病毒的分類與命名[共11頁][共11頁]

1、病毒的命名過去不夠統(tǒng)一，有些病毒是以宿主、病理特點(diǎn)、致病癥狀、病毒顆粒形態(tài)進(jìn)行命名，有些病毒是以地名和人名進(jìn)行命名，還有些病毒是以字母和數(shù)字命名。病毒的分類系統(tǒng)也不一致，動(dòng)物病毒分類等級(jí)設(shè)立科、屬、種；而植物病毒分為組、亞組、種。為了力求分類和命名的統(tǒng)一，1992年Martelli首先提出了植物病毒的科、屬、種分類原則，1993年8月在英國格拉斯哥召開的第9屆國際病毒大會(huì)上，國際病毒分類委員會(huì)(ICTV)采納了這一分類原則，并且新設(shè)立了一些植物病毒的科、屬1，1995年在ICTV所公布的病毒分類和命名第六次報(bào)告中，植物病毒分類已不再采用組、亞組，而統(tǒng)一使用科、屬、種分類系統(tǒng)2。病毒的分類系統(tǒng)也

2、開始逐漸向更高級(jí)的分類等級(jí)發(fā)展，1991年ICTV在病毒分類和命名第五次報(bào)告中首次公布了比科更為高級(jí)的分類等級(jí)，單分子負(fù)鏈RNA病毒目(Mononegavirales)3，最近ICTV又先后增設(shè)了套病毒目(Nidovirales)4和有尾噬菌體目(Caudovirales)5。除此以外，1996年8月ICTV在第10屆國際病毒大會(huì)上還對(duì)原有的病毒分類和命名規(guī)則作了進(jìn)一步的修訂，提出了38條新的病毒命名規(guī)則6。最近據(jù)Mayo等報(bào)道，ICTV又批準(zhǔn)了43條新的病毒分類和命名規(guī)則，同時(shí)對(duì)病毒目、科、屬和種名的書寫也作了專門的規(guī)范7。1病毒命名規(guī)則1.1病毒種的定義和命名病毒“種”是指構(gòu)成一個(gè)復(fù)制譜系

3、(replicating lineage)、占據(jù)一個(gè)特定小生境(ecological niche)、具有多個(gè)分類特征的病毒。這就是說病毒種的分類和命名不是單純由某一個(gè)分類特征、而是由多原則分類特征決定的，包括病毒的基因組組成，病毒顆粒形態(tài)結(jié)構(gòu)、生理生化特性和血清學(xué)性質(zhì)等；而病毒種的一個(gè)復(fù)制譜系則強(qiáng)調(diào)了病毒種的系統(tǒng)進(jìn)化特性，即現(xiàn)今所有的病毒種可能起源于共同的病毒祖先；病毒種所占有的小生境是指某種病毒的特定生物學(xué)特性、地理分布、宿主范圍、媒介的嗜親性、致病機(jī)理等8。病毒種的命名由幾個(gè)有實(shí)際意義的詞組成，但不是單獨(dú)以宿主名加“virus”構(gòu)成，當(dāng)ICTV下屬委員會(huì)不能肯定一個(gè)新的病毒種的分類地位時(shí)，

4、新的病毒種可以作為暫定種列在適宜的屬和科中；在不考慮病毒屬和科的情況下，病毒種名與病毒株一起，均應(yīng)有明確的含義；如果數(shù)字和字母已經(jīng)用于某一特定病毒種的命名，其數(shù)字、字母或其組合可作為病毒種的形容詞，現(xiàn)在已知的細(xì)菌病毒種名就是由數(shù)字和字母組成的，這些細(xì)菌病毒通常沒有太大的表型上的差異，而且感染相同或相似的宿主；植物病毒種的命名，一般是由宿主名加癥狀名和“virus”構(gòu)成。1.2病毒屬的命名病毒屬是一群具有某些共同特征的種。其屬名的詞尾為“virus”，但在設(shè)立一個(gè)新的病毒屬時(shí)必需有一個(gè)同時(shí)被承認(rèn)的代表種(type species)。1.3病毒科的命名病毒科是一群具有某些共同特征的屬?？泼脑~尾為

5、“viridae”，“科”下面可以設(shè)立或不設(shè)立亞科。亞科名的詞尾為“virinae”。1.4病毒目的命名病毒目是一群具有某些共同特征的科，目名的詞尾為“virales”。一般而言，病毒顆粒的形態(tài)、基因組組成、復(fù)制方式、病毒結(jié)構(gòu)蛋白和非結(jié)構(gòu)蛋白的數(shù)量和大小，往往都可以作為病毒科、屬命名的依據(jù)，而病毒目的命名則與病毒基因組的核酸類型、基因組的單雙鏈、逆轉(zhuǎn)錄過程和病毒基因組的極性有關(guān)。此外，病毒顆粒的形態(tài)結(jié)構(gòu)和轉(zhuǎn)錄策略也可以用作病毒目命名的根據(jù)。2病毒名稱的書寫規(guī)則在病毒分類系統(tǒng)中所采用的病毒目、科、亞科和屬均用斜體字書寫或打印，目、科、亞科和屬名的第一個(gè)字母要大寫。原來規(guī)定病毒種名一律不用斜體字書

6、寫或打印，種名的第一個(gè)字母一般不大寫，但在特殊情況下，如病毒種名是來自地名或某個(gè)宿主的拉丁科名、屬名時(shí)，則種名的第一個(gè)字母要大寫。但1998年3月ICTV在第27次常務(wù)會(huì)上，對(duì)病毒種名的書寫規(guī)則又重新作了修訂，提出了所有的病毒種名用斜體，第一個(gè)詞的首字母要大寫，其他詞除專有名詞外首字母一般不大寫，同時(shí)還規(guī)定暫定種(tentative species)不用斜體，第一個(gè)字母采用大寫7。3病毒分類系統(tǒng)1995年ICTV在病毒分類和命名第六次報(bào)告中共報(bào)告了4 000多種病毒，它們分屬1個(gè)目、49個(gè)科、11個(gè)亞科、164個(gè)屬(包括未分科的22個(gè)屬)2。1996年8月在耶路撒冷第10屆國際病毒大會(huì)期間，I

7、CTV對(duì)第六次報(bào)告作了修改和補(bǔ)充，1997年5月ICTV在法國的斯特拉斯堡再次召開常務(wù)會(huì)議，會(huì)上批準(zhǔn)的病毒分類系統(tǒng)包括2個(gè)目、55個(gè)科、189個(gè)屬(有23個(gè)屬的分科未定)9。1998年3月ICTV在美國加州San Diego召開了第27次常務(wù)會(huì)議，又新增添了1個(gè)目、6個(gè)科、26個(gè)屬5。最近，根據(jù)Pringle惠贈(zèng)的“Virus taxonomy-1999”，ICTV已經(jīng)批準(zhǔn)取消乳多空病毒科(Papovaviridae)，同時(shí)新設(shè)立了乳頭瘤病毒科(Papillomaviridae)和多瘤病毒科(Polyomaviridae)，這樣病毒分類系統(tǒng)達(dá)到了3個(gè)目、62個(gè)科。另外亞病毒感染因子(subvi

8、ral agent)下設(shè)衛(wèi)星、類病毒和朊病毒，其中類病毒分類有2個(gè)科、7個(gè)屬，類病毒科名的詞尾為“viroidae”，屬名詞尾為“viroid”5，10。國際病毒分類系統(tǒng)見表。在新近公布的國際病毒分類系統(tǒng)中，所設(shè)立的科、屬、種的中文名除了參考黃禎祥、侯云德、田波、牛宏舜、朱關(guān)福、張成良等人的相關(guān)文獻(xiàn)外，一些新設(shè)立的病毒科、屬、種的名稱均按照國際病毒命名規(guī)則和命名的過程給予了適當(dāng)?shù)闹形拿?，如：Mononegavirales下設(shè)4個(gè)科，即副粘病毒科(Paramyxoviridae)、彈狀病毒科(Rhabdoviridae)、絲狀病毒科(Filoviridae)和博爾納病毒科(Bornavirida

9、e)。該病毒目是根據(jù)這4個(gè)病毒科的RNA基因組具有單分子負(fù)極性的共同結(jié)構(gòu)特性而命名的，由希臘字“monos”(single)、“nega”(negative)，加上病毒目的拉丁詞尾“virales”組成，故稱為單分子負(fù)鏈RNA病毒目(Mononegavirales)11；Nidovirales是以冠狀病毒科(Coronaviridae)和動(dòng)脈炎病毒科(Arteriviridae)的基因組可轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生一組長短不等的mRNA，即套(nest)亞基因組mRNA而命名的，它由拉丁字“nidus”(nest)加病毒目的拉丁詞尾“virales”構(gòu)成12。對(duì)個(gè)別確實(shí)無法給出適當(dāng)中文名的病毒名稱，將留給國內(nèi)的

10、病毒學(xué)家和同仁進(jìn)一步研究確定。表國際病毒分類系統(tǒng)Table The universal system of virus taxonomy(Caudovirales)肌尾噬菌體科(Myoviridae)細(xì)菌“T4噬菌體屬”(T4-like viruses)腸桿菌T4噬菌體(Enterobacteria phage T4)“P1噬菌體屬”(P1-like viruses)腸桿菌P1噬菌體(Enterobacteria phage P1)“P2噬菌體屬”(P2-like viruses)腸桿菌P2噬菌體(Enterobacteria phage P2)“Mu噬菌體屬”(Mu-like viruses

11、)腸桿菌Mu噬菌體(Enterobacteria phage Mu)“SPOl噬菌體屬”(SPOl-like viruses)芽孢桿菌SPOl噬菌體(Bacillus phage SPO1)“H噬菌體屬”(H-like viruses)鹽桿菌H噬菌體(Halobacterium virus H)長尾噬菌體科(Siphoviridae)細(xì)菌“噬菌體屬”(-like viruses)腸桿菌噬菌體(Enterobacteria phage )“T1噬菌體屬”(T1-like viruses)腸桿菌T1噬菌體(Enterobacteria phage T1)“T5噬菌體屬”(T5-like virus

12、es)腸桿菌T5噬菌體(Enterobacteria phage T5)“M1噬菌體屬”(M1-like viruses)甲烷桿菌M1噬菌體(Methanobacterium M1)“c2噬菌體屬”(c2-like viruses)乳球菌c2噬菌體(Lactococcus phages c2)“L5噬菌體屬”(L5-like viruses)分枝桿菌L5噬菌體(Mycobacterium phages L5)短尾噬菌體科(Podoviridae)細(xì)菌“T7噬菌體屬”(T7-like viruses)腸桿菌T7噬菌體(Enterobacteria phage T7)“29噬菌體屬”(29-lik

13、e viruses)芽孢桿菌29噬菌體(Bacillus phage 29)“P22噬菌體屬”(P22-like viruses)腸桿菌P22噬菌體(Enterobacteria phage P22)古噬菌體科(Rudiviridae)古細(xì)菌古噬菌體屬(Rudivirus)硫化葉菌噬菌體SIRV1(Sulfolobus virus SIRV1)復(fù)層噬菌體科(Tectiviridae)細(xì)菌復(fù)層噬菌體屬(Tectivirus)腸桿菌PRD1噬菌體(Enterobacteria phage PRD1)覆蓋噬菌體科(Corticoviridae)細(xì)菌覆蓋噬菌體屬(Corticovirus)交替單胞菌P

14、M2噬菌體(Alteromonas phage PM2)芽生噬菌體科(Plasmaviridae)支原體芽生噬菌體屬(Plasmavirus)無膽甾原體L2噬菌體(Acholeplasma phage L2)脂毛噬菌體科(Lipothrixviridae)古細(xì)菌脂毛噬菌體屬(Lipothrixvirus)熱變形菌噬菌體1(Thermoproteus virus 1)微小紡錘形噬菌體科(Fuselloviridae)古細(xì)菌微小紡錘形噬菌體屬(Fusellovirus)硫化葉菌噬菌體 SSV1(Sulfolobus virus SSV1)痘病毒科(Poxviridae)脊椎動(dòng)物和無脊椎動(dòng)物脊椎動(dòng)物

15、痘病毒亞科(Chordopoxvirinae)正痘病毒屬(Orthopoxvirus)痘苗病毒(Vaccinia virus)副痘病毒屬(Parapoxvirus)口瘡病毒(Orf virus)禽痘病毒屬(Avipoxvirus)雞痘病毒(Fowlpox virus)山羊痘病毒屬(Capripoxvirus)綿羊痘病毒(Sheeppox virus)野兔痘病毒屬(Leporipoxvirus)粘液瘤病毒(Myxoma virus)豬痘病毒屬(Suipoxvirus)豬痘病毒(Swinepox virus)軟疣痘病毒屬(Molluscipoxvirus)人傳染性軟疣病毒(Molluscum co

16、ntagiosum virus)亞塔痘病毒屬(Yatapoxvirus)亞巴猴腫瘤病毒(Yaba monkey tumor virus)昆蟲痘病毒亞科(Entomopoxvirinae)昆蟲痘病毒A屬(Entomopoxvirus A)五月鰓角金龜子昆蟲痘病毒(Melolontha melolontha entomopoxvirus)昆蟲痘病毒B屬(Entomopoxvirus B)桑燈蛾昆蟲痘病毒(Amsacta moorei entomopoxvirus)昆蟲痘病毒C屬(Entomopoxvirus C)淡黃搖蚊昆蟲痘病毒(Chironomus luridus entomopoxvirus

17、)虹彩病毒科(Iridoviridae)無脊椎動(dòng)物、脊椎動(dòng)物虹彩病毒屬(Iridovirus)無脊椎動(dòng)物虹彩病毒6型(Invertebrate iridescent virus 6)綠虹彩病毒屬(Chloriridovirus)無脊椎動(dòng)物虹彩病毒3型(Invertebrate iridescent virus 3)蛙病毒屬(Ranavirus)蛙病毒3型(Frog virus 3)淋巴囊腫病毒屬(Lmphocystivirus)淋巴囊腫病病毒1型(Lymphocystis disease virus 1)藻類DNA病毒科(Phycodnaviridae)藻類綠藻病毒屬(Chlorovirus)小球藻病毒1(Paramecium bursa