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文檔簡介
1、這里是它的官網(wǎng):正題1、安裝后首先打開ImageJ:2、打開要分析圖片:Fileopen(熱鍵為Ctrl+O)3、轉(zhuǎn)換成8bit的灰度圖:ImageType8-bit4、黑白反轉(zhuǎn)(因為對于光密度(OD)來說越白數(shù)值越小,純白為0;越黑數(shù)值越大,純黑理論上是無限大。因此我們需要將上一步所轉(zhuǎn)換的灰度圖進行黑白反轉(zhuǎn),不然的話測出來的數(shù)值就會熒光越亮反而數(shù)值越小):EditInvert(熱鍵為Ctrl+Shift+I)以下為從左到右分別為原圖、8bit灰度圖及反轉(zhuǎn)后的圖:5、校正光密度(軟件默認為測量灰度,因此我們要改為更加適用的光密度,其中原理不是一兩句話能說得清的,這里忽略):AnalyzeCal
2、ibrate 在彈出來的界面的Function選擇Uncalibrated OD,并下界面左下方勾選Global calibration,然后點擊右下角的OK點擊OK后會跳出校正后的光密度曲線:如不勾選Global calibration,光密度的校正只對這張圖片有效,一般分析都要分析多張圖片,所以需要勾選,勾選后在打開另一圖片時會提示是否將此校正應用于所有圖片,不勾選Disable Global Calibration,勾選Disable these Messages6、選擇測量單位(一般選擇象素,如有明確的比例,也可以選擇相應單位):AnalyzeSet scale點擊后在彈出的界面里點擊
3、中間的click to Remove Scale,并勾選下面的Global(同樣的,如不選Global這個測量單位的選擇只對這張圖片有效),最后點擊OK7、選擇測量項目:AnalyzeSet Measurements在彈出界面中選擇我們需要測量的項目Area、Integrated density,并勾選下面的Limit to threshold(這個選項是指只測量我們選中的范圍,如不勾選側(cè)會測量整張圖片數(shù)據(jù)),選擇后點擊OK8、選擇測量域值:ImageAdjustThreshold(熱鍵為Ctrl+Shift+T)滑動彈出界面中間的滑塊選擇適合的域值,以使的你圖片中的細胞或待測目標剛好全部被選中,選好之后點擊右下角的Set在彈出來的界面點擊OK9、測量:AnalyzeMeasure(熱鍵為Ctrl+M或直接按M)10、記錄數(shù)據(jù)并計算:結(jié)果中的Area為選擇范圍的面積,如果是測量的是細胞的話就是細胞在圖中的面積;IntDen就是所選范圍的IOD(光密度的總和)。結(jié)果界面中的數(shù)據(jù)可以復制到Excel等軟件中進行計算。用IntDen的數(shù)值除以Area的數(shù)值得出來的就是這張圖片中細胞的平均光密度,以這張圖片的數(shù)據(jù)為例,即:18854/179252=0.105181532(/pixel)同法測量多張圖的平均光密度值后就可以進行半定量比較。以下附上分別應用Image-Pro Plus及Ima
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