work linuxLinux技術(shù)不是一天練成我們假定您已經(jīng)具備少量基

由于grep,sort,sed,awk,perl

設(shè)置設(shè)置 s 大多數(shù)Linux默認(rèn)的 改變默認(rèn) 令是

或maninfo網(wǎng)絡(luò)（wiki

>man>man命令& ls;lsls- ls-l;ls-lls-ls-a;ls-als-ls-R;ls-Rcd../;cd/;cdcp../a.facp-cp-r../dirmv../../dir2rma.fa;rma.farm-rm-rrm-強(qiáng)制刪除文件（慎用rm-fmkdirmkdir-mkdir-plnb.faln-ln-sb.fa&選catlessless-less-Sgrep\>grep-grep-w\>agrep-grep-vCDSgrep-grep-E"^\>ab"sort-按列排序（數(shù)字或字典順序sort-k4nsort-sort-uperl;perl-dperl-perl-ne'printperl-perl-pesedawk命令&tartarcvf1.tartartarzxvftartarjxvftartartvfgzip-gzip-ca.fa>gzip-gzip-cda.fa.gz>解壓gz文件，同gzip-gunzipbzip2-bzip2-ca.fa>bzip2-bzip2-cda.fa.bz2>解壓bz2文件，同bzip2-bunzip2zcatzlesszgrep\>bzcatbzlessbzgrep\>命令&pspspspspspskillpkillqsub-LinuxLinux之所以安全，其自身的文 權(quán)限設(shè)置功不可沒文件只有 者屬于正確的作用域，才能進(jìn)行相應(yīng) 改變權(quán)限和所有 令分別 od和dl=-=

組成 組成 r=4w=2x=1=6=5=3=7 最常用的任務(wù)管理程序莫過于top,PS,kill,pkill運(yùn)行top可以不帶任何選項(xiàng)，它將提供一個(gè)控制臺(tái)界面，通過鍵盤操作。而ps命令往往需要帶一些常用選項(xiàng)，如：-a,-u,-x命令kill和pkill都是中止任務(wù)與進(jìn)程 令，區(qū)別在于kill命令通過PID中止進(jìn)程，而pkill則通過進(jìn)程名。利用kill中止任務(wù)與進(jìn)程：kill利用pkill中止任務(wù)與進(jìn)程：pkill利用pkilltopVS.top命令（上圖）和ps命令（下圖）都是Linux下的任務(wù)管理程序，top通過周期性 /proc中的文件，來達(dá) ps是直 所以，有時(shí)ps的反應(yīng)要比top快，但top內(nèi)存占用 CPU占用 內(nèi)存占用 進(jìn)程的CPU時(shí)ps 分為軟（快捷方式）和硬。不論哪種都可以通過ln或link這兩個(gè)命令創(chuàng)建（其實(shí)是一個(gè)命令的兩種寫法）。創(chuàng)建軟、硬的區(qū)別是軟的創(chuàng)建需要加上-s這個(gè)選項(xiàng)。創(chuàng)建 ：ln/linkSOURCE 文件名創(chuàng)建 ：ln/link-sSOURCE

文件名如果不輸入TARGET，則會(huì)使用“本體”的文件名代替 文件名 （指向文件名文件名><><cata>read<cata>>cat<<EOF;cat>acatd1>perle.pl2> 個(gè)隱藏文件，通常只能通過ls-a或TAB自動(dòng)補(bǔ)全（要雙擊TAB）查看。lsaBash的配置文件，在bashBash的配置文件，一般通過.bashrcVi/Vim存放OpenSSH 用戶級(jí)別的文件往往優(yōu)先級(jí)高于系統(tǒng)級(jí)別（優(yōu) ）動(dòng)態(tài)設(shè)置好的環(huán)境變量要通過export命令（sh,bash）或setenv（cshtcsh）當(dāng)輸入命令時(shí)，系統(tǒng)將優(yōu)先搜索PATH如果一個(gè)命令在兩個(gè)不同的PATH變量里都存在，系統(tǒng)將優(yōu)先使用 （左邊）的PATH變量 令（命令的優(yōu)先級(jí)）有許多不同的版本，比如：Perl5.8.8,Perl5.16.2,Perl5.18.1等 面我們提到了PATH變量中，排在左邊的優(yōu)先級(jí)高，也就是說系統(tǒng)從左到右在PATH變量中檢索相應(yīng) PATH中去找，如果找不到，則繼續(xù)再下一個(gè)變量中尋找，直到檢索完全部的PATH變量。通過which命令，我們可以查詢我們 令在哪個(gè)PATH中案例02： 行perl命令時(shí)，其實(shí)就是執(zhí)設(shè)置別名的方法有很多，其中最常見、最簡(jiǎn)單的是用aliasbashS bashVi/Vim前面提到過，Vi/Vim的用戶級(jí)別配置文件是案例06： set

插入語：簡(jiǎn)單的Vi/Vim粘貼到當(dāng)前行的下一行（上一行光標(biāo)移至首行）光標(biāo)移至行首（行尾o:令人頭疼的動(dòng) 你可以將其理解為“參考文獻(xiàn)動(dòng) 庫 靜 庫librarylibrarylibrarylibrarycodecodecodecodecode自定義“動(dòng) 庫”路徑 常用的“動(dòng) 庫”添加方法是：設(shè)置變量如果處在標(biāo)準(zhǔn)的編譯程序過程中（make編譯），可以在MakeFilegcc編譯選項(xiàng)中修改CFLAGSCPPFLAGSCXXFLAGS或LDFLAGS數(shù)值（其實(shí)就是修改相應(yīng)的路徑）Perl庫一般是用 在Linux中，默認(rèn)的Perl庫位置是通過perl的@INC數(shù)組，我們可以了解有哪些Perlperl-e'printjoin"\n",最簡(jiǎn)單的配置Perl庫路徑的方法是通過PERLLIB或PERL5LIB變量進(jìn)

這里的$HOME變量不一定能用“~”代替如果字符集設(shè)置不恰當(dāng)，有可能導(dǎo)致我們沒法正常運(yùn) 查詢字符 令是案例 案例 令是：./configure&&make&&makeinstall（&&用來串聯(lián)多個(gè)命令，讀作“與”）。其中configure用make命令進(jìn)行批量編譯（可能很耗時(shí)）。然后通過makeinstall 限）。最后通過makeclean清除臨時(shí)文件，以免對(duì)于某些軟件，比如SAMTools，只需進(jìn)行make configure可以附加很多參數(shù)，源碼安裝軟件的靈活性就在此體現(xiàn)，可以通過configure--help查詢。其中，最常用的就是--prefix 庫”路徑的方法，其中，利用參數(shù)CFLAGS,CXXFLAGS,CPPFLAGS,LDFLAGS的方法可以在configure這一步進(jìn)典型的優(yōu)化選項(xiàng)如：./configureCPPFLAGS='-O3-L/usr/lib64'--without-注意！這里沒有空格，決不能寫成–L/usr/lib64，否-Iusr/include

在configure 利用MakeFile盡管可以通過修盡量使用e 互關(guān)聯(lián)，相互依賴的，而e 明文檔的文件名形如INSTALL,README等。在BGI有很多很好的程序，在構(gòu)建某些具體流程上面卻顯得不盡人意，對(duì)此，流程的構(gòu)建者可能會(huì)對(duì)這些程序進(jìn)行一些修改。這本來是一下正常的事情，但這些修改者們卻有個(gè)不好的習(xí)慣——直接在原作者的代碼上直接修改而不加以標(biāo)注。這樣就給之后的一些新人留下了對(duì)代碼理解層面上的麻煩。因此，我建議大家不要直接修改原始代碼，而是利用diff命令生成程序補(bǔ)丁，之后用patch命令使用該補(bǔ)丁。生成補(bǔ)?。篸iff-OLD_FILE>使用補(bǔ)丁：patch-FILE_PATCH（-p0的用法

加號(hào)表示替換原文的 將原文 并重命名利用diffRHEL和CentOS的軟件倉庫中不包含pletion，只能通過額外 或使用Fedora的pletion（Fedora與RHEL/CentOS“親緣關(guān)系”最近）。遺憾的是，由于 提供的版本沒有針對(duì)以上兩種系統(tǒng)優(yōu)化，因此在csh/tcsh中，可以通過setautolist來啟用TAB前面我們提到了中止進(jìn)程的兩個(gè)命令：killpkill。在Linux使用廣泛 任最簡(jiǎn)單的將任務(wù)移 的方法就是在輸入命令的結(jié)尾加上&符用jobs命令可以查看當(dāng)前Screen中 任務(wù)用fgJOBID命令可以 的任務(wù)調(diào)入前臺(tái)用bgJOBID命令可以將暫停的任務(wù)調(diào) 用ctrl+zctrl+zjobsjobsfgctrl+cnohup大型機(jī)可以一天24小時(shí)工作，但操作者卻不行。假如操作者離開并關(guān)掉終端，會(huì)導(dǎo)致這個(gè)終端上的進(jìn)程全部被終止。這是人們不希望看到的現(xiàn)象，因此，有人設(shè)計(jì)出nohup和screen這兩個(gè)程序，用來確保當(dāng)終端退出后，其進(jìn)程不會(huì)被MMAND&;MMAND&;nohupCOMMAND>/dev/null

正常的nohup將會(huì)產(chǎn)生一個(gè)nohup.out文件，用 幕輸出。/dev/null是黑洞路徑，在這里用于丟棄輸出。nohup _FILE MAND>/dev/nullscreen;screen-SNAME;screen-ls;screen-進(jìn)入screen控制臺(tái)后，輸入命令，用快捷鍵ctrl+ad使其在 機(jī)”，千萬不要直接按ctrl+d，那是離線的快捷鍵。用screen-ls可以查看有多少個(gè)screen正在使用，screen-RID可 用qsub可以投遞單個(gè)任務(wù)，而qsub-sge.pl估計(jì)內(nèi)存占用，可以先在本地節(jié)點(diǎn)上運(yùn)行任務(wù)，用top或ps查看其內(nèi)存 Linuxctrl+