Blast結(jié)果的詳細(xì)解析

1、Blast結(jié)果的詳細(xì)解析Posted on 2009 年 7 月 9 日 by boyun 要使用程序?qū)last結(jié)果進(jìn)行解析、分析，就必須對(duì)BLAST的結(jié)果形式有深入的了解，本篇文章將向你詳細(xì)說明Blast結(jié)果的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，供參考。這里的指的是blast默認(rèn)的結(jié)果，也是我們應(yīng)用最多的結(jié)果。. 結(jié)果文件的結(jié)構(gòu)一個(gè)BLAST的結(jié)果文件，大致結(jié)構(gòu)如下：每個(gè)blast結(jié)果文件都以固定的header開頭，里面包含了BLAST程序名稱，版本與Reference信息。接下來包含一個(gè)或多個(gè)Query，每個(gè)query包含以下內(nèi)容：Query informationSequences producing sign

2、ificant alignmentsSubjectsQuery information是對(duì)一個(gè)query 序列的基本信息描述，Sequences producing significant alignments是對(duì)所有subjects的簡(jiǎn)要list。每個(gè)subjects是query序列在數(shù)據(jù)庫中比對(duì)上的一條序列。. HEADER每個(gè)blast結(jié)果文件都以固定的header開頭，里面包含了BLAST程序名稱，版本與Reference信息。blast結(jié)果解讀-header. QUERY每個(gè)blast結(jié)果文件包含一個(gè)或多個(gè)Query，每個(gè)query包含以下內(nèi)容：Query informationSe

3、quences producing significant alignmentsSubjectsblast結(jié)果解讀-Query. QUERY INFORMATIONQuery information是對(duì)一個(gè)query 序列的基本信息描述。該部分包括 Name：Fasta序列對(duì)于序列描述的部分（見本文檔section1.2部分說明）l Accession：接收號(hào)，或者locationl Description：序列描述l Length：序列的長(zhǎng)度l Database：用戶使用的數(shù)據(jù)庫信息l. SEQUENCES PRODUCING SIGNIFICANT ALIGNMENTS該處的信息是所有su

4、bjects的簡(jiǎn)要list。blast結(jié)果解讀-subjects list. SUBJECTS每個(gè)subjects是query序列在數(shù)據(jù)庫中比對(duì)上的一條序列。每個(gè)subject部分包括 Subject序列信息l 一個(gè)或多個(gè)alignmentl. SUBJECT序列信息Subject序列信息包括該序列的： Name：Fasta序列對(duì)于序列描述的部分l Accession：接收號(hào)，或者locationl Description：序列描述l Length：序列的長(zhǎng)度lBLAST-subjects. ALIGNMENT一個(gè)query序列和一個(gè)subject序列的比對(duì)結(jié)果，可能是一個(gè)或多個(gè)alignme

5、nt，每個(gè)alignment包括如下信息，其中strand，frame和positives三項(xiàng)，隨著所用blast程序的不同而有變動(dòng)： Score：281l Expect：2e-54l Percent_identityl Identitiesl bits ：110l Lengthl Mismatches= Length Identitiesl Gaps：為空時(shí)，Gaps=0l Strand （blastn）l Frame （blastx，tblastn，tblastx）l Positives (blastp, blastx，tblastn，tblastx)l Query_startl Query_endl Subject _startl Subject _endlBLAST-subjects. 數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)總結(jié)比對(duì)結(jié)果分三個(gè)層次Query下面有一個(gè)或者多個(gè)Subject，一個(gè)Subject下面有多個(gè)Alignments。Query 從“Query=” 開始到下一個(gè) “Query=”或者文件結(jié)束Subject 從“>”開始到下一個(gè)“&g