基因組文庫和cDNA文庫的比較.ppt

1、,基因組文庫和cDNA文庫的比較,01,基因組文庫,02,cDNA文庫,03,兩者比較,01,基因組文庫 概念 文庫構(gòu)建（原核） 文庫構(gòu)建（真核）,01,概念,基因組文庫：某種生物基因組的全部遺傳信息通過克隆載體貯存在一個受體菌的群體中，這個受體菌群體就是該種生物的基因組文庫。 公式:N=ln（1-P）/ln（1-f）, 實際克隆子數(shù)應(yīng)為2N3N或更大。,01,文庫構(gòu)建（原核）,物理學(xué)方法：機械類或超聲波等 生物化學(xué)方法：限制酶部分切割,制備基因組DNA并片段化,重組DNA導(dǎo)入受體菌細胞并擴增,DNA片段與載體重組連接,篩選鑒定基因組文庫,原核生物基因組較小，一般采用質(zhì)粒載體或載體。,01,文

2、庫構(gòu)建（真核）,a.構(gòu)建 噬菌體型基因組文庫,真核生物和原核生物基因組文庫構(gòu)建的原理和過程基本相似，方法有異（原核采用質(zhì)粒載體或載體）。下面介紹三種方法：,01,文庫構(gòu)建（真核）,b.構(gòu)建 Cosmid基因組文庫,由于篩選困難、重組效率低、文庫不易貯存，Cosmid使用不如噬菌體載體普遍。,01,文庫構(gòu)建（真核）,c.構(gòu)建酵母人工染色體型基因組文庫,酵母人工染色體,02,基因組文庫 概念 文庫制備,02,概念,cDNA文庫：以mRNA為模板，經(jīng)反轉(zhuǎn)錄酶催化，在體外反轉(zhuǎn)錄成cDNA，與適當?shù)妮d體連接后轉(zhuǎn)化受體菌，則每個細菌含有一段cDNA，并能繁殖擴增，這樣包含著細胞全部mRNA信息的cDNA克

3、隆集合稱為該組織細胞的cDNA文庫。 公式:N=ln（1-P）/ln（1-f）,02,文庫構(gòu)建,細胞總RNA的制備及mRNA的分離 包括mRNA、tRNA、rRNA cDNA第一條鏈的合成 oligo引導(dǎo)合成法、隨機引物引導(dǎo)合成法 雙鏈cDNA的合成 四種常用方法 cDNA與載體的連接和噬菌體顆粒的包裝及轉(zhuǎn)染或質(zhì)粒的轉(zhuǎn)化,02,文庫構(gòu)建,引導(dǎo)合成第一鏈,oligo,02,文庫構(gòu)建,雙鏈 合成方法,DNA,02,文庫構(gòu)建,大腸桿菌 酶降解取代法,RNaseH,02,文庫構(gòu)建,寡聚引物引導(dǎo)法,Oligo,02,文庫構(gòu)建,PCR法,03,比較 cDNA文庫優(yōu)點 基因組文庫優(yōu)點,03,cDNA文庫優(yōu)點,真核生物克隆序列直接應(yīng)用于基因工程，基因組文庫不能。,以mRNA為原料，研究RNA病毒的基因組結(jié)構(gòu)和基因克隆分離。,復(fù)雜性低、篩選簡易。其克隆子數(shù)為基因組文庫的十分之一。,假陽性概率低。基因組克隆子復(fù)雜，假陽性概率高。,03,基因組文庫優(yōu)點,基因組文庫含有全部基因， cDNA文庫只含有全部蛋白質(zhì)編碼的結(jié)構(gòu)基因且受材料影響,cDNA文庫能反映mRNA信息，但不能直接獲得基因的內(nèi)含子序列和基因編碼區(qū)外大量的調(diào)控序列信息。需要基因組文庫。,cDNA文庫中，高豐度mRNA的cDNA克隆,所