18第十章分類鑒定

1、 據(jù)保守估計(jì)，地球上據(jù)保守估計(jì)，地球上真菌約真菌約150150萬(wàn)種，細(xì)菌萬(wàn)種，細(xì)菌4 4萬(wàn)種，病毒萬(wàn)種，病毒130130萬(wàn)種萬(wàn)種但認(rèn)識(shí)的微生物僅是估計(jì)數(shù)量的但認(rèn)識(shí)的微生物僅是估計(jì)數(shù)量的5 510%10%，即，即1515萬(wàn)萬(wàn)2020萬(wàn)種萬(wàn)種要認(rèn)識(shí)、研究和利用類群龐大的微生物資源，要認(rèn)識(shí)、研究和利用類群龐大的微生物資源，必須對(duì)它們進(jìn)行分類。必須對(duì)它們進(jìn)行分類。n定義：按微生物的親緣關(guān)系把它們安排定義：按微生物的親緣關(guān)系把它們安排成條理清楚的各種分類單元或分類群的成條理清楚的各種分類單元或分類群的科學(xué)?？茖W(xué)。n任務(wù)：分類、鑒定、命名任務(wù)：分類、鑒定、命名命名命名(nomenclature)：鑒定鑒定

2、(identification或或determination)：分類分類(classification)：種是生物分類中種是生物分類中基本的分類單元基本的分類單元和分類等級(jí)。和分類等級(jí)。 微生物的種：微生物的種：指具有高度特征相似性的指具有高度特征相似性的菌株群菌株群，這個(gè)菌，這個(gè)菌株群與其他類群的菌株有很明顯的區(qū)別。株群與其他類群的菌株有很明顯的區(qū)別。二、二、 種（種（speciesspecies）種的具體代表：種的具體代表： 稱為稱為“模式種模式種”（type species）例如：抗原特征的差異，分為不同的例如：抗原特征的差異，分為不同的血清型血清型； 對(duì)噬菌體裂解反應(yīng)的不同，分為不同的

3、對(duì)噬菌體裂解反應(yīng)的不同，分為不同的噬菌體型噬菌體型美國(guó)賓夕法尼亞大學(xué)的美國(guó)賓夕法尼亞大學(xué)的細(xì)菌學(xué)教授細(xì)菌學(xué)教授伯杰伯杰(d.bergey) 主主編。編。1957年第七版后年第七版后，吸收了，吸收了國(guó)際上細(xì)菌分類學(xué)家國(guó)際上細(xì)菌分類學(xué)家參加編參加編寫，它的近代版本反映了出版年代細(xì)菌分類學(xué)的最新寫，它的近代版本反映了出版年代細(xì)菌分類學(xué)的最新成果，因而逐漸確立了在成果，因而逐漸確立了在國(guó)際上對(duì)細(xì)菌進(jìn)行全面分類國(guó)際上對(duì)細(xì)菌進(jìn)行全面分類的權(quán)威地位的權(quán)威地位。第一版（第一版（1923年）年） 第八版（第八版（1974年）年） 第九版（第九版（1994年年） 19841989年年改為改為伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)伯

4、杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)，簡(jiǎn)稱，簡(jiǎn)稱系統(tǒng)手冊(cè)系統(tǒng)手冊(cè) (bergeys manual of systematic bacteriology) （第一版，分四卷）（第一版，分四卷）第二版，分五卷第二版，分五卷（根據(jù)系統(tǒng)發(fā)育資料根據(jù)系統(tǒng)發(fā)育資料，對(duì)分類單元進(jìn)行了相當(dāng)大的調(diào)整，將細(xì)菌，對(duì)分類單元進(jìn)行了相當(dāng)大的調(diào)整，將細(xì)菌分成兩個(gè)域共分成兩個(gè)域共25門門39綱）綱）第一卷：古生菌、藍(lán)細(xì)菌、光合細(xì)菌以及最早分支的細(xì)菌第一卷：古生菌、藍(lán)細(xì)菌、光合細(xì)菌以及最早分支的細(xì)菌第二卷：變形桿菌（包括形態(tài)及生理學(xué)特征多樣的革氏陰性菌）第二卷：變形桿菌（包括形態(tài)及生理學(xué)特征多樣的革氏陰性菌）第三卷：低第三卷：低g+c含量的革

5、氏陽(yáng)性菌含量的革氏陽(yáng)性菌第四卷：高第四卷：高g+c含量的革氏陽(yáng)性菌含量的革氏陽(yáng)性菌第五卷：浮霉?fàn)罹⒙菪w、絲桿菌、擬桿菌和衣原體等第五卷：浮霉?fàn)罹?、螺旋體、絲桿菌、擬桿菌和衣原體等伯杰氏手冊(cè)伯杰氏手冊(cè)是目前進(jìn)行是目前進(jìn)行細(xì)菌分類、鑒定的最細(xì)菌分類、鑒定的最重要依據(jù)重要依據(jù)，其特點(diǎn)是描述非常詳細(xì)，包括對(duì)細(xì)，其特點(diǎn)是描述非常詳細(xì)，包括對(duì)細(xì)菌各個(gè)屬種的特征及進(jìn)行鑒定所需做的實(shí)驗(yàn)的菌各個(gè)屬種的特征及進(jìn)行鑒定所需做的實(shí)驗(yàn)的具體方法。具體方法。a）每個(gè)生物種都有特定的每個(gè)生物種都有特定的gc%范圍，因此后者可以范圍，因此后者可以 作為分類鑒定的指標(biāo)作為分類鑒定的指標(biāo)。細(xì)菌的。細(xì)菌的gc%范圍為范圍為25

6、-75%， 變化范圍最大。變化范圍最大。b）gc%測(cè)定測(cè)定主要用于對(duì)表型特征難區(qū)分的細(xì)菌作主要用于對(duì)表型特征難區(qū)分的細(xì)菌作 出鑒定出鑒定，從分子，從分子 水平上判斷物種的親緣關(guān)系。水平上判斷物種的親緣關(guān)系。c） gc%的比較，主要用于分類鑒定中的的比較，主要用于分類鑒定中的否定否定. 親緣關(guān)系近的生物，它們應(yīng)該具有相似的親緣關(guān)系近的生物，它們應(yīng)該具有相似的g+c含含 量，量，但具有相似但具有相似g+c含量的生物，并不一定表明它含量的生物，并不一定表明它 們之間具有近的親緣關(guān)系。們之間具有近的親緣關(guān)系。gc%使用注意事項(xiàng)：使用注意事項(xiàng)：分析不同微生物分析不同微生物16srrna或或18srrna

7、寡核苷酸序列寡核苷酸序列的同源性程度，以確定不同生物間的親緣關(guān)系和進(jìn)化的同源性程度，以確定不同生物間的親緣關(guān)系和進(jìn)化譜系。譜系。 蛋白質(zhì)的氨基酸序列直接反映蛋白質(zhì)的氨基酸序列直接反映mrna 的序列，的序列，并與編碼它們合成的基因結(jié)構(gòu)密切相關(guān)。并與編碼它們合成的基因結(jié)構(gòu)密切相關(guān)。 因此，比較不同微生物的蛋白質(zhì)可以間接揭示微因此，比較不同微生物的蛋白質(zhì)可以間接揭示微生物的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。生物的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。 比較蛋白質(zhì)的方法有多種。其中，最直接的方法比較蛋白質(zhì)的方法有多種。其中，最直接的方法是測(cè)定具有相同功能的蛋白質(zhì)的氨基酸序列。是測(cè)定具有相同功能的蛋白質(zhì)的氨基酸序列。四、微型、簡(jiǎn)便、快速或自動(dòng)化鑒定技術(shù)四、微型、簡(jiǎn)便、快速或自動(dòng)化鑒定技術(shù)1、 api 細(xì)菌數(shù)值鑒定系統(tǒng)細(xì)菌數(shù)值鑒定系統(tǒng)菌種菌種基本培養(yǎng)基基本培養(yǎng)基（液體）（液體） 菌懸液菌懸液檢測(cè)、編碼、查表、鑒定檢測(cè)、編碼、查表、鑒定適用于適用于apiapi鑒定細(xì)鑒定細(xì)菌有菌有700700多種多種analytica products inc的簡(jiǎn)稱。法國(guó)生物- 梅里埃公司生產(chǎn)的細(xì)菌數(shù)值分類分析鑒定系統(tǒng)。約有1 000 種生化反應(yīng),可鑒定的細(xì)菌大于550 種。目前中國(guó)各級(jí)疾病預(yù)防控制機(jī)構(gòu)在細(xì)菌學(xué)檢驗(yàn)中比較多地應(yīng)用了此項(xiàng)技術(shù) 不同培養(yǎng)基分裝不同小槽中，同不同培養(yǎng)基分裝不同小槽中，同步接種，培養(yǎng)后檢測(cè)、查表、鑒定。步接種，培養(yǎng)