新型鴨肝炎病毒FS株全基因組序列分析_圖文

1、 .36試驗(yàn)研究一塹型墮壁叁疊圭!鲞全叁望墊壁型坌塹二笪查絲:蘭_-_-_一一析軟件包和MEGAClustalW算法進(jìn)行核苷酸和推定氨基酸的相似性比較。采用Neighbor-Joining法建直系統(tǒng)發(fā)育樹(shù),并用Bootstrap驗(yàn)證進(jìn)化樹(shù)的可行性。2結(jié)果RTPCR結(jié)果對(duì)新型鴨肝炎病毒FS株進(jìn)行RTPeR,用設(shè)計(jì)的7對(duì)引物均擴(kuò)增出與預(yù)期結(jié)果一致的目的片段(圖1。 圖1各片段分段擴(kuò)增結(jié)果果表明該FS株新型鴨肝炎病毒的基因組序列全長(zhǎng)7792個(gè)堿基。Fs株傘基兇組序列比I型鴨肝炎病毒的全基因組長(zhǎng)8090nt。57UTR長(zhǎng)652nt,3UTR長(zhǎng)384nt,一個(gè)大的開(kāi)放閱讀框ORF長(zhǎng)6756nt(6537

2、408,表達(dá)一個(gè)聚合蛋白,編碼2251aa。全基因組結(jié)構(gòu)分為57UTR(652nt-VPO(256aa一VP3(23laa一VPl(246aa-2AI(20aa一2A2(161aa一2A3(124aa一2B(119aa-2C(333aa一3A(93aa一3B(34aa一3C(181aa一3D (453aa一3UTR(384nt,有一個(gè)由18個(gè)A組成的poly(A尾。全基因包括A%=27.49%,G%=22.46%,C%=20.61%,U%=29.43,GC%為42.81%,與其他小RNA病毒科的病毒的組成基本一致。聚合蛋白裂解位點(diǎn)為:VPO/VP3裂解位點(diǎn)Q/G,VPO/VP3裂解位點(diǎn)Q/M,

3、VPl/2A1裂解位點(diǎn)E/s,2AI/2A2裂解位點(diǎn)為NPG l P,與Tseng、Liu、Kim、Ding1l-isJ報(bào)道的相符。典型的aphthovirus一1ike裂解位點(diǎn),2A2/2A3裂解位點(diǎn)A/H,而I型DHV03D株為S/H,新型DHV 906株為G/H。Tseng¨叫21分析2A2蛋白可能是引起宿主免疫反應(yīng)的功能蛋白,并且兩個(gè)相關(guān)DHV血清型的2A2蛋白的高度差異會(huì)引起抗體選擇壓力的不同。2A3/2B裂解位點(diǎn)O/s,2B/2C 裂解位點(diǎn)Q/S,2C/3A裂解位點(diǎn)Q/G,I型的03D為O/S,3A/3B裂解位點(diǎn)Q/S,3B蛋白編碼34個(gè)氨摹酸,是小RNA病毒科中最長(zhǎng)的。

4、3B/3C裂解位點(diǎn)Q/G,而I型的03D為Q/S,新型DIN中除cGY株和G株為Q/G,其余毒株均為該處裂解位點(diǎn)均為O/S,3C/3D裂解位點(diǎn)Q/G。株的全基因序列及其推定的氨基酸序列與國(guó)內(nèi)外已發(fā)表的11株新型鴨肝炎序列進(jìn)行相似性分析,結(jié)果見(jiàn)表1。FS株與11株新型鴨肝炎的全基因組序列的核苷酸相似性結(jié)果分析,其中Fs株與AP一03337、AP一04009、AP一04203、AP-04114、G株的核苷酸相似性分別為95.3%,95.1%,95.2%,95.3%和99.2%。試驗(yàn)結(jié)果顯示,FS株與G株的核苷酸相似性最高,與DHV-HSS相似性最低,為25.1%。FS株與11株新型鴨肝炎的全基因組氨基酸相似性比較見(jiàn)圖3。FS株與G株和C-GY株的氨基酸相似性最高,均為99.6%,與AP一03337、AP一04009、AP一04203、AP一04114株的氨基酸相似性分別為98.1%,98.1%,98.2%,98.096,氨基酸相似性較高,與核苷酸相似性比較結(jié)果一致;FS株與DHVHS株和DHVHSS株的相似性最低,均為83.6%。結(jié)果表明,氨基酸相似性比較與核苷酸相似性比較結(jié)果基本一致。系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)全基因組核苷酸系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)分析結(jié)果見(jiàn)圖2。表明進(jìn)行比較的新型鴨肝炎病毒分為2個(gè)基因群(群I和群II,群I的10株新型鴨肝炎病毒比群II的2株分離時(shí)間要近些。由圖可見(jiàn),Fs株與C-GY株