ImageJ分析粒徑尺寸及分布

1、Morphologicalstudy:focalcontactsformationForquantificationofvinculinpositivecontactsareas,weusedthefreewareimageanalysisImageJ(NIH,/ij/).Weopenedtherawimage,convertedittoan8-bitfile,andusedtheunsharpmaskfeature(settings1:0.2)beforeremovingtheimagebackground(rollingballradius10)

2、.Aftersmoothing,theresultingimage,whichappearssimilartotheoriginalphotomicrographbutwithminimalbackground,wasthenconvertedtoabinaryimagebysettingathreshold.Thresholdvaluesweredeterminedempiricallybyselectingasetting,whichgavethemostaccuratebinaryimageforasubsetofrandomlyselectedphotomicrographswithv

3、aryingpeptidesdensities.Thecellareawasdeterminedbymanualdelineationonrawfluorescentimages,totalcontactareaandmeancontactareapercellwerecalculatedby''analysarticulesinImageJ,contactssmallerthan3pixelswerenottakenintoaccount.首先用工具欄里的直線工具，沿SEM、TEM的標尺(bar)拉出一條等長的直線，在菜單欄里找到measure點擊，得到標尺對應的長度數(shù)據(jù)(彈

4、出的數(shù)據(jù)欄)；接著用同樣的步驟測量你的particles;最后導出你的數(shù)據(jù)，放到excel、origin里處理就行了測量的值是相對值，要利用bar的相對值和實際值進行換算乘下除下就行了首先要在measur里面選擇spatialcalibration,將這里面標尺與自己圖片里面的標尺對應，最后選擇measurementsfeatures里面選擇直線。自己在圖片里面畫線，用長度除以晶粒數(shù)就ok了不知道這個是不是你想要的?？梢杂胠ineprofile測量尺寸，但是你要知道imageJ是根據(jù)光的強弱來測量的，不一定準，如果你的圖片使用據(jù)光的強弱來測量的，不一定準，如果你的圖片使用AFM做的，可以直接用

5、AFM的軟件處理會更準確。最后一張圖是3D效果。FileEditIrrgeProcessAnalyzePluginsWindowH日pSILLJTt-292,198'ar.jlt=Q.OOi0000t“j市JFileEditImageProcessPluginsWindowHelpA>P4easu:eCtrl4MPcimselections-sriiftdickformuAnalyzeParticlesSummarize500x445pixels;RGBJMBDstirfbuiionLabelCarRaJtSSetMeasurementsSetScaleCaSi&rate

6、Ctrl+HHistogramSuriacePiatGeisToolslOODCurndirvIvneJAnalyzeCtptbvftfdPlotProfileCtrt+K-.CM2.jpghntli|ni：iissmIhi1,3.jpg-lainIIfti<ft»HwfvAbMdIfti<ft»HwfvAbMd-*X5.jpg好幾次在論壇里看到有蟲友問關于金相圖片中如何測量顆粒尺寸以及使用什么圖像處理軟件的問題，作為一個去年剛畢業(yè)并有過相關金相圖片處理經(jīng)驗的過來人，決定寫下關于這方面的經(jīng)驗，希望對大家有一定的幫助，在這里我使用的圖片處理軟件有兩個：PHOTOS

7、HOP和IMAGE-PRO-PLUS?，F(xiàn)在介紹如下：1,首先我們用PHOTOSHOP把金相圖片中需要測量的顆粒盡可能的用魔棒工具選擇出來然后進行反選把背景刪掉，例如：原始的金相圖片為,然后我們用面要測量的顆粒選出后的圖片為PHOTOSHOP把里到這里前期的處理工作做完了,到這里前期的處理工作做完了,卜面我們將使用IMAGE-PRO-PLUS來進行相應的顆粒尺寸測量2,首先打開IMAGE-PRO-PLUS,選擇COMPLETE點OK,進入軟件后點DONE,然后點FILE-OPEN,打開你剛用PHOTOSHOP處理后的圖片，點這個圖標對金相圖片進行處理（可以使金相中的顆?？吹母忧宄?，處理完后點擊

8、圖標然后會彈出個對話框，這里有，這里有個選項般你的顆粒是暗色的，背景是白色的話就選擇DARK,進行完編號后,進行完編號后行編號。如圖這個選項，反之也行，擇好后點COUNT按鍵，這樣軟件就會自動給你金相圖片中的顆粒進我們就開始來進行相應的測量了。3,在2中彈出的對話框里選擇MEASURE按鍵，選擇下拉列表中的SELECT3*ctme，£UemsntsMeasurements:3gl電FilterR皿耳*e：Ars&10le+C虹(polygon)Ar依Fzt版iffeajor)加i*Gimor)BetHai酒七Cox4試thCent史lXCertt*r*X*立m與C&n

9、t«r-YCent*r-YGn&ss)ClisiAreaAx電m。工object.D'lesntiTitludeholes'1areaif<?illMolQoptioniiturnedoff.filterObjectsAREA（顆粒面積卜Measurenent：Density(r電d1|八Density(std.dev.)Density(上皿DiaiTiBtwir5ax)Di2曰tear(jneanjDiameterGni口)EndpointsFtr>st(nw)Feret(jieanjFere七Gain)FractalDim0nwionHfet電

10、ly電Ar電白HolRatioH«1«eAr世尊101«4Krtft(polygcn)Ile-hCDiamat«rG更m)01000CFilterRanges：Diameter。1代皿，3g白length»fdiihJTi6t&rem號2degreeintervals西d了m55inQthrongKobjecVscentroid.Select貽夠URSelect世dmr-iElFilterObjecii拉列表中選擇你要測量的各項數(shù)據(jù)，如果是測量顆粒尺寸的話一般選擇perimeter（顆粒的周長卜DIAMETER（MEAN）（顆粒平均尺寸

11、）（一般不建議選這項，因為用軟件測出的顆粒尺寸值會有誤差，后面會講）。選好后如圖OK,然后點卜面的MEASURE，這樣軟件就會自動測量。點完MEASURE后剛才的對話框會自動關閉,然后我們回來剛才的那個COUNT/SIZE對話框，選擇對話框上面的VIEW按鍵，選擇里面,金相圖片中選擇的顆粒的相關數(shù)據(jù)都在里面（面積，周長，顆粒平均尺寸），然后我們只要把這些數(shù)據(jù)導出就行，選擇FILE-EXPORTOPTIONS,選擇里面的導入EXCEL,點OK,然后新建個空白EXCEL,用右鍵復制就行，這樣剛才測量的數(shù)據(jù)都在EXCEL里面了。4,到這一步基本上測量結果就結束了，顆粒尺寸也得到了，但一般情況下不建議使用這項數(shù)據(jù)，因為會存在偏差。一般情況下是用公式來計算的。我們知道金相中的顆粒都是形狀不一的，而我們使用的顆粒尺寸一般是指等徑圓直徑即把顆粒尺寸換