Softberry網(wǎng)站部分功能介紹

1、Softberry網(wǎng)站部分使用功能介紹摘要Softberry是專業(yè)的在線比對(duì)尋找生物啟動(dòng)子和啟動(dòng)子模型的網(wǎng)站，其中有很多功能都是我們?cè)谝院蟮纳镄畔W(xué)研究中將要使用到的，所以我們有必要了解其使用方法，本文主要介紹了它的功能的兩個(gè)部分，啟動(dòng)子序列比對(duì)功能和SELTAG 軟件的使用簡(jiǎn)介。關(guān)鍵詞：?jiǎn)?dòng)子預(yù)測(cè) 啟動(dòng)子模型 SELTAG軟件ABSTRACKSoftberry is a professional online program which looking for biological promoter and the model of promoter , there are a lot o

2、f features usage on this website will be helped in our bioinformatics research , so it is necessary to know its using method, this paper mainly introduces its function of two parts, the promoter sequence alignment function and the usage of SELTAG software profile.Keywords: promoter prediction promot

3、er model SELTAG software 第一部分：Search for promoters/functional motifs尋找啟動(dòng)子/功能性序列1. NsiteM 保守調(diào)控基序的識(shí)別將FASTA格式的序列輸入上面的對(duì)話框內(nèi)，點(diǎn)擊顯示結(jié)果按鈕，輸出結(jié)果： 結(jié)果輸出后可以看到在已知序列庫(kù)有2774個(gè)基序，所查基序的期望值，統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著水平，基序和已知序列同源性水平，基序與已知序列的差異水平等數(shù)據(jù)。2. NsiteH 在一對(duì)保守的同源序列中尋找功能基序在對(duì)話框內(nèi)分別輸入兩條要比較的序列，然后點(diǎn)擊下面的顯示結(jié)果按鈕，輸出結(jié)果： 在結(jié)果內(nèi)可以看到兩條序列比對(duì)的結(jié)果，期望值，統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著水平，最

4、小保守水平，同源水平，變異水平的數(shù)據(jù)。3. POLYAH 識(shí)別3末端多聚核苷酸尾區(qū)域?qū)ASTA格式的序列輸入上面的對(duì)話框里，按輸出結(jié)果按鈕，可以得到以下數(shù)據(jù)：輸出結(jié)果表明所查序列中有兩個(gè)ployA尾位點(diǎn)被預(yù)測(cè)到。4. BPROM 細(xì)菌啟動(dòng)子的預(yù)測(cè)將細(xì)菌的所查序列粘貼到此處，點(diǎn)擊顯示結(jié)果按鈕，輸出結(jié)果：結(jié)果顯示，我們所查序列的名稱和總長(zhǎng)度，以及預(yù)測(cè)出來(lái)的啟動(dòng)子所在位置和其對(duì)應(yīng)的分值。5. PromH(G) 在真核生物中利用同源序列進(jìn)行啟動(dòng)子預(yù)測(cè) 首先，將一段序列與另一段同源序列分別輸入以上兩個(gè)對(duì)話框內(nèi)，然后點(diǎn)擊數(shù)據(jù)出結(jié)果按鈕：可得如下結(jié)果：PHa表示比對(duì)序列在局部搜索區(qū)域的同源性水平：PHs表

5、示比對(duì)序列在TSS系列軟件中的同源性水平；PHss表示比對(duì)序列直接在TSS軟件中的同源性水平；PHt表示TATA-BOX在比對(duì)序列中的同源性水平；PHr代表調(diào)控因子在局部搜索區(qū)域的同源性水平。下面的就是各項(xiàng)的比對(duì)結(jié)果與其分值。6. PromH(W) 在真核基因組使用同源序列預(yù)測(cè)啟動(dòng)子(僅供學(xué)術(shù)使用)先將兩條要比對(duì)的序列輸入上邊的兩個(gè)對(duì)話框，點(diǎn)擊輸出結(jié)果按鈕可得：與PromH(G)不同，這里的輸出結(jié)果多出兩條：Initial / Final Thresholds for TATA+ promoters - 0.10 / 2.50TATA+啟動(dòng)子的最初的/最終的閾值- 0.10/ 2.50Init

6、ial / Final Thresholds for TATA-/enhancers - 0.70 / 3.70TATA-/增強(qiáng)子的最初/最終閾值- 0.70/3.707. CgGFinder CpG尋找器，序列中GC區(qū)域的尋找將要尋找GC區(qū)域的序列輸入上面的對(duì)話框內(nèi)，可得下圖：程序找到4個(gè)GC區(qū)域，分別排列在下方，它們的各項(xiàng)指標(biāo)都在下面顯示，起始位點(diǎn)和終止位點(diǎn)和長(zhǎng)度等。8.ScanWM-p尋找植物調(diào)控序列的權(quán)重矩陣模型將要尋找模型的序列輸入此處，點(diǎn)擊顯示結(jié)果，可得：這樣，在相應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù)中找到的模型就會(huì)排布在下方，總共有5個(gè)模型被找到。第二部分：SELTAG軟件簡(jiǎn)介 seltag是用于分析基因表

7、達(dá)數(shù)據(jù)的最完美的工具。它具有以下功能：1.它可以分析所有或選定的基因組或組織；2.在復(fù)雜選擇標(biāo)準(zhǔn)的基礎(chǔ)上，對(duì)組織特異性基因進(jìn)行選擇；3.對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化表達(dá)； 4.用來(lái)識(shí)別在一系列組織中表達(dá)相同（相關(guān)）的基因； 5.選擇特定的基因，如與某些疾病有關(guān)的受體或分泌蛋白。seltag允許用戶：1 通過(guò)基因的表達(dá)水平或其他在不同的實(shí)驗(yàn)中獲得的參數(shù)來(lái)選擇基因；2 通過(guò)基因在不同實(shí)驗(yàn)中的表達(dá)水平來(lái)確定基因的排序 ；3 用先進(jìn)的繪圖工具將基因表達(dá)譜可視化；4 利用相似的表達(dá)譜尋找一個(gè)或多個(gè)基因 ；5 評(píng)估兩個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)譜之間的相關(guān)性；6 通過(guò)基因表達(dá)水平相似的基因表達(dá)譜與實(shí)驗(yàn)相似的聚類基因表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行基因或組織 層次聚類和顯示結(jié)果相似的樹(shù)圖； 7 分析使用主成分分析法的相關(guān)基因表達(dá)譜的協(xié)方差矩陣和可視