基因檢測服務(wù)中微生物組數(shù)據(jù)共享規(guī)范

1基因檢測服務(wù)中微生物組數(shù)據(jù)共享規(guī)范GB/T35890高通量測序數(shù)據(jù)序列3.1下列術(shù)語和定義適用于本文件。3.2又稱中介數(shù)據(jù)、中繼數(shù)據(jù)，為描述數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)，主要是描述數(shù)據(jù)屬性的信息。3.3宏基因組學metagenomics又稱環(huán)境微生物基因組學、元基因組學。是一門以直接從環(huán)境樣品中提取全部微生物的DNA為研究對象，揭示環(huán)境樣品所包含的全部微生物的遺3.4TranscribedSpacer）則被廣泛應(yīng)用在真菌分類鑒定中。擴增子測序既是基于這類標志基因的靶向測3.53.63.723.83.93.10是指以接口等在線形式提供微生物組提交、傳輸、下載等相3.113.123.13指某個酶、功能模塊、功能通路在整個微生物環(huán)境3.143.153.16操作分類單元operationaltaxonomi3.17FASTQ是基于文本的、保存生物序列（通常是核酸序列）和其序列質(zhì)量信息的、每四行表示一條序3.18TSV格式是微生物組生物信息學分析軟件的輸出格式，記錄特征名、樣品編號及對應(yīng)的觀測值（如4縮略語DNA：脫氧核糖核酸（deoxyribonucleicacBIOM：生物觀測矩陣（BiologicalObservationMatUniRef：UniProt參考資料庫（UniProtReferenceClusteAPI：應(yīng)用程序編程接口（ApplicationProgrammingInterface）3（如圖1所示）。在完成數(shù)據(jù)生產(chǎn)和數(shù)據(jù)分析的步驟后，結(jié)果文件及相關(guān)元數(shù)據(jù)應(yīng)抽取為推薦使用RESTfulAPI設(shè)計規(guī)范構(gòu)建相關(guān)數(shù)據(jù)服務(wù),數(shù)6.1微生物組數(shù)據(jù)元數(shù)據(jù)分類微生物組數(shù)據(jù)的元數(shù)據(jù)可分為樣本信息關(guān)聯(lián)的元數(shù)據(jù)、測序數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)的元數(shù)據(jù)和分析級數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)6.2樣本信息關(guān)聯(lián)的元數(shù)據(jù)是是是否是生物學樣本保存溫度，單位:攝氏度否4核酸提取方式，可填寫商業(yè)試劑盒的名字否否否6.3測序數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)的元數(shù)據(jù)否HWJBAYTGAA170328-18是WGA,AMPLICON否METAGENOMIC實驗方式選定，是否使用了任何方法來選擇否否2否否是DNBSEQ-G400,DNBSEQ-G4是DNBSEQ-G400,DNBSEQ-G4是否否否否下機fastq數(shù)據(jù)的reads數(shù)，多個數(shù)據(jù)以逗號否割否否否否否質(zhì)控后fastq數(shù)據(jù)的reads數(shù)，多個數(shù)據(jù)以逗是是5否否否否是6.4分析級數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)的元數(shù)據(jù)是MetaPhlan2是是MetaPhlan2是是7.1分析級數(shù)據(jù)的分類7.2基因豐度示例1：人類腸道微生物參考基因集（IntegratedGeneC示例2：人類腸道微生物群統(tǒng)一蛋白目錄（UnifiedHumanGastrointestinalProteincat7.3分類學豐度67.4功能豐度微生物組數(shù)據(jù)格式可分為原始數(shù)據(jù)格式和分析級數(shù)據(jù)8.2原始數(shù)據(jù)格式8.3分析級數(shù)據(jù)格式分析級數(shù)據(jù)格式可分為文檔儲存數(shù)據(jù)格式和網(wǎng)絡(luò)傳輸服分析級數(shù)據(jù)軟件宜使用表格分割的文本文件作為輸出結(jié)果，示例基于結(jié)構(gòu)化存儲的元數(shù)據(jù)及分析級數(shù)據(jù)，宜構(gòu)建API實現(xiàn)數(shù)據(jù)的在線傳輸及交互。在網(wǎng)絡(luò)服務(wù)的應(yīng)@CL100122427L1C001R001_16CCGCTTTGAGACCTTTGCTGGAAATGGGAA+FFFFFFFF>FCFFFFEFFFFFAFFEFFFEDD@CL100122427L1C001R001_17CCGCTTTGAGACCTTTGCTGGAAATGGGAA+FFFFFFFF>FCFFFFEFFFFFAFFEFFFEDD8TSV格式為可分為緊密型及松散型兩種表格形式，表格形式見B.1和B9BIOM格式被微生物組領(lǐng)域主流軟件所支持，具體格式說明參考官方鏈接（http://biom-format.orBIOM格式有兩個版本:VERSION1.0JSON格式和VERSION2.0HDF5格式，常用格式為JSON - -- - 該微生物的定量的值,如：value：10.23,unit：perc 編碼規(guī)范采用的參考系統(tǒng)，如在分類學豐度中可使編號:/Taxonomy/；在功能通路可使用Me