分子遺傳圖譜構(gòu)建.ppt

1、第三章 分子圖譜的構(gòu)建,分子圖譜構(gòu)建的步驟：,選擇適合作圖的DNA標(biāo)記； 根據(jù)遺傳材料之間的DNA多態(tài)性，選擇用于建立作圖群體的親本組合； 建立具有大量DNA標(biāo)記處于分離狀態(tài)的分離群體或衍生系； 測(cè)定作圖群體中不同個(gè)體或株系的標(biāo)記基因型； 對(duì)標(biāo)記基因型數(shù)據(jù)進(jìn)行連鎖分析，構(gòu)建標(biāo)記連鎖圖。,第一節(jié) 作圖群體的建立,要構(gòu)建DNA標(biāo)記連鎖圖譜，必須建立作圖群體。建立作圖群體需要考慮的重要因素包括親本的選配、分離群體類(lèi)型的選擇及群體大小的確定等。,一、親本的選配 首先要考慮親本間的DNA多態(tài)性。 選擇親本時(shí)應(yīng)盡量選用純度高的材料，并進(jìn)一步通過(guò)自交進(jìn)行純化。 要考慮雜交后代的可育性。 選配親本時(shí)還應(yīng)對(duì)親本

2、及其F1雜種進(jìn)行細(xì)胞學(xué)鑒定。,二、分離群體類(lèi)型的選擇,根據(jù)其遺傳穩(wěn)定性可將分離群體分成兩大類(lèi)： 一類(lèi)稱(chēng)為暫時(shí)性分離群體，如F2、F3、F4、BC、三交群體等，這類(lèi)群體中分離單位是個(gè)體，一經(jīng)自交或近交其遺傳組成就會(huì)發(fā)生變化，無(wú)法永久使用。 另一類(lèi)稱(chēng)為永久性分離群體，如RI、DH群體等，這類(lèi)群體中分離單位是株系，不同株系之間存在基因型的差異，而株系內(nèi)個(gè)體間的基因型是相同且純合的，是自交不分離的。這類(lèi)群體可通過(guò)自交或近交繁殖后代，而不會(huì)改變?nèi)后w的遺傳組成，可以永久使用。,（一）F2代群體 優(yōu)點(diǎn)： 自花授粉植物，還是異花授粉植物，建立F2群體都是容易的。 缺點(diǎn)： 存在雜合基因型。對(duì)于顯性標(biāo)記，將無(wú)法識(shí)

3、別顯性純合基因型和雜合基因型。 由于這種基因型信息簡(jiǎn)并現(xiàn)象的存在，會(huì)降低作圖的精度。 為了提高精度，減小誤差，則必須使用較大的群體，從而會(huì)增加DNA標(biāo)記分析的費(fèi)用。 不易長(zhǎng)期保存，有性繁殖一代后，群體的遺傳結(jié)構(gòu)就會(huì)發(fā)生變化。,（二）BC1群體 優(yōu)點(diǎn)： BC1群體中每一分離的基因座只有兩種基因型，它直接反映了F1代配子的分離比例 。 可以用來(lái)檢驗(yàn)雌、雄配子在基因間的重組率上是否存在差異 。 缺點(diǎn)： 不能長(zhǎng)期保存。 對(duì)于一些人工雜交比較困難的植物，BC1群體也不太合適，因?yàn)橐皇请y以建立較大的BC1群體，二是容易出現(xiàn)假雜種，造成作圖的誤差。,（三）RI群體 RI（重組自交系）群體是雜種后代經(jīng)過(guò)多代自

4、交而產(chǎn)生的一種作圖群體，通常從F2代開(kāi)始，采用單粒傳的方法來(lái)建立。 優(yōu)點(diǎn)：可以長(zhǎng)期使用，可以進(jìn)行重復(fù)試驗(yàn)。 缺點(diǎn)： 構(gòu)建RI群體要花費(fèi)很長(zhǎng)時(shí)間 異花授粉植物由于存在自交衰退和不結(jié)實(shí)現(xiàn)象，建立RI群體也比較困難。,（四）DH群體 高等植物的單倍體（Haploid）是含有配子染色體數(shù)的個(gè)體。單倍體經(jīng)過(guò)染色體加倍形成的二倍體稱(chēng)為加倍單倍體或雙單倍體（DH）。 優(yōu)點(diǎn)： DH植株是純合的，自交后即產(chǎn)生純系，因此DH群體可以穩(wěn)定繁殖，長(zhǎng)期使用，是一種永久性群體。 DH群體的遺傳結(jié)構(gòu)直接反映了F1配子中基因的分離和重組，因此DH群體與BC1群體一樣，作圖效率是最高的。 DH群體跟RI群體一樣，可以反復(fù)使用，

5、重復(fù)試驗(yàn)，因此也特別適合于QTL定位的研究。,缺點(diǎn)： 有些植物的花藥培養(yǎng)非常困難，就無(wú)法通過(guò)花培來(lái)建立DH群體。 植物的花培能力跟基因型關(guān)系較大，因而花培過(guò)程會(huì)對(duì)不同基因型的花粉產(chǎn)生選擇效應(yīng)，從而破壞DH群體的遺傳結(jié)構(gòu)，造成較嚴(yán)重的偏分離現(xiàn)象，這會(huì)影響遺傳作圖的準(zhǔn)確性。,三、群體大小的確定,遺傳圖譜的分辨率和精度，很大程度上取決于群體大小。群體越大，則作圖精度越高。但群體太大，不僅增大實(shí)驗(yàn)工作量，而且增加費(fèi)用。因此確定合適的群體大小是十分必要的。 一，合適群體大小的確定與作圖的內(nèi)容有關(guān)。 從作圖效率考慮，作圖群體所需樣本容量的大小取決于以下兩個(gè)方面： 是從隨機(jī)分離結(jié)果可以辨別的最大圖距。 是兩

6、個(gè)標(biāo)記間可以檢測(cè)到重組的最小圖距。 二，作圖群體大小還取決于所用群體的類(lèi)型。 在分子標(biāo)記連鎖圖的構(gòu)建方面，為了達(dá)到彼此相當(dāng)?shù)淖鲌D精度，所需的群體大小的順序?yàn)镕2RIBC1和DH。,第二節(jié) 圖譜構(gòu)建的理論基礎(chǔ),一、染色體遺傳理論 1903年W. S. Sutton和T. Boveri分別提出了遺傳因子位于染色體上的理論，他們將染色體看作是孟德?tīng)柣虻奈锢磔d體。該理論亦稱(chēng)為Sutton-Boveri染色體遺傳理論 ： (1)體細(xì)胞核內(nèi)的染色體成對(duì)存在，其中一條來(lái)自雌親，一條來(lái)自雄親，成對(duì)染色體的兩個(gè)成員是同源的。 (2)每條染色體在個(gè)體的生命周期中均能保持其結(jié)構(gòu)上的恒定性和遺傳上的連續(xù)性，因而在個(gè)

7、體的發(fā)育過(guò)程中起著一定的作用。 (3)在減數(shù)分裂中，同源染色體的兩個(gè)成員相互配對(duì)，隨后又發(fā)生分離，走向細(xì)胞的兩極，從而形成兩個(gè)單倍體性細(xì)胞。,二、基因重組和連鎖理論 連鎖圖譜構(gòu)建的理論基礎(chǔ)是染色體的交換與重組。 基因的連鎖是位于同一染色體上的基因在遺傳過(guò)程中一般傾向于維系在一起。 基因的重組是通過(guò)一對(duì)同源染色體的兩個(gè)非姊妹染色單體之間的交換來(lái)實(shí)現(xiàn)的。,假設(shè)某一對(duì)同源染色體上存在Sh-sh ，C- c兩對(duì)連鎖基因，現(xiàn)有兩個(gè)親本P1 和P2，它們的基因型分別為ShShCC和shshcc，兩親本雜交產(chǎn)生ShshCc雙雜合體。F1在減數(shù)分裂過(guò)程中應(yīng)產(chǎn)生4種類(lèi)型的配子，其中兩種為親型配子ShC和shc，

8、兩種為重組型配子Shc和shC。由于Sh-sh和C-c位于同一染色體上，要產(chǎn)生重組型配子必須在這兩個(gè)基因的連鎖區(qū)段上發(fā)生交換。,Sh C,sh c,二分體,Sh C,Sh C,Sh C,Sh C,Sh C,sh c,sh c,sh c,sh c,sh c,sh C,Sh c,C Sh,C Sh,C Sh,c Sh,C sh,c sh,c sh,c sh,四分體,全部親組合占94,3親組合 3重組合,6%細(xì)胞交換,F1,新,新,新,sh c,sh c,Sh C,Sh C,P1,P2,94細(xì)胞無(wú)交換,重組型配子所占的比例取決于減數(shù)分裂細(xì)胞中發(fā)生交換的頻率。交換頻率越高，則重組型配子的比例越大。 重

9、組型配子最大可能的比例是50%，這時(shí)在所有減數(shù)分裂的細(xì)胞中，在兩對(duì)基因的連鎖區(qū)段上都發(fā)生交換，相當(dāng)于這兩對(duì)基因間無(wú)連鎖，表現(xiàn)為獨(dú)立遺傳。 重組型配子占總配子的比例稱(chēng)為重組率，用r表示。重組率的高低取決于交換的頻率，而兩對(duì)基因之間的交換頻率取決于它們之間的直線距離。重組率的值變化于完全連鎖時(shí)的0%到完全獨(dú)立時(shí)的50%之間。因此重組率可用來(lái)表示基因間的遺傳圖距，圖距單位用厘摩（centi-Morgan，cM）表示，1cM的大小大致符合1%的重組率。,三、圖譜制作的統(tǒng)計(jì)學(xué)原理 （一）兩點(diǎn)測(cè)驗(yàn) 如果兩個(gè)基因座位于同一染色體上且相距較近，則在分離后代中通常表現(xiàn)為連鎖遺傳。對(duì)兩個(gè)基因座之間的連鎖關(guān)系進(jìn)行檢

10、測(cè)，稱(chēng)為兩點(diǎn)測(cè)驗(yàn)。 了解各基因座位的等位基因分離是否符合孟德?tīng)柗蛛x比例，這是連鎖檢驗(yàn)的前提： 在共顯性條件下，F(xiàn)2群體中一個(gè)座位上的基因型分離比例為1:2:1，而B(niǎo)C1和DH群體中分離比例均為1:1； 在顯性條件下，F(xiàn)2群體中分離比例為3:1，而B(niǎo)C1和DH群體中分離比例仍為1:1。 檢驗(yàn)DNA標(biāo)記的分離是否偏離孟德?tīng)柋壤?，一般采?檢驗(yàn)。,兩個(gè)連鎖座位不同基因型出現(xiàn)的頻率是估算重組值的基礎(chǔ)： 在一般的遺傳學(xué)教材中，重組值的估計(jì)是根據(jù)分離群體中重組型個(gè)體占總個(gè)體的比例來(lái)估計(jì)的。這種估計(jì)方法無(wú)法得到估計(jì)值的標(biāo)準(zhǔn)誤，因而無(wú)法對(duì)估值進(jìn)行顯著性檢驗(yàn)和置信區(qū)間估計(jì)。采用最大似然法進(jìn)行重組率的估計(jì)可解決這

11、一問(wèn)題。最大似然法以滿足其估計(jì)值在觀察結(jié)果中出現(xiàn)的概率最大為條件。 在人類(lèi)遺傳學(xué)研究中，由于通常不知道父母的基因型或父母中標(biāo)記基因的連鎖相是相斥還是相引，因而無(wú)法簡(jiǎn)單地通過(guò)計(jì)算重組體出現(xiàn)的頻率來(lái)進(jìn)行連鎖分析，而必須通過(guò)適當(dāng)?shù)慕y(tǒng)計(jì)模型來(lái)估算重組率，并采用似然比檢驗(yàn)的方法來(lái)推斷連鎖是否存在，即比較假設(shè)兩座位間存在連鎖（r 0.5）的概率與假設(shè)沒(méi)有連鎖（r = 0.5）的概率。,這兩種概率之比可以用似然比統(tǒng)計(jì)量來(lái)表示，即L（r）/L（0.5），其中L（）為似然函數(shù)。為了計(jì)算方便，常將L（r）/L（0.5）取以10為底的對(duì)數(shù)，稱(chēng)為L(zhǎng)OD值。 要確定兩對(duì)基因之間存在連鎖，一般要求似然比大于1000:1，

12、即LOD3； 要否定兩對(duì)基因連鎖的存在，則要求似然比小于100:1，即LOD2。 在其它生物遺傳圖譜的構(gòu)建中，似然比的概念也用來(lái)反映重組率估值的可靠性程度或作為連鎖是否真實(shí)存在的一種判斷尺度。,（二）多點(diǎn)測(cè)驗(yàn) 對(duì)多個(gè)座位進(jìn)行聯(lián)合分析，利用多個(gè)座位間的共分離信息來(lái)確定它們的排列順序，也就是多點(diǎn)測(cè)驗(yàn)。 在未知各基因座位于哪條染色體的情況下： 兩點(diǎn)測(cè)驗(yàn)，根據(jù)兩點(diǎn)測(cè)驗(yàn)的結(jié)果，將那些基因座分成不同的連鎖群，然后再對(duì)各連鎖群（染色體）上的座位進(jìn)行多點(diǎn)連鎖分析。 在一條染色體上，經(jīng)過(guò)多次多點(diǎn)測(cè)驗(yàn)，就能確定出最佳的基因排列順序，并估計(jì)出相鄰基因間的遺傳圖距，從而構(gòu)建出相應(yīng)的連鎖圖。,（三）交換干擾與作圖函數(shù)

13、隨著間距的增加，兩個(gè)基因座之間便可能在兩處同時(shí)發(fā)生遺傳物質(zhì)的交換，即雙交換。 在染色體某區(qū)段上發(fā)生的雙交換，其實(shí)際頻率往往少于由單交換概率相乘所估得的理論值。這是因?yàn)橐粋€(gè)位置上所發(fā)生的交換會(huì)減少其周?chē)硪粋€(gè)單交換的發(fā)生，這種現(xiàn)象稱(chēng)為交叉干擾。 干擾的程度可用符合系數(shù)C表示，符合系數(shù)C為實(shí)際雙交換值與理論雙交換值的比值。,理論雙交換值是指兩個(gè)相鄰的單交換同時(shí)獨(dú)立發(fā)生的概率。 其中r1和r2分別為兩個(gè)相鄰染色體區(qū)段發(fā)生單交換的概率。符合系數(shù)C的值變動(dòng)于01之間。 當(dāng)C=0時(shí)，表示完全干擾，沒(méi)有雙交換發(fā)生； 當(dāng)C=1時(shí)，表示沒(méi)有干擾，兩單交換獨(dú)立發(fā)生。 一般而言，兩單交換的位置相距越遠(yuǎn)，則彼此干擾的

14、程度就越低，符合系數(shù)就越大。,作圖函數(shù)： 要計(jì)算兩個(gè)相距較遠(yuǎn)的基因座之間的圖距時(shí)，如果中間沒(méi)有其它基因座可利用，則兩個(gè)基因座之間實(shí)際發(fā)生的雙交換就不能被鑒別出來(lái)，因此，采用一些數(shù)學(xué)方法進(jìn)行矯正是必要的，否則，從重組率估計(jì)出的圖距就會(huì)比真實(shí)圖距小。這種矯正可通過(guò)作圖函數(shù)來(lái)實(shí)現(xiàn)。,1，在C=1的假定下，圖距x與重組率r之間的關(guān)系服從Haldane作圖函數(shù)： x=-（1/2）ln（1-2r） 其中x以M為單位。這里M讀作Morgan（摩爾根），它是用著名遺傳學(xué)家摩爾根的姓命名的，并取第一個(gè)字母表示1M=100cM（厘摩），1cM為一個(gè)遺傳單位，即1%的重組率。 根據(jù)Haldane作圖函數(shù)， 20%的

15、重組率相當(dāng)于圖距為 -（1/2）ln（1-20.20）= 0.255M，即25.5cM。 Haldane作圖函數(shù)的不合理之處在于假定了完全沒(méi)有交叉干擾。,2，為了將交叉干擾的因素考慮進(jìn)去，一種比較合理的假設(shè)是，雙交換符合系數(shù)與重組率之間存在線性關(guān)系，即C=2r。該式表示，C值隨r的增加而增加，干擾相應(yīng)減弱。當(dāng)r=0.5（即沒(méi)有連鎖）時(shí)，C=1（即沒(méi)有干擾）。根據(jù)這一假設(shè)推導(dǎo)出了如下作圖函數(shù)（Kosambi作圖函數(shù)）： 根據(jù)上式可以算出，當(dāng)r=0.2時(shí)，x=21.2cM。 可見(jiàn)Kosambi作圖函數(shù)算出的圖距比Haldane作圖函數(shù)的小。由于Kosambi作圖函數(shù)比Haldane作圖函數(shù)更合理，

16、因此它在遺傳學(xué)研究中得到了更廣泛的應(yīng)用。,第三節(jié) DNA標(biāo)記分離數(shù)據(jù)的數(shù)學(xué)處理,一、分離數(shù)據(jù)的收集與數(shù)字化 從分離群體中收集分子標(biāo)記的分離數(shù)據(jù)，獲得不同個(gè)體的DNA多態(tài)性信息，是進(jìn)行遺傳連鎖分析的第一步。通常各種DNA標(biāo)記基因型的表現(xiàn)形式是電泳帶型，將電泳帶型數(shù)字化是DNA標(biāo)記分離數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)學(xué)處理的關(guān)鍵。,假設(shè)某個(gè)RFLP座位在兩個(gè)親本（P1,P2）中各顯示一條帶，由于RFLP是共顯性的，則F1個(gè)體中將表現(xiàn)出兩條帶，而F2群體中不同個(gè)體的帶型有三種，即P1型、P2型和F1（雜合體）型。例如，將P1帶型記為1，P2帶型記為3，F(xiàn)1帶型記為2。如果帶型模糊不清或由于其它原因使數(shù)據(jù)缺失，則可記為0。

17、 如果存在顯性標(biāo)記，則F2中還會(huì)出現(xiàn)兩種情況：一種是P1對(duì)P2顯性，于是P1型和F1型無(wú)法區(qū)分，這時(shí)應(yīng)將P1型和F1型作為一種類(lèi)型，記為4。另一種情況正好相反，P2對(duì)P1顯性，無(wú)法區(qū)分P2型和F1型，故應(yīng)將它們合為一種類(lèi)型，記為5。 對(duì)于BC1、DH和RI群體，每個(gè)分離的基因座都只有兩種基因型，不論是共顯性標(biāo)記還是顯性標(biāo)記，兩種基因型都可以識(shí)別，加上缺失數(shù)據(jù)的情況，總共只有3種類(lèi)型。因而用3個(gè)數(shù)字就可以將標(biāo)記全部帶型數(shù)字化。,DNA標(biāo)記數(shù)據(jù)的收集和處理應(yīng)注意以下問(wèn)題： （1）應(yīng)避免利用沒(méi)有把握的數(shù)據(jù)。 （2）應(yīng)注意親本基因型，對(duì)親本基因型的賦值（如P1型為1，P2型為2），在所有的標(biāo)記座位上必

18、須統(tǒng)一，千萬(wàn)別混淆。 （3）當(dāng)兩親本出現(xiàn)多條帶的差異時(shí)，應(yīng)通過(guò)共分離分析鑒別這些帶是屬于同一座位還是分別屬于不同座位。如屬于不同座位，應(yīng)逐帶記錄分離數(shù)據(jù)。,二、遺傳圖距與物理距離對(duì)應(yīng)關(guān)系的估計(jì) ： 不同生物的1cM圖距所對(duì)應(yīng)的實(shí)際物理距離（堿基對(duì)數(shù)量）存在很大差異。一般而言，生物越低等或越簡(jiǎn)單，1cM圖距平均對(duì)應(yīng)的堿基對(duì)數(shù)量就越少（表3.1）。表3.1中給出的各種生物中遺傳圖距與物理距離之間的對(duì)應(yīng)關(guān)系只是一個(gè)大約的平均值，實(shí)際上它變化很大。在一條染色體上，由于不同區(qū)域上發(fā)生交換的頻率存在差異，因而遺傳圖距與物理距離之間的對(duì)應(yīng)關(guān)系可以有很大的變化。例如，在著絲粒附近，染色體交換受到抑制，因而所估

19、計(jì)的遺傳圖距小于平均對(duì)應(yīng)的物理距離。在同一種生物中，兩個(gè)特定基因座之間的遺傳圖距會(huì)因遺傳背景的不同而改變，甚至有時(shí)由同一對(duì)親本所產(chǎn)生的遺傳背景相同的不同群體間也存在很大差異。,三、構(gòu)建DNA標(biāo)記圖譜的計(jì)算機(jī)軟件 許多學(xué)者為構(gòu)建遺傳圖譜設(shè)計(jì)了專(zhuān)用程序包,通過(guò)Internet網(wǎng)址/soft/list.html可以獲得各種專(zhuān)用程序的相關(guān)信息，如軟件的名稱(chēng)及簡(jiǎn)要介紹，源程序編碼語(yǔ)言、支持的操作系統(tǒng)、執(zhí)行程序的名稱(chēng)、參考文獻(xiàn)以及獲取軟件的網(wǎng)址等。應(yīng)用于植物遺傳連鎖分析和遺傳圖譜構(gòu)建的常用軟件有LINKAGE、MAPMAKER/EXP等。 LINK

20、AGE軟件可通過(guò) ftp:/ /software/linkage 獲得，該軟件是利用最大似然法估計(jì)兩座位或多座位間的重組率和LOD值； MAPMAKER/EXP可通過(guò) ftp:/ /distri- bution/software/mapmaker3獲得，該軟件可以應(yīng)用于各種類(lèi)型的實(shí)驗(yàn)群體進(jìn)行遺傳作圖，是目前應(yīng)用最為廣泛的作圖軟件之一。,第四節(jié) DNA標(biāo)記連鎖圖譜的完善,一、DNA標(biāo)記連鎖群的染色體定位 把分子標(biāo)記所建立的連鎖群與經(jīng)典遺傳圖譜聯(lián)系起來(lái)，并將其歸屬到相應(yīng)的染色體上，是構(gòu)建了一個(gè)比較飽和的分子圖譜

21、之后十分重要的工作。通常根據(jù)分子標(biāo)記與已知染色體位置的形態(tài)標(biāo)記的連鎖關(guān)系來(lái)確定分子標(biāo)記連鎖群屬于哪條染色體。還可以利用非整倍體或染色體結(jié)構(gòu)變異材料，如水稻中利用三體、玉米中利用A/B易位系、小麥中利用缺體/四體染色體代換系等，將分子標(biāo)記連鎖群歸屬到相應(yīng)的染色體上。 隨著技術(shù)的進(jìn)步，原位分子雜交的靈敏度已可以揭示單拷貝序列的雜交位點(diǎn)，因此采用原位分子雜交可以容易地將連鎖群的分子標(biāo)記定位到染色體上。,一個(gè)完整的遺傳圖譜，必須知道染色體上的標(biāo)記與著絲粒之間的距離。一個(gè)完整的染色體具有以下幾個(gè)主要部分：著絲粒、縊痕、隨體及端粒 。 在經(jīng)典遺傳圖譜的構(gòu)建中，一般采用近端著絲粒染色體來(lái)對(duì)基因與著絲之間的距

22、離進(jìn)行定位。染色體上的端粒是指染色體的自然末端。近端著絲粒染色體是正常染色體在著絲粒附近斷裂形成的異常染色體。 在遺傳圖譜的構(gòu)建中，端粒位置的確定就意味著為染色體的全長(zhǎng)設(shè)定界標(biāo)。傳統(tǒng)的凝膠電泳方法由于分辨能力有限，大多數(shù)情況下無(wú)法將具有多態(tài)性的端粒片段區(qū)分開(kāi)來(lái)。一般要借助具有高分辨率的脈沖場(chǎng)凝膠電泳（PFGE）才能將有差異的端粒片段分離開(kāi)來(lái)。,二、飽和DNA標(biāo)記連鎖圖的制作 遺傳圖譜飽和度是指單位長(zhǎng)度染色體上已定位的標(biāo)記數(shù)或標(biāo)記在染色體上的密度。一個(gè)基本的染色體連鎖框架圖大概要求在染色體上的標(biāo)記平均間隔不大于20cM。,研究了所需標(biāo)記數(shù)與圖譜飽和度之間的關(guān)系，發(fā)現(xiàn)影響所需標(biāo)記數(shù)的主要因素有兩個(gè)

23、： 一個(gè)是標(biāo)記間的平均距離，即圖譜總長(zhǎng)度除以定位的標(biāo)記數(shù)，它反映了標(biāo)記圖譜的平均密度。 另一個(gè)因素是標(biāo)記間的最大距離。 通過(guò)提高圖譜平均密度的方法來(lái)縮小最大標(biāo)記間距是很困難的。在實(shí)際研究中，為了填補(bǔ)間隙，應(yīng)有針對(duì)性地在間隙區(qū)上尋找標(biāo)記，或?qū)ふ以撻g隙所在區(qū)域上有差異的親本構(gòu)建作圖群體，利用特性上互補(bǔ)的不同DNA標(biāo)記進(jìn)行遺傳作圖，將有助于提高遺傳圖譜的飽和度。,三、DNA標(biāo)記連鎖圖與經(jīng)典遺傳連鎖圖的整合 為了充分利用現(xiàn)有的分子和遺傳的信息，必須將分子遺傳圖譜與經(jīng)典遺傳圖譜結(jié)合起來(lái)，成為一張綜合的遺傳圖譜。將兩類(lèi)遺傳標(biāo)記綜合到一張遺傳圖譜中去，不僅是重要經(jīng)濟(jì)性狀準(zhǔn)確定位的需要，也是以圖位克隆方法分離目的基因的需要。 分子圖譜與經(jīng)典圖譜的整合只能通過(guò)將傳統(tǒng)的遺傳標(biāo)記基因一個(gè)一個(gè)地定位到分子圖譜中去的策略來(lái)進(jìn)行。為此，可以選擇各種傳統(tǒng)的遺傳標(biāo)記材料來(lái)建立作圖群體，并用適當(dāng)?shù)姆椒焖俚卣业脚c傳統(tǒng)的遺傳標(biāo)記緊密連鎖的分子標(biāo)記，再根據(jù)分子標(biāo)記在分子圖譜上的位置來(lái)確定傳統(tǒng)遺傳標(biāo)記的位置。,第五節(jié) 比較作圖,比較作圖（Comparative Mapping）就是利用一種物種的DNA標(biāo)記對(duì)另一物種進(jìn)行遺傳或物理作圖。比較作圖的