Chem3D詳解-文檔資料

1、1計算化學(xué)實驗Chem3D軟件指南2Chem3D開始:點擊桌面 “Chem3D Ultra 10.0” 圖標 3Chem3D一覽菜單和工具欄區(qū)組成區(qū)坐標區(qū)光譜區(qū)輸出結(jié)果區(qū)構(gòu)象區(qū)2D分子區(qū)3D繪圖區(qū)4Chem3D詳解菜單和工具欄區(qū)文件打開輸入打印設(shè)置編輯拷貝粘貼修改選擇顯示工具結(jié)構(gòu)測量旋轉(zhuǎn)飽和修正重疊計算界面結(jié)果密度面軌道電勢面分子面電影旋轉(zhuǎn)軌跡數(shù)據(jù)庫窗口排列幫助說明例子5Chem3D詳解文件新分子模型樣本分子打開文件中的分子結(jié)構(gòu)保存6Chem3D詳解編輯撤消操作重復(fù)操作清除當前分子7Chem3D詳解視圖分子顯示方式顯示取向工具欄分子組成ChemDraw直角坐標Z-矩陣測量列表參數(shù)表輸出區(qū)構(gòu)象區(qū)

2、光譜顯示區(qū)文件輸入原子類型MM2類型8Chem3D詳解結(jié)構(gòu)測量列表分子位置和取向設(shè)置Z-matrix飽和價鍵(加氫)自動調(diào)整分子結(jié)構(gòu)重疊分子對接9Chem3D詳解計算模塊計算結(jié)果管理停止計算二面角計算(構(gòu)象搜索)EHMO計算電荷軌道MM2分子動力學(xué)模塊分子性質(zhì)計算模塊GAMESS計算界面Gaussian計算界面Jaguar計算界面Mopac計算界面10Chem3D詳解計算模塊二面角計算(構(gòu)象搜索)掃描一個二面角掃描兩個二面角11二面角計算(構(gòu)象搜索)掃描一個二面角12二面角計算(構(gòu)象搜索)掃描二個二面角構(gòu)象過渡態(tài)13Chem3D詳解計算模塊EHMO電荷分子面總電子密度面分子軌道14Chem3D

3、詳解計算模塊EHMO電荷15Chem3D詳解計算模塊EHMO總電子密度面等值面圖isoval=0.0116Chem3D詳解計算模塊EHMO分子軌道等值面圖isoval=0.0117MM2分子動力學(xué)模塊Chem3D詳解計算模塊運行MM2輸入文件優(yōu)化構(gòu)型(能量極小化)分子動力學(xué)性質(zhì)計算打印力場參數(shù)18MM2分子動力學(xué)模塊Chem3D詳解計算模塊力場參數(shù)M2 Constant Value Quality Cubic stretch constant-2.000 4Quartic stretch constant2.333 4X-B,C,N,O-Y Stretch-Bend interaction f

4、orce constant0.120 4X-B,C,N,O-H Stretch-Bend interaction force constant0.090 4Sextic bending constant (* 10*8)7.000 4Cutoff distance for charge/charge interactions35.000 4Cutoff distance for charge/dipole interactions25.000 4Cutoff distance for dipole/dipole interactions18.000 4Cutoff distance for v

5、an der Waals interactions10.000 4MM2 Atom Radius Eps Weight Reduct Lone Pairs Quality 5 1.500 0.047 1.008 0.915 0 42 1.940 0.044 12.000 0.000 0 4Bond KS Bond Length Dipole Quality 2-5 4.600 1.100 0.000 42-2 9.600 1.337 0.000 4Angle KB XR2 XRH XH2 Quality 2-2-5 0.360 120.0 120.5 0.0 42-2-2 0.430 120.

6、0 0.0 0.0 4Atoms Force Constant Quality 2-2 0.050 42-5 0.050 4Torsional V1 V2 V3 Quality 5-2-2-5 0.000 15.000 0.000 42-2-2-5 0.000 9.000 -1.060 42-2-2-2 -0.930 8.000 0.000 4PiAtom Electron Ionization Repulsion Quality 2 1 -11.160 11.134 4PiBond DForce DLength Quality 2-2 4.600 0.166 43, 4次鍵伸縮常數(shù)鍵伸縮-彎

7、曲作用參數(shù)截斷距離LJ非鍵參數(shù)鍵伸縮參數(shù)鍵彎曲(角)參數(shù)鍵扭轉(zhuǎn)參數(shù)鍵(共軛)修正參數(shù)19MM2分子動力學(xué)模塊Chem3D詳解計算模塊優(yōu)化構(gòu)型(能量極小化)收斂要求: 最小均方根梯度(力)輸出結(jié)果能量分解總能量20MM2分子動力學(xué)模塊Chem3D詳解計算模塊分子動力學(xué)模擬步長結(jié)構(gòu)輸出間隔軌跡步數(shù)升溫速率目標溫度參數(shù)一覽21MM2分子動力學(xué)模塊Chem3D詳解計算模塊分子動力學(xué)模擬暫停/開始停止22MM2分子動力學(xué)模塊Chem3D詳解計算模塊分子動力學(xué)模擬輸出結(jié)果時間(10-15秒)總能勢能溫度23MM2分子動力學(xué)模塊Chem3D詳解計算模塊分子動力學(xué)模擬輸出結(jié)果分子平動能 = 0分子轉(zhuǎn)動能 =

8、0非平衡平衡態(tài)24MM2分子動力學(xué)模塊Chem3D詳解計算模塊分子動力學(xué)模擬輸出結(jié)果總能守恒!溫度控制!25MM2分子動力學(xué)模塊Chem3D詳解計算模塊性質(zhì): 鍵鍵級 能量26Chem3D詳解計算模塊分子性質(zhì)計算模塊27Chem3D詳解計算模塊GAMESS優(yōu)化構(gòu)型優(yōu)化過渡態(tài)分子性質(zhì)頻率分析紅外光譜NMR光譜運行輸入文件創(chuàng)建輸入文件查看輸出結(jié)果文件28Chem3D詳解計算模塊GAMESS作業(yè)類型方法基組波函數(shù)類型基組極化函數(shù)基組擴散函數(shù)基組指數(shù)優(yōu)化方法限制性部分優(yōu)化坐標自旋多重度 = 單電子數(shù)+1凈電荷29Chem3D詳解計算模塊GAMESS高級設(shè)置 - 1最大SCF循環(huán)次數(shù)優(yōu)化最大步數(shù)收斂要求

9、 (力)溫度(僅用于熱力學(xué)計算)溶劑模型溶劑參數(shù)初始猜測方法分子對稱性點群內(nèi)存要求30Chem3D詳解計算模塊GAMESS性質(zhì)偶極電子密度靜電勢Lowdin電荷和布居分析分子面Mulliken電荷和布居分析電子勢能電子總能量電子動能31Chem3D詳解計算模塊GAMESS計算方法激發(fā)態(tài)密度泛函理論從頭算理論基態(tài)32Chem3D詳解計算模塊GAMESS等電子密度面(0.001)HF/STO-3G IR光譜苯甲醇NMR光譜33Mopac計算界面Chem3D詳解計算模塊優(yōu)化平衡構(gòu)型優(yōu)化過渡態(tài)分子性質(zhì)IR光譜34Mopac計算界面Chem3D詳解計算模塊作業(yè)類型方法波函數(shù)優(yōu)化方法溶劑模型限制性優(yōu)化收斂

10、要求坐標35Mopac計算界面Chem3D詳解計算模塊電荷偶極靜電勢生成焓超精細耦合常數(shù)電離能極化率電荷溶劑介電常數(shù)36Chem3D詳解分子面模塊分子面探測半徑顯示模式顏色模式分辨率選擇分子軌道等值面值溶劑面總電子密度面總自旋密度面靜電勢面分子軌道清除所有面37Chem3D詳解分子面模塊SA面總電子密度面isoval=0.01總電子密度面/靜電勢isoval=0.01靜電勢isoval=1Connolly面HOMO軌道LUMO軌道甲醇38Chem3D詳解工具欄新分子打開保存拷貝剪切粘貼恢復(fù)重復(fù)打印模型背景特效紅藍鏡像坐標原子符號原子編號殘基全屏電影播放選擇平移旋轉(zhuǎn)縮放移動選中鍵型清除飽和調(diào)整字

11、符輸入擦寫分子面探測半徑顯示配色分辨率分子軌道等值狀態(tài)優(yōu)化旋轉(zhuǎn)停止39Chem3D詳解文件格式晶體結(jié)構(gòu)文件Gaussian輸入輸出文件cif文件pdb文件(蛋白質(zhì))40Chem3D詳解晶體結(jié)構(gòu)文件有機分子晶體: CCDC數(shù)據(jù)庫, http:/www.ccdc.cam.ac.uk草酸晶體Pbca空間群 (61)OXALAC06.dat41Chem3D詳解晶體結(jié)構(gòu)文件無機晶體: ICSD, AMCSDAmerican Mineralogist Crystal Structural Databasehttp:/rruff.geo.arizona. edu/AMS/amcsd.php不能正確處理周期性的體系!42Chem3D詳解生物大分子pdb文件(蛋白質(zhì))RSCB PDB蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫/pdb/home/home.do1AAQ43Chem3D詳解振動模式用JMOL顯示GAMESS的頻率分析輸出文件需要把Gamess輸出文件修改一下才能用Jmol5.0正確讀出! 將這些含“REDUCED MASSES”的行全部刪除! 然后保存退出此處只留一個空行!