NCBI在線BLAST使用方法與結(jié)果詳解

./NCBI在線BLAST使用方法與結(jié)果詳解BLAST〔BasicLocalAlignmentSearchTool是一套在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)或DNA數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行相似性比較的分析工具.BLAST程序能迅速與公開數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行相似性序列比較.BLAST結(jié)果中的得分是對(duì)一種對(duì)相似性的統(tǒng)計(jì)說(shuō)明.BLAST采用一種局部的算法獲得兩個(gè)序列中具有相似性的序列.Blast中常用的程序介紹：

1、BLASTP是蛋白序列到蛋白庫(kù)中的一種查詢.庫(kù)中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對(duì)一的序列比對(duì).2、BLASTX是核酸序列到蛋白庫(kù)中的一種查詢.先將核酸序列翻譯成蛋白序列〔一條核酸序列會(huì)被翻譯成可能的六條蛋白,再對(duì)每一條作一對(duì)一的蛋白序列比對(duì).3、BLASTN是核酸序列到核酸庫(kù)中的一種查詢.庫(kù)中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對(duì)一地核酸序列比對(duì).4、TBLASTN是蛋白序列到核酸庫(kù)中的一種查詢.與BLASTX相反,它是將庫(kù)中的核酸序列翻譯成蛋白序列,再同所查序列作蛋白與蛋白的比對(duì).5、TBLASTX是核酸序列到核酸庫(kù)中的一種查詢.此種查詢將庫(kù)中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白〔每條核酸序列會(huì)產(chǎn)生6條可能的蛋白序列,這樣每次比對(duì)會(huì)產(chǎn)生36種比對(duì)陣列.NCBI的在線BLAST：下面是具體操作方法1,進(jìn)入在線BLAST界面,可以選擇blast特定的物種〔如人,小鼠,水稻等,也可以選擇blast所有的核酸或蛋白序列.不同的blast程序上面已經(jīng)有了介紹.這里以常用的核酸庫(kù)作為例子.2,粘貼fasta格式的序列.選擇一個(gè)要比對(duì)的數(shù)據(jù)庫(kù).關(guān)于數(shù)據(jù)庫(kù)的說(shuō)明請(qǐng)看NCBI在線blast數(shù)據(jù)庫(kù)的簡(jiǎn)要說(shuō)明.一般的話參數(shù)默認(rèn).3,blast參數(shù)的設(shè)置.注意顯示的最大的結(jié)果數(shù)跟E值,E值是比較重要的.篩選的標(biāo)準(zhǔn).最后會(huì)說(shuō)明一下.4,注意一下你輸入的序列長(zhǎng)度.注意一下比對(duì)的數(shù)據(jù)庫(kù)的說(shuō)明.5,blast結(jié)果的圖形顯示.沒啥好說(shuō)的.6,blast結(jié)果的描述區(qū)域.注意分值與E值.分值越大越靠前了,E值越小也是這樣.7,blast結(jié)果的詳細(xì)比對(duì)結(jié)果.注意比對(duì)到的序列長(zhǎng)度.評(píng)價(jià)一個(gè)blast結(jié)果的標(biāo)準(zhǔn)主要有三項(xiàng),E值〔Expect>,一致性<Identities>,缺失或插入〔Gaps.加上長(zhǎng)度的話,就有四個(gè)標(biāo)準(zhǔn)了.如圖中顯示,比對(duì)到的序列長(zhǎng)度為1405,看Identities這一值,才匹配到1344bp,而輸入的序列長(zhǎng)度也是為1344bp〔看上面的圖,就說(shuō)明比對(duì)到的序列要長(zhǎng)一點(diǎn).由Qurey〔起始1和Sbjct<起始35>的起始位置可知,5'端是是多了一段的.有時(shí)也要注意3'端的.附：E值〔Expect>：表示隨機(jī)匹配的可能性,E值越大,隨機(jī)匹配的可能性也越大.E值接近零或?yàn)榱銜r(shí),具本上就是完全匹配了.一致性