高通量測(cè)序原理和應(yīng)用

高通量測(cè)序原理和應(yīng)用,沈峰,深圳華大基因研究院,Illumina/Solexagenomeanalyzer,可逆阻斷技術(shù),基于SBS的Solexa測(cè)序技術(shù),合成第一個(gè)堿基,Cycle1:按順序加入反應(yīng)試劑,清除未反應(yīng)的堿基和試劑,激發(fā)堿基熒光并收集熒光信號(hào)去除阻斷基團(tuán)和熒光基團(tuán),Cycle2-n:重復(fù)前面的步驟,每一個(gè)基因簇就是信號(hào)收集照片上一個(gè)亮點(diǎn),BaseCalling,Theidentityofeachbaseofaclusterisreadofffromsequentialimages,CS負(fù)責(zé)將待測(cè)樣品“種植”于檢測(cè)芯片(FlowCell)中并進(jìn)行擴(kuò)增。GA負(fù)責(zé)對(duì)芯片內(nèi)的基因片段進(jìn)行邊合成邊測(cè)序反應(yīng)(SBS)，收集堿基信息。,ClusterStationGenomeAnalyzer,SOLEXA測(cè)序種類(lèi),Single-ReadSequencing單向測(cè)序Paired-EndSequencing雙向測(cè)序IndexedSequencing混合樣品測(cè)序,Single-ReadSequencing,Single-ReadSequencing(SR,單向測(cè)序)指只檢測(cè)基因片段一端的序列信息。,接頭,接頭,互補(bǔ)接頭,基因序列,Paired-EndSequencing,Paired-EndSequencing(PE,雙向測(cè)序)是指檢測(cè)基因片段的兩端序列信息。,PEmodule,SR與PE的FlowCell接頭對(duì)比,SingleRead,PairedEnd,IndexedSequencing是指將多種樣品混合后進(jìn)行測(cè)序的技術(shù)。這是為了充分利用solexa高通量的特點(diǎn)，有助于降低成本。,ABCDE,A:AdaptersB:GenomicDNAC:IndexSeqPrimerD:IndexE:Adapters,IndexedSequencing,IndexedSequencing,應(yīng)用,DNA水平全基因組測(cè)序（denovo和Resequencing）目標(biāo)區(qū)域測(cè)序(外顯子測(cè)序)表觀（bisulfite、MeDIP、ChIP-seq）,RNA水平小RNA測(cè)序RNA-seq（DGE、轉(zhuǎn)錄本）,全基因組測(cè)序,全基因組測(cè)序在醫(yī)口中的應(yīng)用,單個(gè)臨床細(xì)菌、真菌等微生物的基因組研究多個(gè)同屬菌株的基因組比較及群體進(jìn)化宏基因組疾病樣本的重測(cè)序,目標(biāo)區(qū)域測(cè)序,目標(biāo)區(qū)域測(cè)序,目標(biāo)區(qū)域測(cè)序,目標(biāo)區(qū)域測(cè)序在醫(yī)口中的應(yīng)用,單基因病外顯子測(cè)序復(fù)雜疾病外顯子測(cè)序某種疾病已知的相關(guān)基因深度測(cè)序以挖掘突變位點(diǎn)等,表觀-Bisulfite,表觀-Bisulfite,表觀-MeDIP,表觀-MeDIP,表觀-ChIP-seq,表觀-ChIP-seq,表觀在醫(yī)口中的應(yīng)用,組蛋白修飾及轉(zhuǎn)錄因子研究全基因上的DNA甲基化圖譜高CpG區(qū)域的甲基化圖譜,SmallRNA測(cè)序,Day1,Day2,Day3,Day4,SmallRNA測(cè)序,SmallRNA在醫(yī)口中的應(yīng)用,兩種差異樣本之間的SmallRNA比較MicroRNA和基因表達(dá)差異綜合生物標(biāo)記,RNA-seq,基因表達(dá)差異（DGE）轉(zhuǎn)錄本,DGE,DGE,Fragmentbuffer,N6primer,mRNADNA,RNaseH,dscDNA,SuperscriptIII,DNApolymeraseI,轉(zhuǎn)錄本,轉(zhuǎn)錄本,RNA-seq在醫(yī)口中的應(yīng)用,用于癌驅(qū)動(dòng)基因的篩選用于融合基因的篩選用于可變剪接的篩選用于RNA水平的SNP分析,Hiseq2000,Hiseq2000,High-seq2000,Someofourpartnersoncancerandcomplexdiseasestudies,WelcometoB