R語(yǔ)言繪圖基礎(chǔ)

1、r 基礎(chǔ)繪圖 一、基礎(chǔ)繪圖工具 1. 繪圖函數(shù) 2. 繪圖參數(shù)介紹 3. 畫(huà)圖面板分割 4. 圖形保存 二、圖形案例 三、其它圖形包,2,r繪制的圖形,3,繪制地圖,左圖 maps包 map()右圖 pbsmapping包 addbubbles(,fields 包實(shí)例 spdep 包實(shí)例,前言 學(xué)習(xí) r 繪圖沒(méi)有什么技巧，只有記住常用參數(shù)的含義及用法，知道怎么去查找未知參數(shù)的含義及用法，再就是多多繪圖，什么東西用得多了，自然就熟了。 如果需要更深入的了解，使用r 幫助。 r 使用幫助：？加上函數(shù)或參數(shù)名。例: ?plot，?legend demo(graphics) demo(persp,r

2、繪圖界面簡(jiǎn)介 r 的繪圖界面中總共分為三部分outer margins, figure region, and plot region。 figure region 包括 plot region,一、基礎(chǔ)繪圖工具 1. 繪圖函數(shù):在r中有兩種繪圖函數(shù) 1.1 高級(jí)繪圖函數(shù) 創(chuàng)建一個(gè)新的圖形,1. 繪圖函數(shù) 1.2 低級(jí)繪圖函數(shù) 在現(xiàn)有的圖形上添加元素,2. 繪圖參數(shù)介紹,plot(cars,font.lab=2,main=主標(biāo)題,sub=副標(biāo)題,type=p,xlim=c(7,20),ylim=c(20,100) plot(cars,font.lab=2,main=主標(biāo)題,sub=副標(biāo)題,ty

3、pe=p,xlim=c(7,20),ylim=c(20,100),axes=f,plot(cars,font.lab=2,type=p) plot(cars,font.lab=2,type=l) plot(cars,font.lab=2,type=b) plot(cars,font.lab=2,type=o) plot(cars,font.lab=2,type=h) plot(cars,font.lab=2,type=s) plot(cars,font.lab=2,type=s,其它常用繪圖參數(shù),3. 畫(huà)圖面板分割,par是設(shè)置全局繪圖參數(shù)的函數(shù)。 ask： par(ask=true)，產(chǎn)生新

4、的繪圖之前提示操作。 new： false：默認(rèn)，新圖在下一個(gè) figure region 生成； true：新圖在當(dāng)前 figure region mfcol： mfcol=c(3,2)：3 行 2 列分割圖形界面。 mfrow：以行的方式分割圖形界面。 mfg： mfg=c(2,2,3,2)：圖片在 3 行 2 列圖形界面中第二 行，第二列的位置,mar=c(a,b,c,d)：設(shè)置 plot region 與 figure region 底部、 左邊、上部、右邊的距離，單位英寸。 mai=c(a,b,c,d)：設(shè)置 plot region 與 figure region 底部、 左邊、上部

5、、右邊的距離，單位是文本行數(shù)。 mgp=c(a,b,c)：三個(gè)坐標(biāo)軸成分的位置，軸文本標(biāo)記、單位記號(hào)標(biāo)記和軸位置與軸線距離；單位是文本行,par(mgp=c(1.6,0.6,0),mar=c(3,3,2,1) x=1:10;y=1:10 cex_type=c(0.7,0.8,0.9,1,2,3,4,5,6,7) plot(x,y,col=blue,pch=16, cex=cex_type, #繪圖符號(hào)大小，1是正常大小 cex.axis=1.1, #坐標(biāo)軸刻度數(shù)字大小 cex.lab=1.2, #坐標(biāo)軸標(biāo)簽大小 cex.main=1.4, #標(biāo)題文字大小 #cex.sub=1.3, #副標(biāo)題文

6、字大小 font.axis=3, #坐標(biāo)軸刻度數(shù)字字體，斜體 font.lab=2, #坐標(biāo)軸標(biāo)簽字體，粗體 font.main=4, #標(biāo)題字體，粗斜體 #font.sub=1, #副標(biāo)題字體，正常 main=字體, xlim=c(1,12),ylim=c(1,12) text(x,y,adj=0,labels=paste(cex=,cex_type),col=red,cex=1.2,font=3,r的繪圖符號(hào)：pch=1:25,r的繪圖符號(hào)： par(mgp=c(1.6,0.6,0),mar=c(3,3,2,1) pch_type=c(1:5,15:19) x=1:10;y=rep(6,1

7、0) plot(x,y,col=1,pch=pch_type,cex=2,main=pch,font.lab=2) text(x,y ,adj=-0.5,labels=paste(pch=,pch_type),srt=90,顏色名稱(chēng)：white, black, red, yellow, colors() 數(shù)字代號(hào)：1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 顏色函數(shù)：rainbow, heat.colors, terrain.colors, topo.colors, cm.colors, colors(,par(mgp=c(1.6,0.6,0),mar=c(3,3,2,1) pch_type

8、=c(1:5,15:19) x=1:10;y=rep(6,10) plot(x,y,col=1:10,pch=pch_type,cex=2,main=pch,font.lab=2) text(x,y ,col=1:10,adj=-0.5,labels=paste(pch=,pch_type), srt=90,控制連線的類(lèi)型 lty : 1: 實(shí)線，2: 虛線，3: 點(diǎn)線，4: 點(diǎn)虛線，5: 長(zhǎng)虛線，6: 雙虛線 控制線的寬度 lwd : 1為正常大小，1為增加寬度,par(mgp=c(1.6,0.6,0),mar=c(3,3,2,1) x=1:10;y=1:10 line_type=c(1:6

9、) line_width=seq(from=0.6,by=0.6,length=6) plot(x,y,col=blue,pch=16,type=n,main=line type and line width,font.lab=2,cex.lab=1.2) abline(h=3:8,lty=line_type,col=colors()120:126,lwd=line_width) text(3:8,3:8,adj=0,labels=paste(lty=,line_type,lwd=,line_width),col=red,cex=1.2,font=3,4. 圖形保存 輸出到文件 pdf , p

10、ostscript , xfig, bitmap, pictex, cairo_pdf, svg, png, jpeg, bmp, tiff pdf(plot.pdf,width=4,height=4) png(plot.png,width=400,height=600) dev.off() #繪制完圖形后關(guān)閉圖形設(shè)備 通過(guò)菜單命令保存圖形,22,一般繪圖步驟,1.打開(kāi)繪圖窗口，不繪制任何對(duì)象 plot(x, y, type=n, xlab=, ylab=, axes=f) 2.添加坐標(biāo)點(diǎn) points(x,y) 3.添加坐標(biāo)軸 axis(1); axis(at=seq(0.2,1.8,0.2

11、), side=2) 4.補(bǔ)齊散點(diǎn)圖的邊框 box() 5.添加標(biāo)題、副標(biāo)題、橫軸說(shuō)明、縱軸說(shuō)明 title(main=main title, sub=subtitle, xlab=x-label, ylab=y-label,23,一般繪圖步驟,二、圖形案例,散點(diǎn)圖點(diǎn)線混合圖 require(stats) head(cars) plot(cars,1,cars,2,pch=16,col=red,xlab=speed,ylab=dist,type=p,font.axis=2,font.lab=2,cex.lab=1.5) x=seq(5,25,by=0.1); y=10*sin(x)+50 li

12、nes(x,y,col=green,lwd=2) a=5:25; b=2*a+10*cos(a) points(a,b,pch=15,col=blue) legend(topleft,pch=c(16,-1,15),lty=c(-1,1,-1),col=c(red,green,blue),legend=c(plot with point,lines,points,散點(diǎn)圖并列散點(diǎn)圖 a=read.table(file=clipboard,header=t) matplot(a,type=o,pch=15:18,lty=1,bg=yellow,lwd=2, xlab=position(nt),yl

13、ab=frequency,font=2,font.lab=2,cex.lab=1.5) legend(topright,pch=15:18,lty=1,merge=t,legend=names(a),col=1:4,散點(diǎn)圖坐標(biāo)對(duì)數(shù)化,a=array(na, dim=c(1000,3) a,2=sample(1:100000)1:1000 a,3=sample(1:100000)1:1000 plot(a,2,a,3,log=xy,cex.lab=1.4,cex.axis=1.2,font.lab=2,font.axis=2,xlab=r1,ylab=rs,pch=.,col=red,cex=1

14、.1,axes=f) axis(1,at=axticks(1),labels=eger(axticks(1) axis(2,at=axticks(2),labels=eger(axticks(2) title(main=r1 vs rs) box(,條形圖標(biāo)準(zhǔn)條形圖 abar=barplot(a,2,ylim=c(0,1.2*max(a,2),cex.lab=1.5,names.arg=a,1,xlab=length(nt),font.lab=1.5,ylab=number of small rnas,space=0.9,col=blue,main=length dis

15、tribution) ratio=paste(sprintf(%.2f,a,2/sum(a,2)*100),%,sep=) text(bar,a,2,labels=ratio,adj=c(0.5,0),cex=0.8,font=2,pos=3) abline(h=axticks(2),lty=2,col=rgb(0,0,0,0.5); box(,條形圖堆積條形圖,h =read.table(“acgt.txt”,head=t) barplot(t(as.matrix(h),ylim=c(0,1),xlab=position, ylab=frequency,main=homo sapiens , col=rainbow(4),font=2,cex.lab=1.4) box() legend(topright,legend=c(a,g,c,t), pch=15,col=rainbow(4,條形圖鄰接條形圖 barplot() lines(spline(,條形圖error bar條形圖 barplot(,韋恩圖 draw.circle(,餅圖二維餅圖 pie(,餅圖三維餅圖 pie3d(,盒形圖(箱線圖) boxplot(,頻率直方圖 hist(,熱圖 heatmap(,library(pheatmap) pheatmap(,library(gplots) hea