怎么使用NCBI[1]

1、怎么使用NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美國國家生物技術(shù)信息中心url/urlNCBI是NIH的國立醫(yī)學(xué)圖書館（NLM）的一個分支。NCBI提供檢索的服務(wù)包括：1GenBank（NIH遺傳序列數(shù)據(jù)庫）：一個可以公開獲得所有的DNA序列的注釋過的收集。GenBank是由NCBI受過分子生物學(xué)高級訓(xùn)練的工作人員通過來自各個實(shí)驗(yàn)室遞交的序列和同國際核酸序列數(shù)據(jù)庫（EMBL和DDBJ）交換數(shù)據(jù)建立起數(shù)據(jù)庫的。它同日本和歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的DNA數(shù)據(jù)庫共同構(gòu)成了國際核酸序列數(shù)

2、據(jù)庫合作。這三個組織每天交換數(shù)據(jù)。其中的數(shù)據(jù)以指數(shù)形式增長，最近的數(shù)據(jù)為它已經(jīng)有來自47000個物種的30億個堿基。2Molecular Databases（分子數(shù)據(jù)庫）：Nucleotide Sequence（核酸序列庫）：從NCBI其他如Genbank數(shù)據(jù)庫中收集整理核酸序列，提供直接的檢索。Protein Sequence （蛋白質(zhì)序列庫）：與核酸類似，也是從NCBI多個不同資源中編譯整理的，方便研究者的直接查詢。Structure（結(jié)構(gòu)）- 關(guān)于NCBI結(jié)構(gòu)小組的一般信息和他們的研究計劃，另外也可以訪問三維蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的分子模型數(shù)據(jù)庫（MMDB）和用來搜索和顯示結(jié)構(gòu)的相關(guān)工具。MMDB：

3、分子模型數(shù)據(jù)庫 一個關(guān)于三維生物分子結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)庫，結(jié)構(gòu)來自于X-ray晶體衍射和NMR色譜分析。Taxonomy（分類學(xué)）NCBI的分類數(shù)據(jù)庫，包括大于7萬余個物種的名字和種系，這些物種都至少在遺傳數(shù)據(jù)庫中有一條核酸或蛋白序列。其目的是為序列數(shù)據(jù)庫建立一個一致的種系發(fā)生分類學(xué)。3Literature Databases（文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫）（1）PubMed是NLM提供的一項(xiàng)服務(wù)，能夠?qū)EDLINE上超過1200萬條的上世紀(jì)六十年代中期至今的雜志引用和其他的生命科學(xué)期刊進(jìn)行訪問，并可以連接到參與的出版商網(wǎng)絡(luò)站點(diǎn)的全文文章和其他相關(guān)資源。（2）PMC/PubMed Center：也是NLM的生命科學(xué)期

4、刊文獻(xiàn)的數(shù)字化存儲數(shù)據(jù)庫，用戶可以免費(fèi)獲取PMC的文章全文，除了部分期刊要求對近期的文章付費(fèi)。（3）OMIM（孟德爾人類遺傳）：有關(guān)人類基因和無序基因的目錄數(shù)據(jù)庫由Victor A.McKusick和他的同事共同創(chuàng)造和編輯的，由NCBI網(wǎng)站負(fù)責(zé)開發(fā)，其中也包括對MEDINE眾多資源和Entrez系統(tǒng)的序列記錄，以及NCBI中其他有關(guān)資源的鏈接。（4）Books：NCBI的書庫不斷收集生物醫(yī)學(xué)方面的書籍，提供這些書籍的出版信息、摘要、目錄和全文的連接，用戶可以直接在檢索文本框內(nèi)輸入一個觀念就可以查詢。4NCBI提供的附加的軟件工具有：開放閱讀框?qū)ひ捚鳎∣RF Finder），電子PCR，和序列提

5、交工具Sequin和BankIt。所有的NCBI數(shù)據(jù)庫和軟件工具可以從WWW或FTP來獲得。NCBI還有E-mail服務(wù)器，提供用文本搜索或序列相似搜索訪問數(shù)據(jù)庫一種可選方法。 NCBI網(wǎng)站上還提供了一些諸如研究熱點(diǎn)問題、研究小組情況、教育培訓(xùn)、聯(lián)系方式等信息，還提供了到NIH、NLM等的鏈接。使用方法:用戶可以免費(fèi)登陸NCBI的網(wǎng)站，NCBI為使用者提供了方便的檢索系統(tǒng)和檢索方法：1Entrez是NCBI為用戶提供整合所有數(shù)據(jù)庫的訪問序列，定位，分類，和結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的搜索和檢索工具系統(tǒng)，同時也提供序列和染色體圖譜的圖形視圖。用戶進(jìn)入系統(tǒng)或者進(jìn)入任意一個數(shù)據(jù)庫，都會看到簡單檢索的界面，選擇數(shù)據(jù)庫輸

6、入關(guān)鍵詞即可進(jìn)行查詢。Entrez也提供條件限制和高級檢索、布爾邏輯查詢。使用新的Linkout服務(wù)，外部資源可以被鏈接到Entrez記錄。2BLAST是一個NCBI開發(fā)的序列相似搜索程序，還可作為鑒別基因和遺傳特點(diǎn)的手段。BLAST能夠在小于15秒的時間內(nèi)對整個DNA數(shù)據(jù)庫執(zhí)行序列搜索。NCBI Educationurl/Education/index.html/url網(wǎng)址詳情:這是NCBI在線教育資源的索引頁，從這里出發(fā)你會找到NCBI提供的教學(xué)資源，這些教程不僅囊括了NCBI網(wǎng)站提供的最常用的工具和數(shù)據(jù)庫（BLAST， Entrez，

7、PubMed， NCBI News，Resource publications ，Map Viewer exercises，Structure ，NCBI Handbook）的使用方法和信息,還有一些相關(guān)的分子生物學(xué)的基礎(chǔ)入門知識(NCBI science primer.)。教程大多不僅有文字圖片還有動畫，直觀易懂，目的就是一個讓大家盡可能快而有效的掌握好NCBI的使用，在這個聚寶盆里淘到真金。當(dāng)然您如果想對所有NCBI的數(shù)據(jù)庫和工具有更透徹深入的了解，請絕對不要錯過共24章的NCBI手冊(NCBI Handbook)url/books/bv

8、.fcgi?rid=handbook/url小何 2007-9-7 09:20GenBank數(shù)據(jù)庫簡介color=greeni不錯的內(nèi)容，我來補(bǔ)充下/i/colorcolor=redGenBank數(shù)據(jù)庫簡介/colorb基本信息 ：/b1. GenBank屬于一個序列數(shù)據(jù)庫的國際合作組織，包括EMBL和DDBJ。是NIH遺傳序列數(shù)據(jù)庫，一個所有可以公開獲得的DNA序列的注釋過的收集。GenBank同日本和歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的DNA數(shù)據(jù)庫共同構(gòu)成了國際核酸序列數(shù)據(jù)庫合作。唯一人類基因序列集合（UniGene），人類基因組基因圖譜，分類學(xué)瀏覽器，同國立癌癥研究所合作的癌癥基因組剖析計劃（CGAP

9、）等數(shù)據(jù)庫。GenBank以指數(shù)形式增長，核酸堿基數(shù)目大概每14個月就翻一個倍。2. 紀(jì)錄樣本 - 關(guān)于GenBank的各個字段的詳細(xì)描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。3. 訪問GenBank - 通過Entrez Nucleotides來查詢。用accession number，作者姓名，物種，基因/蛋白名字，還有許多其他的文本術(shù)語來查詢。關(guān)于Entrez更多的信息請看下文。用BLAST來在GenBank和其他數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行序列相似搜索。用E-mail來訪問Entrez和BLAST可以通過Query和BLAST服務(wù)器。另外一種選擇是可以用FTP下載整個的GenBank和更新數(shù)據(jù)。4.

10、 增長統(tǒng)計 - 參見公布通知的2.2.6（每個分類的統(tǒng)計），2.2.7（每個物種的統(tǒng)計），2.2.8（GenBank增長）小節(jié)。5. 公布通知，最新 - 最近和即將有的變化，GenBank的分類，數(shù)據(jù)增長統(tǒng)計，GenBank的引用。6. 公布通知，舊 - 同上相同，是過去公布的統(tǒng)計。7. 遺傳密碼 - 15個遺傳密碼的概要。用來確保GenBank中紀(jì)錄的編碼序列被正確的翻譯。b向GenBank提交數(shù)據(jù) ：/b1. 關(guān)于提交序列數(shù)據(jù)，收到accession number，和對紀(jì)錄作更新的一般信息。2. BankIt - 用于一條或者少數(shù)條提交的基于WWW的提交工具軟件。（請在提交前用VecScr

11、een去除載體）3. Sequin - 提交軟件程序，用于一條或者很多條的提交，長序列，完整基因組，alignments，人群/種系/突變研究的提交?？梢元?dú)立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以鏈接到其他NCBI的資源和軟件比如Entrez和PowerBLAST。（請在提交前用VecScreen去除載體）4. ESTs - 表達(dá)序列標(biāo)簽，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列。也包括來自于差異顯示和RACE實(shí)驗(yàn)的cDNA序列。5. GSSs - 基因組調(diào)查序列，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列，exon trap獲得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，

12、及其他。6. HTGs - 來自于大規(guī)模測序中心的高通量基因組序列，未完成的（階段0，1，2）和完成的（階段3）序列。（注意：完成的人類的HTG序列可以同時在GenBank和Human Genome Sequencing頁面上訪問。）7. STSs - 序列標(biāo)簽位點(diǎn)。短的在基因組上可以被唯一操作的序列，用于產(chǎn)生作圖位點(diǎn)。8. 注：SNPs - 人類的和其他物種的遺傳變異數(shù)據(jù)可以提交到NCBI數(shù)據(jù)庫的單核苷酸多態(tài)性庫中（dbSNP）。b國際核苷酸序列數(shù)據(jù)庫合作組織 ：/b1. GenBank，DDBJ，EMBL - 合作計劃的概述，并鏈接到相應(yīng)的主頁。GenBank，DDBJ（DNA Data

13、Bank of Japan），and EMBL （European Molecular Biology Laboratory）數(shù)據(jù)庫共享的數(shù)據(jù)是每天都交換的，因此他們是相等的。數(shù)據(jù)紀(jì)錄的格式和搜索方式可能會不一樣，但是accession number，序列數(shù)據(jù)和注解都是一模一樣的。即，你可以用accession number U12345在GenBank，DDBJ或EMBL中查找相應(yīng)紀(jì)錄，得到的結(jié)果是完全一樣的序列數(shù)據(jù)，參考內(nèi)容等等2. DDBJ/EMBJ/GenBank特性表 特性表格式和標(biāo)準(zhǔn)被合作數(shù)據(jù)庫用在序列記錄的注釋上，使得數(shù)據(jù)共享成為可能，包括詳細(xì)的描述生物特性和特性限定語的附錄，以

14、及IUPAC規(guī)定的核苷酸和氨基酸的代號。bFTP GenBank and Daily Updates：/b1. GenBank普通文件格式 參見GenBank記錄樣本和在GenBank公布通知中的詳細(xì)描述，下載大多數(shù)最近的完全公告和日常積累或非積累更新數(shù)據(jù)。2. ASN.1格式 摘要句法記號1，國際標(biāo)準(zhǔn)組織（ISO）數(shù)據(jù)表示格式，下載大多數(shù)最近的完全公告和日常積累或非積累更新數(shù)據(jù)。3. FASTA格式 定義行號后只跟隨序列數(shù)據(jù)（示例），參見描述數(shù)據(jù)庫的readme文件，包括nt.Z（每天更新的非冗余BLAST核酸數(shù)據(jù)庫，包括GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列，但是不包括EST, S

15、TS, GSS, or HTGS序列），nr.Z（每日更新的非冗余蛋白質(zhì)），est.Z, gss.Z, htg.Z, sts.Z,和其它文件。b分子數(shù)據(jù)庫：/b1. 核酸序列1、 Entrez核酸： 用accession number,作者姓名，物種，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本術(shù)語來搜索核酸序列記錄（在GenBank + PDB中）。更多的關(guān)于Entrez的信息見下。如果要檢索大量數(shù)據(jù)，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。2、 RefSeq ： NCBI數(shù)據(jù)庫的參考序列。校正的，非冗余集合，包括基因組DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在將來，整個的染

16、色體。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式來表示。3、 dbEST ：表達(dá)序列標(biāo)簽數(shù)據(jù)庫，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列。也包括來自于差異顯示和RACE實(shí)驗(yàn)的cDNA序列。4、 dbGSS ：基因組調(diào)查序列的數(shù)據(jù)庫，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列，exon trap獲得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。5、 dbSTS ：序列標(biāo)簽位點(diǎn)的數(shù)據(jù)庫，短的在基因組上可以被唯一操作的序列，用于產(chǎn)生作圖位點(diǎn)。6.、 dbSNP ：單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫，包括SNPs，小范圍的插入/缺失，多

17、態(tài)重復(fù)單元，和微衛(wèi)星變異。2. 完整的基因組 ：1、 參見下面Genome和Maps部分，包括各種物種資源，人，小鼠，大鼠，酵母，線蟲，瘧原蟲，細(xì)菌，病毒，viroids，質(zhì)粒。2、 發(fā)UniGene ： 被整理成簇的EST和全長mRNA序列，每一個代表一種特定已知的或假設(shè)的人類基因，有定位圖和表達(dá)信息以及同其它資源的交叉參考。序列數(shù)據(jù)可以以cluster形式在Unigene網(wǎng)頁下載，完整的數(shù)據(jù)可以從FTP站點(diǎn)repository/UniGene目錄下下載。1) 人類：UniGene2) 小鼠：UniGene3) 大鼠：UniGene4) 斑馬魚：UniGene3、 BLAST ：將你的序列同

18、核酸庫中的的序列比較，檢索相似的序列。（更詳細(xì)的信息見下面Tools/Sequence相似搜索部分）b蛋白序列 ：/b1、 Entrez蛋白 ：用accession number,作者姓名，物種，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本術(shù)語來搜索蛋白序列記錄（在GenPept + Swiss-Prot + PIR + RPF + PDB中）。更多的關(guān)于Entrez的信息見下。如果要檢索大量數(shù)據(jù)，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。 RefSeq NCBI數(shù)據(jù)庫的參考序列。Curated, 非冗余集合包括基因組DNA contigs,已知基因的mRNAs和蛋白，在將來，整個的染色體。

19、Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式來表示。 FTPGenPept 下載“genpept.fsa.Z”文件，這個文件包含了從GenBank/EMBL/DDBJ記錄中翻譯過來的FASTA格式的氨基酸序列，這些記錄都有一到兩個CDS特性的描述。2、 完整基因組 ：參見下面Genome和Maps部分，包括各種物種資源，人，小鼠，大鼠，酵母，線蟲，瘧原蟲，細(xì)菌，病毒，viroids，質(zhì)粒。1) Entrez基因組 ：提供了一個編碼區(qū)的概要和各種物種的分類表（TaxTable）。編碼區(qū)概要列出了在基因組中所有的的

20、蛋白，并提供鏈接到FASTA文件和BLAST。分類表總結(jié)了蛋白BLAST分析的結(jié)果，建議他們的可能功能，并用顏色編碼的圖來顯示物種同其它物種之間的關(guān)系（參見下面'Genomes和Maps,'部分Entrez基因組的一般描述）2) FTP基因組蛋白 ：從ftp站點(diǎn)的genbank/genomes目錄下下載各種物種的FASTA格式的氨基酸序列*.faa和蛋白表文件*.ptt。參見readme文件。蛋白表也可以在Entrez基因組中看到。3、 PROW ： Web上的蛋白資源，關(guān)于大約200種人類的CD細(xì)胞表面分子的簡短官方向?qū)??；ハ鄼z索，為每個CD抗原提供大約20中標(biāo)準(zhǔn)信息的分類（

21、生化功能，配體，等等）4、 BLAST ： 將你的序列同蛋白庫中的的序列比較，檢索相似的序列。（更詳細(xì)的信息見下面Tools/Sequence相似搜索部分）b結(jié)構(gòu)： /b1、 結(jié)構(gòu)主頁 關(guān)于NCBI結(jié)構(gòu)小組的一般信息和他們的研究計劃，另外也可以訪問分子模型數(shù)據(jù)庫（MMDB）和用來搜索和顯示結(jié)構(gòu)的相關(guān)工具。2、 MMDB：分子模型數(shù)據(jù)庫 一個關(guān)于三維生物分子結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)庫，結(jié)構(gòu)來自于X-ray晶體衍射和NMR色譜分析。MMDB是來源于Brookhaven蛋白數(shù)據(jù)庫（PDB）三維結(jié)構(gòu)的一部分，排除了那些理論模型。MMDB重新組織和驗(yàn)證了這些信息，從而保證在化學(xué)和大分子三維結(jié)構(gòu)之間的交叉參考。數(shù)據(jù)的說

22、明書包括生物多聚體的空間結(jié)構(gòu)，這個分子在化學(xué)上是如何組織的，以及聯(lián)系兩者的一套指針。利用將化學(xué)，序列，和結(jié)構(gòu)信息整合在一起，MMDB計劃成為基于結(jié)構(gòu)的同源模型化和蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測的資源服務(wù)。MMDB的記錄以ASN.1格式存儲，可以用Cn3D, Rasmol, 或 Kinemage來顯示。另外，數(shù)據(jù)庫中類似的結(jié)構(gòu)已經(jīng)被用VAST確認(rèn)，新的結(jié)構(gòu)可以用VASTsearch來同數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比較。3、 Cn3D “See in 3-D”， 一個用于NCBI數(shù)據(jù)庫的結(jié)構(gòu)和序列相似顯示工具，它允許觀察3-D結(jié)構(gòu)和序列結(jié)構(gòu)或結(jié)構(gòu)結(jié)構(gòu)同源比較。Cn3D用起來就象你瀏覽器上的一個幫助工具。4、 VAST 矢量同源比較搜

23、索工具一個在NCBI開發(fā)的計算算法，用于確定相似的蛋白三維結(jié)構(gòu)。每一個結(jié)構(gòu)的“結(jié)構(gòu)鄰居”都是預(yù)先計算好的，而且可以通過MMDB的結(jié)構(gòu)概要頁面的鏈接訪問。這些鄰居可以用來確認(rèn)那些不能被序列比較識別的遠(yuǎn)的同源性。5、 VAST 搜索 結(jié)構(gòu)結(jié)構(gòu)相似搜索服務(wù)。比較一個新解出的蛋白結(jié)構(gòu)和在MMDB/PDB數(shù)據(jù)庫中的結(jié)構(gòu)的三維坐標(biāo)。VAST搜索計算一系列可能會被交互瀏覽的結(jié)構(gòu)鄰居，用分子圖形來觀察重疊和同源相似。b分類學(xué) ：/b1、 NCBI的分類數(shù)據(jù)庫主頁 關(guān)于分類計劃的一般信息，包括分類資源和同NCBI分類學(xué)家合作的外部管理者的列表。2、 分類瀏覽器 搜索NCBI的分類數(shù)據(jù)庫，包括大于70000個物種

24、的名字和種系，這些物種都至少在遺傳數(shù)據(jù)庫中有一條核酸或蛋白序列?？梢詸z索一個特定種或者更高分類（如屬，科）的核酸，蛋白，和結(jié)構(gòu)記錄。如果有新物種的序列數(shù)據(jù)被放到數(shù)據(jù)庫中，這個物種就北加到（分類）數(shù)據(jù)庫中。NCBI的分類數(shù)據(jù)庫的目的是為序列數(shù)據(jù)庫建立一個一致的種系發(fā)生分類學(xué)。b文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫概要 ：/b1、 PubMed 一個關(guān)于生物醫(yī)藥科學(xué)的檢索系統(tǒng)，包括引用，摘要，和雜志的索引術(shù)語。它包括直接由出版商提供給NCBI的文獻(xiàn)引用以及鏈接到在出版商網(wǎng)址上的全文的URLs。PubMed包括MEDLINE和PREMEDLINE的完整內(nèi)容。它還包括一些被MEDLINE認(rèn)為超出范圍的文章和雜志，（這些文章或雜

25、志）由于內(nèi)容或在某一時期不在索引范圍內(nèi)。因此PubMed是比MEDLINE的更大的集合。2、 雜志瀏覽器 允許你去查找收錄到PubMed系統(tǒng)的雜志的名字，MEDLINE的縮寫，或ISSN號碼。3、 PubRef（開發(fā)中） 一個關(guān)于來自于廣大范圍的科學(xué)雜志的數(shù)目記錄，和鏈接到出版商網(wǎng)址的全文。PubRef包含了PubMEd，加上了來自其它學(xué)科的雜志出版商提供的引用和摘要。因此它是比PubMed更大的集合。這個計劃的啟動是因?yàn)镹AS要求為科學(xué)領(lǐng)域的核心刊物提供一個“白皮書”服務(wù)。4、 PubMed中心（開發(fā)中） PubMed中心是一個無障礙的NIH資源，用于在生命科學(xué)領(lǐng)域中同業(yè)互查的基礎(chǔ)研究報告。

26、從2000年一月開始接受雜志文章。所有在PubMed中心的材料將由目前任一主要的摘要和索引服務(wù)中列出的雜志提供，或者在編輯委員會中擁有3個以上有主要資金機(jī)構(gòu)的研究經(jīng)費(fèi)的擁有人的雜志提供。5、 OMIM 在線人類孟德爾遺傳經(jīng)常更新的人類基因和遺傳失調(diào)的目錄，有鏈接到其它相關(guān)的文獻(xiàn)參考，序列記錄，和相關(guān)數(shù)據(jù)庫。6、 書籍 同書籍出版商合作NCBI為網(wǎng)絡(luò)改編了教科書，并把他們鏈接到PubMed生物醫(yī)藥書目數(shù)據(jù)庫。這是為了給PubMed提供背景信息，這樣使用者可以探究在PubMed搜索結(jié)果中不熟悉的概念。目前收錄的書有：7、 Molecular Biology of the Cell, 3rd ed.

27、 Alberts B., Bray D., Lewis J., Raff M., Roberts K., Watson J.D., 1994, Garland Publishing.8、 外部鏈接 一個登記服務(wù)，用于建立從在Entrez中的特定的文章，雜志，或生物數(shù)據(jù)到外部網(wǎng)址的鏈接。第三方可以提供一個URL，資源名字，關(guān)于他們網(wǎng)址的簡要的描述，和關(guān)于從NCBI數(shù)據(jù)的哪里他們希望建立鏈接的詳細(xì)說明。這個詳細(xì)說明可以用對Entrez有效的布爾查詢來寫，也可以用特定的文章或序列的標(biāo)志列表來寫。這樣NCBI PubMed的用戶將可以通過“NCBI小房間”服務(wù)（開發(fā)中）來選擇哪個外部鏈接在他們的搜索中

28、是可見的。9、 引用匹配 允許你找到任何一篇在PubMed數(shù)據(jù)庫中的文章的PubMed ID或MEDLINE UID，給出書目信息（雜志，卷，頁碼等）。10、 單篇文章的引用匹配。11、 許多文章的批量引用匹配。12、 E-mail引用匹配也是可以的，也可以用于單篇或許多文章。如果要獲得幫助文件，給email=citation_citation_/email寫一封只有內(nèi)容為HELP的E-Mail。bGenomes and Maps Overview：/b1、 Entrez基因組：人，小鼠，大鼠，酵母，線

29、蟲，瘧原蟲，細(xì)菌，病毒，viroids，質(zhì)粒，和真核細(xì)胞器。2、 Entrez基因組（各種物種）3、 Entrez基因組 超過800種在GenBank中被完整測序的物種，包括大于500種病毒，25種細(xì)菌，酵母，和許多viroids，質(zhì)粒，和細(xì)胞器。還包括正在進(jìn)行中的基因組，比如人，小鼠，線蟲，瘧原蟲，果蠅，利什曼原蟲，水稻，和玉米。提供完成的基因組/染色體的圖形概覽，并可以探究那些逐步細(xì)化的區(qū)域。也提供那些已經(jīng)被NCBI工作人員分析過的物種的編碼區(qū)的摘要和TaxTables。另外，Entrez Map Viewer，Entrez基因組的一個軟件組成部分，提供整合的果蠅（細(xì)胞遺傳學(xué)和序列圖譜）和

30、人類（細(xì)胞遺傳學(xué)，遺傳連鎖，序列，放射雜交，和其它圖譜）的染色體圖譜的瀏覽。4、 通過每個物種的Entrez基因組頁面來下載350kb的基因組。5、 通過NCBI ftp站點(diǎn)來下載350kb的基因組參見在genbank/genomes目錄下的readme文件，ftp鏈接在每個物種的Entrez基因組頁面上也有。bNCBI站點(diǎn)地圖-其他基因組數(shù)據(jù)介紹：/b1、 小鼠基因組1) 小鼠基因組資源向?qū)?：把從各個中心來的各種小鼠相關(guān)的資源整合在一起，包括序列，圖譜，和克隆信息以及指向小鼠種系和突變資源的指針。2) 小鼠基因組測序：小鼠基因組計劃的測序進(jìn)展，HTG序列contigs（可以用大小和染色體號

31、來瀏覽）由測序中心的數(shù)據(jù)建立，可以contig或染色體的形式來下載。3) 小鼠UniGene ：被整理成簇的EST和全長mRNA序列，每一個代表一種特定已知的或假設(shè)的基因，有定位圖和表達(dá)信息以及同其它資源的交叉參考。序列數(shù)據(jù)可以以cluster形式在Unigene網(wǎng)頁下載，完整的數(shù)據(jù)可以從FTP站點(diǎn)repository/UniGene目錄下下載4) 位點(diǎn)鏈接（LocusLink） ：為校正過的序列和遺傳位點(diǎn)的描述信息提供一個單次查詢界面。LocusLink給每個位點(diǎn)發(fā)布一個穩(wěn)定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，圖譜信息，和相關(guān)的網(wǎng)址。Locu

32、sLink是NCBI，人類基因命名委員會，OMIM和其它組織的合作結(jié)果。LocusLink目前包含人類，小鼠，大鼠，斑馬魚，和果蠅的位點(diǎn)，物種可以被分開或合在一起查詢。5) Entrez ：包括了來自70000個物種的序列數(shù)據(jù)，可以用物種字段來限制記錄只在小鼠搜索。6) 人類/小鼠同源圖 ：University of California at Davis的M. F. Seldin建立，一張比較人和老鼠在同源區(qū)段DNA上基因的表，按在每個基因組上的位置排列。2、 大鼠基因組1) 大鼠UniGene ：被整理成簇的EST和全長mRNA序列，每一個代表一種特定已知的或假設(shè)的基因，有定位圖和表達(dá)信息

33、以及同其它資源的交叉參考。序列數(shù)據(jù)可以以cluster形式在Unigene網(wǎng)頁下載，完整的數(shù)據(jù)可以從FTP站點(diǎn)repository/UniGene目錄下下載2) 位點(diǎn)鏈接（LocusLink）：為校正過的序列和遺傳位點(diǎn)的描述信息提供一個單次查詢界面。LocusLink給每個位點(diǎn)發(fā)布一個穩(wěn)定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，圖譜信息，和相關(guān)的網(wǎng)址。LocusLink是NCBI，人類基因命名委員會，OMIM和其它組織的合作結(jié)果。LocusLink目前包含人類，小鼠，大鼠，斑馬魚，和果蠅的位點(diǎn)，物種可以被分開或合在一起查詢。3、 斑馬魚基因組1)

34、斑馬魚UniGene ：被整理成簇的EST和全長mRNA序列，每一個代表一種特定已知的或假設(shè)的基因，有定位圖和表達(dá)信息以及同其它資源的交叉參考。序列數(shù)據(jù)可以以cluster形式在Unigene網(wǎng)頁下載，完整的數(shù)據(jù)可以從FTP站點(diǎn)repository/UniGene目錄下下載2) 位點(diǎn)鏈接（LocusLink） ：為校正過的序列和遺傳位點(diǎn)的描述信息提供一個單次查詢界面。LocusLink給每個位點(diǎn)發(fā)布一個穩(wěn)定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，圖譜信息，和相關(guān)的網(wǎng)址。LocusLink是NCBI，人類基因命名委員會，OMIM和其它組織的合作結(jié)果。

35、LocusLink目前包含人類，小鼠，大鼠，斑馬魚，和果蠅的位點(diǎn)，物種可以被分開或合在一起查詢。4、 果蠅基因組1) 黑腹果蠅主頁 ： 提供所有可使用的果蠅資源的概要，用圖形的方式顯示了染色體，允許你通過Entrez基因組瀏覽器的方法來搜索整個基因組的細(xì)胞遺傳和序列信息。Entrez基因組提供了對于一個物種一致的遺傳，物理，和序列數(shù)據(jù)的圖形界面。當(dāng)你用一個基因的代號來搜索時，它給出搜索結(jié)果的一個圖形的基因組視圖，從那你可以放大到你所感興趣的區(qū)域的更詳細(xì)的圖譜視圖，并且鏈接到序列數(shù)據(jù)和包含更多信息的相關(guān)資源。2) 黑腹果蠅基因組測序的狀態(tài) ：描述了目前在GenBank，Entrez Genomes，和FTP站點(diǎn)中的數(shù)據(jù)的范圍3) Entrez圖譜瀏覽器 ：整合的染色體圖譜圖譜瀏覽器是Entrez基因組的一個軟件組成部分，用來顯示一個或多個用共同標(biāo)記或基因名字互相align過的圖譜，以及用相同序列進(jìn)行比較過的序列圖譜。在人類基因組數(shù)據(jù)和搜索技巧文件中有關(guān)于目前可以使用的果蠅的序列和細(xì)胞遺傳學(xué)圖譜。Entrez圖譜瀏覽器的幫助文件提供了關(guān)于如何使用這個工具的一般說明。4) 位點(diǎn)鏈接（LocusLink）： 為校正過的序列和遺傳位點(diǎn)的描述信息提供一個單次查詢界面。LocusLink給每個位點(diǎn)發(fā)布一個穩(wěn)定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，