SNP分型技術(shù)簡(jiǎn)介

1、SNP分型簡(jiǎn)介,單核苷酸多態(tài)性分型 SNP技術(shù)交流QQ群：107750067,SNP概念,SNP（single nucleotide polymorphisms ）單核苷酸多態(tài)性 是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的改變所引起的DNA序列多態(tài)性。 單 個(gè) ？ 核苷酸 ？ 多態(tài)性 ？,突變 與 多態(tài)性,多態(tài)性是一個(gè)群體概念，多態(tài)性指這個(gè)差異占群體的1%以上。否則就叫突變（小于1%）。 SNP是多態(tài)性中的一種，只是進(jìn)一步限定了差異只是單堿基。 SNP一般來(lái)說(shuō)，是全部體細(xì)胞一樣的基因型。 突變一般不是一個(gè)個(gè)體全部體細(xì)胞的變化。 如果突變發(fā)生在生殖細(xì)胞，則可以遺傳，但是只要這個(gè)突變?nèi)簺](méi)有達(dá)到總?cè)后w的1%，

2、它就只是一個(gè)突變株/系；達(dá)到了1%就是多態(tài)性了。,SNP多態(tài)性,SNP 在人類基因組中廣泛存在，平均每 500 1000 個(gè)堿基對(duì)中就有 1 個(gè)，估計(jì)其總數(shù)可達(dá) 300 萬(wàn)個(gè)甚至更多。 人類 30 億堿基中共有 300 萬(wàn)以上的 SNPs 。 各地各民族人群中特定SNP并非一定都存在，其所占比率也不盡相同，但大約有85%應(yīng)是共通的。,SNP的發(fā)生形式,這種變異可能是轉(zhuǎn)換 (C T ，在其互補(bǔ)鏈上則為 G A) ，也可能是顛換 (C A ， G T ， C G ， A T) 。,SNP的發(fā)生形式,轉(zhuǎn)換的發(fā)生率總是明顯高于其它幾種變異，具有轉(zhuǎn)換型變異的 SNP 約占 2/3 可能是因?yàn)?CpG 二

3、核苷酸上的胞嘧啶殘基C是人類基因組中最易發(fā)生突變的位點(diǎn)，其中大多數(shù)是甲基化的，可自發(fā)地脫去氨基而形成胸腺嘧啶T。,SNP的影響,編碼區(qū)SNP有同義和非同義2種，非同義突變由于會(huì)導(dǎo)致氨基酸的變化，從而影響蛋白質(zhì)的功能，特別是發(fā)生在結(jié)構(gòu)功能區(qū)域的SNP尤其重要 非同義突變，雖然沒(méi)有明顯的功能的分子機(jī)制，但是在遺傳學(xué)上可能因?yàn)榕c附近的其它致病基因的表達(dá)或者SNP連鎖，因此在流行病學(xué)上形成陽(yáng)性結(jié)果一般以此解釋。,SNP研究的優(yōu)勢(shì),SNP在基因組中每500-1000個(gè)堿基就有一個(gè)標(biāo)記。無(wú)論是比較于RFLP還是SSR（6000一個(gè)標(biāo)記），都要廣泛得多； SNP在人群中是等位基因性的，在任何人群中其等位基因

4、頻率都可估計(jì)出來(lái)； 與微衛(wèi)星位點(diǎn)相比，SNP是高度穩(wěn)定的，尤其是處于編碼區(qū)的SNP，而前者的高突變率容易引起對(duì)人群的遺傳分析出現(xiàn)困難； 部分位于基因內(nèi)部的SNP可能會(huì)直接影響產(chǎn)物蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)或基因表達(dá)水平，因此，它們本身可能就是疾病遺傳機(jī)制的候選位點(diǎn)； 易于自動(dòng)化、規(guī)?；治?，縮短了研究時(shí)間。,功能研究發(fā)展與方向,通過(guò)測(cè)序手段對(duì)SNP的存在及頻率信息進(jìn)行確定,對(duì)不同人群進(jìn)行SNP的基因分型都需借助這些序列信息才能得以進(jìn)行 SNP連鎖分析、單體型構(gòu)建以及標(biāo)簽SNP尋找 預(yù)測(cè)啟動(dòng)子SNP位點(diǎn)與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的改變,編碼區(qū)SNP對(duì)蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu),生物功能的影響等 SNP作為復(fù)雜性疾病的遺傳標(biāo)記的關(guān)聯(lián)

5、性研究（吸煙人群中患肺部疾病的相關(guān)連鎖性）,1.未知SNP位點(diǎn) 尋找未知的SNP 或確定某一未知SNP 與某遺傳病的關(guān)系 研究方法： 單鏈構(gòu)象多態(tài)性(SSCP) 高效液相色譜檢測(cè)(HPLC) 限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLP) 隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA(RAPD) 測(cè)序(SEQ),只能發(fā)現(xiàn)含有SNP,確知SNP的位置和堿基,SNP檢測(cè)對(duì)象,SNP檢測(cè)對(duì)象,2.已知SNP位點(diǎn) 對(duì)不同群體SNP遺傳多樣性檢測(cè)或在臨床上對(duì)已知致病基因的遺傳病進(jìn)行基因診斷。 研究方法： 等位基因特異寡核苷酸片段分析(ASO) 基因芯片技術(shù)(gene chips) 熒光定量PCR技術(shù)（Real Time PCR）-Taqma

6、n探針 飛行質(zhì)譜 測(cè)序,SNP研究方法,DNA測(cè)序 最終的確認(rèn)標(biāo)準(zhǔn) 單鏈構(gòu)象多態(tài)性(SSCP) 傳統(tǒng)的酶切方法，資金少的實(shí)驗(yàn)室做，結(jié)果不準(zhǔn)確，工作量大，需測(cè)序確認(rèn)。 TaqMan實(shí)時(shí)熒光PCR 國(guó)內(nèi)很少做，成本高 MassARRAY飛行質(zhì)譜SNP 成本高 限制性酶切片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLP) 基因芯片 大規(guī)模，成本高，某些流程還不成熟 等位基因特異的寡聚核苷酸雜交(ASO),測(cè)序法,項(xiàng)目案例 1,已知SNP位點(diǎn)測(cè)序項(xiàng)目案例,VKORC1基因-1639 G/A位點(diǎn)測(cè)序項(xiàng)目 簡(jiǎn)單了解VKORC1基因研究背景 VKORC1基因：Vitamin K epoxide reductase complex

7、subunit 1，維生素K環(huán)氧化物還原酶復(fù)合物1 查找SNP 位點(diǎn)參考序列。 公開(kāi)的SNP 數(shù)據(jù)庫(kù)： /index.html /,生產(chǎn)前準(zhǔn)備,根據(jù)參考序列，在SNP位點(diǎn)附近設(shè)計(jì)引物，并檢測(cè)引物效率。,生產(chǎn)過(guò)程,PCR擴(kuò)增 3730 xl測(cè)序峰圖,SNP位點(diǎn)分析,生產(chǎn)后分析,Codoncode軟件,統(tǒng)計(jì)信息,項(xiàng)目案例 2,未知SNP位點(diǎn)測(cè)序項(xiàng)目案例,CTSL基因Exon 4中未知SNP位點(diǎn)測(cè)序項(xiàng)目 簡(jiǎn)單了解CTSL基因背景 CTSL基因：cathepsin L ，組織蛋白酶L 。 查找CTSL基因Exon 4參考序列。 公開(kāi)的數(shù)據(jù)庫(kù)： /index.html http:/www.ncbi.nlm