單細胞測序之后再怎么做？這篇文章言簡意賅的給出了答案

單細胞測序之后再怎么做？這篇文章言簡意賅的給出了答案在胚胎發(fā)育過程中，胎兒肝臟是主要的造血器官。其中巨噬細胞是發(fā)現(xiàn)的第一個分化的造血細胞，它們對于胎兒紅細胞生成非常重要。在胎兒肝臟中，紅細胞生成島(erythroblasticisland,EI)巨噬細胞充當(dāng)者紅母細胞的生態(tài)位。但是巨噬細胞是否在胎兒造血中還發(fā)揮其他的作用并不清楚。近期來自德國的研究團隊發(fā)現(xiàn)了小鼠胚胎肝臟中巨噬細胞存在很大的異質(zhì)性，并且通過PhenoCycler-Fusion（PCF）空間單細胞蛋白組技術(shù)識別了CD169+巨噬細胞亞型鄰近于造血干細胞（HSC），對于HSC的分化起到非常關(guān)鍵的作用。一單細胞測序揭示巨噬細胞異質(zhì)性研究者首先通過單細胞測序和流式細胞術(shù)發(fā)現(xiàn)了小鼠胚胎肝臟中除了數(shù)量最多的EI巨噬細胞亞型外，還存在3種其他的亞型，這些巨噬細胞亞型存在不同的基因表達譜特征。二單細胞測序配-受體分析揭示巨噬細胞和HSC存在緊密的細胞-細胞交流為了分析巨噬細胞來源的分子能否介導(dǎo)和HSC之間的互作，研究者分析了巨噬細胞表達的配體和HSC間可能的關(guān)聯(lián)，發(fā)現(xiàn)了巨噬細胞表達的很多配體都已經(jīng)被報道了可以直接或間接作用于造血干細胞促進增殖和擴增，例如Kitl,Igf1,Tnf,Tgfb1和Fn1基因。三PCF空間單細胞蛋白組確定了不同巨噬細胞亞型的空間定位為了確定哪種巨噬細胞亞型直接和HSC發(fā)生互作，研究者通過PCF空間單細胞蛋白組檢測對小鼠胚胎肝臟組織進行了20個抗體的檢測。其中CD45,Iba1,F4/80,Cx3cr1和Tim4是泛巨噬細胞的表型marker，在此基礎(chǔ)之上巨噬細胞細分亞型分為了：A:CD106+巨噬細胞；B:CD206+巨噬細胞；C:CD169+巨噬細胞;D:Ter119+EI巨噬細胞。單細胞原位分析顯示了所有巨噬細胞亞型在組織上分散的定位，而更多CD105+HSC細胞定位鄰近與肝包膜。同樣的，胚胎肝臟中Ter119+EI巨噬細胞是數(shù)量最多的，而其他3種巨噬細胞亞型占比很少。這也體現(xiàn)了PCF空間單細胞蛋白組的技術(shù)優(yōu)勢，可以全片成像以單細胞的分辨率捕獲稀有細胞亞型的空間信息。四空間分析確定了CD169+巨噬細胞亞型與HSC直接互作以半徑50μm的區(qū)域?qū)M織全片進行細胞鄰近關(guān)系分析，發(fā)現(xiàn)了HSC細胞附近富集更多的CD169+巨噬細胞。CD206+巨噬細胞更多的定位在血管周圍。并且共表達分析發(fā)現(xiàn)了共表達CD206和CD169的巨噬細胞占比較多?？傊?，空間關(guān)系分析確定了直接胚胎早期作用于HSC的是CD169+巨噬細胞亞型，不同于那些調(diào)控紅細胞生成的Ter119+EI巨噬細胞。五巨噬細胞影響HSC的分化最后研究者驗證了體內(nèi)去除巨噬細胞可以影響HSC的分化趨向性，HSC會分化成更多的中性粒細胞和其他類型的單核細胞。小結(jié)巨噬細胞是當(dāng)下的研究熱點，也是近幾年國自然資助最多的研究方向之一，不管是早期發(fā)育過程對器官發(fā)生的作用，還是腫瘤微環(huán)境中的抗腫瘤免疫等作用，巨噬細胞依然成為這些研究的焦點。如何分析不同組織微環(huán)境中巨噬細胞對靶細胞的作用，關(guān)鍵是要確定和靶細胞直接產(chǎn)生互作的那一群巨噬細胞的類型。這篇文章的研究思路值得大家借鑒，從單細胞測序發(fā)現(xiàn)不同亞型，到空間原位上確定不同亞型的位置關(guān)系。文中采用的PCF空間單細胞蛋白組可在單細胞分辨率下進行組織原位的超多靶標(biāo)的檢測，相比其他同類技術(shù)，PCF能夠同步在更大范圍的組織區(qū)域中分析更多的細分亞型，無遺漏的發(fā)現(xiàn)更多關(guān)鍵的空間互作機制。PhenoCycler-Fusion單細胞原位空間蛋白組學(xué)優(yōu)勢華盈生物PhenoCycler-Fusion單細胞原位空間蛋白組學(xué)技術(shù)資格證書華盈生物是美國AkoyaBioscience公司的PhenoCycler-Fusion空間單細胞蛋白組學(xué)技術(shù)認證服務(wù)商，已經(jīng)被納入了該技術(shù)的全球CRO服務(wù)提供者體系。借助全球領(lǐng)先的PhenoCycler-Fusion空間單細胞蛋白組學(xué)技術(shù)平臺的建立，華盈生物將為中國客戶提供更具精準醫(yī)學(xué)特色的服務(wù)與合作，推動中國團隊在空間生物學(xué)領(lǐng)域的研究水平，加快構(gòu)建符合中國人群的精準醫(yī)學(xué)模式。相關(guān)文獻KayvanjooAH,SplichalovaI,BejaranoDAetal.Fetallivermacrophagescontributetothehematopoieticstemcellnichebycontrollinggranulopoiesis.Elife.2024;13:e86493.相關(guān)閱讀1）Immunity(IF=32.4)|空間多組學(xué)聯(lián)合揭示免疫檢查點聯(lián)合療法響應(yīng)機制2）炎癥性腸病開啟新的研究模式：從單細胞到空間原位分析3）CancerResearch|三級淋巴結(jié)構(gòu)中的細胞亞型作為癌癥復(fù)發(fā)的預(yù)測標(biāo)志物4）血液腫瘤進展｜免疫細胞空間關(guān)系是細胞治療應(yīng)答的關(guān)鍵決定因素5）CancerCell|PCF空間單細胞蛋白組鑒定三陰乳腺癌不同的治療反應(yīng)軌跡6）PCF空間單細胞蛋白組發(fā)現(xiàn)免疫治療反應(yīng)關(guān)鍵的腫瘤微環(huán)境區(qū)域7）Nature：PCF空間單細胞蛋白