ImageJ分析粒徑尺寸及分布

1、Morphologicalstudy:focalcontactsformationForquantificationofvinculinpositivecontactsareas,weusedthefreewareimageanalysisImageJ(NIH,/ij/).Weopenedtherawimage,convertedittoan8-bitfile,andusedtheunsharpmaskfeature(settings1:0.2)beforeremovingtheimagebackground(rollingballradius10)

2、.Aftersmoothing,theresultingimage,whichappearssimilartotheoriginalphotomicrographbutwithminimalbackground,wasthenconvertedtoabinaryimagebysettingathreshold.Thresholdvaluesweredeterminedempiricallybyselectingasetting,whichgavethemostaccuratebinaryimageforasubsetofrandomlyselectedphotomicrographswithv

3、aryingpeptidesdensities.Thecellareawasdeterminedbymanualdelineationonrawfluorescentimages,totalcontactareaandmeancontactareapercellwerecalculatedby''analysarticulesinImageJ,contactssmallerthan3pixelswerenottakenintoaccount.首先用工具欄里的直線工具，沿SEM、TEM的標(biāo)尺(bar)拉出一條等長(zhǎng)的直線，在菜單欄里找到measure點(diǎn)擊，得到標(biāo)尺對(duì)應(yīng)的長(zhǎng)度數(shù)據(jù)(彈

4、出的數(shù)據(jù)欄)；接著用同樣的步驟測(cè)量你的particles;最后導(dǎo)出你的數(shù)據(jù)，放到excel、origin里處理就行了測(cè)量的值是相對(duì)值，要利用bar的相對(duì)值和實(shí)際值進(jìn)行換算乘下除下就行了首先要在measur里面選擇spatialcalibration,將這里面標(biāo)尺與自己圖片里面的標(biāo)尺對(duì)應(yīng)，最后選擇measurementsfeatures里面選擇直線。自己在圖片里面畫(huà)線，用長(zhǎng)度除以晶粒數(shù)就ok了不知道這個(gè)是不是你想要的?？梢杂胠ineprofile測(cè)量尺寸，但是你要知道imageJ是根據(jù)光的強(qiáng)弱來(lái)測(cè)量的，不一定準(zhǔn)，如果你的圖片使用據(jù)光的強(qiáng)弱來(lái)測(cè)量的，不一定準(zhǔn)，如果你的圖片使用AFM做的，可以直接用

5、AFM的軟件處理會(huì)更準(zhǔn)確。最后一張圖是3D效果。FileEditIrrgeProcessAnalyzePluginsWindowH日pSILLJTt-292,198'ar.jlt=Q.OOi0000t“j市JFileEditImageProcessPluginsWindowHelpA>P4easu:eCtrl4MPcimselections-sriiftdickformuAnalyzeParticlesSummarize500x445pixels;RGBJMBDstirfbuiionLabelCarRaJtSSetMeasurementsSetScaleCaSi&rate

6、Ctrl+HHistogramSuriacePiatGeisToolslOODCurndirvIvneJAnalyzeCtptbvftfdPlotProfileCtrt+K-.CM2.jpghntli|ni：iissmIhi1,3.jpg-lainIIfti<ft»HwfvAbMdIfti<ft»HwfvAbMd-*X5.jpg好幾次在論壇里看到有蟲(chóng)友問(wèn)關(guān)于金相圖片中如何測(cè)量顆粒尺寸以及使用什么圖像處理軟件的問(wèn)題，作為一個(gè)去年剛畢業(yè)并有過(guò)相關(guān)金相圖片處理經(jīng)驗(yàn)的過(guò)來(lái)人，決定寫(xiě)下關(guān)于這方面的經(jīng)驗(yàn)，希望對(duì)大家有一定的幫助，在這里我使用的圖片處理軟件有兩個(gè)：PHOTOS

7、HOP和IMAGE-PRO-PLUS?，F(xiàn)在介紹如下：1,首先我們用PHOTOSHOP把金相圖片中需要測(cè)量的顆粒盡可能的用魔棒工具選擇出來(lái)然后進(jìn)行反選把背景刪掉，例如：原始的金相圖片為,然后我們用面要測(cè)量的顆粒選出后的圖片為PHOTOSHOP把里到這里前期的處理工作做完了,到這里前期的處理工作做完了,卜面我們將使用IMAGE-PRO-PLUS來(lái)進(jìn)行相應(yīng)的顆粒尺寸測(cè)量2,首先打開(kāi)IMAGE-PRO-PLUS,選擇COMPLETE點(diǎn)OK,進(jìn)入軟件后點(diǎn)DONE,然后點(diǎn)FILE-OPEN,打開(kāi)你剛用PHOTOSHOP處理后的圖片，點(diǎn)這個(gè)圖標(biāo)對(duì)金相圖片進(jìn)行處理（可以使金相中的顆?？吹母忧宄?，處理完后點(diǎn)擊

8、圖標(biāo)然后會(huì)彈出個(gè)對(duì)話框，這里有，這里有個(gè)選項(xiàng)般你的顆粒是暗色的，背景是白色的話就選擇DARK,進(jìn)行完編號(hào)后,進(jìn)行完編號(hào)后行編號(hào)。如圖這個(gè)選項(xiàng)，反之也行，擇好后點(diǎn)COUNT按鍵，這樣軟件就會(huì)自動(dòng)給你金相圖片中的顆粒進(jìn)我們就開(kāi)始來(lái)進(jìn)行相應(yīng)的測(cè)量了。3,在2中彈出的對(duì)話框里選擇MEASURE按鍵，選擇下拉列表中的SELECT3*ctme，£UemsntsMeasurements:3gl電FilterR皿耳*e：Ars&10le+C虹(polygon)Ar依Fzt版iffeajor)加i*Gimor)BetHai酒七Cox4試thCent史lXCertt*r*X*立m與C&n

9、t«r-YCent*r-YGn&ss)ClisiAreaAx電m。工object.D'lesntiTitludeholes'1areaif<?illMolQoptioniiturnedoff.filterObjectsAREA（顆粒面積卜Measurenent：Density(r電d1|八Density(std.dev.)Density(上皿DiaiTiBtwir5ax)Di2曰tear(jneanjDiameterGni口)EndpointsFtr>st(nw)Feret(jieanjFere七Gain)FractalDim0nwionHfet電

10、ly電Ar電白HolRatioH«1«eAr世尊101«4Krtft(polygcn)Ile-hCDiamat«rG更m)01000CFilterRanges：Diameter。1代皿，3g白length»fdiihJTi6t&rem號(hào)2degreeintervals西d了m55inQthrongKobjecVscentroid.Select貽夠URSelect世dmr-iElFilterObjecii拉列表中選擇你要測(cè)量的各項(xiàng)數(shù)據(jù)，如果是測(cè)量顆粒尺寸的話一般選擇perimeter（顆粒的周長(zhǎng)卜DIAMETER（MEAN）（顆粒平均尺寸

11、）（一般不建議選這項(xiàng)，因?yàn)橛密浖y(cè)出的顆粒尺寸值會(huì)有誤差，后面會(huì)講）。選好后如圖OK,然后點(diǎn)卜面的MEASURE，這樣軟件就會(huì)自動(dòng)測(cè)量。點(diǎn)完MEASURE后剛才的對(duì)話框會(huì)自動(dòng)關(guān)閉,然后我們回來(lái)剛才的那個(gè)COUNT/SIZE對(duì)話框，選擇對(duì)話框上面的VIEW按鍵，選擇里面,金相圖片中選擇的顆粒的相關(guān)數(shù)據(jù)都在里面（面積，周長(zhǎng)，顆粒平均尺寸），然后我們只要把這些數(shù)據(jù)導(dǎo)出就行，選擇FILE-EXPORTOPTIONS,選擇里面的導(dǎo)入EXCEL,點(diǎn)OK,然后新建個(gè)空白EXCEL,用右鍵復(fù)制就行，這樣剛才測(cè)量的數(shù)據(jù)都在EXCEL里面了。4,到這一步基本上測(cè)量結(jié)果就結(jié)束了，顆粒尺寸也得到了，但一般情況下不建議使用這項(xiàng)數(shù)據(jù)，因?yàn)闀?huì)存在偏差。一般情況下是用公式來(lái)計(jì)算的。我們知道金相中的顆粒都是形狀不一的，而我們使用的顆粒尺寸一般是指等徑圓直徑即把顆粒尺寸換