高斯以及GV的基本操作.ppt

1、高斯和高斯view的基本操作,Gaussview的使用必須要進(jìn)行高斯的安裝, 高斯的安裝直接點(diǎn)擊安裝程序中的SETUP.EXE，按照操作進(jìn)行，安裝過程中按照要求輸入PIN.txt文件中的pin碼，然后安裝GV，操作不走和高斯雷同。,1、前期的準(zhǔn)備：結(jié)構(gòu)優(yōu)化,1、在Chemdraw里面畫好分子，然后copy到Chem3D運(yùn)用mm2進(jìn)行初步的優(yōu)化。將靜態(tài)位阻能相對(duì)較低的構(gòu)型保存為pdb或者mol格式(mol更好)；,2、Gaussview打開mol文件，保存gjf文件； 3、用Editplus軟件打開gjf，進(jìn)行修改并寫入結(jié)構(gòu)優(yōu)化命令,其中注意： 1、mol文件保存路徑（英文）； 2、從單晶gif

2、文件里面copy的結(jié)構(gòu)，注意：雙鍵和氫的數(shù)目，檢查鍵角的合理性，并手動(dòng)完善后，然后保存為gjf的格式。如左上圖所示。 3、 Gaussview打開mol文件，保存gjf文件時(shí)，將write cartesians 的 ()去掉。如左下圖所示,Editplus修改命令行,如圖所示， 1、第一行為chk行，也就是計(jì)算中對(duì)于分子軌道猜測(cè)的文件。書寫為：%chk=文件名.chk； 2、第二行為并行核的設(shè)置，8核寫8。，4核寫4:%nproc=4; 3、第三行為內(nèi)存的設(shè)置：一幫情況下結(jié)構(gòu)優(yōu)化內(nèi)存設(shè)置大約為50MW到200MW，體系大可以適當(dāng)增加內(nèi)存：%mem=400MW； 結(jié)構(gòu)優(yōu)化：內(nèi)存不大 光學(xué)性質(zhì)：內(nèi)

3、存稍微大點(diǎn),Editplus修改命令行,4、第四行為命令行， b97d指的是方法，tzvp指的是基組 opt指的是任務(wù)關(guān)鍵字，例如opt表示這個(gè)任務(wù)為結(jié)構(gòu)優(yōu)化# b97d/tzvp opt；其中： 方法選擇： 具有弱相互作用選：b97d,D3，M06-2X 一般情況下，沒有金屬選：b3lyp 基組選擇：（用數(shù)學(xué)的方式描述分子軌道） 具有弱相互作用選：tzvp 不具有弱相互作用選：6-31g（d）或6-31g* 5、第五行和第七行空置 6、文件名 5、第八行0表示分子帶的電荷，1表示自旋多重度 自旋多重度：2s+1原則 中性分子（0，1）、陰離子自由基（-2,5）、三線態(tài)（3）,Editplus

4、修改命令行注意事項(xiàng),新建立的gjf文件在最后一般都會(huì)有一段參數(shù)描述，如果保存為Z矩陣模式則需去掉后面的參數(shù)，如上圖 為去掉參數(shù)后的形式；下圖為笛卡爾坐標(biāo)且未去掉參數(shù)的形式，分子結(jié)構(gòu)輸入完成后要有1-2個(gè)空行,過渡金屬配合物的優(yōu)化,%chk=文件名.chk； %nproc=8; %mem=1000MW（不要超過2000mw機(jī)器最高線） # p opt b3lyp/gen（自定義基組）pseudo=read 5d 。 。（坐標(biāo)） 空格一行 C H O N 0(零) 6-31g*（所有C H O N 都為這個(gè)基組計(jì)算） * M 0（M金屬的元素符號(hào)，0-零） lanl2dz（所有的M用lanl2dz

5、 計(jì)算） * 空格 M 0 lanl2dz 空格,2、前期的準(zhǔn)備：自己的電腦與工作站的連接 計(jì)算機(jī)賬戶與密碼,98 8核艮泰：,root MSOS IAM iam (常用軟件以及計(jì)算賬戶) MSOSMSOS gentai gentai jiewei 未知,99 4核京峰：,root gmsos GMSOSgmsosxie (常用軟件以及計(jì)算賬戶) Jf 未知 tai qwerty,常用連接軟件XSHELL, XFTP,連接上之后，如果想看工作站正在工作的情況，在命令行中輸入：top 后回車在PID USER中看cpu的使用情況,3、開始計(jì)算：文件傳輸

6、,通過Xftp軟件將，寫好的gjf文件傳輸?shù)焦ぷ鞯挠?jì)算機(jī)上，如上圖。然后在工作計(jì)算機(jī)上建立在sh文件，可以拖到自己電腦上，通過Editplus軟件打開修改，格式為： nohup 文件名.gjf 文件名.log & 。然后打開上面菜單欄，紅色的Xshell，進(jìn)入命令輸入模式，,任務(wù)結(jié)束的兩個(gè)判定標(biāo)準(zhǔn),Normal ！,結(jié)構(gòu)優(yōu)化的任務(wù)中前兩個(gè)yes， 后兩個(gè)最好有2個(gè)yes,4、結(jié)構(gòu)優(yōu)化可以得到的內(nèi)容,1：前線分子軌道； 2：分子能量； 3：電荷與靜電勢(shì)分布,1）、建立f.chk文件,2）、在Gaussview中打開fchk文件計(jì)算前線分子軌道,3）、a：在Gaussview中打開f.chk文件看

7、分子能量,3）、b：在EditPlus中打開log文件看分子能量,搜索文本中最后一個(gè)能量參數(shù):SCF 對(duì)應(yīng)的E即為分子能量，單位：Hartree 1 Hartree=27.2114ev= 2625.499 62 kJ/mol = 627.509469 kcal/mol,4）、在Gaussview中打開f.chk文件看電荷,5、利用結(jié)構(gòu)優(yōu)化做其他計(jì)算,1：將log文件用GV打開保存為gjf文件 2：用Editplus軟件打開修改命令行 3：td 指進(jìn)行紫外吸收的計(jì)算， td opt指進(jìn)行激發(fā)態(tài)優(yōu)化,6、紫外吸收光譜的計(jì)算,一、原理： 計(jì)算激發(fā)吸收，即為紫外吸收光譜 二、gjf文件的書寫 在優(yōu)化結(jié)

8、構(gòu)的gjf文件基礎(chǔ)上修改 %chk=文件名 #opt geom=connectivity b97d tzvp改為#td（root=1，nstart=15） geom=connectivity b97d tzvp 其中重金屬：nstart=50 計(jì)算完的log文件繪圖 三、繪圖 1、用GaussSun.exe 軟件打開文件名.log文件，選：Electroic transions,UV-visable,然后點(diǎn)擊右邊的圖標(biāo)，同時(shí)會(huì)在log文件所在的文件夾，生成GaussSun2.2的文件夾，記載這個(gè)譜圖的數(shù)據(jù)。 2、將數(shù)據(jù)導(dǎo)入orgin 8.0中，歸一化,將計(jì)算激發(fā)態(tài)的log文件在Gausssun

9、.exe中打開,同時(shí)生成一對(duì)應(yīng)文件夾gausssum2.2中有相關(guān)的紫外譜圖數(shù)據(jù),Energy能量,Wavelength波長,Osc.strength振子強(qiáng)度：在給定的譜線內(nèi)，和一個(gè)原子的吸收作用相等效的諧振子的數(shù)目 表征原子的吸收或發(fā)射的重要物理參數(shù)。經(jīng)典電動(dòng)力學(xué)把輻射或吸收的基本單元看作是諧振子。電磁波的發(fā)射或吸收是由諧振子作簡(jiǎn)諧運(yùn)動(dòng)引起的。由此可以計(jì)算出一個(gè)振子的吸收系數(shù)。在確定的譜線內(nèi)通常把一個(gè)原子的吸收作用用等效的振子數(shù)表達(dá)，這個(gè)數(shù)就叫作振子強(qiáng)度,常用f來表示。fik表示從分立能級(jí)i躍遷到k的振子強(qiáng)度。已知振子強(qiáng)度，就可求出原子吸收系數(shù)。,另一文件:UVSpectrum.txt拖入o

10、rigin 軟件，作圖，歸一化。如果直接不行，就先將數(shù)據(jù)拷貝到EXECL中，在origin 軟件。,7、熒光發(fā)射光譜的計(jì)算,一、原理： 將激發(fā)態(tài)優(yōu)化后，在到激發(fā)態(tài)，即為熒光發(fā)射光譜 二、gjf文件的書寫 1、優(yōu)化激發(fā)態(tài) 在激發(fā)態(tài)的gjf文件基礎(chǔ)上修改 #td（root=1，nstart=15） geom=connectivity b97d tzvp改為 #空格opt td（root=1，nstart=3） geom=connectivity b97d tzvp 2、從優(yōu)化的激發(fā)態(tài)躍遷到激發(fā)態(tài) #空格opt td（root=1，nstart=3） geom=connectivity b97d t

11、zvp改為 #td（root=1，nstart=15） geom=connectivity b97d tzvp 三、繪圖 1、用GaussSun.exe 軟件打開文件名.log文件，選：Electroic transions,UV-visable,然后點(diǎn)擊右邊的圖標(biāo)，同時(shí)會(huì)在log文件所在的文件夾，生成GaussSun2.2的文件夾，記載這個(gè)譜圖的數(shù)據(jù)。 2、將數(shù)據(jù)導(dǎo)入orgin 8.0中，歸一化,8、勢(shì)能面掃描,一、原理 固定分子中的某個(gè)參數(shù)：如二面角、鍵角、鍵長，沿著旋轉(zhuǎn)的過程中能量的變化，找出最穩(wěn)結(jié)構(gòu) 二、計(jì)算過程 1、修改坐標(biāo) 打開GaussView， 點(diǎn)擊 出現(xiàn)對(duì)話框，點(diǎn)擊ADD，之后 選擇旋轉(zhuǎn)的條件:如圖：選擇bond 選擇相應(yīng)的鍵長 選擇scan coordinate，多少step， 多少步長。 2、點(diǎn)擊 Submit 3、results-scan 出現(xiàn)圖 Save date 4、或者將數(shù)據(jù)導(dǎo)出用orgin8.0作圖 擬合： Analysis-fitting-polynomial fit-open dial 出現(xiàn)對(duì)話框 polyorder2（一般）或者4 擬合，找出對(duì)應(yīng)的數(shù)學(xué)公式,常用的一些口令,Xshell中 gr