《呼吸系統(tǒng)感染病原微生物靶向二代測序?qū)嶒炇覚z測技術(shù)規(guī)范》編制說明

《呼吸系統(tǒng)感染病原微生物靶向二代測序?qū)嶒炇覚z測技術(shù)規(guī)范》編制說明感染。2019年世界疾病負(fù)擔(dān)研究學(xué)會的數(shù)據(jù)顯示，下呼吸道感染發(fā)展規(guī)劃》提出，“開展前沿生物技術(shù)創(chuàng)新。加快發(fā)展高通量基因測研發(fā)”。明確提出將不斷布局和優(yōu)化具有重大應(yīng)用前景的前沿生物技病原微生物感染的患者，NGS可以快速明確感染病原微生物，幫助二代測序在感染性疾病上的診斷應(yīng)用主要為病原宏基因組測序（targetednextgenerationsequencing，tNGS）。tNGS通過結(jié)合超多重PCR擴(kuò)增與二代測序兩種技術(shù)，能夠?qū)Υ郎y樣本中幾十種至幾百種已知病原微生物及其毒力和/或耐藥基因進(jìn)行檢測。采用超多重且可以同時兼顧DNA和RNA流程，并極大縮短了檢測時間，具有性價比高、可定制化的特點(diǎn)，是一個可應(yīng)用于多場景的技術(shù)平臺。微生物NGS檢測的可及性和普適性，在臨床檢驗領(lǐng)域正受到越來越多的關(guān)注，為病原學(xué)診斷提供了一個符合臨床思維的新選擇過中國醫(yī)藥衛(wèi)生文化協(xié)會實(shí)驗診斷與社會化服務(wù)分會提出申請，在1女任2女3女4女5女長物范圍與結(jié)果解讀6男物范圍與結(jié)果解讀7男長8女9男會男男女王艷、趙秀英、胡云建等14名專家進(jìn)行了討論。通過本次研討會，納4條，項目組將相關(guān)意見整理成《標(biāo)準(zhǔn)討論稿反饋意見匯總處理核酸質(zhì)量評價的術(shù)語和一般要求（ISO21474-1:2020）、驗證與確認(rèn)（ISO21474-2:2022），測序相關(guān)技術(shù)規(guī)范有核酸和文庫制備（ISO信息學(xué)方面有DNA測序的質(zhì)量控制指標(biāo)（ISO/TS22692:2020）和二代測序臨床基因組學(xué)數(shù)據(jù)共享規(guī)范（ISO/TS23357:樣本前處理有GB/T33681.1-2017《高通量基因測序樣本預(yù)處理方法第1部分：動物組織樣本預(yù)處理》，核酸提取技術(shù)規(guī)范有GB/T酸類樣本質(zhì)量控制通用要求有GB/T40664-2021《用于高通量測序的核酸類樣本質(zhì)量控制通用要求》，測序技術(shù)規(guī)程有GB/T30989-2014《高通量基因測序結(jié)果評價要求》，數(shù)據(jù)序列格式規(guī)范有GB/T35890-2018《高通量測序數(shù)據(jù)序列格式規(guī)范》。與宏基因有關(guān)的有物高通量方面深圳市生命科技產(chǎn)學(xué)研資聯(lián)盟基于高通量測序的環(huán)境及糞便微生物檢測上，暫未涉及呼吸系統(tǒng)感染樣本中檢測病原微生物；且檢測方法多為宏基因組高通量測序，基于多重PCR的靶向二本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了采用基于多重PCR的靶向二代測序進(jìn)行呼吸系統(tǒng)本標(biāo)準(zhǔn)的規(guī)范性引用文件有GB/T22576.1-2018《醫(yī)學(xué)本章節(jié)對呼吸系統(tǒng)tNGS的標(biāo)本選擇、標(biāo)本采集、保存與轉(zhuǎn)運(yùn)、tNGS相關(guān)的共識、指南與標(biāo)準(zhǔn)，需要盡快規(guī)范該領(lǐng)域標(biāo)準(zhǔn)要求，制tNGS技術(shù)將多重PCR技術(shù)與NGS相結(jié)合，廣泛應(yīng)8.2彌補(bǔ)tNGS在呼吸系統(tǒng)感染檢測中的標(biāo)準(zhǔn)空缺tNGS技術(shù)在呼吸系統(tǒng)臨床樣本中病原微生物的檢測方面得到了操作規(guī)程和質(zhì)量保障為tNGS技術(shù)在呼吸系統(tǒng)感染領(lǐng)域的應(yīng)用提供了下呼吸道對不同tNGS產(chǎn)品納入病原微生物的檢測范圍進(jìn)行了建議，療機(jī)構(gòu)使用不同tNGS產(chǎn)品所帶來的病原微生物檢測結(jié)果的差異性，吸道感染檢測范圍中納入細(xì)菌。制定工作小組根據(jù)參考相關(guān)文獻(xiàn)如《兒童呼吸道感染微生物檢驗標(biāo)本采集轉(zhuǎn)運(yùn)與檢測建議(細(xì)菌篇)ococcuspneumoniaevirulencefactorsinhostrespiratorycolonizationanddisease》和《Nasopharyngealpolymicrobialcolonizationduringhealth,viralupperrespiratoryinfectionandupperrespiratorybact感染建議納入病原微生物列表中。在標(biāo)準(zhǔn)正文“8.1.3下呼吸道感染”誘導(dǎo)痰或經(jīng)上呼吸道吸痰標(biāo)本可作為一種替代12則構(gòu)臨床基因擴(kuò)增檢驗實(shí)驗室管理辦法》?！?備4定，按照實(shí)驗過程再明確一括DNA提取的質(zhì)量之類。56計7析89通常是試劑盒標(biāo)準(zhǔn)的寫法。制質(zhì)評外室內(nèi)質(zhì)控也是很重要制景圍病學(xué)調(diào)查數(shù)據(jù)，上呼吸道感染tNSG檢測建議至少調(diào)整?！痹壕霸涸骸跋潞粑栏腥咀畛Ｒ娝蜋z的“BALF直接取自下呼吸道，院院統(tǒng)感染病原體檢測”實(shí)驗室檢測技術(shù)規(guī)范”景理驗流程進(jìn)行進(jìn)一步梳理和細(xì)度制“5.3.4采樣耗材”部分?！皌NGS的靈敏度不受宿主核宿主核酸與病原體核酸比例影響，只是影響沒有mNGS景據(jù)尚缺乏足夠的循證醫(yī)學(xué)證據(jù)來說明tNGS檢測耐藥2018,33(9):7.DOI:CNKI:SUN:ZSEK.0.2018eroleofStreptococcuspneumoniaevirulersinhostrespiratorycolonizationanddisease.[JatureReviewsMicrobiology,2008,6(pharyngealpolymicrobialcolonizationduringhh,viralupperrespiratoryinfectionandupperratorybacterialinfection[J].JournalofInfection,標(biāo)本與鼻咽吸取物不可能獲得上呼吸道細(xì)菌感染的病原2018,33(9):7.DOI:CNKI:SUN:ZSEK.0.2018eroleofStreptococcuspneumoniaevirulersinhostrespiratorycolonizationanddisease.[JatureReviewsMicrobiology,2008,6(pharyngealpolymicrobialcolonizationduringhh,viralupperrespiratoryinfectionandupperratorybacterialinfection[J].JournalofInfection,吸雜志,2016,39(4):253-279.DOI:科“檢驗中”改為“檢驗過程”，科科的采集與處理》中術(shù)語介紹部分，“標(biāo)本”為檢驗、度“精密度”是否改為“重復(fù)科度科“最低檢測限”改為“最低檢出科“室內(nèi)質(zhì)控”移到前面檢驗前科檢測技術(shù)臨床應(yīng)用專家共識（2023）》度“非結(jié)核分枝桿菌”。圍“鼠疫耶爾森菌”。已增加相關(guān)內(nèi)容與流程圖（圖2）?？瓶瓶茋叭祟惸c道病毒”?？瓶瓶茰y序區(qū)等”，儀器設(shè)備與試劑也按照分區(qū)進(jìn)行了劃科盒科科科已增加“參加國家級、省級室間質(zhì)量評價?！笨坪喕幌?，“基于多重PCR”“C