《ubmed學習教程》PPT課件.ppt

1、2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,1,醫(yī)學文獻數(shù)據(jù)庫MEDLINE,IE 6.0以下版本，應(yīng)用火狐瀏覽器（下載網(wǎng)址及軟件）,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,2,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,3,一、數(shù)據(jù)庫概況,（一）編制單位：美國國立醫(yī)學圖書館(NLM) 。 （二）收錄學科內(nèi)容： 主要收錄生物醫(yī)學、衛(wèi)生保健以及生命科學相關(guān)文獻。 包括行為科學、健康專業(yè)所需要的化學、生物工藝學，基礎(chǔ)研究和臨床、護理、公共衛(wèi)生、衛(wèi)生政策發(fā)展或相關(guān)教育活動的內(nèi)容。 2000年起增加了生物、環(huán)境科學、海洋生物、植物和動物學、生物物理學和生物化學等生命科學方面的研究

2、內(nèi)容。,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,4,（三）文獻來源： 收錄70多個國家和地區(qū)的近5000種生物醫(yī)學期刊，大都經(jīng)美國衛(wèi)生健康研究院的文獻選擇技術(shù)評估委員會Literature Selection Technical Review Committee(LSTRC)評估挑選,由NLM和各專業(yè)協(xié)會的數(shù)據(jù)協(xié)作采集專家推薦。 近年數(shù)據(jù)涉及37種語種，回溯至1949年的數(shù)據(jù)涉及60種語種。數(shù)據(jù)庫47%為美國本土出版文獻，90%為英文文獻，79%的文獻有著者撰寫的英文文摘，（以上數(shù)據(jù)根據(jù)2009年7月數(shù)據(jù)庫提供）。,一、數(shù)據(jù)庫概況,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,5

3、,二、 MEDLINE的檢索平臺,廣域網(wǎng)免費平臺： NCBI-PubMed（含非MEDLINE數(shù)據(jù)）,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,6,校園網(wǎng)內(nèi)可用平臺（IP控制）： Ovid SP（含非MEDLINE數(shù)據(jù)） Web of Knowledge EBSCO OCLC First Search,二、 MEDLINE的檢索平臺,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,7,校園網(wǎng)內(nèi)可用平臺的Medline,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,8,PubMed數(shù)據(jù)庫檢索,,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室

4、,9,（一）開發(fā)機構(gòu)： NCBI（美國國立生物技術(shù)信息中心） NCBI的任務(wù): 建立基于計算機信息處理的分子生物學、生物化學、遺傳學知識的自動存儲和分析系統(tǒng)，并開展相關(guān)先進方法的研究。 促進生物技術(shù)研究者和醫(yī)藥治療人員對數(shù)據(jù)庫和軟件的使用。 促進全世界范圍內(nèi)生物技術(shù)信息收集的合作。,一、 PubMed簡介,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,10,NCBI網(wǎng)站,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,11,NCBI提供的數(shù)據(jù)庫,檢索大分子生物學數(shù)據(jù) 獲取GenBank, EMBL等數(shù)據(jù)庫的核酸序列； 獲取Swiss-

5、port,PIR,PRF,PDB等蛋白質(zhì)序列，從核酸序列翻譯到蛋白質(zhì)的序列； 獲取基因和染色體圖譜；蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)及大分子模式（MMDB）等其他生物信息數(shù)據(jù)庫檢索。 PubMed等文獻數(shù)據(jù)。,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,12,廣域網(wǎng)免費提供題錄和文摘 提供與原文的網(wǎng)址鏈接(部分免費獲?。?提供檢索詞智能轉(zhuǎn)換匹配 界面簡潔，操作簡便,（二） PubMed的特點,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,13,MDENLINE Indexed 1966 to prensent的MEDLINE已標引數(shù)據(jù)，有MeSH字段和摘要，每條記錄標有： PubMed-index

6、ed for MEDNLINE OldMDENLINE 1949-1965年間的MEDLINE數(shù)據(jù)，無MeSH字段和摘要，每條記錄標有： PubMed-OLDMDENLINE for Pre1966,（三） PubMed收錄數(shù)據(jù),2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,14,MDENLINE Inprocess 最新的MDENLINE處理中數(shù)據(jù)，未標引，無MeSH字段。每條記錄標有： PubMed-in process。 Publisher-Supplied 出版商提供的電子文獻題錄，每條記錄標有: PubMed-as supplied by publisher，分為兩類： MEDL

7、INE 收錄，逐步轉(zhuǎn)為In Process, Indexed狀態(tài)。 Not MEDLINE：PubMed 收錄，MDELINE不收錄，一直標注PubMed-as supplied by publisher或PubMed,（三） PubMed收錄數(shù)據(jù),2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,15,二、PubMed的檢索功能,基本檢索輸入框,檢索限制,高級檢索,檢索指南,檢索工具： 特定文獻檢索 臨床查詢 專題查詢,其他資源： 規(guī)范詞數(shù)據(jù)庫 期刊數(shù)據(jù)庫 臨床試驗等,個人空間,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,16,檢索欄可輸入一個或多個檢索詞（系統(tǒng)默認空格為AND檢索）

8、如：Omeprazole pharmacology,三、PubMed 基本檢索規(guī)則,多個檢索詞輸入,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,17,檢索欄可輸入布爾邏輯運算式： 如：Omeprazole AND (analogs OR derivatives) 字段限定符： ，空格按詞組匹配 如：Stem cell transplantationti（空格=詞組運算） 如：Omeprazoleti pharmacologyti（空格=“and ”運算）,三、PubMed 基本檢索規(guī)則,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,18,字段限定 stem cell transpla

9、ntationti,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,19,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,19,stem cellti AND transplantationti,比空格多檢出400篇,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,20,邏輯運算式輸入： 蘆薈治療牛皮癬， 牛皮癬出現(xiàn)在篇名中,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,21,著者檢索：姓全稱在前，名首字母在后，au。 如: smith abau “paulsen e”au,三、PubMed 基本檢索規(guī)則,邏輯運算式輸入： Paulsen E撰寫的蘆薈治療牛皮癬的文章,2020/7/

10、31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,22,刊名檢索：全稱或MEDLINE認可的標準縮寫, so 如：Journal of investigative dermatologyso J invest dermatolso,三、PubMed 基本檢索規(guī)則,輸入刊名檢索發(fā)表在該刊上的文獻（限定出處字段SO）,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,23,PubMed記錄字段說明,文摘 第一著者單位地址 出版商提供文獻識別號 著者群 版權(quán)說明 參考評論文獻 合著者 文獻參考評論 定稿版 校樣版 輸入日期 輸入完成日期 電子出版日期,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,24,電子出

11、版日期 文獻出版日期 數(shù)據(jù)加入PubMed日期 文獻勘誤 參考文獻勘誤 全部著者姓名 全部調(diào)研者姓名 作為文章主題的著者全稱 文獻相關(guān)注釋 基金編號 基因符號 期編號 資助調(diào)研者 資助調(diào)研單位 國際標準期刊號 美國立醫(yī)學圖書館識別號 期刊全稱,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,25,最后修訂日期 規(guī)范詞表詞 規(guī)范詞確立日期 系統(tǒng)組織的文摘 版權(quán)擁有者 題錄提供機構(gòu)的識別號 病史相關(guān)與原始記錄 其他關(guān)鍵詞 提供其他關(guān)鍵詞的機構(gòu) 數(shù)據(jù)提供者機構(gòu) 文章總頁數(shù) 出版商提供數(shù)據(jù)時間 期刊出版國 數(shù)據(jù)庫文獻編號,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,26,作為主題詞的個人姓名

12、出版狀態(tài) 文獻類型 出版模式（紙張或電子） 參考文獻數(shù) 已撤回的文獻 酶或化學物質(zhì)代碼 正在撤消中的文章 初版文獻 修訂和再版的文章 子專題文檔 太空署提供的數(shù)據(jù) 二次文獻數(shù)據(jù)庫以及文章討論的分子序列訪問號 原文來源 引用了病例的文獻內(nèi)部處理代碼 標準期刊縮寫 文獻標題 翻譯標題 更新文獻 文獻正在更新 期刊卷號,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,27,截詞檢索：treat* 可檢出：treat, treated, treatment. 強迫短語檢索：“ ”，不進行自動轉(zhuǎn)換匹配和擴展檢索 如：“acute low back pain” “ang 1”（血管緊張素1縮寫）檢出10

13、85篇 比較：ang 1 檢出9956篇，誤檢多，其中有：,三、PubMed 基本檢索規(guī)則,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,28,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,29,自動轉(zhuǎn)換匹配檢索詞： 對常用醫(yī)學名詞自動在規(guī)范詞索引（主題詞、副主題詞、物質(zhì)名稱）中轉(zhuǎn)換、并在所有記錄字段中匹配。 如：tongue cancer tongue neoplasmsMeSH Terms OR (tongueAll Fields AND neoplasmsAll Fields) OR tongue neoplasmsAll Fields OR (tongueAll Fields

14、AND cancerAll Fields) OR tongue cancerAll Fields,三、PubMed 基本檢索規(guī)則,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,30,結(jié)果顯示頁右側(cè)Details顯示系統(tǒng)自動匹配轉(zhuǎn)換的檢索詞,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,31,自動轉(zhuǎn)換匹配檢索詞： 如：hypertension therapy Details:(hypertensionMeSH Terms OR hypertensionAll Fields) AND (therapySubheading OR therapyAll Fields OR therapeuti

15、csMeSH Terms OR therapeuticsAll Fields),三、PubMed 基本檢索規(guī)則,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,32,四、PubMed 檢索限制：Limits,PubMed主頁、結(jié)果顯示頁、高級檢索界面均有Limits鏈接。,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,33,全文、免費全文、摘要限定,出版日期限定,文獻類型限定,語種限定,研究對象 人/動物限定,性別限定,年齡限定,各種專題的 子數(shù)據(jù)庫限定,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,34,五、PubMed 高級檢索功能,一個網(wǎng)頁中集多種功能于一體,基本檢索,檢索細節(jié)

16、,檢索式編制,檢索歷史,其他檢索資源,檢索詞索引,結(jié)果預(yù)覽,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,35,Search Builder（檢索式編制）： 檢索框中只能輸入檢索詞，不能輸入檢索式。 多個字段檢索要分多次輸入。 Search History（檢索歷史）： 檢索歷史中顯示歷次檢索式、時間和檢出篇數(shù)。 可組配檢索式，如：#1 OR #2，#1 AND child 點擊編號可對檢索式進行刪除、保存等操作。 Preview（結(jié)果預(yù)覽）： 在History中快速顯示檢索式與檢出篇數(shù) Details（檢索詞匹配細節(jié)）： 顯示轉(zhuǎn)換規(guī)范詞及運算的詳細過程，可確定規(guī)范詞,五、PubMed 高

17、級檢索規(guī)則,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,36,六、PubMed其他資源,1. Mesh Database（規(guī)范化主題詞表） 功能： 確定規(guī)范化主題詞 查看主題詞詞義注釋、樹狀結(jié)構(gòu)表 選擇副主題詞、擴展下位主題詞、指定主要主題詞 進入途徑： MeSH Database鏈接：PubMed主頁，Advanced Search界面 MeSH選項：基本檢索框前Search下拉菜單的,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,37,進入 MeSH,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,38,MeSH詞檢索,例1：2006-10年關(guān)于舌根癌藥物治療的文獻。 課題分析

18、： 舌根癌的不同表達形式（OR）： tongue base cancer、cancer/carcinoma/tumor of tongue base、cancer of the base of tongue 藥物治療的不同表達形式（OR） ： drug therapy/treat/treatment 兩個概念之間：舌根癌 AND 藥物治療,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,39,輸入檢索詞，查找規(guī)范詞,未匹配到規(guī)范詞,改用上級概念 “舌癌”匹配,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,40,只查重點論述的文獻,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,41,輸

19、入舌根的自由詞檢索式，進行AND運算。,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,42,初步結(jié)果，未限定年份,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,43,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,44,設(shè)定的限制,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,45,輸入(tongue baseti AND (cancer*ti OR carcinoma*ti OR tumor*ti) AND (therapy OR treat OR treatment),自由詞檢索最新文獻,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,46,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書

20、館文獻檢索教研室,47,加工中，無MeSH詞,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,48,比MeSH多3篇,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,49,排序方式選擇,Abstract格式提供全文鏈接、規(guī)范詞等信息,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,50,點擊標題顯示文摘增強格式,文獻歸類功能,免費全文鏈接,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,51,文摘增強格式,相關(guān)論文,MeSH詞、物質(zhì)名、文獻類型等信息,LinkOut外部資源鏈接,全文鏈接，我校訂購的數(shù)據(jù)庫可鏈全文，需在校園網(wǎng)內(nèi)設(shè)免費代理,相關(guān)的網(wǎng)上免費醫(yī)學指南信息,全文鏈接,2020/

21、7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,52,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,53,輸出方式選擇,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,54,輸出方式選擇（send to）,File：保存檢索結(jié)果為文本文件 Clipboard 剪貼板，多次檢索，可暫存每次檢索需下載的記錄，最后一起保存。 最多允許存儲500條，保留8小時。 Email: 通過郵件發(fā)送 Collections：將檢索結(jié)果存到My NCBI中 Order：全文傳遞服務(wù)，需帳號、收費。,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,54,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,55,訂閱最

22、新結(jié)果,點擊后點“XML”按鈕,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,56,需IE7.0以上版本,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,57,定期點擊鏈接，接收課題最新相關(guān)論文,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,58,MeSH詞檢索,例2：2003-09年期間關(guān)于霉酚酸酯治療腎衰竭療效觀察的文獻。 課題分析： MeSH匹配規(guī)范詞：mycophenolate mofetil MeSH匹配規(guī)范詞： renal failure, treatment efficacy（AND） 匹配副主題詞： drug therapy,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索

23、教研室,59,補充概念（規(guī)范詞）：MeSH主題詞未涵蓋的藥物、物質(zhì)名稱、疾病名、方案。無副主題詞選項,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,60,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,61,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,62,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,63,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,64,MeSH檢索的優(yōu)點,查全同義詞: 如：renal/kidney failure; tongue cancer/tumor 查全子概念: 如：chronic/acute kidney failure, ATN,2020/

24、7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,65,查全子概念： 自動擴展檢索下位詞,勾選后不擴展下位詞,樹形結(jié)構(gòu),上位詞,MeSH檢索的優(yōu)點,查全同義詞,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,66,MeSH檢索的優(yōu)點,根據(jù)樹形結(jié)構(gòu)調(diào)整檢索詞 縮?。翰粩U展下位詞，或選用某個下位詞； 擴大：選用上位詞，或選用多個同位詞； 了解同一概念的同義詞、近義詞，供自由詞檢索參考,款目詞：規(guī)范詞所替代的不同表達形式的自由詞,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,67,MeSH檢索的優(yōu)點,提高文獻相關(guān)度 標有MeSH詞的都是文章的主題，篩去非主題的文章 Major Topic Heading

25、s（加權(quán)，重點論述的主題）,帶*的是文獻 重點論述的主題,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,68,MeSH檢索的缺陷,人工標引費時，近6個月左右的論文還未標MeSH詞（ In Process），用MeSH會漏檢。 Medline不收錄的文獻，Supplied by publisher的文獻，不標MeSH詞。 新詞、一些很專指的概念沒有對應(yīng)的規(guī)范詞。 如：SARS（03年詞表中沒有），舌根癌 查上述類型的文獻需結(jié)合自由詞檢索,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,69,六、PubMed其他資源,2. Journals in NCBI Database（期刊信息庫） 通

26、過輸入刊名全稱或縮寫、ISSN號等瀏覽期刊出版社等詳細信息。 提供期刊： 在PMC中的免費全文鏈接 相關(guān)的其他期刊 ,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,70,輸入待檢期刊名,期刊詳細信息,全文等鏈接,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,71,GoPubmed文獻分析,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,72,GoPubmed文獻分析工具,GoPubMed是德國Transinsight公司和德國德累斯頓大學合作開發(fā)，對PubMed檢索結(jié)果進行篩選、分析的工具。 智能搜索、交互式篩選找出重要論文。,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,73,

27、GoPubMed的功能,包括生物醫(yī)學所有概念及其語義關(guān)系,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,74,GoPubMed可以告訴我們4W,What,Who,Where,When,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,75,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,76,自動顯示備選主題詞 鼠標移動至主題詞可顯示注解、同義詞等,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,77,最近檢索歷史,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,78,四個“W”,查看發(fā)表文獻最多的作者,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,79,著者關(guān)系圖,2020/7

28、/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,80,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,81,案 例 分 析,H1N1流感的研究進展 利用GoPubMed查找相關(guān)文獻，并了解以下四個“W”：What ，Who，Where，When； 了解涉及甲流病毒研究的文章； 查找中國（不含省港澳）關(guān)于甲流病毒的研究文章,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,82,輸入規(guī)則同PubMed,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,83,分析功能,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,84,時間分析,國家分析,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,85,城市分析,刊物分析,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,86,地區(qū)分布圖,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研室,87,主題分析,作者分析,2020/7/31,復(fù)旦大學圖書館文獻檢索教研