高斯軟件分子內(nèi)坐標(biāo)的輸入_第1頁(yè)
高斯軟件分子內(nèi)坐標(biāo)的輸入_第2頁(yè)
高斯軟件分子內(nèi)坐標(biāo)的輸入_第3頁(yè)
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1、分子內(nèi)坐標(biāo)輸入以含 H2O 的高斯輸入格式為例：# p HF/STO-3GWater energy 0 1OH 1 0.956H 1 0.956 2 104.5 計(jì)算的最基本格式如上例所示，第一行表示計(jì)算方法和基組，然后空一行， 第三行表示名稱， 然后空一行， 藍(lán)色的一行兩個(gè)數(shù)字分別表示分子電荷和自旋 多重度，紅色部分為分子內(nèi)坐標(biāo)。在分子內(nèi)坐標(biāo)系中， 分子中每個(gè)原子的相對(duì)位置是用與它成鍵的另一原子間鍵長(zhǎng)、 該鍵 與另一化學(xué)鍵間的鍵角， 以及后者與和它有一條公共邊的另一鍵角所成的二面角來確定。 可 以理解為原子在空間的相對(duì)位置， 取分子中的一個(gè)原子作為參考原子逐步確定其他原子的位 置。需注意：鍵

2、長(zhǎng) 的默認(rèn)單位為 ?；0o< 鍵角 180o。二面角 的定義為包含原子 A、1、2 的平面與包含原子 1、2、 3 的平面所成的夾角， 其取值區(qū)間為 -180o, 180o。二面角所取的正負(fù)符號(hào)由 “右旋法則 ”確定。用“右旋法則” 確定二面角的正負(fù)時(shí)，取包含參考 3 個(gè)原子的平面為基準(zhǔn)面、 參考原子2 指向參考原子 1 的位矢方向?yàn)榛D(zhuǎn)軸的正方向。若被定義的原子 A 與參考原子 1、 2 構(gòu)成 的平面位于基準(zhǔn)面的逆時(shí)針方位，則其二面角參量為正號(hào)，否則為負(fù)號(hào)。以上是關(guān)于內(nèi)坐標(biāo)的解釋，我們?cè)谳斎敕肿觾?nèi)坐標(biāo)時(shí)大多依靠軟件( chem3D 和 gauss view)進(jìn)行。下面以甲烷為例說明 :首先使用 chem3D 畫一個(gè)甲烷分子；然后另存為格式為 gjf使用記事本打開保存的文件，如果是內(nèi)坐標(biāo)表示完成；如果顯示的是笛卡爾坐標(biāo)如下file save關(guān)掉文件，再使用 gauss view 打開文件后，右擊，選擇文件儲(chǔ)存類型選擇 Gaussian Input Files（ *gjf ），write Cart

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