BMK-Pacbio細(xì)菌基因組測序服務(wù)合同模板

合同書本合同甲方委托乙方就(單位簡稱)(數(shù)量)(物種)細(xì)菌基因組完成圖測序分析進行專項技術(shù)服務(wù)，并支付相應(yīng)的技術(shù)服務(wù)報酬。雙方經(jīng)過平等協(xié)商，在真實、充分地表達(dá)各自意愿的基礎(chǔ)上，根據(jù)《中華人民共和國合同法》的規(guī)定，達(dá)成如下協(xié)議，并由雙方共同恪守。第一條定義:除非另有約定，本合同使用的下列術(shù)語應(yīng)具有如下界定的含義：“合同”或“本合同”：指本合同正文和其附件，共同構(gòu)成合同整體并相互補充；“交付成果”：指乙方根據(jù)本合同規(guī)定交付的服務(wù)成果，包括文庫、測序數(shù)據(jù)或分析結(jié)果等；“技術(shù)障礙”：指在乙方現(xiàn)有條件下無法克服的技術(shù)問題，包括但不限于因合同約定的技術(shù)方法、技術(shù)路線、履行合同所使用的設(shè)備、儀器、軟件等本身的缺陷或局限性、生物特性、生物個體差異性等導(dǎo)致的無法克服的技術(shù)問題；標(biāo)題：僅為方便參考而設(shè)，不影響本合同的解釋和意義。第二條甲方委托乙方進行技術(shù)服務(wù)的內(nèi)容如下：建庫測序前樣品的質(zhì)檢乙方對甲方樣品進行樣品檢測，樣品質(zhì)檢標(biāo)準(zhǔn)見附件；若樣品不滿足質(zhì)檢標(biāo)準(zhǔn)，乙方根據(jù)經(jīng)驗會給甲方提供合理建議，由甲方最終確認(rèn)是否繼續(xù)實驗或是重新提供樣品，乙方對于實驗的最終結(jié)果不承擔(dān)責(zé)任。技術(shù)服務(wù)內(nèi)容及目標(biāo)樣品檢測合格后，乙方基于多種測序技術(shù)平臺，構(gòu)建DNA測序文庫進行建庫測序，并獲得測序數(shù)據(jù)。乙方采取以下技術(shù)路線進行細(xì)菌基因組完成圖測序分析：樣品制備――Pacbio平臺測序――生物信息數(shù)據(jù)分析。技術(shù)服務(wù)的方式最終提交測序數(shù)據(jù)和項目結(jié)題報告。分析結(jié)果具體包括以下幾個方面內(nèi)容具體分析內(nèi)容備注標(biāo)準(zhǔn)分析數(shù)據(jù)質(zhì)控基因組初步組裝基因組情況評估基因組組分分析編碼基因預(yù)測；重復(fù)序列注釋；非編碼RNA預(yù)測；假基因分析；細(xì)菌基因島預(yù)測；前噬菌體預(yù)測；CRISPR序列預(yù)測；基因組圈圖基因功能注釋通用數(shù)據(jù)庫注釋：GO,KEGG,COG,Swiss-prot,Nr,pfam；信號肽預(yù)測、跨膜蛋白、轉(zhuǎn)運蛋白、分泌蛋白分析；各專用數(shù)據(jù)庫注釋：CAZyme，ARDB，PHI，VFDB；高級分析（可選）比較基因組分析基因家族分類；特有和共有基因檢測；快速進化基因檢測；物種間進化關(guān)系分析；共線性分析由甲方提供進行比較的物種基因組信息，價格按reference樣本數(shù)計算。定制化信息分析分析內(nèi)容由甲方提出并填寫，由技術(shù)人員評估后給出價格及項目周期。售后服務(wù)甲方可以在分析完成日后的三個月內(nèi)針對原有數(shù)據(jù)、結(jié)果、分析方法等方面的疑問咨詢乙方，乙方在一個月內(nèi)給甲方提供整理分析類服務(wù)，三個月內(nèi)提供問題解答服務(wù)，咨詢范圍只限于合同中的服務(wù)內(nèi)容。注：乙方提供給甲方的分析內(nèi)容以合同為準(zhǔn)，任何口頭承諾均無效。第三條乙方應(yīng)按下列要求完成技術(shù)服務(wù)工作：技術(shù)服務(wù)地點：北京xx生物科技有限公司技術(shù)服務(wù)期限：60天（不包括高級及個性化分析時間）技術(shù)服務(wù)進度：乙方在收到甲方樣品及《樣品信息單》后開始樣品檢測，DNA樣品檢測合格且預(yù)付款到位后的45個工作日內(nèi)完成樣品制備、全部測序反應(yīng)及相應(yīng)的信息分析；乙方在甲方認(rèn)可項目結(jié)題報告且尾款到位后的5個工作日內(nèi)向甲方提供項目所有原始數(shù)據(jù)和分析結(jié)果；甲乙雙方溝通或等待對方反饋所花費的時間不包括在50個工作日內(nèi)。技術(shù)服務(wù)質(zhì)量：完成預(yù)估大小為M的細(xì)菌完成圖測序，測序深度：二代≥50X，三代≥100X，0gap。第四條為保證乙方有效進行技術(shù)服務(wù)工作，甲方應(yīng)當(dāng)向乙方提供下列工作條件和協(xié)作事項：提供技術(shù)資料和工作條件：甲方一次性提供乙方要求的DNA或菌體（確定樣本類型）樣本，且達(dá)到乙方樣品標(biāo)準(zhǔn)，具體標(biāo)準(zhǔn)見附件；甲方需詳細(xì)填寫《樣品信息單》，寄送樣品時必須隨同樣品寄送紙質(zhì)版信息單，并同時發(fā)送電子版給乙方。因樣品信息單填寫不完整、填寫錯誤或不及時發(fā)送造成的檢測錯誤、項目延期等后果，均由甲方承擔(dān)；按照第五條的條款約定支付乙方服務(wù)費用。甲方提供上述工作條件和協(xié)作事項的時間及方式：在本合同簽訂5天內(nèi)，以書面和電子郵件兩種形式提供《樣品信息單》。其他：無第五條甲方向乙方支付技術(shù)服務(wù)報酬及支付方式為：技術(shù)服務(wù)費總額為：人民幣貳拾萬元整（￥200,000.00）；技術(shù)服務(wù)費由甲方分期（一次或分期）支付乙方。具體支付方式和時間如下：合同生效的5個工作日之內(nèi)，甲方把相當(dāng)于協(xié)議金額的80%預(yù)付款人民幣拾陸萬元整（￥160,000.00）轉(zhuǎn)入乙方帳戶；完成全部項目且達(dá)到合同指標(biāo)要求后，乙方5個工作日內(nèi)提交項目結(jié)題報告，甲方把相當(dāng)于協(xié)議金額的20%尾款人民幣肆萬元整（￥40,000.00）轉(zhuǎn)入乙方帳戶；乙方合同蓋章后，在郵寄合同時，預(yù)付款發(fā)票與合同一起郵寄。開具單位與合同中甲方名稱保持一致，發(fā)票開具內(nèi)容為測序技術(shù)服務(wù)費；如因甲方樣品不合格而造成合同終止，乙方向甲方收取實際已發(fā)生費用：樣品檢測費用￥200.00/樣本/次。如果合同繼續(xù)，每個樣品免費檢測2次，超出的部分，按照￥200.00/樣本/次收費；若甲方需要乙方進行樣品提取，則甲方需要向乙方支付提取費用￥200.00/樣本。乙方開戶銀行名稱、地址和帳號為：開戶銀行：中國工商銀行股份有限公司北京順義支行帳號：0200005909200203276第六條雙方確定因履行本合同應(yīng)遵守的保密義務(wù)如下：甲方：保密內(nèi)容:未經(jīng)乙方書面同意，甲方不得將本項目的任何技術(shù)資料等涉及乙方機密的信息泄漏給第三方；涉密人員范圍:除乙方外的所有人員或單位；保密期限：自合同生效日起3年；泄密責(zé)任：違反合同約定，擅自將有關(guān)技術(shù)資料或涉及乙方機密的技術(shù)引用、發(fā)表或提供給第三方，應(yīng)支付數(shù)額為報酬總額100％的違約金，并且承擔(dān)由此帶給乙方的一切經(jīng)濟損失。乙方： 保密內(nèi)容:未經(jīng)甲方的書面同意，乙方不得將本項目的任何研究材料等涉及甲方科研內(nèi)容或成果的相關(guān)資料泄露給第三方；涉密人員范圍:除甲方外的所有人員或單位；保密期限：自合同生效日起3年；泄密責(zé)任：違反合同約定、擅自將有關(guān)資料或涉及甲方研究內(nèi)容或本項目的研究成果引用，發(fā)表或提供給第三方，應(yīng)支付數(shù)額為報酬總額100％的違約金，并且承擔(dān)由此帶給甲方的一切經(jīng)濟損失。在不涉及泄漏技術(shù)秘密及科研內(nèi)容、研究成果的前提下，乙方可以將本合同用于技術(shù)服務(wù)合同的認(rèn)定。第七條本合同的變更必須由雙方協(xié)商一致，并以書面形式確定：但有下列情形之一的，一方可以向另一方提出變更合同權(quán)利與義務(wù)的請求，另一方應(yīng)當(dāng)在15個工作日內(nèi)予以答復(fù)；逾期未予答復(fù)的，視為同意：甲方提供的工作條件不符合乙方要求，但甲方堅持要求履行合同；因不可克服的技術(shù)障礙導(dǎo)致合同無法正常履行。第八條雙方確定以下列標(biāo)準(zhǔn)和方式對乙方的技術(shù)服務(wù)工作成果進行驗收：乙方完成技術(shù)服務(wù)工作的形式：最終提交所有原始數(shù)據(jù)，分析結(jié)果及項目結(jié)題報告；技術(shù)服務(wù)工作成果的驗收標(biāo)準(zhǔn)：達(dá)到第三條第4點的質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)；技術(shù)服務(wù)工作成果的驗收方法：甲方通過對乙方提供的測序數(shù)據(jù)及分析結(jié)果進行書面或郵件確認(rèn)；驗收的時間和地點：年月日，北京。第九條雙方確定成果歸屬按照以下方式：在本合同有效期內(nèi)，甲方利用乙方提交的技術(shù)服務(wù)工作成果所完成的新的技術(shù)成果，歸甲（甲、雙）方所有。在本合同有效期內(nèi)，乙方利用甲方提供的技術(shù)資料和工作條件所完成的新的技術(shù)升級與軟件開發(fā)，歸乙（乙、雙）方所有。第十條雙方確定，按以下約定承擔(dān)各自的違約責(zé)任：如因甲方樣品、資料不合格或未能按時到位等原因?qū)е碌捻椖垦诱`等損失由甲方承擔(dān)責(zé)任；如因乙方原因不能按時完成項目，由乙方承擔(dān)責(zé)任。乙方應(yīng)及時與甲方溝通協(xié)商項目延期方式；樣品經(jīng)檢測不合格，若甲方仍堅持進行項目，則甲方需按正常價格付費，乙方將不保證約定的技術(shù)指標(biāo)。由此而造成的損失，乙方不承擔(dān)責(zé)任；簽約各方理解，生物技術(shù)服務(wù)帶有不確定性和技術(shù)風(fēng)險。如因不可克服的技術(shù)障礙導(dǎo)致本項目不能完成，簽約各方協(xié)商后中止項目，按照乙方實際已完成的工作量計算費用，雙方各承擔(dān)50%的損失；如因不可抗拒的客觀因素導(dǎo)致的項目延誤或不能繼續(xù)履行時，雙方各承擔(dān)已發(fā)生成本費用的50%。不可抗拒力包括地震、洪水、戰(zhàn)爭、軍事行動、法律或政府政策等相關(guān)因素。第十一條雙方確定，在本合同有效期內(nèi)，甲方指定為甲方項目聯(lián)系人，乙方指定為乙方項目聯(lián)系人。項目聯(lián)系人承擔(dān)以下責(zé)任：項目進展的及時溝通；項目進行過程中遇到問題共同協(xié)調(diào)解決；及時提供協(xié)議雙方所必須的工作條件。一方變更項目聯(lián)系人的，應(yīng)當(dāng)及時以書面形式通知另一方。未及時通知并影響本合同履行或造成損失的，應(yīng)承擔(dān)相應(yīng)的責(zé)任。第十二條雙方確定，出現(xiàn)下列情形，致使本合同的履行成為不必要或不可能的，可以解除本合同：發(fā)生不可抗力；因?qū)Ψ竭`約使合同不能繼續(xù)履行或沒有必要繼續(xù)履行且征得對方同意。第十三條雙方因履行本合同而發(fā)生的爭議，應(yīng)協(xié)商、調(diào)解解決。協(xié)商、調(diào)解不成的，確定按以下第1種方式處理：提交北京仲裁委員會仲裁；依法向人民法院起訴。第十四條與履行本合同有關(guān)的下列技術(shù)文件，經(jīng)雙方以書面方式確認(rèn)后，為本合同的組成部分：附件《DNA測序樣品要求及注意事項》第十五條雙方約定本合同其他相關(guān)事項為：數(shù)據(jù)提交在項目過程中產(chǎn)生的數(shù)據(jù)和相關(guān)生物信息分析結(jié)果文件，如果小于20G乙方可提供云盤下載；大于20G的數(shù)據(jù)，由甲方提供移動硬盤，乙方提供移動硬盤傳輸服務(wù)。數(shù)據(jù)保存為方便甲方測序數(shù)據(jù)的使用，乙方承諾在最終數(shù)據(jù)提供后，繼續(xù)保留數(shù)據(jù)3個月，若甲方未在屆滿期前書面提出繼續(xù)保留數(shù)據(jù)，乙方將在屆滿期后自動刪除；如果甲方在屆滿期前書面提出繼續(xù)保存數(shù)據(jù)，則需簽訂補充協(xié)議并根據(jù)實際存儲數(shù)據(jù)量與存儲時間進行計費。樣品保存為方便甲方樣品管理，乙方承諾在提交項目結(jié)題報告和數(shù)據(jù)提交后，繼續(xù)保留數(shù)據(jù)3個月，若甲方未在屆滿期前書面提出返還樣品，乙方將在屆滿期后自動處理；如果甲方在屆滿期前書面提出返還樣品，則需填寫《樣品返還信息表》并提交給相應(yīng)的客服人員進行樣品返還事宜。第十六條本合同一式6份，具有同等法律效力。由甲、乙雙方各持3份。

第十七條本合同經(jīng)雙方法定代表人或項目聯(lián)系人簽字蓋章后生效，聲明：xx法定代表人xx委托王瑞行使合同審批權(quán)和簽署權(quán)。甲方：（蓋章）法定代表人／委托代理人：（簽名）年月日乙方：（蓋章）法定代表人／委托代理人：（簽名）年月日登記機關(guān)審查登記欄：經(jīng)辦人：技術(shù)合同登記機關(guān)（專用章）年月日

附件《DNA測序樣品要求及注意事項》1.樣品要求：請?zhí)峁〥NA樣品的相關(guān)檢測結(jié)果，例如以下檢測手段中的一種或多種檢測結(jié)果：Qubi、NanoDrop、AGE。請采取適當(dāng)?shù)募兓椒?，以避免多糖、多酚、蛋白或者核酸酶對DNA樣品的污染，并詳細(xì)注明溶解DNA所使用的溶解液類型。檢測結(jié)果說明：levelA：A類樣品，指純度、片段大小和濃度均合格，總量滿足按數(shù)據(jù)量計算總量要求的樣品。levelB+：B+類樣品，指純度、片段大小和濃度均合格，總量不完全滿足按數(shù)據(jù)量計算總量要求的樣品。levelC：質(zhì)量不完全滿足建庫要求，可以風(fēng)險建庫但不保證文庫大小與測序數(shù)據(jù)量的樣品。levelD：質(zhì)量完全不滿足建庫測序要求，不建議使用的樣品。請您按照上述A類樣品的要求來準(zhǔn)備DNA樣品以確保后續(xù)建庫測序能夠正常進行。如果您準(zhǔn)備的DNA樣品不能滿足A類樣品指標(biāo)要求，并且后續(xù)不能提供更多的DNA樣品，需要提前聯(lián)系銷售人員進行咨詢。產(chǎn)品類型Levelc(ng/uL)m(ug)OD260/280OD260/230AGEN/Q外觀PB-動植物基因組A≥50滿足按數(shù)據(jù)量計算對總量要求，一般按10ugDNA可產(chǎn)出100G數(shù)據(jù)計算1.8-2.21.8-2.5size≥23K，無降解，點樣孔無或有輕微污染0.9-2.5無顏色、無沉淀物B+≥50不完全滿足按數(shù)據(jù)量計算總量要求1.8-2.21.8-2.5size≥23K，降解條帶>5K，點樣孔無或有輕微污染0.9-2.5無顏色、無沉淀物C≥50-1.8-2.21.6-2.5size≥23K，降解條帶>5K，點樣孔無或有輕微污染--D<10-<1.8，或>2.2<1.6，或>2.5明顯降解，點樣孔嚴(yán)重污染-有顏色或沉淀物PB-細(xì)菌/真菌基因組A≥30>161.7-2.21.7-2.5size≥23K，單一，降解條帶>5K，點樣孔無或有輕微污染0.8-2.0無顏色、無沉淀物B+≥30>81.7-2.21.7-2.5size≥23K，單一，降解條帶>5K，點樣孔無或有輕微污染0.8-2.0無顏色、無沉淀物C≥10>16（滿足2次建庫）1.7-2.21.5-2.5size≥23K，單一，降解條帶>2K--D--<1.7，或>2.2<1.5，或>2.5明顯降解，點樣孔嚴(yán)重污染-有顏色或沉淀物*樣品質(zhì)量以本公司專業(yè)檢測人員在本公司實驗室檢測結(jié)果為準(zhǔn)。由于檢測過程中會使用一部分樣品，在條件允許的情況下，請盡量多提供一些樣品，以保證檢測后剩余樣品滿足后續(xù)建庫測序要求。2.菌體送樣要求物種組織部位ONT-細(xì)菌/真菌基因組（片篩）ONT-細(xì)菌/真菌基因組（非片篩）PB-細(xì)菌/真菌基因組細(xì)菌細(xì)菌≥4.5×1010≥4.5×109≥1.5×1010真菌單細(xì)胞真菌≥4.5×1010≥4.5×109≥1.5×1010大型真菌≥10.0g≥1.0g≥3.5g2.1細(xì)菌我們沒有專門的前處理實驗員，所以只接收處理好的細(xì)菌菌體樣品，請勿直接寄送平板或菌液，以免耽誤您的項目進度。1）顯微鏡下觀察細(xì)菌生長狀態(tài)，最好收集生長期處于對數(shù)期的細(xì)菌。2）將適量體積的菌液轉(zhuǎn)移至2mL旋蓋尖底離心管（無菌，無核酸酶）中，于室溫下14000×g離心1min。3）棄掉培養(yǎng)基，將細(xì)菌菌體沉淀迅速置于液氮中冷凍3h以上，然后轉(zhuǎn)移至-80°C長期保存。4）將樣品管置于管架上固定好后埋在干冰箱的中間部位，大體積干冰運輸。2.2真菌真菌的形態(tài)多樣，一般分為單細(xì)胞和多細(xì)胞真菌，酵母菌屬于單細(xì)胞真菌，而\t"/item/%E7%9C%9F%E8%8F%8C/_blank"霉菌和\t"/item/%E7%9C%9F%E8%8F%8C/_blank"蕈菌（\t"/item/%E7%9C%9F%E8%8F%8C/_blank"大型真菌）都屬于多細(xì)胞的真菌。真菌的細(xì)胞有含甲殼素（又叫幾丁質(zhì)）為主要成分的\t"/item/%E7%9C%9F%E8%8F%8C/_blank"細(xì)胞壁，提取難度較大，建議盡量多準(zhǔn)備一些樣品。2.2.1單細(xì)胞真菌單細(xì)胞真菌以酵母菌為代表。一次提取反應(yīng)所需酵母菌的量需≤1×107個，以5×106-1×107個為宜。您要做的項目要求送樣量較大時，可以將樣品按上述數(shù)量要求分裝后單獨保存。顯微鏡下觀察酵母菌生長狀態(tài)，最好收集生長期處于對數(shù)期的酵母菌。將適量體積的酵母菌液轉(zhuǎn)移至將2mL旋蓋尖底離心管中（無菌，無核酸酶），于室溫下14000×g離心1min。棄盡培養(yǎng)基，將酵母細(xì)胞沉淀迅速置于液氮中冷凍3h以上，然后轉(zhuǎn)移至-80°C長期保存。將樣品管置于管架上固定好后埋在干冰箱的中間部位，大體積干冰運輸。2.2.2大型真菌大型真菌因種屬差異，生長形態(tài)差異很大。在制備大型真菌樣品時，可參考上述2.1植物組織的制備方法。從菌體上，取下生長旺盛的組織，用無菌水沖洗干凈，再使用75%乙醇沖洗，用吸水紙吸干樣品表面。如果組織體積較大，應(yīng)盡量將組織剪切成長寬高均≤0.5cm的小塊。將處理好的組織樣本保存于2ml或更大體積的旋蓋凍存管中或者用準(zhǔn)備好的錫箔紙包裹組織。迅速置于液氮中冷凍3小時以上，然后轉(zhuǎn)移至-80℃長期保存。將樣品固定