醫(yī)療輔助系統(tǒng)建設(shè)需求

醫(yī)療輔助系統(tǒng)建設(shè)需求醫(yī)療輔助系統(tǒng)建設(shè)需求信息發(fā)布系統(tǒng)系統(tǒng)概述醫(yī)院信息發(fā)布系統(tǒng)是利用信息發(fā)布屏將醫(yī)院信息文字、圖片、視頻等各類多媒體信息全方位展現(xiàn)出來的一種高清多媒體顯示技術(shù)。該系統(tǒng)能夠綜合處理文本、圖形、圖像、音頻、視頻等多媒體信息，使多種信息建立邏輯連接，集成為一個(gè)系統(tǒng)并具有強(qiáng)大的交互性，為院區(qū)各類受眾提供信息服務(wù)。該系統(tǒng)整合醫(yī)院信息介紹、最新醫(yī)療信息、溫馨健康提示、院方廣告推送，緩解病人情緒的音視頻等信息，在各大廳等公共場所部署設(shè)備終端，通過自助檢索查詢、審閱等方式，為公眾提供多樣化、個(gè)性化、智能化的信息服務(wù)。系統(tǒng)功能系統(tǒng)功能主要包含素材管理、節(jié)目管理、設(shè)備中心、系統(tǒng)日志、系統(tǒng)設(shè)置、節(jié)目統(tǒng)計(jì)等模塊。素材管理素材管理模塊可以實(shí)現(xiàn)圖片管理、視頻管理、音樂管理、動(dòng)態(tài)文本管理、幻燈片管理、PPT/Word/EXCEL管理、PDF管理、動(dòng)態(tài)表格管理、APK管理。圖片管理可將存儲(chǔ)在本地電腦或遠(yuǎn)程服務(wù)器上的圖片上傳到平臺(tái)，支持*.jpg;*.jpeg;*.bmp;*.png;*.gif等類型格式；并可將圖片分類放置在不同的文件夾里，并對圖片進(jìn)行查詢、增加、刪除、修改、下載等操作。視頻管理制作宣傳方案之前，可以將需要的視頻文件上傳到平臺(tái)。支持的視頻格式包括：*.avi;*.mpeg;*.wmv;*.mpg;*.ra;*.rm;*.ram;*.rmvb;*.dat;*.mov;*.asf;*.mtv;*.mkv;*.3gp;*.mp4;*.amv;*.dmv;*.swf;*.divx;*.ts;*.flv。為了便于管理，可以將視頻分類放置在不同的文件夾里。并對視頻進(jìn)行增加、刪除、修改、下載等操作。音樂管理與視頻一致，在制作宣傳方案之前，可以將所需的音樂素材添加至平臺(tái)。支持的音樂格式包括：*.mp3,*.wma,*.ogg,*.aac,*.wav等。已經(jīng)添加的音樂素材，系統(tǒng)將以列表的形式顯示在音樂列表中。動(dòng)態(tài)文本管理動(dòng)態(tài)文本包括RSS和WEB（網(wǎng)頁）素材?；脽羝芾砘脽羝秩N：IMP模式：即數(shù)碼海報(bào)模式。圖片與對應(yīng)的音樂同步播放，均播放完成后切換到下一組，實(shí)現(xiàn)循環(huán)播放。單曲同步模式：順序播放多張圖片的同時(shí)，播放一首音樂，圖片和音樂均播放結(jié)束后停止。背景音樂模式：播放多張圖片的同時(shí)播放多首音樂，并實(shí)現(xiàn)循環(huán)播放。WORD管理支持添加word文檔為素材上傳平臺(tái)，支持的格式.doc、.docx。PPT管理支持添加ppt文檔為素材上傳平臺(tái)，支持的格式為.ppt、.pptx。EXCEL管理支持添加excel為素材上傳平臺(tái)，支持的格式為.xls、.xlsx。PDF管理支持添加pdf格式文件為素材上傳平臺(tái)。動(dòng)態(tài)表格管理支持添加動(dòng)態(tài)表格為素材上傳平臺(tái)。APK管理支持添加APK文件為素材上傳平臺(tái)。節(jié)目管理節(jié)目管理模塊主要用于節(jié)目制作與發(fā)布。主要包含屏幕模板、播放列表、滾動(dòng)字幕、節(jié)目發(fā)布、發(fā)布審核、發(fā)布?xì)v史等幾個(gè)內(nèi)容。屏幕模板無論全屏播放還是分屏播放，制作節(jié)目首先應(yīng)確定屏幕模板。屏幕模板的作用是將播放屏幕劃分為幾個(gè)區(qū)域，以便在不同的區(qū)域安排不同的播放內(nèi)容，如視頻區(qū)、圖片區(qū)等。屏幕模板是節(jié)目制作的基礎(chǔ)，您可以新建屏幕模板或?qū)胍延械钠聊荒０?。播放列表在模板上添加各種素材，并設(shè)置好播放素材，便形成了播放列表。支持選擇模板，可以添加素材到模板區(qū)域，成為自己需要的效果。滾動(dòng)字幕平臺(tái)支持獨(dú)立于其他節(jié)目的滾動(dòng)字幕。當(dāng)節(jié)目切換時(shí)，獨(dú)立的“滾動(dòng)字幕”節(jié)目則可繼續(xù)播放而不受影響。節(jié)目發(fā)布播放列表或滾動(dòng)字幕制作完成后，可通過“節(jié)目發(fā)布”功能遠(yuǎn)程發(fā)布到指定的終端。發(fā)布節(jié)目審核系統(tǒng)支持發(fā)布審核功能。如果系統(tǒng)中設(shè)置了節(jié)目發(fā)布審核機(jī)制，那么發(fā)布的節(jié)目還需經(jīng)過審核，才能下發(fā)到終端。發(fā)布?xì)v史信息這里列出了所有已發(fā)布且經(jīng)過審核的節(jié)目，包括“審核通過”和“審核不通過”的節(jié)目。設(shè)備中心相對于管理平臺(tái)來說，播放設(shè)備便是終端。設(shè)備中心模塊可幫助您遠(yuǎn)程管理播放終端、實(shí)時(shí)查看終端狀態(tài)。包含終端管理、終端狀態(tài)兩個(gè)模塊。終端管理終端分組：為便于管理，可對眾多終端進(jìn)行分組。分組的標(biāo)準(zhǔn)可以是地點(diǎn)、行業(yè)、節(jié)目內(nèi)容等。新建終端：要實(shí)現(xiàn)系統(tǒng)對終端的實(shí)時(shí)管理，首先應(yīng)將終端信息錄入系統(tǒng)，這一過程稱為“新建終端”。終端設(shè)置：可對管理的各個(gè)終端進(jìn)行編輯各類基本信息和各種設(shè)置，可設(shè)置終端的基本信息、開關(guān)機(jī)時(shí)間、下載時(shí)間等。終端日程：管理者可以查看終端日程安排。終端密碼：終端工作于加密模式下時(shí)，終端密碼須與制卡密碼相一致，U盤導(dǎo)入的節(jié)目才能得以播放。終端密碼文件ADPKeyRenew.BIN可由制卡工具制作并導(dǎo)入終端。制卡管理：制卡功能可將節(jié)目打包保存到移動(dòng)磁盤中，供現(xiàn)場導(dǎo)入終端。終端狀態(tài)對于系統(tǒng)中注冊的聯(lián)網(wǎng)終端設(shè)備，您可以實(shí)時(shí)查看其狀態(tài)，并可遠(yuǎn)程發(fā)布控制命令。查詢終端狀態(tài)：默認(rèn)情況下，系統(tǒng)中所有的終端以列表形式顯示在“終端列表”中。管理者非常便捷的查看其狀態(tài)，并且可以篩選不同狀態(tài)下的終端設(shè)備，便于管理。導(dǎo)出終端狀態(tài)：系統(tǒng)支持導(dǎo)出當(dāng)前所有控制終端的狀態(tài)表格，供管理者查看。遠(yuǎn)程終端控制：系統(tǒng)支持遠(yuǎn)程控制聯(lián)網(wǎng)終端，可實(shí)現(xiàn)播放、停止等終端控制命令。系統(tǒng)日志系統(tǒng)日志模塊提供了各種日志與統(tǒng)計(jì)報(bào)表，方便實(shí)時(shí)掌控系統(tǒng)運(yùn)行狀態(tài)。用戶操作日志用戶操作日志記錄了所屬用戶的各類操作。只能查詢和導(dǎo)出用戶所屬機(jī)構(gòu)及其下屬機(jī)構(gòu)的用戶操作日志。用戶操作日志保留兩個(gè)月。監(jiān)控日報(bào)表監(jiān)控日報(bào)表記錄了終端下載、登錄、升級等各類操作，供實(shí)時(shí)查看。終端在線統(tǒng)計(jì)“終端在線統(tǒng)計(jì)”提供了各機(jī)構(gòu)終端在線率的實(shí)時(shí)統(tǒng)計(jì)。系統(tǒng)消息日志“系統(tǒng)消息日志”提供了各類終端告警消息記錄。系統(tǒng)消息日志保留兩個(gè)月。系統(tǒng)設(shè)置系統(tǒng)設(shè)置模板可幫助配置整個(gè)系統(tǒng)，并對用戶和角色進(jìn)行權(quán)限分配和管理。組織機(jī)構(gòu)系統(tǒng)設(shè)立了組織機(jī)構(gòu)，可對用戶、終端、素材、播放列表等實(shí)行分層級管理。用戶只能管理本機(jī)構(gòu)及下屬機(jī)構(gòu)內(nèi)的用戶、終端、素材、播放列表等，無權(quán)管理其它同級機(jī)構(gòu)或上級機(jī)構(gòu)。用戶管理系統(tǒng)支持多用戶，并可對各類用戶進(jìn)行統(tǒng)一管理。每個(gè)用戶在系統(tǒng)中是唯一的，隸屬于一個(gè)指定的組織機(jī)構(gòu)，具有相應(yīng)的角色，并擁有該角色所定義的權(quán)限。角色管理角色定義了各種用戶的操作權(quán)限。每個(gè)用戶都有其角色，并擁有該角色所定義的權(quán)限。系統(tǒng)支持自定義角色。您可以根據(jù)實(shí)際需要建立各種角色，并分配相應(yīng)的權(quán)限，如節(jié)目制作員、節(jié)目審核員、終端管理員等。系統(tǒng)文件管理除節(jié)目文件外，平臺(tái)還可遠(yuǎn)程管理終端系統(tǒng)文件。例如，需要更新終端系統(tǒng)時(shí)，只需在平臺(tái)上傳更新文件并發(fā)布，終端會(huì)定時(shí)掃描系統(tǒng)文件信息，如有升級文件，自動(dòng)進(jìn)行版本辨別并下載，使終端升級簡單、快捷，維護(hù)成本降至最低。系統(tǒng)參數(shù)配置用戶可以實(shí)現(xiàn)終端標(biāo)簽配置、節(jié)目發(fā)布審核權(quán)限配置、播放列表參數(shù)配置、天氣設(shè)置、字體設(shè)置、終端硬件號開關(guān)設(shè)置等。手術(shù)室可視對講系統(tǒng)系統(tǒng)概述對于手術(shù)而言，時(shí)間就是生命，便捷的溝通調(diào)度就是生命的保障，因此通過一套專業(yè)化的對講、廣播、信息發(fā)布的系統(tǒng)來提高醫(yī)院手術(shù)效率的需求迫在眉睫。為了解決此問題，手術(shù)室可視對講系統(tǒng)應(yīng)運(yùn)而生，該系統(tǒng)利用醫(yī)院現(xiàn)有網(wǎng)絡(luò)傳輸（可跨網(wǎng)段跨路由），專用于手術(shù)（術(shù)前、術(shù)中、術(shù)后）可視對講、其他緊急情況的應(yīng)急告警，為醫(yī)院內(nèi)部人員之間的溝通調(diào)度提供了更直接有效的方式，提高了工作效率，也為患者手術(shù)的成功提供了保障。系統(tǒng)功能可視對講：手術(shù)室與護(hù)士站、手術(shù)協(xié)同間均可高清可視全雙工對講。呼叫轉(zhuǎn)移：支持將呼叫信息轉(zhuǎn)移到其他主機(jī)，并支持分時(shí)段轉(zhuǎn)移。一建呼叫：手術(shù)室分機(jī)可一建呼叫系統(tǒng)內(nèi)任一設(shè)備。錄音錄像：支持對通話過程音視頻的本地存儲(chǔ)，并可本機(jī)查詢播放。病房探視系統(tǒng)（ICU）系統(tǒng)概述在ICU、NICU等重癥監(jiān)護(hù)場所，病人病情危重，且處于空氣凈化環(huán)境中，家屬進(jìn)入病人區(qū)域進(jìn)行探視容易將有害細(xì)菌帶入，對術(shù)后或危重病人造成感染影響健康，為此通過專業(yè)視頻設(shè)備進(jìn)行隔離探視，能避免感染。作為創(chuàng)新的數(shù)字化探視對講系統(tǒng)，為醫(yī)生、患者、家屬之間架起了一座溝通的橋梁。保證醫(yī)護(hù)人員與患者的信息溝通通暢及時(shí)了解患者的病情。降低病人與醫(yī)護(hù)人員之間交差傳染的風(fēng)險(xiǎn)，保護(hù)醫(yī)護(hù)人員安全。患者與外界的交流的窗口，家屬通過探視系統(tǒng)為患者帶去關(guān)懷與信心，提高診治效率。因此，重癥探視系統(tǒng)無論是對于醫(yī)院還是對于患者來說，都有著非凡的意義。搭建病房探視系統(tǒng)（ICU）也成為了醫(yī)院人性化發(fā)展的最好的詮釋。系統(tǒng)功能觸摸顯示護(hù)士站主機(jī)：采用全觸摸屏操作，每個(gè)觸摸按鈕對應(yīng)一個(gè)探訪分機(jī)號及一個(gè)病床分機(jī)號，可一鍵呼叫探視分機(jī)或病床分機(jī)、監(jiān)視病床分機(jī)、插話、強(qiáng)制掛斷等不同操作；探視分機(jī)：采用全觸摸屏操作，設(shè)有一鍵式呼叫按鈕；病床分機(jī)：采用全觸摸屏操作，結(jié)合快捷鍵方式呼叫方式?？梢晫χv探視分機(jī)與病床分機(jī)對講：探視分機(jī)、病床分機(jī)都自帶攝像頭。探視分機(jī)先呼叫ICU醫(yī)護(hù)主機(jī)，由醫(yī)護(hù)人員通過ICU醫(yī)護(hù)主機(jī)呼叫要探視的病床分機(jī)，確認(rèn)允許探視的條件后，再轉(zhuǎn)接要對應(yīng)的ICU病床分機(jī)，此時(shí)家屬與重癥患者進(jìn)行雙向可視對講。護(hù)士站主機(jī)與病床分機(jī)對講：患者可直接通過ICU病床分機(jī)與護(hù)士站主機(jī)可相互呼叫，進(jìn)行可視對講。護(hù)士站主機(jī)可回?fù)芴揭暦謾C(jī)或ICU病床分機(jī)，探視分機(jī)或ICU病床分機(jī)自動(dòng)接聽，進(jìn)行可視對講。病區(qū)來訪者，可通過病區(qū)門口機(jī)一鍵呼叫護(hù)士站主機(jī)，進(jìn)行視頻通話對講。大屏顯示探視區(qū)的ICU探視分機(jī)可通過高清輸出口接入液晶大屏顯示器，實(shí)現(xiàn)家屬探視對講時(shí)，可大屏同步查看病人通話視頻畫面。錄音錄像可對通話的過程進(jìn)行錄音錄像，并可記錄呼叫、通話的時(shí)間，錄音錄像文件可存儲(chǔ)在分機(jī)和主機(jī)上直接播放，也可導(dǎo)出至電腦播放并存儲(chǔ)；支持分機(jī)、主機(jī)空閑時(shí)，能自動(dòng)將錄音錄像文件傳到指定的服務(wù)器上。監(jiān)聽/監(jiān)視/強(qiáng)拆通話在家屬與患者進(jìn)行探視期間，醫(yī)護(hù)人員可通過護(hù)士站主機(jī)可對家屬與病人的通話過程進(jìn)行監(jiān)聽、監(jiān)視，甚至根據(jù)患者的狀態(tài)，可進(jìn)行強(qiáng)行切斷通話。插話在家屬與患者進(jìn)行探視期間，醫(yī)護(hù)人員可通過護(hù)士站主機(jī)對其中一方進(jìn)行插話操作，此時(shí)另外一方會(huì)播放一段友好提示音，主要是增加醫(yī)護(hù)人員對家屬與患者間的友好提示功能。一鍵呼叫探視分機(jī)、病床分機(jī)均支持一鍵式呼叫護(hù)士站主機(jī)。護(hù)士站主機(jī)一鍵呼叫探視分機(jī)、病床分機(jī)。查看病床護(hù)士站主機(jī)支持查看病床上的病人病情，達(dá)到監(jiān)視病情目的。病區(qū)門開鎖護(hù)士站主機(jī)可控制病區(qū)門鎖的開閉，并能與探訪人可視對講，以實(shí)現(xiàn)病區(qū)門口的出入探視管理。液晶病員一覽表系統(tǒng)支持接入液晶顯示器，可顯示住院病人的姓名、房間床位號、護(hù)理等級等情況。病房視訊系統(tǒng)系統(tǒng)概述院區(qū)電視前端解決方案是基于行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的，集成化電視系統(tǒng)前端，以極高可靠性將高清電視直播信號，提供給院區(qū)各層終端電視的解決方案。它允許業(yè)務(wù)提供商更快速有效的實(shí)現(xiàn)集成、實(shí)施和管理高質(zhì)量的電視直播和時(shí)移回看等業(yè)務(wù)，分發(fā)到用戶端給用戶帶來全新的業(yè)務(wù)體驗(yàn)。院區(qū)電視前端解決方案主要包括前端高清直播平臺(tái)系統(tǒng)、院區(qū)自辦高清輪播服務(wù)器、IPTV定制系統(tǒng)、交換機(jī)網(wǎng)絡(luò)、智能電視機(jī)等播放設(shè)備。院區(qū)電視前端解決方案提供如下功能：定制的開機(jī)頁面、自辦宣傳節(jié)目頻道、電視直播、直播時(shí)移、回看、智能信息發(fā)布平臺(tái)、智能點(diǎn)餐系統(tǒng)等，均集成在一套電視系統(tǒng)里。系統(tǒng)功能直播信號源、時(shí)移、點(diǎn)播功能通過運(yùn)營商干線網(wǎng)絡(luò)接入4K、高清、標(biāo)清電視信號，由前端系統(tǒng)統(tǒng)一管理分配直播電視節(jié)目至每一個(gè)房間。4K超高清電視系統(tǒng)信號源主要有以下三個(gè)部分：電視直播內(nèi)容（含4K、高清、標(biāo)清頻道）、院方自辦節(jié)目、境外衛(wèi)星電視節(jié)目（需要申請牌照）。4K超高清節(jié)目：支持4K超高清節(jié)目的傳輸，有3套以上的高清節(jié)目。院方自辦節(jié)目：支持1套或以上的院方自辦節(jié)目的輪播。高清、標(biāo)清節(jié)目：支持50套以上的高清+標(biāo)清頻道。支持熱門頻道7天節(jié)目回看，4小時(shí)的時(shí)移功能。當(dāng)客戶使用時(shí)移回看功能時(shí)，可以將電視直播節(jié)目進(jìn)行自主操作：回看、暫停、快進(jìn)，及返回至直播等操作，滿足客戶對于錯(cuò)過的電視節(jié)目進(jìn)行時(shí)移或回看的收視需求。通過光纖從機(jī)房傳輸?shù)綐菍拥娜蹼娋瑯菍尤蹼娋ㄟ^網(wǎng)線進(jìn)行分配到每一臺(tái)電視機(jī)。直播在主界面，點(diǎn)擊【電視直播】，進(jìn)入直播應(yīng)用，播放直播節(jié)目內(nèi)容。電視直播將包含本地自辦頻道、4K超高清和高清直播頻道；可以根據(jù)客戶的需求，對直播頻道的順序進(jìn)行排序；點(diǎn)擊遙控器的【OK/確定】鍵，顯示EPG列表，主要包含以下內(nèi)容：頻道分類：根據(jù)需求，將不同的頻道組成對應(yīng)的分類；頻道列表：顯示當(dāng)前已配置的頻道；節(jié)目列表：顯示支持的過去和未來幾天的節(jié)目內(nèi)容；在直播播放狀態(tài)下，按遙控器的【上/下】鍵或者遙控器的數(shù)字按鍵，可以進(jìn)行頻道的切換。時(shí)移回看在直播狀態(tài)下，按遙控器的【左】鍵，可以進(jìn)入該頻道的時(shí)移。在時(shí)移狀態(tài)下：按遙控器的【返回】鍵，可以進(jìn)入該頻道的直播；目前，時(shí)移提供頻道過去4個(gè)小時(shí)的內(nèi)容；點(diǎn)擊EPG列表中有【可回看】標(biāo)識的節(jié)目，進(jìn)入該頻道的回看。在回看狀態(tài)下：按遙控器的【返回】鍵，可以進(jìn)入該頻道的直播；目前，回看提供頻道過去7天的內(nèi)容；在時(shí)移或者回看狀態(tài)下，點(diǎn)擊遙控器的【左/右】鍵，可以進(jìn)行快進(jìn)快退操作，并且底部顯示進(jìn)度條；在時(shí)移或者回看狀態(tài)且底部顯示進(jìn)度條的狀態(tài)下，點(diǎn)擊遙控器的【OK/確定】鍵，會(huì)暫停播放當(dāng)前的節(jié)目內(nèi)容；再次點(diǎn)擊遙控器的【OK/確定】鍵，會(huì)續(xù)播當(dāng)前的節(jié)目內(nèi)容。高清VOD電影點(diǎn)播用戶可根據(jù)個(gè)人喜好，點(diǎn)播運(yùn)營商提供的各類優(yōu)質(zhì)影片，支持高清、4K等視頻格式。在主界面，點(diǎn)擊【影片點(diǎn)播】，進(jìn)入點(diǎn)播應(yīng)用。影片以海報(bào)的形式進(jìn)行展現(xiàn)；影片內(nèi)容都是在院線上映過的熱門電影，非常具有吸引力；當(dāng)光標(biāo)聚焦在海報(bào)上時(shí)，點(diǎn)擊遙控器的【左/右】按鍵，可以查看更多的影片內(nèi)容；當(dāng)光標(biāo)聚焦在海報(bào)上時(shí)，點(diǎn)擊遙控器的【0K/確定】鍵，可以進(jìn)入該影片的詳情頁面。在該頁面，可以查看以下數(shù)據(jù)：影片的海報(bào)和簡介等詳細(xì)內(nèi)容；點(diǎn)擊【播放】按鍵，可以播放該影片內(nèi)容。4K超高清電視系統(tǒng)終端4K超高清電視系統(tǒng)解決方案電視終端需支持以下功能：需支持4K播放；需為智能電視機(jī)，配置IP網(wǎng)口；系統(tǒng)需為安卓5.0以下系統(tǒng)；系統(tǒng)需支持ROM刷機(jī)以及軟件自啟動(dòng)（需替換電視機(jī)原本菜單）。以上為電視機(jī)的最低要求，如若電視機(jī)不支持上述要求，則需要增加外置機(jī)頂盒，將軟件安裝在外置機(jī)頂盒上，通過HDMI形式傳輸?shù)诫娨暀C(jī)。定制終端功能開機(jī)歡迎畫面配合院區(qū)的宣傳效果，入住客戶打開電視后可收到院區(qū)的開機(jī)介紹界面和歡迎頁面。歡迎頁面主要由歡迎詞、時(shí)間、背景圖片和主界面入口按鈕組成。歡迎詞：由后臺(tái)系統(tǒng)進(jìn)行配置。背景圖片：由后臺(tái)系統(tǒng)進(jìn)行配置，支持PNG和JPG的圖片格式。時(shí)間：在網(wǎng)絡(luò)連通的情況下，根據(jù)北京時(shí)間自動(dòng)校驗(yàn)展示：主界面主要由背景內(nèi)容、頂部的功能菜單和底部的業(yè)務(wù)菜單組成。背景內(nèi)容：由后臺(tái)系統(tǒng)進(jìn)行配置，支持圖片和視頻格式。頂部功能菜單主要分為：中/英切換按鈕、滿意度調(diào)查、外接設(shè)備、系統(tǒng)設(shè)置和時(shí)間。中英文切換按鈕：點(diǎn)擊此按鈕，主界面將切換成對應(yīng)的語種版本。滿意度調(diào)查：點(diǎn)擊進(jìn)入到問卷調(diào)查頁面，參與過后將隱藏此入口。每個(gè)用戶每天只能參與一次。外接設(shè)備：插入U(xiǎn)盤等外接設(shè)備時(shí)，會(huì)顯示此入口。點(diǎn)擊該入口，可以進(jìn)入外接設(shè)備頁面；如果不插入U(xiǎn)盤等外接設(shè)備，則不顯示該入口。系統(tǒng)設(shè)置：點(diǎn)擊進(jìn)入到終端設(shè)備的系統(tǒng)設(shè)置頁面，可以對終端系統(tǒng)進(jìn)行設(shè)置。時(shí)間：在網(wǎng)絡(luò)連通的情況下，根據(jù)北京時(shí)間自動(dòng)校驗(yàn)展示。底部業(yè)務(wù)菜單主要分為：電視直播、影片點(diǎn)播、醫(yī)院介紹、自助服務(wù)和消息中心五部分組成，點(diǎn)擊可以進(jìn)入對應(yīng)的應(yīng)用頁面。醫(yī)院自辦頻道輪播系統(tǒng)通過在醫(yī)院部署一套自辦頻道輪播系統(tǒng)，可實(shí)現(xiàn)醫(yī)院專屬自辦頻道輪播。通過客戶端網(wǎng)頁上傳自制視頻，一鍵轉(zhuǎn)換為直播，操作方便?？稍O(shè)置電視開機(jī)自動(dòng)跳轉(zhuǎn)到自辦頻道，實(shí)現(xiàn)醫(yī)院宣教、宣傳等功能。自助點(diǎn)餐服務(wù)功能服務(wù)導(dǎo)航特色模塊，包括醫(yī)院在線點(diǎn)餐服務(wù)，手機(jī)掃碼付費(fèi)或?qū)俞t(yī)院支付平臺(tái)完成支付，方便快捷。醫(yī)院資訊信息發(fā)布電視可作為醫(yī)院實(shí)現(xiàn)與病人互動(dòng)溝通的信息平臺(tái)，通過資訊簡介欄目，達(dá)到宣傳醫(yī)院設(shè)施、提升醫(yī)院服務(wù)水平、提高病人滿意度的目的。生命科學(xué)平臺(tái)系統(tǒng)概述得益于基因組學(xué)等底層數(shù)據(jù)采集技術(shù)的發(fā)展，生命科學(xué)界對人類疾病機(jī)理的研究已經(jīng)可以精細(xì)到單個(gè)病人的單個(gè)細(xì)胞的全基因組和轉(zhuǎn)錄組等層面，充分揭示不同人、不同時(shí)間、不同細(xì)胞之間的異質(zhì)性特征，為個(gè)性化的靶向藥物研發(fā)，為疾病的極早期診斷和精細(xì)化分型提供了充分的可能；對藥物構(gòu)件的原子級別觀測和解析，對藥物實(shí)驗(yàn)過程中的持續(xù)數(shù)據(jù)采集，對基因的堿基級編輯等能力，也為精準(zhǔn)藥物設(shè)計(jì)打下了良好的基礎(chǔ)。但與此同時(shí)，這些技術(shù)所帶來的的海量數(shù)據(jù)和由此而來的挖掘、分析、匹配需求，也大大突破了原本生命科學(xué)行業(yè)的平臺(tái)和工具框架，蛋白質(zhì)的精細(xì)模擬，PB級別幾百萬個(gè)細(xì)胞的組學(xué)數(shù)據(jù)挖掘，高通量類器官芯片，腦機(jī)接口的神經(jīng)元信息語義理解——這些問題需要更加前沿的AI算法、芯片、超算、智能傳感器和機(jī)器人等技術(shù)，需要更加系統(tǒng)化的生物計(jì)算平臺(tái)和智能的藥物設(shè)計(jì)、人體洞察挖掘工具來加速解決。本次搭建生命科學(xué)平臺(tái)主要提供生物信息領(lǐng)域（主要是婦女兒童人群）基于基因測序軟件研究數(shù)據(jù)分析服務(wù)。在有限空間內(nèi)提供超額的計(jì)算核數(shù)和算力，同時(shí)兼具加速計(jì)算和備份系統(tǒng)功能，基于大量的生物信息應(yīng)用軟件的部署使用，實(shí)驗(yàn)室將得以開展大規(guī)模的核心多組學(xué)數(shù)據(jù)存儲(chǔ)和分析，并將人工智能大模型應(yīng)用于生命科學(xué)領(lǐng)域。平臺(tái)部署在院區(qū)的機(jī)房內(nèi)，并接入醫(yī)院內(nèi)網(wǎng)。系統(tǒng)資源需求生命科學(xué)平臺(tái)基本軟件需求在生命科學(xué)平臺(tái)建設(shè)，需要對平臺(tái)未來的應(yīng)用做一個(gè)分析，根據(jù)應(yīng)用分析的結(jié)果，科學(xué)的進(jìn)行平臺(tái)的搭建?；驕y序的流程具體如下圖所示:以基因測序流程中所用到的應(yīng)用軟件SAMtools進(jìn)行計(jì)算特征分析。根據(jù)應(yīng)用特征圖對計(jì)算過程網(wǎng)絡(luò)的流量進(jìn)行分析，結(jié)合生物信息應(yīng)用的主流方案，需要使用IB高速的網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行組網(wǎng)，保障多計(jì)算節(jié)點(diǎn)的并行計(jì)算效率，這即保證了管理的簡便性和兼容性也兼顧的性能，相比高性能專用網(wǎng)絡(luò)而言，大大降低了管理復(fù)雜度。不同生物信息的應(yīng)用所采用的應(yīng)用軟件各不相同，所需要的算力特征也有所差異，具體如下：應(yīng)用學(xué)科應(yīng)用目的應(yīng)用特征分析應(yīng)用軟件備注外顯子組學(xué)-exomesequencing搜尋外顯子組中的變異位點(diǎn)（SNP、Indel），并對變異位點(diǎn)進(jìn)行注釋，適用于癌癥及遺傳病。需要比較多的浮點(diǎn)運(yùn)算與并行計(jì)算,跟樣品數(shù)相關(guān)。VarScan、ANNOVAR、BWA、SAMTOOLs、Python、bedtools，circos，cutadaptDNA基因組學(xué)-大基因組resequcing搜尋基因組中的位點(diǎn)變異（SNP、Indel）及結(jié)構(gòu)變異（SV），并對變異位點(diǎn)進(jìn)行注釋，適用于癌癥及遺傳病。大內(nèi)存，需要比較多的浮點(diǎn)運(yùn)算與并行計(jì)算。VarScan、ANNOVAR、BWA、SAMTOOLs、Python、bedtools，breakdancer，circos，cutadaptDNADenovo分析-DNA對基因組基因組進(jìn)行Denovo組裝，預(yù)測物種的基因并對基因的功能進(jìn)行分析，適用于新物種。大內(nèi)存，需要比較多的浮點(diǎn)運(yùn)算與并行計(jì)算。tRNAscan-SE、velvet、trf、soapdenovo、glimmer3、glimmerHMM、jellyfish、KOBAS、blastall、SNAP、circosDNADenovo分析-RNA轉(zhuǎn)錄組從頭組裝，預(yù)測編碼序列，并對unigene進(jìn)行功能注釋及聚類分析、表達(dá)量分析等。大量的浮點(diǎn)運(yùn)算,通訊低延遲,CPU主頻敏感，大內(nèi)存。Trinity，soapdenovo、blastDNA宏基因組學(xué)-16sSequencing測序?qū)θ后w的16SRNA高變區(qū)測序，對物種進(jìn)行注釋、豐度統(tǒng)計(jì)、并進(jìn)行Alpha、Beta多樣性分析。適用于微生物菌群。需要比較多的浮點(diǎn)運(yùn)算與并行計(jì)算。QIIME，Python，PyCogent，Numpy，biom-format，uclust

PyNAST，fasttree，rdp_classifier，tax2trree

blast，mothur，muscle

ChimeraSlayerDNA探針設(shè)計(jì)設(shè)計(jì)序列探針。需要并行運(yùn)算。OligoArray、blastallDNA包lane分析需要將樣品按照合同分割，統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)測序質(zhì)量或比對效率。大內(nèi)存，需要并行計(jì)算。CASAVA、pythonDNAChip/Clip/Rip-seq尋找蛋白結(jié)合峰（peak）、差異peak、motif。需要并行計(jì)算。HOMER、MACS、MEMEDNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)-RNAseq（有參考基因組）轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況，在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律。大內(nèi)存，需要并行運(yùn)算。Tophat，Cufflinks，astalavista，CummeRbund，bedtoolsRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)-lncRNA-seq（有參考基因組）lncRNA是一類轉(zhuǎn)錄本長度超過200個(gè)核苷酸的RNA分子的總稱，在基因轉(zhuǎn)錄后調(diào)控、剪切和修飾具有十分重要的功能。大內(nèi)存，需要并行運(yùn)算。Tophat，Cufflinks，astalavista，CummeRbund，bedtoolsRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)-small-RNA測序獲得樣本細(xì)胞中小RNA的序列信息，能夠快速鑒定出不同組織、不同發(fā)育階段、不同疾病狀態(tài)下已知和未知的小RNA表達(dá)水平及其表達(dá)差異，研究小RNA對細(xì)胞進(jìn)程的作用及其生物學(xué)影響。結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)。需要比較多的浮點(diǎn)運(yùn)算與并行計(jì)算。NCBIBLAST,ClustalW,Smith-WatermanSAMtool,mysql，bwa，ANNOVARRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)-表達(dá)譜測序直接對某一物種或特定細(xì)胞在特定功能狀態(tài)下產(chǎn)生的mRNA進(jìn)行高通量測序，研究基因的表達(dá)差異情況。大內(nèi)存。Tophat，Cufflinks，bedtoolsRNA生物信息學(xué)-miRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析miRNA的作用機(jī)理，找到上游調(diào)控和下游調(diào)控的關(guān)系，揭開miRNA復(fù)雜調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的神秘面紗。結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)。整數(shù)計(jì)算，對CPU主頻敏感，無需大內(nèi)存。Targetscane,KOBAS,mysqlRNA生物信息學(xué)-miRNA靶基因預(yù)測使用多個(gè)數(shù)據(jù)庫，結(jié)合芯片數(shù)據(jù)與基因通路分析，提供高效的靶基因預(yù)測服務(wù)。結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)。整數(shù)計(jì)算，對CPU主頻敏感，無需大內(nèi)存。Targetscan，miRanda，miRdb，Clip-seqRNA生物信息學(xué)-miRNA轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測探索目標(biāo)microRNA的上下游調(diào)控關(guān)系元件，對目標(biāo)miRNA序列進(jìn)行基因組定位后，針對目標(biāo)microRNA的靶基因進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子的預(yù)測。結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)。整數(shù)計(jì)算，對CPU主頻敏感，無需大內(nèi)存。Pmatch，jasparRNA生物信息學(xué)-基因轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測探索目標(biāo)基因的上下游調(diào)控關(guān)系元件，對目標(biāo)miRNA序列進(jìn)行基因組定位后，針對目標(biāo)microRNA的靶基因進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子的預(yù)測。結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)。整數(shù)計(jì)算，對CPU主頻敏感，無需大內(nèi)存。Pmatch，jasparRNA生物信息學(xué)-lncRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建lncRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)，可對未知的lncRNA進(jìn)行功能的預(yù)測，從而更好的確定其在生命活動(dòng)中所行使的角色，為后續(xù)疾病機(jī)制、藥物靶點(diǎn)、疾病診斷等方面提供重要依據(jù)。結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)。整數(shù)計(jì)算，對CPU主頻敏感，無需大內(nèi)存。co_exprDSSionRNA醫(yī)療中心聚焦于免疫組庫、全基因組學(xué)及其應(yīng)用的研究方向，科研過程中往往會(huì)使用到上百套不同的生命科學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用軟件，這些軟件幾乎是開源且高度專業(yè)化，有賴于專業(yè)的運(yùn)維服務(wù)廠商協(xié)助完成復(fù)雜繁瑣的安裝、調(diào)優(yōu)工作，并保證其正常運(yùn)行。應(yīng)用軟件清單（包括但不限于以下軟件）：軟件 說明Annovar用于對接異位點(diǎn)進(jìn)行基因功能等的相關(guān)注釋。apache-ant一個(gè)將軟件編譯、測試、部署等步驟聯(lián)系在一起的自動(dòng)化工具。BAMStats從BAM文件生成統(tǒng)計(jì)信息、合并多個(gè)示例、用于驗(yàn)證生成的統(tǒng)計(jì)信息文件的工具。Bamtools提供了一個(gè)快速、靈活的C++、API工具包，用于讀取、寫入和操作BAM文件。bcl2fastq是一款由illumina官方提供的將bcl文件轉(zhuǎn)化為fastq文件的文件轉(zhuǎn)換工具。bedtools處理基因組信息分析的強(qiáng)大工具集合。bedtools2-2.19.1處理基因組信息分析的強(qiáng)大工具集合。binaries一個(gè)二進(jìn)制包，里面包括了編譯好的可供直接使用的程序，只需把它解壓縮到你想要安裝的目錄即可使用。blasr第三代測序比對軟件。blast序列對比軟件。blat序列對比軟件。boostBoost庫由Boost社區(qū)組織開發(fā)、維護(hù)，其目的是為C++程序員提供免費(fèi)、同行審查的、可移植的程序庫。bowtie短序列比對工具。Burrows-WheelerAligner（bwa）一款將序列比對到參考基因組上的軟件。Circos主要用于基因組序列相關(guān)數(shù)據(jù)的可視化，已應(yīng)用于多個(gè)領(lǐng)域，如影視作品中的人物關(guān)系分析，物流公司的訂單來源和流向分析等。clustalomega多序列比對排列工具。clustalw多序列比對排列工具。Cluster聚類分析、熱圖可視化的軟件。cmake-編譯工具。Config-General-2.56一款快速應(yīng)用軟件配置工具。COPE一種精確的基于k-mer的對端讀取連接工具，以促進(jìn)基因組組裝。Cpat轉(zhuǎn)錄本蛋白編碼能力預(yù)測軟件。cramtools-2.1一組Java和api工具，用于有效地壓縮序列讀取數(shù)據(jù)。cufflinks主要用于基因表達(dá)量的計(jì)算和差異表達(dá)基因的尋找。cutadapt-1.4.1是一款在一定容錯(cuò)率的情況下，對高通量測序的數(shù)據(jù)進(jìn)行識別/剪切/去除序列的軟件。Cytoscape一款網(wǎng)絡(luò)顯示和分析軟件。軟件的核心部分提供了網(wǎng)絡(luò)顯示、布局、查詢等方面的基本功能。EigenstratEIGENSTRAT主要用于計(jì)算PCA顯著的主成分，并將主成分加入到協(xié)變量中，從而進(jìn)行相關(guān)分析的一款計(jì)算軟件。Emboss序列分析軟件包。fastq_screen_v0.4.2針對一組序列數(shù)據(jù)庫篩選FastQ格式的序列庫。fastQC用于高通量序列數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制工具。FASTX過濾不合格序列工具。fastx_toolkit過濾不合格序列工具。FLASH測序數(shù)據(jù)拼接工具。GenomeAnalysisToolkit（GATK）是用來處理高通量測序數(shù)據(jù)的一套軟件，主要注重于變異的查找、物種的數(shù)據(jù)分析。HISAT能夠?qū)NA-Seq的讀取與基因組進(jìn)行快速比對。HMMER用于搜索序列數(shù)據(jù)庫中的序列同源物，并進(jìn)行序列比對。Homer用于Motif查找和二代數(shù)據(jù)分析的工具。HtseqHTSeq是使用Python編寫的一支用于進(jìn)行基因Count表達(dá)量分析的軟件，能根據(jù)SAM/BAM比對結(jié)果文件和基因結(jié)構(gòu)注釋GTF文件得到基因水平的Counts表達(dá)量IgBLAST一款專一的blast工具，主要用于比對抗體（immunoglobulin,IG）或T細(xì)胞受體（Tcellreceptor，TR）序列。IGVTools最常用的NGS數(shù)據(jù)可視化工具。JAVA編譯語言。MACS注釋和可視化ChIP-seq結(jié)果。MACS2注釋和可視化ChIP-seq結(jié)果。MAFFT(Multiple

alignment

program

for

amino

acid

or

nucleotide

sequences)多重序列比對。miRDeep2用于新microRNA的預(yù)測，以及microRNA的定量。MISO是一款經(jīng)典的可變剪切分析工具，與rmats類似，該軟件也支持對可變剪切事件進(jìn)行定量和差異分析。MUSCLE是一款蛋白質(zhì)水平多序列比對的軟件，在速度和精度上都優(yōu)于ClustalW。mySQL

server數(shù)據(jù)庫軟件。ncbi-blast-2.2.28+是一款基本局部對齊搜索、序列相似性搜索工具。PAML利用DNA或Protein數(shù)據(jù)使用最大似然法進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析的軟件。Pandaseq雙端測序，用于涉及到兩端拼接的軟件。Pca是一種數(shù)學(xué)降維方法,利用正交變換(orthogonaltransformation)把一系列可能線性相關(guān)的變量轉(zhuǎn)換為一組線性不相關(guān)的新變量，也稱為主成分，從而利用新變量在更小的維度下展示數(shù)據(jù)的特征。PeakSplitter經(jīng)典的peak注釋軟件。Penncnv一個(gè)免費(fèi)的軟件工具，用于從SNP基因分型微陣列數(shù)據(jù)進(jìn)行拷貝數(shù)變異（CNV）檢測。目前，它可以處理來自Illumina和Affymetrix來源的數(shù)據(jù)。Perl編譯語言。PHP編譯語言。PHYLIP進(jìn)化樹分析、構(gòu)建進(jìn)化樹的軟件。Picard一個(gè)用來處理高通量測序（HTS）的數(shù)據(jù)和格式的Java命令行工具箱。Picard-tools一個(gè)用來處理高通量測序（HTS）的數(shù)據(jù)和格式的Java命令行工具箱。Pindel用于檢查結(jié)構(gòu)變異工具。pip-1.5.6Python包管理工具包。Plink運(yùn)算軟件，用于數(shù)據(jù)處理、質(zhì)量控制的基本統(tǒng)計(jì)、群體分層分析、單位點(diǎn)的基本關(guān)聯(lián)分析、家系數(shù)據(jù)的傳遞不平衡檢驗(yàn)、多點(diǎn)連鎖分析、單倍體關(guān)聯(lián)分析、拷貝數(shù)變異分析，以及Meta分析等等。Python編譯語言。RepeatMasker一款專門用于基因組重復(fù)序列識別注釋和分類統(tǒng)計(jì)的軟件，幾乎適用于所有物種。是研究基因組、非編碼RNA、轉(zhuǎn)座子和著絲粒領(lǐng)等相關(guān)領(lǐng)域的必備軟件。rMATS一款對RNA-Seq數(shù)據(jù)進(jìn)行差異可變剪切分析的軟件。RNA-SeQC計(jì)算RNA-Seq數(shù)據(jù)并對質(zhì)量控制的計(jì)量學(xué)的java程序。Rstudio

(server)一個(gè)集成開發(fā)環(huán)境，需要調(diào)用R軟件。Rsync

server一個(gè)非常靈活的命令行網(wǎng)絡(luò)同步工具。Samtools一個(gè)用于操作sam和bam文件的工具合集。SeqPrep用于合并重疊成單個(gè)較長讀數(shù)的成對末端Illumina讀數(shù)。它也可以僅用于其適配器修剪功能，而不進(jìn)行任何配對的末端重疊。SGA-assemble構(gòu)建和研究RNA結(jié)構(gòu)的圖形軟件。SOAPdenovo基因組組裝軟件。SOAPdenovo2基因組組裝軟件。SOAPsnp短序列分析軟件包。STAR用底層的C++語言編寫，可多核運(yùn)行，具有極快的比對速度。為了解決large(>80billonreads)ENCODETranomeRNA-seqdataset的有參比對問題。StringTie轉(zhuǎn)錄組分析軟件。TopHat轉(zhuǎn)錄組比對軟件。Trim_galore測序質(zhì)控軟件。Trimmomatic-0.32高通量測序數(shù)據(jù)質(zhì)控工具。Trinity組裝軟件，主要用于轉(zhuǎn)錄組denovo組裝。triplexator-1.3.2-Linux用于預(yù)測短小的ncRNA與DNA結(jié)合的軟件。VCFtools全基因組分析工具。ViennaRNA-1.8.5RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測軟件。Wise2是用來做蛋白質(zhì)序列和DNA序列之間的比對工具。impute2是一款基因型填充軟件。haploviewer一款進(jìn)行\(zhòng)o"Viewallpostsin單倍型分析"單倍型分析的軟件。MATLAB1、用于簡單的生物系統(tǒng)進(jìn)行建模、模擬和分析工具。作為生物信息工具箱為免費(fèi)。

2、作為數(shù)學(xué)軟件為商用。構(gòu)建基因組索引所需的存儲(chǔ)資源在確認(rèn)構(gòu)建基因組索引所需的存儲(chǔ)資源的時(shí)候，需要同時(shí)關(guān)注全基因組測序過程中會(huì)涉及到的步驟以及每個(gè)步驟的基本技術(shù)公式與原理，本次存儲(chǔ)資源所需計(jì)算之前需要了解以下及大點(diǎn)內(nèi)容：全基因組測序涉及覆蓋深度包括：Coverageratio（覆蓋比率，亦簡稱覆蓋率，亦稱基因組覆蓋率），指被測序到的堿基占全基因組大小的比率；以及Coveragedepth(覆蓋深度，亦稱測序深度，或者堿基平均測序深度)，指每個(gè)堿基被測序的平均次數(shù)。即測序的數(shù)據(jù)總量比基因組大小。隨著第二代高通量測序的迅速發(fā)展的同時(shí)，也帶來了新的名詞，由于這些名詞尚無特別明確的定義，因此，對計(jì)算公式的定義可對評估及后續(xù)的理解帶來進(jìn)一步的幫助。平均測序深度：測序所得的堿基總數(shù)(rawdataorcleandata)/基因組大小。有效平均測序深度（mappeddepth）：比對上基因組的數(shù)據(jù)/去N區(qū)后的基因組大小。1)測序所得的數(shù)據(jù)（rawdata或cleandata）易定量定性，測出來的數(shù)據(jù)真實(shí)反應(yīng)樣品及文庫信息。2)Mappeddata不易定量，因?yàn)楸葘κ懿煌囊蛩赜绊懀篴.不同的物種比對差異非常大。b.同樣的物種，不同的樣本差異非常大，如部分腫瘤樣品、FFPE樣品比對率會(huì)出現(xiàn)異常情況。c.樣品的取材部門及環(huán)境可能會(huì)影響比對結(jié)果。樣品污染也可能會(huì)造成比對率大幅度下降。在沒有比對前，不可能很清楚樣品的具體信息。如唾液樣本，其比對率就會(huì)下降非常多，其原因就是有雜菌污染。d.不同的比對軟件和參數(shù)設(shè)置可能導(dǎo)致比對率差異。如相同的數(shù)據(jù)，BWA與SOAPalign相比，map-rate要多出2%以上。覆蓋均一性被認(rèn)為是全面衡量測序數(shù)據(jù)質(zhì)量最好的方式之一。與理論泊松分布圖極為接近單堿基深度分布圖，可真實(shí)地反應(yīng)該樣品數(shù)據(jù)的均一性高。通常來說，數(shù)據(jù)量越大，冗余越多，隨機(jī)性也會(huì)相應(yīng)地降低，因此與理論泊松分布圖的偏差會(huì)測序深度的增加而增加（表3）。30X的數(shù)據(jù)，其泊松分布圖SD值在2.0左右都可說明其數(shù)據(jù)均一性高。下圖為全基因組概括陳述，可以得知堿基對數(shù)量為3,096,649,726；同時(shí)堿基對，是一對相互匹配的堿基（即A—T，G—C，A—U相互作用）被氫鍵連接起來。它常被用來衡量DNA和RNA的長度（盡管RNA是單鏈）。它還與核苷酸互換使用，盡管后者是由一個(gè)五碳糖、磷酸和一個(gè)堿基組成。對于堿基對來說，往往僅需要記錄單鏈，即大約60億堿基，并且每個(gè)堿基都將占用1個(gè)字節(jié)符號，每一個(gè)堿基對，要用2位二進(jìn)制（2個(gè)bits）記錄。即30億x2=60億bits。按計(jì)算機(jī)二進(jìn)制記錄，1個(gè)人全基因堿基對因?yàn)橐还仓挥蠥TCG四種情況（可以轉(zhuǎn)換成計(jì)算機(jī)的00、01、10、11），所以每一個(gè)堿基對，要用2位二進(jìn)制（2個(gè)bits）記錄。因此30億x2=60億bits，然后就是單位換算。計(jì)算機(jī)里，我們通常說的KB、MB、GB都是指“大B”，1B=8bits。60億bits/8=750,000,000B=750MB按純文本記錄：上面二進(jìn)制的文件，機(jī)器能讀，而且體積小，傳輸用它就可以了，但人是不方便閱讀的。人能讀的是ASCII碼，是直接記錄“A”、“T”、“C”、“G”這樣的字符。一個(gè)ASCII字符，大小是1B。所以，如果按純文本保存30億個(gè)字母，30億字母=3,000,000,000B=3GB（即以最新標(biāo)準(zhǔn)來說1個(gè)人類基因組占用文本空間達(dá)到3GB）。同時(shí)還需要對基因測序進(jìn)行覆蓋比率，保證一定的測序質(zhì)量，本次計(jì)算按照標(biāo)準(zhǔn)的覆蓋度計(jì)算（30X-40X），實(shí)際情況每一個(gè)人類的全基因測序給到用戶端可以查看的數(shù)據(jù)量將達(dá)到90GB-120GB，假如測試的覆蓋次數(shù)更廣，數(shù)據(jù)量規(guī)模將更大。結(jié)合上述幾點(diǎn)內(nèi)容可以得知在最終測序完成之后，全基因組的數(shù)據(jù)量便將達(dá)到約90G-120G不等。而且隨著技術(shù)的不斷迭代演進(jìn)，數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)已經(jīng)從最初的人類基因組開始細(xì)分?jǐn)U展，逐步涉及到腫瘤、遺傳病的檢測等等。也正是因?yàn)閿?shù)據(jù)量和數(shù)據(jù)種類的日益龐大，使得這方面的工作數(shù)據(jù)存儲(chǔ)，動(dòng)輒便以PB為單位來保存。這就直接影響到了諸如基因采樣、樣本制作、數(shù)據(jù)下機(jī)、生信分析以及后基因測序等環(huán)節(jié)。但更為重要的是，諸如基因這樣的數(shù)據(jù)，隱私安全是非常值得注重的一環(huán)，而也正因?yàn)閿?shù)據(jù)量的爆發(fā)式增長，使得數(shù)據(jù)安全管理、存儲(chǔ)和分析變得異常困難。因此建設(shè)具備充足的存儲(chǔ)空間與高性能IOPS讀寫存儲(chǔ)能力，將成為本次項(xiàng)目建設(shè)目標(biāo)之一?；?00個(gè)子任務(wù)分析，每個(gè)課題開展的時(shí)候，都將產(chǎn)生至少120G*400/1024≈47TB，并且需要對課題任務(wù)數(shù)據(jù)進(jìn)行保存和歸檔滿足未來5年的使用留存，存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)需要建設(shè)至少47T*5=235T可用存儲(chǔ)容量。構(gòu)建基因組索引所需的內(nèi)存資源基因測序過程中會(huì)涉及到大量的軟件要求，包括但不限于STAR構(gòu)建基因，并且通過權(quán)威機(jī)構(gòu)測試，在基因組大小超過1G時(shí)，STAR構(gòu)建基因組索引需要的內(nèi)存已經(jīng)達(dá)到30G。基因組大小在1.2G-2.8G時(shí)，STAR構(gòu)建基因組索引需要的內(nèi)存變化不大，在31G-35G之間徘徊，甚至出現(xiàn)了基因組變大，而所需內(nèi)存變少的現(xiàn)象?；蚪M大小在3G時(shí)，需要的內(nèi)存是37G。推測導(dǎo)致內(nèi)存增加的不只是因?yàn)閿?shù)據(jù)量的增加，更因?yàn)閿?shù)據(jù)變得更復(fù)雜了（這部分增加的基因組大小來源于性染色體和不能確定來源的基因組區(qū)域）因此基于上述測試得知，當(dāng)1個(gè)基因測序在進(jìn)行的過程中，在不計(jì)算軟件以及系統(tǒng)本身消耗的內(nèi)存，將對消耗至少37G內(nèi)存資源；若同時(shí)運(yùn)行100個(gè)基因測序?qū)⑾?700G內(nèi)存資源。對于生命科學(xué)領(lǐng)域來說，除了基因測序還具有其他消耗內(nèi)存資源的業(yè)務(wù)系統(tǒng)，因此建設(shè)大內(nèi)存空間，將成為本次項(xiàng)目建設(shè)目標(biāo)之一?；?00個(gè)子任務(wù)分析，每個(gè)課題任務(wù)開展的時(shí)候（非全基因測序因此，基本的基因組大小按照0.5G考慮）都將消耗15G內(nèi)存資源；當(dāng)課題任務(wù)同時(shí)進(jìn)行中將消耗15G*400≈6TB內(nèi)存空間；因此考慮到如此大的內(nèi)存消耗與系統(tǒng)及軟件自身消耗，同時(shí)還需要考慮冗余特性，雙路計(jì)算節(jié)點(diǎn)與胖節(jié)點(diǎn)累計(jì)應(yīng)提供至少10TB內(nèi)存空間?；驕y序耗時(shí)分析對于基因測序方法工具非常多，本次基因測序以Illumina測序方法為標(biāo)準(zhǔn)，Illumina測序方法具有全面的NGS解決方案，包括文庫制備、測序系統(tǒng)和數(shù)據(jù)分析用全基因組測序的方法，可以測幾乎全部序列（編碼區(qū)+非編碼區(qū)）。對于人類基因組，使用Illumina平臺(tái)，DNA文庫制備需要6-8小時(shí)，上機(jī)測序時(shí)間看不同的測序平臺(tái)。從NextSeq（29小時(shí)）到HiSeq3000/4000/HiSeqX（3.5天）到HiSeq2500（大約一周）。測序結(jié)果的分析解讀其實(shí)是最費(fèi)時(shí)間的，特別是如果全基因組測序的結(jié)果，是用來診斷疾病（比如罕見遺傳?。@個(gè)時(shí)間從1周到1月都是有可能的。在二代測序領(lǐng)域，illumina測序平臺(tái)以其核心的三項(xiàng)技術(shù)（分別是堿基末端可逆修飾、橋式PCR和邊合成變測序策略），獨(dú)步天下。充分發(fā)揮了其堿基讀取精確、通量提高、測序長度也穩(wěn)步提高至雙末端各300bp。但是，任何測序技術(shù)面對各種測序需求總是會(huì)有些許不足。所謂堿基平衡，是指，測序芯片上完成成簇反應(yīng)之后，一定面積內(nèi)的不同分子簇，各個(gè)位置的堿基A、T、G、C分布均勻。這樣才可以較好的完成信號轉(zhuǎn)換。如若不然，那么對于堿基的判讀就會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤，從而導(dǎo)致測序質(zhì)量值大幅度下降。反應(yīng)在測序文庫上，就是一次測序反應(yīng)中，應(yīng)該盡量多添加諸如基因組DNA文庫，RN