捕獲測序課件

GenCapTM

全基因捕獲技術(shù)AtechnologyinventedfromJohnsHopkinsUniversity捕獲測序01捕獲技術(shù)簡介02技術(shù)比較03應(yīng)用實(shí)例04附錄捕獲測序

BertVogelstein，美國科學(xué)院院士；霍普金斯大學(xué)SidneyKimmel癌癥研究中心教授世界界最著名的腫瘤基因?qū)＜?，TP53抑癌基因發(fā)現(xiàn)者，腫瘤中唯一一個(gè)演發(fā)模型VogelGram的發(fā)明人，為腫瘤的基因?qū)W研究做出了重要的貢獻(xiàn)。 伍建博士2000-2004年在北京大學(xué)獲學(xué)士學(xué)位；2004-2008年在美國哥倫比亞大學(xué)獲得博士學(xué)位；2008-2011年在美國約翰霍普金斯大學(xué)完成博士后訓(xùn)練，并在美國霍普金斯大學(xué)SidneyKimmel癌癥研究中心做兼職助理教授。 全基因捕獲技術(shù)發(fā)明人捕獲測序伍建教授在美國約翰霍普金斯大學(xué)研究出的專利技術(shù)GenCapTM專利授權(quán)證書GenCapTM專利捕獲技術(shù)捕獲測序捕獲測序能夠降低2/3的腫瘤研究測序費(fèi)用檢測100個(gè)腫瘤樣品？方法外顯子組725個(gè)腫瘤相關(guān)基因捕獲測序費(fèi)用100*1.8W=180W100*0.6W=60W捕獲測序捕獲測序能夠降低1/2的測序費(fèi)用直接用全外顯子測序100*1.8W=180W1、先用捕獲測序100*0.5W=50W2、假設(shè)有80個(gè)樣品發(fā)現(xiàn)都是已知突變，再對剩下的20個(gè)樣做全外顯子組測序。20*1.8W=36W50+36=86W檢測100個(gè)多基因遺傳病樣本？捕獲測序

我們設(shè)計(jì)好的基因捕獲探針與客戶的DNA文庫混合，目標(biāo)區(qū)域基因片段被雜交到探針上，進(jìn)而通過生物素和streptavidin的磁珠結(jié)合被吸附到磁珠上；

通過洗脫處理就能將非目標(biāo)區(qū)域的DNA片段洗掉，得到我們所需要的目的基因,利用新一代高通量測序技術(shù)對目標(biāo)去域基因組進(jìn)行測序、分析，從而找出研究或臨床上所需要的生物信息?；虿东@技術(shù)原理捕獲測序和傳統(tǒng)測序（Sanger）比較傳統(tǒng)測序新一代測序樣本處理技術(shù)PCR擴(kuò)增基因捕獲突變檢測限15%0.5%成功率90%>98%通量/儀器2M/周300G/周100個(gè)基因測序價(jià)格10-20萬5000-10000元圖形展示捕獲測序和全基因組，外顯子組測序比較

全基因組測序外顯子組測序GenCapTM捕獲測序占全基因組的比例100%52Mb感興趣的所有區(qū)域目標(biāo)區(qū)域覆蓋度

98%

98%

98%一般測序深度30x30x-50x200x-300x突變檢測限

3%

2-3%

0.5%價(jià)格50,00018,0005，000-6，000捕獲測序幾種捕獲技術(shù)的比較

羅氏NimbleGenAgilentIlluminaMyGenostics探針類型生物素化寡DNA核酸探針生物素化RNA探針DNA探針單鏈DNA探針基因捕獲覆蓋度一般好

一般好基因捕獲效率差一般

一般好成熟Panel少少少

25個(gè)個(gè)性化定制周期3個(gè)月2個(gè)月

3個(gè)月30天捕獲試劑盒定制價(jià)格（50個(gè)以上）(￥2000-3000)*n(￥1000-2000)*n

(￥1000-2000*n

3-5W（無論多少樣本）捕獲測序1.專業(yè)：

除了能夠運(yùn)用自主專利技術(shù)滿足客戶的個(gè)性化定制方案，而且我們還開發(fā)了25個(gè)成熟的panel，覆蓋了大多數(shù)遺傳疾病。2.特色：

我們還有擁有線粒體捕獲測序panel（成過發(fā)表于Nature），HIV、HBV、EBV等病毒整合位點(diǎn)檢測panel。3.快速：

30天。4.價(jià)格：

檢測幾百個(gè)基因只要5000元左右，而同樣的價(jià)格，別的公司只能檢測幾個(gè)基因。5.無附加條款：

不分享客戶文章署名。

我們的優(yōu)勢捕獲測序成熟Panel基因數(shù)新生兒代謝疾病篩查Panel(篩查版)：苯丙酮尿，丙酸血癥，同行半胱氨酸血癥等153新生兒代謝疾病篩查Panel（全面版）：糖原累積病，尿素循環(huán)障礙等392自閉癥篩查Panel：2013/7月以前所有報(bào)道過與自閉癥相關(guān)的基因905耳聾基因Panel：2012年以前報(bào)道過與耳聾相關(guān)的基因102+線粒體700種新生兒遺傳疾病基因Panel：(包括發(fā)病率較高的各個(gè)方面，但每科不是最全的)505遺傳性腫瘤相關(guān)基因Panel：家族性乳腺癌，大腸癌，前列腺癌，胃癌等91腫瘤個(gè)體化用藥Panel：(42個(gè)藥物代謝+118個(gè)高頻突變腫瘤基因）160腫瘤高頻突變基因Panel：Cosmic中腫瘤突變頻率最高的基因725神經(jīng)系統(tǒng)基因Panel：（ALS，CMT,LGMD,HSP）411眼科疾病基因Panel：（視網(wǎng)膜色素變性，青光眼，小眼球，黑朦，staugart等）371心血管疾病基因Panel：（肥厚心肌，擴(kuò)張心肌，馬凡等等）328癲癇疾病基因Panel：所有有癲癇癥狀的疾病相關(guān)基因308血液系統(tǒng)疾病基因Panel：（范可尼貧血，地中海貧血，血小板增多癥等）290腦白質(zhì)病基因Panel：腦白質(zhì)癥狀相關(guān)基因154線粒體病基因Panel：線粒體病相關(guān)的所有核基因，包括leigh綜合癥1033線粒體基因全長16569bp:檢測每個(gè)位點(diǎn)0.5%以上的雜合度DMD全基因（2.2Mbp）：包括內(nèi)含子，外顯子；檢測突變，插入缺失，重復(fù)，能給出大片度重復(fù)缺失的斷裂點(diǎn)序列腦血管病Panel:CADASIL等腦血管病相關(guān)的基因12軟骨發(fā)育不全Panel:10成骨不全Panel:5白化病Panel:白化病相關(guān)的基因9KinomePanel:所有Kinase基因537HBV、HIV、HPV、EBV病毒整合位點(diǎn)檢測捕獲測序應(yīng)用實(shí)例應(yīng)用實(shí)例1：DMD全基因捕獲測序應(yīng)用實(shí)例2：線粒體相關(guān)疾病應(yīng)用實(shí)例3：NF1外顯子缺失診斷應(yīng)用實(shí)例4：TSC2外顯子缺失診斷應(yīng)用實(shí)例5：多囊腎、成骨不全、馬凡綜合癥應(yīng)用實(shí)例6：利用全外顯子測序?qū)Σ∪诉M(jìn)行診斷應(yīng)用實(shí)例7：線粒體相關(guān)眼病家系

應(yīng)用實(shí)例8：血片基因篩查應(yīng)用實(shí)例9：眼科疾病基因篩查應(yīng)用實(shí)例10：新生兒遺傳疾病確診應(yīng)用實(shí)例11：X染色體全基因捕獲測序應(yīng)用實(shí)例12：癲癇疾病輔助診斷應(yīng)用實(shí)例13：耳聾患者基因檢測實(shí)例應(yīng)用實(shí)例14：ALS疾病相關(guān)基因檢測實(shí)例應(yīng)用實(shí)例15：CMT疾病相關(guān)基因檢測實(shí)例應(yīng)用實(shí)例16：新生兒疾病輔助診斷實(shí)例捕獲測序應(yīng)用實(shí)例1：DMD全基因捕獲測序1.人類最大的基因，60%擴(kuò)增，缺失，40%突變，發(fā)病率1/3500.病人DNAMLPA或者芯片CGH技術(shù)檢測出擴(kuò)增或缺失（~60-65%）桑格測序技術(shù)檢測出堿基突變（~35-40%）病人DNA新一代捕獲測序技術(shù)一次性同時(shí)檢測出擴(kuò)增，缺失，堿基突變（100%）傳統(tǒng)技術(shù)和捕獲測序技術(shù)流程對比A2.Wang,Z.,Cui,F.,Chen,D.,Pu,C.,Chen,Z.,Yang,F.,Wu,H.andHuang,X.(2013),Coexistenceofperipheralmyelinprotein22anddystrophinmutationsinachineseboy.

MuscleNerve.doi:

10.1002/mus.23918捕獲測序DMD基因檢測結(jié)果無擴(kuò)增或缺失擴(kuò)增缺失

AAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCACTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCACCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCACTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCACTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCACTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCACTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTTACTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTATACTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACAATACTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTA突變A2.Wang,Z.,Cui,F.,Chen,D.,Pu,C.,Chen,Z.,Yang,F.,Wu,H.andHuang,X.(2013),Coexistenceofperipheralmyelinprotein22anddystrophinmutationsinachineseboy.

MuscleNerve.doi:

10.1002/mus.23918捕獲測序DeletionaCGH發(fā)現(xiàn)D-WMXN樣本在X染色體31.8~31.9Mb處，存在約110Kb的缺失片段測序結(jié)果吻合A2.Wang,Z.,Cui,F.,Chen,D.,Pu,C.,Chen,Z.,Yang,F.,Wu,H.andHuang,X.(2013),Coexistenceofperipheralmyelinprotein22anddystrophinmutationsinachineseboy.

MuscleNerve.doi:

10.1002/mus.23918捕獲測序DuplicationHuahong是Liuxiaorui的母親，Huahong是攜帶者，Liuxiaorui是患兒?；純篖iuxiaorui是遺傳了Huahong重復(fù)的片斷。兩個(gè)人的位置應(yīng)該一致。測序發(fā)現(xiàn)的結(jié)果是兩人重復(fù)的區(qū)域一致捕獲測序Sample:CD3Deletion:chrX:31793TestResultforSampleCD3說明：Y軸為序列的數(shù)量，X軸為染色體位置，Y值加倍表示重復(fù)；Y值趨于0意味著缺失；本樣本在chrX:31793區(qū)間發(fā)生大片段缺失，是導(dǎo)致DMD疾病的致病原因。下圖是正常樣本的覆蓋圖作為對照參考。捕獲測序NoduplictionorlargedeletionscDNAposition:4999-5003delCAGDNAposition:chrX:32383DMDTestResultforSampleDTJQ說明：Y軸為序列的數(shù)量，X軸為染色體位置，Y值加倍表示重復(fù)；Y值趨于0意味著缺失；本樣本沒有發(fā)現(xiàn)大片段重復(fù)或缺失，但是在chrX:32383區(qū)間發(fā)生CTG缺失，導(dǎo)致cDNAposition:4999-5003delCAG缺失，Ala(A).Glu(E)->Glu(E)是導(dǎo)致DMD疾病的致病原因。捕獲測序應(yīng)用實(shí)例2：線粒體相關(guān)疾病線粒體病是一大類遺傳代謝病，發(fā)病頻率約為1/200.線粒體病主要包括：母系遺傳Leigh綜合征，線粒體肌病，多系統(tǒng)疾病、心肌病、進(jìn)行性眼外肌麻痹，Leer遺傳性視神經(jīng)病，線粒體肌病，肌病，糖尿病和耳聾等等。線粒體大小16569bp，傳統(tǒng)測序復(fù)雜且費(fèi)用高昂。和傳統(tǒng)PCR方法相比，捕獲測序有如下優(yōu)勢：操作簡單，不需要設(shè)計(jì)特定引物，沒有PCR失敗的風(fēng)險(xiǎn)對樣本質(zhì)量要求不高，石蠟包埋樣本等無法用PCR方法的樣本都適用測序的均勻性和覆蓋度較PCR方法好

每一個(gè)堿基突變檢測靈敏度為2%捕獲測序線粒體相關(guān)心肌病輔助診斷實(shí)例樣本線粒體位置參考堿基突變堿基突變堿基深度總測序深度突變頻率MG_S119410AT25512040.2118MG_S119501GA24618590.1323MG_S119829AG24843100.0575MG_S1191721GA24320730.1172MG_S1192222AG24713200.1871MG_S1192354CT25521060.1211MG_S1192485CT25530900.0825MG_S1193243AG18421090.0872MG_S1194821GA24421120.1155MG_S1195581CT25417290.1469MG_S1196024GA24948700.0511MG_S1196217TC24950390.0494捕獲測序應(yīng)用實(shí)例3：NF1外顯子缺失診斷實(shí)例1.王某，被醫(yī)院診斷為多發(fā)性神經(jīng)纖維瘤，這種疾病一般是由NF1或NF2基因突變導(dǎo)致的。NF1的變化在臨床上是很常見的，不僅在不相關(guān)的個(gè)體之間以及家族性成員之間，就是在同一個(gè)體的一生里也會(huì)發(fā)生改變。NF1的突變主要是雜合性缺失。已有超過1000種導(dǎo)致1型神經(jīng)纖維瘤病的NF1突變被鑒定。這些突變中的絕大部分在一個(gè)家族中都是特異的。許多NF1突變會(huì)導(dǎo)致一種縮短的神經(jīng)纖維蛋白。這種蛋白不能發(fā)揮其抑制細(xì)胞增殖的作用。利用基因捕獲測序技術(shù)，將NF1,NF2基因以及其他參考基因捕獲出來進(jìn)行新一代測序分析，100%檢測此基因的所有外顯子，沒有發(fā)現(xiàn)突變，但是發(fā)現(xiàn)了NF1基因在16-32號外顯子區(qū)域有缺失，導(dǎo)致NF1蛋白縮短，功能缺失。16-32號外顯子缺失捕獲測序應(yīng)用實(shí)例4：TSC2外顯子缺失診斷實(shí)例2，謝某，被醫(yī)院診斷患有為結(jié)節(jié)性硬化癥，主要表現(xiàn)顏面部皮脂腺瘤、癲癇、智力不足及眼部視網(wǎng)膜等處的病變。亦可有顱骨鈣化，或合并心、腎、骨等部位的腫瘤。為常染色體顯性遺傳病?；蚨ㄎ挥?q34或16p13.3為腫瘤抑制基因，分別命名為TSC1和TSC2。利用基因捕獲測序技術(shù)，將TSC1,TSC2基因以及其他參考基因捕獲出來進(jìn)行新一代測序分析，100%檢測此基因的所有外顯子，在TSC2基因的40號外顯子上發(fā)現(xiàn)了p.P1737L的突變，但是這個(gè)突變的意義還不是很明確，所以不能立即判定此病人是由這個(gè)突變導(dǎo)致的。進(jìn)一步的數(shù)據(jù)分析，發(fā)現(xiàn)了TSC2基因在40-44號外顯子區(qū)域有缺失，導(dǎo)致TSC2蛋白縮短，功能缺失，可以判定為導(dǎo)致此病的主要原因。

40-44號外顯子缺失捕獲測序應(yīng)用實(shí)例5：多囊腎、成骨不全、馬凡綜合癥多囊腎PKD1,PKD2：PKD1:c.del9082CT黏脂貯積癥GNPTAB:p.Arg364X多巴反應(yīng)性肌張力障礙GCH1:p.Arg57Gln成骨不全COL1A1/COL1A2：COL1A2：p.Gly280Ser馬凡綜合癥FBN1:p.Gln1990X肥厚心肌病多基因：MYH7:R453C

捕獲測序應(yīng)用實(shí)例6：利用全外顯子測序?qū)Σ∪诉M(jìn)行診斷實(shí)例：病人，王某，56歲，女，有家族性遺傳病史，但是不是很確定什么疾病外周血中提取DNA全基因組文庫構(gòu)建全外顯子捕獲測序測序數(shù)據(jù)分析找出SNP，mutation,INDEL疾病數(shù)據(jù)庫比對找出遺傳疾病相關(guān)基因突變Sanger測序驗(yàn)證已知基因已知位點(diǎn)突變已知基因未知位點(diǎn)突變未知基因未知位點(diǎn)突變疾病臨床指導(dǎo)捕獲測序全外顯子測序診斷結(jié)果實(shí)例：病人，王某，56歲，女，有家族性遺傳病史，但不是很確定什么疾病數(shù)目總的新突變數(shù)812總的突變基因數(shù)486疾病相關(guān)基因突變數(shù)74無義突變數(shù)32錯(cuò)義突變數(shù)713剪切位點(diǎn)突變數(shù)67疾病相關(guān)基因中無義突變數(shù)7（2種致?。┘膊∠嚓P(guān)基因中錯(cuò)義突變數(shù)63（7種可能致?。┘膊∠嚓P(guān)基因中剪切位點(diǎn)突變數(shù)5捕獲測序全外顯子測序診斷結(jié)果實(shí)例：病人，王某，56歲，女，有家族性遺傳病史，但不是很確定什么疾病家族性冷因性自體發(fā)炎綜合癥NLRP12顯性NLRP12:W408X家族性冷因性自體發(fā)炎綜合癥：家族性冷因性自體發(fā)炎綜合癥是冷因性蕁麻疹的一種變相形式,是較少見的慢性蕁麻疹?；颊咴诮佑|冷水或食用冷飲數(shù)分鐘或數(shù)小時(shí)后,發(fā)生局部或全身性的蕁麻疹。家族冷因性發(fā)炎綜合癥基因攜帶者主要在青年時(shí)段發(fā)病，五年內(nèi)約有五成患者自行痊愈或改善，除上述接觸冷水或食用冷飲誘發(fā)的主因外，部分患者還會(huì)因?yàn)槠渌厥猸h(huán)境誘發(fā)，比如因感染幽門桿菌，昆蟲叮咬，藥物等而誘發(fā)。原發(fā)性開角型青光眼MYOC顯性MYOC:R46X原發(fā)性開角型青光眼：發(fā)病隱蔽,進(jìn)展較為緩慢,非常難察覺,故早期一般無任何癥狀,當(dāng)病變發(fā)展到一定程度時(shí),可出現(xiàn)輕度眼脹、視力疲勞和頭痛,視力一般不受影響,而視野逐漸縮小。晚期視野縮小呈管狀時(shí),出現(xiàn)行動(dòng)不便和夜盲。有些晚期病例可有視物模糊和虹視。一般在幼兒或少兒時(shí)出現(xiàn)臨床表現(xiàn)。如在3歲以前發(fā)病,可出現(xiàn)羞明、溢淚、眼瞼痙攣和大角膜；3歲以后發(fā)病,則可表現(xiàn)為少兒進(jìn)行性近視。根據(jù)美國Quigley的估算，2000年全球的青光眼患者達(dá)6700萬人，到2020年全球?qū)⒂星喙庋刍颊?960萬，其中原發(fā)性開角型青光眼占2/3~3/4。在亞洲，最近15年青光眼患病率的數(shù)據(jù)在不斷增加，受研究條件和診斷技術(shù)水平的限制，研究質(zhì)量參差不齊。1989年我國學(xué)者胡錚發(fā)表了順義地區(qū)青光眼患病率數(shù)據(jù)，認(rèn)為原發(fā)性青光眼的患病率在一般人群中是0.68%。捕獲測序應(yīng)用實(shí)例7：線粒體相關(guān)眼病家系

方法：線粒體全基因捕獲測序，檢測每個(gè)>2%以上的突變位點(diǎn)結(jié)果：母攜帶者：c.14484T>C突變，突變率10.68%；子病人1：c.14484T>C突變，突變率100%；子病人2：c.14484T>C突變，突變率100%；正常對照家庭成員：無突變捕獲測序應(yīng)用實(shí)例8：血片基因篩查方法：從新生兒足跟血片中提取DNA,捕獲700種遺傳疾病基因和microdeletion和duplication結(jié)果：

（明確致病甲基丙二酸血癥）樣本1：發(fā)現(xiàn)MMACHC:Y205X，MMACHC:R206W兩個(gè)基因突變樣本2：發(fā)現(xiàn)MMACHC:W203X，MMACHC：chr1:45974604InsT單堿基插入捕獲測序應(yīng)用實(shí)例9：眼科疾病基因篩查方法：從2ml血液中提取DNA,捕獲371種眼科相關(guān)疾病基因結(jié)果：

（確診LCA1這種眼科疾?。颖荆喊l(fā)現(xiàn)GUCY2D:c.3176AC/-兩個(gè)堿基純合缺失，明確導(dǎo)致LCA1這種臨床較難判斷的眼科疾病。A1.HuangX-F,XiangP,ChenJ,XingD-J,HuangN,etal.(2013)TargetedExomeSequencingIdentifiedNovelUSH2AMutationsinUsherSyndromeFamilies.PLoSONE8(5):e63832.doi:10.1371/journal.pone.0063832捕獲測序應(yīng)用實(shí)例10：新生兒遺傳疾病確診項(xiàng)目：一新生兒，臨床患低血糖癥，新生兒黃疸，肌張力不高等表現(xiàn)，臨床很難進(jìn)行明確診斷方法：從2ml血液中提取DNA,捕獲700種遺傳疾病相關(guān)基因結(jié)果：

DGUOK的基因編碼區(qū)c.500處發(fā)現(xiàn)TATC純合缺失，導(dǎo)致編碼框移位，蛋白功能缺失。因此，明確診斷該疾病為mitochondrialDNAdepletionsyndrometype3(MTDPS3)[MIM:251880]捕獲測序應(yīng)用實(shí)例11：X染色體全基因捕獲測序項(xiàng)目：X連鎖的家系視網(wǎng)膜色素變性方法：從2ml血液中提取DNA,捕獲X染色體上的所有基因結(jié)果：

通過基因連鎖分析，發(fā)現(xiàn)該家系成員的視網(wǎng)膜色素變性致病基因位點(diǎn)為：RPGR:S284X。通過此方法，找到了該家庭重要的發(fā)病原因，為臨床確診做出了重要參考。捕獲測序應(yīng)用實(shí)例12：癲癇疾病輔助診斷項(xiàng)目：癲癇疾病的病人，亞型太多，無法準(zhǔn)確判斷方法：從2ml血液中提取DNA,捕獲315個(gè)癲癇相關(guān)基因深度測序結(jié)果：

基因染色體位置堿基改變氨基酸改變Het/hom測序深度可疑疾病CDKL5chrX1109delCFrameshiftHet785/881(0.47)Epilepticencephalopathy,earlyinfantile,2X染色體顯性遺傳，高度懷疑捕獲測序應(yīng)用實(shí)例13：耳聾患者基因檢測實(shí)例項(xiàng)目：一耳聾患者，傳統(tǒng)的耳聾熱點(diǎn)篩查沒有檢測出相關(guān)基因方法：從2ml血液中提取DNA,捕獲已知耳聾相關(guān)的102個(gè)基因的所有外顯子區(qū)域以及致病的線粒體相關(guān)區(qū)域結(jié)果：

通過基因分析，發(fā)現(xiàn)該耳聾患者的明確致病基因位點(diǎn)為：TMC1：D572N。通過此方法，找到了該家庭重要的發(fā)病原因，為臨床診斷及將來的產(chǎn)前診斷做出了重要參考。捕獲測序應(yīng)用實(shí)例14：ALS疾病相關(guān)基因檢測實(shí)例項(xiàng)目：一ALS疾病患者，急需檢測相關(guān)致病基因，以便其做產(chǎn)前診斷方法：從2ml血液中提取DNA,捕獲已知ALS相關(guān)的27個(gè)基因的所有外顯子區(qū)域，進(jìn)行深度測序結(jié)果：通過基因分析，在其SOD1基因發(fā)現(xiàn)一個(gè)突變，該突變造成SOD1基因在其編碼區(qū)產(chǎn)生一個(gè)錯(cuò)義突變（p.L85F）。此突變被報(bào)道與ALS直接相關(guān)。因此，找到了該樣本的明確致病性突變。捕獲測序應(yīng)用實(shí)例15：CMT疾病相關(guān)基因檢測實(shí)例項(xiàng)目：一臨床上被診斷為CMT疾病的患者，需要明確致病基因位點(diǎn)以幫助明確診斷，同時(shí)還可輔助其做產(chǎn)前診斷方法：從2ml血液中提取DNA,捕獲已知CMT相關(guān)的33個(gè)基因的所有外顯子區(qū)域，進(jìn)行深度測序結(jié)果：該樣本在經(jīng)由外顯子捕獲測序結(jié)果顯示，在其GJB1基因編碼區(qū)發(fā)現(xiàn)一個(gè)錯(cuò)義突變（p．Arg75Gln），這種錯(cuò)義突變造成基因編碼蛋白氨基酸組成的改變。此突變曾被報(bào)道與CMT直接相關(guān)，因此明確了該樣本的致病原因。捕獲測序應(yīng)用實(shí)例16：新生兒疾病輔助診斷實(shí)例項(xiàng)目：一臨床上產(chǎn)生各種復(fù)雜癥狀，疑似leigh綜合癥，但又不能確證方法：從2ml血液中提取DNA,捕獲700新生兒遺傳疾病相關(guān)的基因的所有外顯子區(qū)域，進(jìn)行深度測序結(jié)果：該樣本在經(jīng)由新生兒700種遺傳疾病基因全部外顯子捕獲測序結(jié)果顯示，在其PDHA1的基因編碼區(qū)發(fā)現(xiàn)N164S純合突變，該突變曾被報(bào)道與Pyruvatedehydrogenasedeficiency相關(guān),導(dǎo)致X連鎖的LeighSyndrome.因此，對該患者進(jìn)行了確診，同時(shí)還找到了致病原因。A3.Yang,Y.,J.Wu,H.Liu,X.Chen,Y.Wang,M.ZhaoandX.He."TwoHomozygousNonsenseMutationsofGnptabGeneinTwoChineseFamilieswithMucolipidosisIiAlpha/BetaUsingTargetedNext-GenerationSequencing."Genomics,(2013).捕獲測序MyGenostics首席科學(xué)家發(fā)表文章14.KindeI,BettegowdaC,WangY,WuJ,AgrawalN,ShihIeM,KurmanR,DaoF,LevineDA,GiuntoliR,RodenR,EshlemanJR,CarvalhoJP,MarieSK,PapadopoulosN,KinzlerKW,VogelsteinB,DiazLAJr.EvaluationofDNAfromthepapanicolaoutesttodetectovarianandendometrialcancers.SciTranslMed.2013Jan9;5(167):16713.MarkSausen,RebeccaJ.Leary,SianJones,JianWu,C.PatrickReynolds,XueyuanLiu,AmandaBlackford,GiovanniParmigiani,LuisA.Diaz,Jr.1,NickolasPapadopoulos,BertVogelstein,KennethW.Kinzler,VictorE.Velculescu,MichaelD.Hogarty.IntegratedgenomicanalysesidentifyARID1AandARID1Balterationsinthechildhoodcancerneuroblastoma.NatGenet.2012Dec16;45(1):12-17.12.HannoMatthaei1,4,?,JianWu5,6,?,MarcoDalMolin1,MarijaDebeljak1,PhilippLingohr4,NoraKatabi7,DavidS.Klimstra7,N.VolkanAdsay8,JamesR.Eshleman1,2,RichardD.Schulick1,3,KennethW.Kinzler5,BertVogelstein5,9,RalphH.Hruban1,2,AnirbanMaitra1,2,*GNAScodon201mutationsareuncommoninintraductalpapillaryneoplasmsofthebileduct.HPB.18JUN2012.(Co-firstauthor).11.LuisA.DiazJr,RichardWilliams,JianWu,IsaacKinde,J.RandolphHecht,JordanBerlin,BenjaminAllen,IvanaBozic,JohannesG.Reiter,MartinA.Nowak,KennethW.Kinzler,KellyS.Oliner,BertVogelstein.ThemolecularevolutionofacquiredresistancetotargetedEGFRblockadeincolorectalcancers.Nature,June28th,2012.10.MitsuroKanda*,HannoMatthei*,JianWu*,Seung-MoHong,JunYu,MichaelBorges,RalphH.Hruban,AnirbanMaitra,BertVogelstein,MichaelGoggins.Ageneticbasisfortheinitiationofpancreaticintraepithelialneoplasias.Gastroenterology2012,Jan5th.(Co-firstauthor).9.JianWu,YuchenJiao,MarcoDalMolin,AnirbanMaitra,RoelandDeWilde,LauraWood,JamesEshleman,MichaelGoggins,MarciaL.Canto,RichardD.Schulick,BarishH.Edil,ChristopherL.Wolfgang,MichaelChoti,VolkanAdsay,DavidKlimstra,G.JohanA.Offerhaus,AlisonP.Klein,LevyKopelovich,RachelKarchin,PeterJ.Allen,C.MaxSchmidt,LuisA.Diaz,Jr.,KennethWKinzler,NickolasPapadopoulos,RalphH.Hruban,BertVogelstein.Whole-exomesequencingofneoplasticcystsofthepancreasrevealsrecurrentmutationsincomponentsofubiquitin-dependentpathways.

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