大白菜春化種子轉(zhuǎn)錄組和DNA甲基化分析_第1頁
大白菜春化種子轉(zhuǎn)錄組和DNA甲基化分析_第2頁
大白菜春化種子轉(zhuǎn)錄組和DNA甲基化分析_第3頁
大白菜春化種子轉(zhuǎn)錄組和DNA甲基化分析_第4頁
大白菜春化種子轉(zhuǎn)錄組和DNA甲基化分析_第5頁
已閱讀5頁，還剩2頁未讀， 繼續(xù)免費閱讀

下載本文檔

版權(quán)說明：本文檔由用戶提供并上傳，收益歸屬內(nèi)容提供方，若內(nèi)容存在侵權(quán)，請進(jìn)行舉報或認(rèn)領(lǐng)

文檔簡介

大白菜春化種子轉(zhuǎn)錄組和DNA甲基化分析開花是植物從營養(yǎng)生長階段過渡到生殖生長階段這個蛻變過程的重要標(biāo)志,春化作用是影響植物開花的主導(dǎo)因素之一。植物春化主要包括兩種類型,即綠體感知春化型和種子感知春化型,大白菜是典型的種子春化型蔬菜作物。本實驗以大白菜DH系’FT’種子為試材,設(shè)置春化處理組(Ver)與非春化處理組(Nor),利用第二代測序平臺(Illumina)分別對以上處理材料的轉(zhuǎn)錄組及全基因組DNA甲基化進(jìn)行深度測序,以期為大白菜種子春化機(jī)理的研究提供有益素材。主要研究結(jié)果如下:1.通過轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果可知共得到3379個差異顯著的表達(dá)基因(FDR≤0.001且|log2Ratio|≥2),其中春化種子中下調(diào)基因2363個,上調(diào)基因1016個。將差異表達(dá)基因在GO和KEGGPathway數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行富集,共有2670個差異基因至少富集到一條GO條目,其中有7個GO條目與春化開花相關(guān);在KEGGPathway途徑中,共有1857個差異表達(dá)基因富集到240條代謝通路,其中40條為顯著富集的途徑,主要包括代謝途徑,植物激素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑等。2.在差異表達(dá)基因中,共檢測到17個已知的開花調(diào)控基因,其中包括4個FLC基因家族成員(Bra006051、Bra009055、Bra028599、Bra022771)和2個VIN3基因家族成員(Bra006824、Bra010317)。FLC和VIN3分別是植物春化調(diào)控基因網(wǎng)絡(luò)中的負(fù)調(diào)控因子和正調(diào)控因子,在本實驗中春化導(dǎo)致種子中FLC的表達(dá)受到抑制而VIN3的表達(dá)量顯著增加。3.經(jīng)全基因組DNA甲基化測序,共得到1314個甲基化水平發(fā)生變化的基因,其中春化導(dǎo)致734個基因甲基化水平提高,580個基因甲基化水平下降。4.將轉(zhuǎn)錄組和基因組甲基化差異基因進(jìn)行結(jié)合分析,共有106個重復(fù)基因,其中有56個基因的表達(dá)水平與甲基化程度表現(xiàn)出負(fù)相關(guān)的特點。在這56個關(guān)聯(lián)基因中(其中有8個基因功能未知),46個基因在春化后表現(xiàn)為甲基化水平提高,轉(zhuǎn)錄水平下降,10個基因甲基化水平減少且轉(zhuǎn)錄水平提高。主要包括5個轉(zhuǎn)錄因子,1個熱激蛋白等。5.隨機(jī)選取18個基因(10個春化開花相關(guān)基因,8個基因在重

溫馨提示

  • 1. 本站所有資源如無特殊說明，都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請下載最新的WinRAR軟件解壓。
  • 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等，如果需要附件，請聯(lián)系上傳者。文件的所有權(quán)益歸上傳用戶所有。
  • 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙，網(wǎng)頁內(nèi)容里面會有圖紙預(yù)覽，若沒有圖紙預(yù)覽就沒有圖紙。
  • 4. 未經(jīng)權(quán)益所有人同意不得將文件中的內(nèi)容挪作商業(yè)或盈利用途。
  • 5. 人人文庫網(wǎng)僅提供信息存儲空間，僅對用戶上傳內(nèi)容的表現(xiàn)方式做保護(hù)處理，對用戶上傳分享的文檔內(nèi)容本身不做任何修改或編輯，并不能對任何下載內(nèi)容負(fù)責(zé)。
  • 6. 下載文件中如有侵權(quán)或不適當(dāng)內(nèi)容，請與我們聯(lián)系，我們立即糾正。
  • 7. 本站不保證下載資源的準(zhǔn)確性、安全性和完整性, 同時也不承擔(dān)用戶因使用這些下載資源對自己和他人造成任何形式的傷害或損失。

評論

0/150

提交評論