長沙超算manual.ppt

1、國家超級計算長沙中心用戶手冊,如何使用中心資源,申請賬號 首先進(jìn)入中心網(wǎng)站www.nscc-，了解中心提供的計算資源和服務(wù)，然后聯(lián)系中心工作人員，獲取用戶上機(jī)申請表，按照用戶上機(jī)申請表填寫說明完成填寫，經(jīng)單位領(lǐng)導(dǎo)簽字加蓋公章后送至中心才能完成最后注冊。 中心對用戶上機(jī)申請表進(jìn)行審查后，為用戶開通賬號，用戶即可使用中心資源了。,如何使用中心資源,使用形式 內(nèi)網(wǎng)登錄：在中心終端機(jī)房，采用X windows、SshClient、putty等遠(yuǎn)程登錄工具直接登錄使用中心資源； 外網(wǎng)登錄：在可以連接Internet的終端機(jī)上，在IE瀏覽器中輸入81，通過SSLVP

2、N用戶登錄系統(tǒng)使用中心資源,機(jī)群基本操作,遠(yuǎn)程登錄 step1:利用putty進(jìn)入登錄服務(wù)器(以計算陣列（ip:）為例):,機(jī)群基本操作,step2:點(diǎn)擊open后進(jìn)入以下界面 :,機(jī)群基本操作,step3:輸入你的用戶名及密碼:,機(jī)群基本操作,用戶登錄服務(wù)器后,默認(rèn)進(jìn)入到與用戶名同名的目錄下,進(jìn)入到/vol6/home/user_name,機(jī)群基本操作,基本操作 1)進(jìn)入目錄:cd 2)建文件夾:mkdir 3)查看目錄信息:ls ll 4)刪除文件:rm 文件名 5)拷貝文件:cp options source dest 6)改變文件/目錄屬性:chmod 7)設(shè)置文件/目

3、錄擁有者:chown 8)搜索文件:find ,grep 9)進(jìn)程管理:ps top w who 10)壓縮解壓縮:tar, gzip 11）修改密碼：passwd,機(jī)群基本操作,vi編輯器 Vi提供三種操作模式:命令模式、插入模式、末行模式，三種模式可通過ESC鍵進(jìn)行相互轉(zhuǎn)換。 ：q! 離開vi，并放棄剛在緩沖區(qū)內(nèi)編輯的內(nèi)容 ：wq 將緩沖區(qū)內(nèi)的資料寫入磁盤中，并離開vi ：x 同wq ：w 將緩沖區(qū)內(nèi)的資料寫入磁盤中，但并不離開vi ：q 離開vi，若文件被修改過，則會被要求確認(rèn)是否放棄修改的內(nèi)容,機(jī)群基本操作,：set nu 設(shè)定資料的行號。 ：set nonu 取消行號設(shè)定。 ：10,

4、20w test 將第10行至第20行的資料寫入test文件。 ：10,20wtest 將第10行至第20行的資料加在test文件之后。 刪除、復(fù)制及搬移 ：10,20d 刪除第10行至第20行的資料。 ：10d 刪除第10行的資料。 ：%d 刪除整個編輯緩沖區(qū)。 ：10,20co30 將第10行至第20行的資料復(fù)制至第30行之后。 ：10,20mo30 將第10行至第20行的資料搬移至第30行之后。,用戶作業(yè)管理,作業(yè)提交基本流程 Step1：用戶準(zhǔn)備數(shù)據(jù)輸入與作業(yè)腳本文件； Step2: ftp上傳數(shù)據(jù)文件至用戶目錄； 用戶可用任意ftp工具將數(shù)據(jù)上傳或下載數(shù)據(jù),用戶名密碼即為你登錄機(jī)群時

5、使用的用戶名和密碼,用戶作業(yè)管理,Step3：登錄機(jī)群服務(wù)器，用yhinfo命令查看節(jié)點(diǎn)的信息:,用戶作業(yè)管理,yhinfo可以顯示節(jié)點(diǎn)的一些信息，具體說明如下 : （1）PARTITION:表示節(jié)點(diǎn)的分組情況；默認(rèn)的組會有組名前加上*號，例如：以上情況下，work就是默認(rèn)的組，若不指定，作業(yè)會自動加載到默認(rèn)組中的節(jié)點(diǎn)，如需要到將作業(yè)加載到特殊的組別需要添加相應(yīng)參數(shù)； （2）AVAIL：表示節(jié)點(diǎn)默認(rèn)的狀態(tài)，up表示可用； （3）NODE：表示作業(yè)占用的節(jié)點(diǎn)數(shù)； （4）STATE：表示節(jié)點(diǎn)目前的狀態(tài)； （5）NODELIST：表示作業(yè)占用的節(jié)點(diǎn)列表；,用戶作業(yè)管理,下表是節(jié)點(diǎn)狀態(tài)的具體信息：,用

6、戶作業(yè)管理,Step4:編譯,調(diào)試作業(yè); 集群上安裝了包括gcc,icc等常用的編譯器，用戶可以根據(jù)自身的需要進(jìn)行選擇。如果是并行程序，編譯命令應(yīng)使用以下命令： mpicc:用于對c語言寫的并行程序； Mpicxx:用于使用c+語言編寫的并行程序； Mpif77，mpif90:用于使用fortran語文編寫的程序；后綴的選擇與你使用的fortran語言版本有關(guān) ； 具體命令(以C語言程序為例)： mpicc o cpi（編譯后的可執(zhí)行代碼） cpi.c(原程序),用戶作業(yè)管理,Step5:利用命令yhrun/yhbatch提交作業(yè): 提交作業(yè)命令：yhrun,常用參數(shù)如下: -n, -ntas

7、ks=ntasks 指定提交作業(yè)的任務(wù)數(shù) -N, -nodes=N 指定作業(yè)需要占用的節(jié)點(diǎn)數(shù)； -x, -exclude=hosts.指定作業(yè)在除某個節(jié)點(diǎn)外的節(jié)點(diǎn)運(yùn)行； -w node 指定作業(yè)在某些節(jié)點(diǎn)運(yùn)行 -p, partition name 組 名,用戶作業(yè)管理,-i, -input=in 標(biāo)準(zhǔn)輸入重載 -o, -output=out 標(biāo)準(zhǔn)輸出重載 -e, -error=err 標(biāo)準(zhǔn)錯誤重載 例：% yhrun/yhbatch n 4 my_program 提交作業(yè)my_program，任務(wù)數(shù)為4，由系統(tǒng)指定節(jié)點(diǎn)。 % yhrun/yhbatch -N 2 my_program 指定作業(yè)

8、my_program在兩個節(jié)點(diǎn)上運(yùn)行,具體節(jié)點(diǎn)不指定。 % yhrun/yhbatch n 2 w node 6 my_program 提交作業(yè)my_program在node6上運(yùn)行。 % yhrun /yhbatch -n 8 N 1 w node1 -p test myprogram 提交作業(yè)my_program 在test組中的node1上運(yùn)行作業(yè) .,用戶作業(yè)管理,yhbatch是提交批處理作業(yè)的命令,使作業(yè)在后臺運(yùn)行,作用yhbatch命令提交時,用戶需要確認(rèn)提交的作業(yè)為批處理格式的作業(yè)腳本,具體使用yhbatch方法為如下： （1）進(jìn)行用戶作業(yè)所在的目錄并編寫可運(yùn)行批處理作業(yè)的腳本

9、： #cd path(用戶作業(yè)所在的目錄) # vi task(用戶根據(jù)需要自行命名) #！/bin/sh /usr/bin/yhrun /path/job_name(path為用戶作業(yè)的全路徑) （2）將作業(yè)腳本的屬性改為可執(zhí)行 #chmod +x task （3）用yhbatch方式發(fā)作業(yè)： #yhbatch n 16 N 2 w node1-2 ./task （4）如果提交成功，系統(tǒng)會在屏幕上出現(xiàn)與以下內(nèi)容相似的提示： yhbatch: Submitted batch job 23371, 同時，系統(tǒng)會在當(dāng)前目錄下生成一個類似于slurm-23371.out的文件，系統(tǒng)會將 擬輸出到屏幕

10、的內(nèi)容保存到這個文件中，其中23371是作業(yè)ID號。,用戶作業(yè)管理,注意: 任務(wù)數(shù)n=節(jié)點(diǎn)數(shù)N*單個節(jié)點(diǎn)的CPU核數(shù). yhrun -N 1 -n 8 -w node4 job_name 用戶在提交作業(yè)時，一定要指明所需的節(jié)點(diǎn)數(shù)，即在命令行設(shè)置參數(shù)-N,以防作業(yè)提交出錯.,用戶作業(yè)管理,作業(yè)提交后,可用命令yhqueue查看作業(yè)是否提交成功:,用戶作業(yè)管理,當(dāng)用戶需要在作業(yè)運(yùn)行時結(jié)束作業(yè),可以利用yhcancel命令,但用戶只能刪除自己的作業(yè),無法對其他用戶的作業(yè)進(jìn)行操作. % yhcancel 15578 結(jié)束作業(yè)號為15578的作業(yè). 如果需要將作業(yè)放到后臺運(yùn)行,可以使用命令:yhbatc

11、h,主要的參數(shù)與yhrun相同.,用戶作業(yè)管理,用戶如果因為自身需要不能用作業(yè)管理器提交作業(yè)（如起圖形界面、需要登錄到計算結(jié)點(diǎn)運(yùn)行一些測試程序）時，請先使用以下命令占住你需要使用的結(jié)點(diǎn)，然后再使用這些結(jié)點(diǎn)運(yùn)行你自己的程序。如用testzj用戶運(yùn)行以下命令： yhalloc -n 16 -N 2 -w node4-5 -p fluent 運(yùn)行成功后會出現(xiàn)以下的提示： yhalloc: Granted job allocation 43786 用yhinfo查看： JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON) 43786 flue

12、nt bash testgh R 0:02 2 node4-5,用戶作業(yè)管理,用戶使用yhalloc命令后不要退出當(dāng)前的shell，否則，占用的結(jié)點(diǎn)會被釋放掉，即會出現(xiàn)以下提示： yhalloc: Relinquishing job allocation 43786 如果程序完成后，需要停止占用結(jié)點(diǎn)，可以使用yhcancel jobid 命令或yhalloc作業(yè)停止。 yhcancel 43786 屏幕上會出現(xiàn)： yhalloc: Job allocation 43786 has been revoked. 這表示你占用的結(jié)點(diǎn)已經(jīng)退出，其它用戶可以使用這些結(jié)點(diǎn)了。,用戶作業(yè)管理,說明： 1.用戶可以自行下載自己需要的軟件,將它安裝在自己的目錄之下;下載的軟件應(yīng)為linux(64位)