Covaris 高性能超聲樣本處理系統(tǒng) - S220

Covaris高性能超聲樣本處理系統(tǒng)-S220SAMPLE基因有限公司技術(shù)支持部關(guān)于Covaris物理聲學(xué)和機(jī)械工程領(lǐng)域的專業(yè)團(tuán)隊(duì)專利技術(shù)：自動(dòng)聲波聚焦--AdaptiveFocusedAcoustics?（AFA）為生物和化學(xué)研究領(lǐng)域中的樣本前期處理提供全套的儀器和解決方案廣泛應(yīng)用于組織破碎勻漿、DNA/RNA/蛋白質(zhì)的提取、ChIP等方向ContentsCovaris超聲樣本處理系統(tǒng)應(yīng)用介紹Covaris產(chǎn)品耗材介紹自動(dòng)聲波聚焦技術(shù)(AFA)原理與特點(diǎn)ContentsCovaris超聲樣本處理系統(tǒng)應(yīng)用介紹自動(dòng)聲波聚焦技術(shù)(AFA)原理與特點(diǎn)Covaris產(chǎn)品耗材介紹技術(shù)原理

AdaptiveFocusedAcoustics?（AFA），通過聚焦超聲對(duì)樣品進(jìn)行機(jī)械處理的聲學(xué)技術(shù)當(dāng)聲能通過水性介質(zhì)時(shí)，壓力會(huì)發(fā)生波動(dòng)，在相對(duì)低壓的區(qū)域中會(huì)形成小的氣泡。氣泡會(huì)振蕩或增長到臨界尺寸，然后破裂。氣泡的振蕩和破裂會(huì)產(chǎn)生聲學(xué)微流，從而在樣品中產(chǎn)生流體剪切力；通過控制樣品容器中數(shù)百萬個(gè)氣泡的產(chǎn)生和破裂，可以使用AFA超聲波能量進(jìn)行樣品處理；AFA聚焦超聲發(fā)生器可精確控制傳遞到樣品上的的能量?？赏ㄟ^控制入射功率，占空比，循環(huán)數(shù)和持續(xù)時(shí)間的調(diào)整來控制流體剪切力。AdaptiveFocusedAcoustics?自動(dòng)聲波聚焦技術(shù)11August20246AdaptiveFocusedAcoustics?自動(dòng)聲波聚焦技術(shù)幾何聚焦聲能

非接觸式，避免污染維持均一溫度的水浴系統(tǒng)

聲學(xué)優(yōu)化的樣品管通過球面固態(tài)超聲傳感器，準(zhǔn)確地將聲波能量聚焦于樣品區(qū)域。ContentsCovaris超聲樣本處理系統(tǒng)應(yīng)用介紹自動(dòng)聲波聚焦技術(shù)(AFA)原理與特點(diǎn)Covaris產(chǎn)品耗材介紹Covaris產(chǎn)品耗材介紹9microTUBEminiTUBEmilliTUBEg-TUBECovaris產(chǎn)品耗材介紹10microTUBEmicroTUBESnap-CapAFAFiber(520045)microTUBECrimp-CapAFAFiber(520052)microTUBE-50AFAFiberScrew-Cap(520166)M220S220E220E220

microTUBE-15AFABeadsScrew-Cap(520145)Covaris產(chǎn)品耗材介紹11microTUBEmicroTUBE-500AFAFiberScrew-Cap(520185)Covaris產(chǎn)品耗材介紹12miniTUBEminiTUBEBlue3.0kbminiTUBEClear2.0kbminiTUBERed5.0kbCovaris產(chǎn)品耗材介紹13milliTUBEmilliTUBE1mlAFAFibermilliTUBE1mlmilliTUBE2mlCovaris產(chǎn)品耗材介紹14g-TUBEg-TUBE是一次性使用的設(shè)備，可將基因組DNA剪切為6kb至20kb的選定片段。唯一需要的設(shè)備是兼容的臺(tái)式離心機(jī)。g-TUBE利用離心力（g-TUBE中的“g”）將樣品推過精確制造的孔口。這會(huì)在樣品中產(chǎn)生剪切力，從而使DNA斷裂。通過調(diào)節(jié)離心機(jī)轉(zhuǎn)子速度來選擇碎片大小，離心機(jī)轉(zhuǎn)子速度會(huì)改變通過孔口的流速，從而改變剪切力。較高的離心RPM將產(chǎn)生較短的片段，并且Covaris提供的協(xié)議包含設(shè)置以生成以6、8、10或20kbp為中心的片段分布。/wp-content/uploads/pn_010154.pdfCovaris產(chǎn)品耗材介紹OptimizedforDNAShearingCovaris產(chǎn)品耗材介紹OptimizedforDNAShearingCovaris產(chǎn)品耗材介紹OptimizedforDNAShearingContentsCovaris超聲樣本處理系統(tǒng)應(yīng)用介紹自動(dòng)聲波聚焦技術(shù)(AFA)原理與特點(diǎn)Covaris產(chǎn)品耗材介紹應(yīng)用——DNAShearingforNGS在高通量測序中，DNAshearing是非常重要的一步；由于DNA樣本珍貴，需最大限度減少樣本損失；要求片段大小集中分布在目標(biāo)區(qū)域；樣本無降解，無交叉污染；儀器性能穩(wěn)定，樣本間/儀器間/操作人員之間重復(fù)性要求高；GenomicDNAFragmentationLigationSizeselectionPCRAmplifyPullingandclusteringSequencing基因組DNA隨機(jī)打成110bp-2kb左右的片段打斷片段效果不受樣本量影響200bp片段1500bp片段3000bp片段2μg6μg10μg20μg20ug10ug6ug2ug20ug10ug5ug5000bp片段打斷效果不受濃度與GC含量影響M-50bpladder1:2ugDH10B2:1ugDH10B3:500ngDH10B4:K125:RhodoPseudomonas(GCrichDNA)6:VibrioFischeri(ATrichDNA)7:HumangenomicDNA1234567打斷效果-高重復(fù)性O(shè)verlayofthe96microTubeplate200bpFragmentElectropherograms應(yīng)用——ChIP中的染色質(zhì)剪切染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)（ChromatinImmunoprecipitation，ChIP）是研究DNA與蛋白質(zhì)相互作用的常用實(shí)驗(yàn)技術(shù)。在自然狀態(tài)下固定蛋白-DNA復(fù)合物，隨后將染色質(zhì)隨機(jī)打斷為一定長度范圍內(nèi)的小片段，通過免疫學(xué)方法富集目標(biāo)復(fù)合物從而得到相應(yīng)DNA片段，獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用信息。利用抗原抗體反應(yīng)的特異性，真實(shí)反映體內(nèi)蛋白因子與基因組DNA結(jié)合的狀況，確定DNA上的蛋白結(jié)合位點(diǎn)，鑒定組蛋白修飾蛋白等。truChIPTM染色質(zhì)剪切試劑盒提供優(yōu)化的標(biāo)準(zhǔn)protocolCovaris提供標(biāo)準(zhǔn)化protocolAnalysisSamplePreparationPurificationIPCellCultureFormaldehydecrosslinkingCelllysisChromatinshearingShearinganalysisImmunoprecipitationReversecrosslinkingDNApurification/quantitationqPCR,ChIP-Seq，ChIP-on-chipDataanalysisAntibodychoiceIPbuffercompositionCelldensityFixationLysis/NucleiPrepChromatinshearingPrimer/ProbedesignControlsLibrarypreparationAnalysispackageReversecrosslinksRNase/ProteinaseKColumn/magneticbeadA260/fluorescenceCovaris提供的ChIP優(yōu)化建議

首選16%甲醛溶液作為固定劑，且現(xiàn)配現(xiàn)用針對(duì)干細(xì)胞和原代細(xì)胞，固定2.5和5min，其他細(xì)胞固定5和10min剪切前進(jìn)行裂解提核，保證更好的剪切效果Covaris使用的剪切buffer中SDS終濃度為0.1%，可直接進(jìn)行下游實(shí)驗(yàn)IP實(shí)驗(yàn)前進(jìn)行WesternBlot驗(yàn)證，避免長時(shí)間的剪切破壞目標(biāo)蛋白樣品制備——固定交聯(lián)

有效的固定能穩(wěn)定剪切過程中蛋白DNA的復(fù)合物狀態(tài)，同時(shí)在IP后能高效解交聯(lián)。影響因素：甲醛溶液

1.種類：首選不含甲醇的甲醛溶液，甲醇增加細(xì)胞通透性，易固定過度2.濃度：標(biāo)準(zhǔn)濃度為1%終濃度；樣本量少時(shí)可適當(dāng)降低甲醛濃度

固定交聯(lián)時(shí)間

1.不同組織需要實(shí)驗(yàn)優(yōu)化不同的時(shí)間2.不同蛋白和DNA結(jié)合方式不同，過度固定可能影響抗原表位的識(shí)別新鮮無甲醇的甲醛溶液室溫固定5min加入甲醇的甲醛溶液室溫固定5minRed-2minBlue-4minGreen-6minCyan-8minMagenta-10minOrange-12minRed-2minBlue-4minGreen-6minCyan-8minMagenta-10minOrange-12min`甲醇的影響甲醇存在時(shí)影響固定效果，使復(fù)合物過大，染色質(zhì)片段化不充分5minutefixationRed-2minBlue-4minGreen-6minCyan-8minMagenta-10minOrange-12min2minutefixation10minutefixation20minutefixation30minutefixation固定時(shí)間的影響固定時(shí)間的影響40**Sonicatedwithprobesonicator;30secon,30secoffNucleiPreparationvs.OnesteplysisYanwenJiang–MelnickLab,CornellUniversity樣品制備——裂解提核

100bp300bpXlink10minXlink10min*2468101214161820246810121416182040**(min)剪切前進(jìn)行核制備，保證更好的剪切效果剪切buffer中SDS濃度影響抗原表位樣品制備——剪切

Covaris在染色質(zhì)剪切中良好的重復(fù)性5組樣品在同一條件下剪切不同類型樣品在同一條件下剪切18mgtissueprocessedin130μlvolumefor10minIP前的WB檢測TamarKleinberger,NIHExperimentaldetailstruChIPKit:HighCellCelltype:HEK293Cross-linking:5minuteatroomtemperatureNumberofcells:1.5x107cellsper1mLAFA:S220–5%DC/4i/200cpb100bp4812152030CovarisTimecourse(min)100bpProteinofinterest193kdC293.4815122030WesternResultsofCovarisprotocoltimecourse250kd150kd100kd75kd50kd37kd11August202435truChIP?ChromatinShearing