《宏基因組高通量測序技術(shù)應(yīng)用于感染性疾病病原檢測中國專家共識》(2021)要點匯總

1、本 word 文檔 可編輯 可修改84.宏基因組高通量測序技術(shù)應(yīng)用于感染性疾病病原檢測中國專家共識 （ 2021 ）要點感染性疾病一直備受臨床關(guān)注。 新型冠狀病毒肺炎全球大流行， 給世界經(jīng)濟(jì)和人類健康帶來嚴(yán)峻挑戰(zhàn)， 更讓病原的精準(zhǔn)快速檢測成為關(guān)注的熱點。近年來，因物價、政策等方面的靈活性，獨立實驗室已廣泛開展基于高通量測序（也稱新一代測序技術(shù)，NG0的病原學(xué)中測實驗。NGS技術(shù)應(yīng)用的成功案例，對部分感染性疾病的病原學(xué)診斷起到?jīng)Q定性作用。然而目前，臨床對NGS 應(yīng)用的適應(yīng)證認(rèn)識不足，送檢存在較大的盲目性和隨意性；操作過程復(fù)雜，缺乏規(guī)范； 提供檢驗的主體多元而檢測質(zhì)量良莠不齊； 結(jié)果解釋缺乏可信的

2、標(biāo)準(zhǔn)， 誤導(dǎo)臨床的案例屢見不鮮， 限制了該技術(shù)的臨床應(yīng)用和普及。一、共識制定過程二、分類和術(shù)語（一）分類宏基因組高通量測序技術(shù)（mNGS）通過對臨床樣本的DNA或RNA進(jìn)行鳥槍法測序，可以無偏倚地檢測多種病原微生物（包括病毒、細(xì)菌、真菌和寄生蟲） 。二代和三代測序平臺均可用于該項技術(shù)。按從臨床樣本中提取的核酸類型可以分為宏基因組測序和宏轉(zhuǎn)錄組測序。按照測序模式可以分為單端測序和雙端測序。（二）術(shù)語和定義NGS：也稱高通量測序，是一種可以同時對數(shù)十萬到數(shù)百萬條DNA 分子序列進(jìn)行讀取的測序技術(shù)。mNGS： m 指宏基因組，也稱元基因組，是標(biāo)本中全部生物（人、微生物）基因組的總稱。診斷宏基因組學(xué)：

3、指用于臨床診斷目的的宏基因組學(xué)。臨床宏基因組學(xué)：含義與診斷宏基因組學(xué)類似，但應(yīng)用場景更為廣泛。微生物組：指某一個系統(tǒng)、生態(tài)環(huán)境或特定區(qū)域中全部微生物的總和。試劑盒基因組：游離脫氧核糖核酸（cfDNA） ：讀長：文庫：比對：深度：覆蓋率：相對豐度：Q 值：標(biāo)定對照：無模板對照：檢出限（LOD） ：正常無菌部位： 三、mNGS技術(shù)應(yīng)用于感染性疾病的適應(yīng)證（一）臨床適應(yīng)證共識 1 對常規(guī)微生物學(xué)檢查容易明確病原體的感染， 如尿路感染通過尿培養(yǎng)手段，不建議mNGS。共識 2 患者表現(xiàn)為發(fā)熱或發(fā)熱癥候群， 病因未明確 （符合不明原因發(fā)熱定義） ，考慮感染或不除外感染，但規(guī)范性經(jīng)驗抗感染治療無效，考慮應(yīng)用

4、常規(guī)技術(shù)檢測的同時，或在其基礎(chǔ)上，開展mNGS。共識 3 各種原因?qū)е禄颊呒蔽Ｖ匕Y表現(xiàn)， 不除外感染所致， 或考慮繼發(fā)或并發(fā)危及生命的嚴(yán)重感染， 建議常規(guī)檢測的同時， 或在常規(guī)檢測基礎(chǔ)上，開展mNGS。共識 4 免疫受損患者疑似繼發(fā)感染， 常規(guī)病原學(xué)檢查未能明確致病原或/和規(guī)范性經(jīng)驗抗感染治療無效，建議進(jìn)一步完善常規(guī)病原學(xué)檢測的同時，或在其基礎(chǔ)上，開展mNGS。共識 5 疑似局部感染， 病原學(xué)診斷未明確、 不及時處理則后果嚴(yán)重 （危及生命或會導(dǎo)致局部功能不可逆性喪失）時，考慮常規(guī)檢測的同時，或在其基礎(chǔ)上，開展mNGS。 如眼部 （角膜炎 / 潰瘍、 眼內(nèi)炎、 急性視網(wǎng)膜壞死等） 、 鼻部、耳部

5、、喉部感染、糖尿病足、外傷累及深部組織等情況。共識 6 高度疑似感染性疾病， 但病原學(xué)診斷未明確且常規(guī)抗感染治療無效，建議進(jìn)一步完善常規(guī)病原學(xué)檢測、處理原發(fā)感染灶（如拔去導(dǎo)管、外科引流或拔去引流管、玻璃體切除） 、調(diào)整經(jīng)驗抗微生物治療方案的同時開展mNGS。共識 7 慢性感染， 或慢性疾病不除外感染， 尤其是二者臨床表現(xiàn)相似、難以鑒別時， 病情嚴(yán)重或抗感染治療療效不佳需要明確病因， 建議在完善常規(guī)檢測、調(diào)整經(jīng)驗治療的同時開展mNGS。共識8除以上共識27之外的患者人群，不建議無條件普遍進(jìn)行 mNGS檢測；進(jìn)行mNGS檢測前請感染病學(xué)和/或臨床微生物學(xué)專家 會診。共識9不建議應(yīng)用mNGS技術(shù)評估抗感染治療效果。（二）微生物學(xué)適應(yīng)證共識 10 針對微生物，考慮出現(xiàn)疑似新發(fā)病原體，或某特殊病原體，缺乏傳統(tǒng)技術(shù)或傳統(tǒng)技術(shù)手段不能確定種屬時， 建議常規(guī)檢測的同時，或在其基礎(chǔ)上，開展mNGS。共識 11 臨床表現(xiàn)高度懷疑感染性疾病而多種傳統(tǒng)技術(shù)反復(fù)檢測不能明確致病微生物， 但仍高度懷疑微生物所致， 建議繼續(xù)完善更多檢測技術(shù)的同時或在其基礎(chǔ)上，開展mNGS。共識 12傳統(tǒng)病原學(xué)檢測的結(jié)果不能解釋臨床表現(xiàn)的全貌或 / 和抗感染治療的反應(yīng)， 懷疑同時存在其他病原感染時， 建議進(jìn)一步完善更多檢測技術(shù)的同時或在其基礎(chǔ)上，開展mNGS。共識 13 感染性疾病的病原