fù)作用。光復(fù)活能夠修復(fù)任何嘧啶二聚體的損傷。其修復(fù)過程為:光復(fù)活酶(photo-lyase)識別嘧啶二聚體并與之結(jié)合形成復(fù)合物→在300~600nm可見光照射下,酶獲得能量,將嘧啶二聚體的丁酰環(huán)打開,使之完全修復(fù)→光復(fù)活酶從DNA上解離。

2.轉(zhuǎn)甲基作用:在轉(zhuǎn)甲基酶的催化下,將DNA上的被修飾的甲基去除。此時(shí),轉(zhuǎn)甲基酶自身被甲基化而失活。

3.直接連接:DNA斷裂形成的缺口,可以在DNA連接酶的催化下,直接進(jìn)行連接而封閉缺口。

(二)取代修復(fù):1.切除修復(fù)(excisionrepairing):這也是一種廣泛存在的修復(fù)機(jī)制,可適用于多種DNA損傷的修復(fù)。該修復(fù)機(jī)制可以分別由兩種不同的酶來發(fā)動(dòng),一種是核酸內(nèi)切酶,另一種是DNA糖苷酶。

2.重組修復(fù)(recombinationrepairing):這是DNA的復(fù)制過程中所采用的一種有差錯(cuò)的修復(fù)方式。

3.SOS修復(fù):這是一種在DNA分子受到較大范圍損傷并且使復(fù)制受到抑制時(shí)出現(xiàn)的修復(fù)機(jī)制,以SOS借喻細(xì)胞處于危急狀態(tài)。DNA分子受到長片段高密度損傷,使DNA復(fù)制過程在損傷部位受到抑制。

損傷誘導(dǎo)一種特異性較低的新的DNA聚合酶,以及重組酶等的產(chǎn)生。

由這些特異性較低的酶繼續(xù)催化損傷部位DNA的復(fù)制,復(fù)制完成后,保留許多錯(cuò)誤的堿基,從而造成突變。

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