個(gè)人非常好的VASP學(xué)習(xí)與總結(jié)

1、精析 VASP第一章LINUX命令11.1 常用命令11.1.1 瀏覽目錄11.1.2 瀏覽文件11.1.3 目錄操作11.1.4 文件操作11.1.5 系統(tǒng)信息1第二章SSH軟件使用22.1 軟件界面22.2 SSH transfer的應(yīng)用32.2.1 文件傳輸32.2.2 簡(jiǎn)單應(yīng)用3第三章VASP的四個(gè)輸入文件33.1 INCAR 33.2 KPOINTS 43.3 POSCAR 43.4 POTCAR 5第四章 實(shí)例 54.1 模型的構(gòu)建54.2 VASP 計(jì)算 84.2.1 參數(shù)測(cè)試(VASP)參數(shù)設(shè)置這里給出了贗勢(shì)、ENCUF、 K點(diǎn)、 SIMGA一共四個(gè)參數(shù)。是都要驗(yàn)證嗎？還是只要

2、驗(yàn)證其中一些？84.2.2 晶胞優(yōu)化(Cu) 134.2.3 Cu(100)表面的能量24.2.4 吸附分子CO、 H、 CHO的結(jié)構(gòu)優(yōu)化24.2.5 CO吸附于 Cu100 表面 H 位 44.2.6 H 吸附于 Cu100 表面 H 位 54.2.7 CHO 吸附于 Cu100 表面 B 位 64.2.8 CO和 H 共吸附于Cu100 表面 74.2.9 過渡態(tài)計(jì)算8第一章 Linux 命令1.1 常用命令1.1.1 瀏覽目錄cd: 進(jìn)入某個(gè)目錄。如：cd /home/songluzhi/vasp/CH4cd . 上一層目錄；cd / 根目錄；ls: 顯示目錄下的文件。注：輸入目錄名時(shí)，

3、可只輸入前3 個(gè)字母，按Tab鍵補(bǔ)全。1.1.2 瀏覽文件cat：顯示文件內(nèi)容。如：cat INCAR如果文件較大，可用：cat INCAR | more （可以按上下鍵查看）合并文件：cat A B > C （A 和 B 的內(nèi)容合并，A 在前， B 在后 ）1.1.3 目錄操作mkdir：建立目錄；rmdir：刪除目錄。如： mkdir T-CH3-Rh1111.1.4 文件操作rm：刪除文件；vi：編輯文件；cp：拷貝文件mv：移動(dòng)文件；pwd：顯示當(dāng)前路徑。如： rm INCAR rm a* （刪除以a開頭的所有文件）rm -rf abc （強(qiáng)制刪除文件abc）tar：解壓縮文件。

4、壓縮文件？rar1.1.5 系統(tǒng)信息df：分區(qū)占用大小。如：df -hdu：各級(jí)目錄的大小。top：運(yùn)行的任務(wù)。ps ax：查看詳細(xì)任務(wù)。kill ：殺死任務(wù)。如：kill 12058 （殺死 PID 為 12058的任務(wù)）注： PID 為 top 命令的第一列數(shù)字。212.1 軟件界面第二章 SSH 軟件使用SSH 界面SSH transfer3.1 INCARSYSTEM = name ENCUT = 400 PREC = Medium EDIFF = 5E-4 EDIFFG = -0.1 GGA = 91VOSKWN = 1 ISYM = 0LREAL = .FALSE.ISPIN =

5、2 ISTART = 0 ICHARG = 2 ISMEAR = 2SIGMA = 0.1 IBRION = 2 ISIF = 2NSW = 200 POTIM = 0.05 NELMIN = 4 NELM = 200 LWAVE = .FALSE. LCHARG = .FALSE.2.2 SSH transfer的應(yīng)用2.2.1 文件傳輸從本地文件中，把所需的計(jì)算文件直接拖到服務(wù)器中。一般就是VASP 計(jì)算的四個(gè)文件INCAR， KPOINTS， POSCAR， POTCAR。2.2.2 簡(jiǎn)單應(yīng)用在右側(cè)文件夾中可以直接構(gòu)建文件夾，刪除文件，修改文件。從 SSH 要 cd 到某個(gè)文件夾下時(shí)，可

6、先從SSH transfer進(jìn)入，直接復(fù)制路徑欄，可快速進(jìn)入。第三章 VASP 的四個(gè)輸入文件! 磁性計(jì)算! 對(duì)稱 0 無 1 有! 倒空間! 2 磁性計(jì)算1 不進(jìn)行! 0初次計(jì)算，1再次計(jì)算! 2構(gòu)造原子密度! -5 半導(dǎo)體；DOS 靜態(tài)計(jì)算0；原胞較大，k點(diǎn)小于4，單個(gè)原子，小分子；1 2金屬體系。! 1 DIIS, 2 CG, 5 頻率， 3 過渡態(tài)! 2 結(jié)構(gòu)優(yōu)化，3 晶胞優(yōu)化! 離子運(yùn)動(dòng)步數(shù)! 步長(zhǎng)! 最小迭代次數(shù)! 最多迭代次數(shù)! 不輸出波函數(shù)! 不輸出密度函數(shù)3.2 KPOINTS對(duì)于表面surface0M5 5 10 0 0對(duì)于分子和原子atom or molcular1Rec

7、0 0 0 13.3 POSCARCH4在 Co100表面Top位的吸附!（名稱 ）1.05.01200008390.00000000000.0000000000Co H C1641SDirect0.0000000000.0000000000.2500000000.2500100140.5000000000.5000000000.7500000000.7499899860.0000000000.0000000000.2500000000.2500100140.5000000000.5000000000.7500000000.7499899860.5000799890.2928200070.60

8、18900280.6020900010.00000000005.01200008390.00000000000.00000000000.000000000015.31599998470.0000000000.0000000000.2500000000.2500000000.0000000000.0000000000.2500000000.2500000000.5000000000.5000000000.7500000000.7500000000.5000000000.5000000000.7500000000.7500000000.5014299750.5022199750.680920005

9、0.3238700030.108070001 T T T0.333149999 T T T0.000000000 F F F0.225119993 T T T0.108060002 T T T0.333149999 T T T0.000000000 F F F0.225119993 T T T0.108070001 T T T0.333139986 T T T0.000000000 F F F0.225130007 T T T0.108070001 T T T0.333149999 T T T0.000000000 F F F0.225119993 T T T0.451510012 T T T

10、0.546630025 T T T0.546850026 T T T0.547209978 T T T0.4992400110.5021299720.523060024 T T T3.4 POTCAR從贗勢(shì)庫(kù)中找到所需元素的贗勢(shì)文件，命名規(guī)則為：POTCAR-C（元素 ）。把這幾個(gè)文件放到一個(gè)文件夾下，按照前面POSCAR 中的元素順序合并在一起。命令為：cat POTCAR-Co POTCAR-H POTCAR-C > POTCAR第四章 實(shí)例CO+H CHO Cu(100)4.1 模型的構(gòu)建過程：首先通過MS 構(gòu)建好所需模型，導(dǎo)出為*.cif 格式；導(dǎo)入到Vesta程序*.vasp。

11、根據(jù)前面所講的POSCAR格式修改，得到所需文件。1. 創(chuàng)建 MS 文件：2. 導(dǎo)入 Cu 晶胞3. 導(dǎo)出為 Cif 格式打開File-export，保存類型為*.cif，保存在指定位置。4. 通過 Vesta導(dǎo)出為 *.vasp直接把 Cu.cif 拖到 vesta程序中， 打開File-Export Data.， 保存類型為*.vasp，保存在指定位置。5. 用寫字板打開Cu.vasp根據(jù)所需要求修改Cu.vasp，這里不需要修改。在吸附表面時(shí)則需要固定，見3.3。CIF file1.03.61470007900.00000000000.0000000000Cu0.00000000003.

12、61470007900.00000000000.00000000000.00000000003.61470007904 Direct0.0000000000.0000000000.5000000000.5000000000.0000000000.5000000000.0000000000.5000000000.0000000000.5000000000.5000000000.0000000004.2 VASP 計(jì)算4.2.1 參數(shù)測(cè)試（VASP）參數(shù)設(shè)置這里給出了贗勢(shì)、ENCUF、 K 點(diǎn)、 SIMGA一共四個(gè)參數(shù)。是都要驗(yàn)證嗎？還是只要驗(yàn)證其中一些？一、 檢驗(yàn)贗勢(shì)的好壞：贗勢(shì)的好壞這里是特意

13、舉例銅原子的吧？還是算銅的晶胞時(shí)只用算一下一個(gè)銅原子的就行?（一）方法：對(duì)單個(gè)原子進(jìn)行計(jì)算；（二）要求：1、對(duì)稱性和自旋極化均采用默認(rèn)值；2、 ENCUT 要足夠大；3、原胞的大小要足夠大，一般設(shè)置為15 ? 足矣，對(duì)某些元素還可以取得更小一些。（三）以計(jì)算單個(gè)Cu 原子為例：1、 INCAR 文件：SYSTEM = Cu atomENCUT = 450.00 eVNELMDL = 5ISMEAR = 0SIGMA = 0.12、 POSCAR 文件： atom 10.00 1.00 0.00 0.00 0.00 1.00 0.00 0.00 0.00 1.00 Cu 1Direct0.5 0

14、.5 0.53、 KPOINTS 文件： Automatic 0 Gamma 1 1 1 0 0 04、 POTCAR 文件： （略） （四）計(jì)算任務(wù)執(zhí)行方法：輸入： mpirun -np 4 vasp > log &OUTCAR 文件中的“ energyw ithoutentropy 能量值在” -0.001 -0.01 eV之間。命令： grep 'energy without entropy' OUTCAR | tail -1 計(jì)算結(jié)果為：ENCUT 大?。?一)輸入文件：1、用 腳本程序optencut.sh代替INCAR 文件：rm WAVECARfor

15、 i in 300 350 400 450 500docat > INCAR <<!SYSTEM = CuENCUT = $iGGA = 91ISTART = 0 ; ICHARG = 2ISMEAR = -5PREC = Accurate echo "ENCUT = $i eV" time mpirun -np 2 vasp > log &E=$(grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk 'printf "%12.6f n", $5') echo $i $

16、E >> commentdone注：每個(gè)任務(wù)2核，5個(gè)截?cái)嗄?，共?、 POSCAR 文件： Cu cell 1.0 3.6147000790 0.0000000000 0.0000000000Cu410核。0.00000000003.61470007900.00000000000.00000000000.00000000003.6147000790Direct0.0000000000.0000000000.5000000000.5000000003、 KPOINTS 文件：A0.0000000000.5000000000.0000000000.5000000000.0000000

17、000.5000000000.5000000000.000000000M8 8 80.0 0.0 0.04、 POTCAR 文件： （略）輸入： dos2unix optencut.shbash optencut.shcomment 文件，它列出了在每個(gè)ENCUT時(shí)計(jì)算得到的相應(yīng)的總能，只要總能變化在0.001 eV 左右就足夠了。k 點(diǎn)數(shù)目：（一）輸入文件：1、 INCAR 文件：SYSTEM = CuENCUT = 450.00 eVISTART = 0; ICHARG = 2ISMEAR = -5PREC = Accurate2、 POSCAR 文件：Cu1.00.00000000003

18、.61470007900.00000000000.00000000000.00000000003.61470007903.61470007900.00000000000.0000000000Cu4Direct0.0000000000.0000000000.5000000000.5000000000.0000000000.5000000000.0000000000.5000000000.0000000000.5000000000.5000000000.0000000003、用腳本程序optkpoints.sh代替 KPOINTS 文件：rm WAVECARfor i in 6 7 8 9 10

19、docat > KPOINTS <<!Automatic generation0Monkhorst-pack$i $i $i 0.0 0.0 0.0 !echo " k mesh = $i x $i x $i" time mpirun -np 8 vasp > log & E=$（grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1| awk 'printf "%12.6f n", $5'） KP=$（grep "irreducible" OUTCAR | ta

20、il -1| awk 'printf "%5i n", $2'）echo $i $KP $E >> comment done4、 POTCAR 文件： （略）（二）計(jì)算任務(wù)執(zhí)行方法：輸入： dos2unix optkpoints.shbash optkpoints.sh（三）判別標(biāo)準(zhǔn)：計(jì)算完成后得到comment文件，它列出了在k 點(diǎn)數(shù)目與總能的對(duì)應(yīng)值，只要總能變化在0.001 eV左右就非常足夠了。SIGMA 值（展寬值） ：（一）為什么要優(yōu)化SIGMA 值？若展寬 太小， 則計(jì)算難以收斂；若展寬 太大， 則會(huì)產(chǎn)生多余的熵 （entropy），

21、因此必須選擇合適的 值。（Too large smearing-parametersmight result in a wrong total energy, small smearing parameters require a large k-point mesh.）（二） ISMEAR 和 SIGMA：1、 ISMEAR 和 SIGMA 這兩個(gè)關(guān)鍵詞要聯(lián)合起來使用，前者用來指定smearing的方法，后者用來指定smearing的展寬 值。2、 ISMEAR 和 SIGMA 的默認(rèn)值分別為1 和 0.2。3、 ISMEAR 可能的取值為-5， -4， -3， -2， -1， 0， N （

22、N 表示正整數(shù)）：ISMEAR -5，表示采用Blochl 修正的四面體方法；ISMEAR -4，表示采用四面體方法，但是沒有Blochl 修正；ISMEAR -1，表示采用Fermi-Dirac smearing 方法；ISMEAR 0，表示采用Gaussian smearing方法；ISMEAR N ，表示采用Methfessel-Paxton smearing方法，其中N 是表示此方法中的階數(shù)，一般情況下N 取 1 或 2, 但是 In most casesandleads to very similarresults。4、 值一般在0.1 0.3 eV范圍內(nèi)。5、 ISMEAR 取值的

23、一些經(jīng)驗(yàn)：（ 1）一般說來，無論是對(duì)何種體系，進(jìn)行何種性質(zhì)的計(jì)算，采用ISMEAR 0 并選擇一個(gè)合適的SIGMA 值，都能得到合理的結(jié)果。（ 2）在進(jìn)行靜態(tài)計(jì)算（能量單點(diǎn)計(jì)算, no relaxation in metals）或態(tài)密度計(jì)算且 k 點(diǎn)數(shù)目大于4 時(shí)，取 ISMEAR -5。（ 3）當(dāng)原胞較大而k 點(diǎn)數(shù)目較?。ㄐ∮? 個(gè)）時(shí)，取ISMEAR 0，并選擇一個(gè)合適的SIGMA 值。（If the cell is too large （or if you use only asingle or two k-points） use ISMEAR=0 in combination with

24、 a small SIGMA=0.05） （ 4）對(duì)半導(dǎo)體或絕緣體，不論是靜態(tài)還是結(jié)構(gòu)優(yōu)化計(jì)算，都取ISMEAR -5。 （Mind: Avoid to use ISMEAR>0 for semiconductors and insulators, since it might cause problems. For insulators use ISMEAR=0 or ISMEAR=-5.）（ 5）對(duì)金屬體系（for relaxations in metals），取ISMEAR 1 或2，并選擇一個(gè)合適的SIGMA 值。ISMEAR 0 或 N 時(shí)，如何優(yōu)化選擇合適的SIGMA 值？1

25、、用 腳本程序optsigma.sh代替INCAR 文件：rm WAVECARfor i in 0.10 0.12 0.14 0.16 0.18 0.20 0.22 0.24 0.26 0.28 0.30 docat > INCAR <<!SYSTEM = bcc FeENCUT = 450GGA = 91ISTART = 0 ; ICHARG = 2ISMEAR = 0 ; SIGMA = $iPREC = Accurate !echo " SIGMA = $i eV " time vaspTS=$(grep "EENTRO" OUT

26、CAR | tail -1 | awk 'printf "%12.6f n", $5')echo $i $TS >> comment done2、 POSCAR 文件：Cu1.03.61470007900.00000000000.0000000000Cu4Direct0.0000000000.00000000003.61470007900.00000000000.0000000000.00000000000.00000000003.61470007900.0000000000.0000000000.5000000000.5000000000.50

27、00000000.0000000000.5000000000.5000000000.5000000000.0000000003、 KPOINTS 文件：A0M9 9 90.0 0.0 0.04、 POTCAR 文件： (略)輸入： dos2unix optsigma.shbash optsigma.sh(五)判斷標(biāo)準(zhǔn)：熵(entropy)越小越好，選擇entropy T*S EENTRO 值中最小的那個(gè)所對(duì)應(yīng)的SIGMA 。 ( SIGMA should be as large as possible keeping the difference between thefree energy

28、and the total energy (i.e. the term 'entropy T*S') in the OUTCAR file negligible (1 meV/atom). )(五)注意：1、當(dāng)k 點(diǎn)的數(shù)目發(fā)生變化后，要重新優(yōu)化選擇SIGMA 值。4.2.2 晶胞優(yōu)化(Cu)INCARSYSTEM = nameENCUT = 400 PREC = MediumEDIFF = 5E-6EDIFFG = -0.01GGA = 91ISYM = 1LREAL = .FALSE.POSCARISTART = 0ICHARG = 2INIWAV = 1ISMEAR = 2

29、SIGMA = 0.1IBRION = 2ISIF = 3NSW = 200POTIM = 0.5 NELMIN = 4 NELM = 200 NELMDL = -5 ALGO = FLWAVE = .FALSE.LCHARG = .FALSE.Cu1.03.61470007900.00000000000.00000000000.00000000003.61470007900.00000000000.00000000000.00000000003.6147000790Cu4 Direct0.0000000000.0000000000.0000000000.0000000000.50000000

30、00.5000000000.5000000000.0000000000.5000000000.5000000000.5000000000.000000000KPOINTSCu cell0M8 8 80 0 0POTCAR (略)mpirun np 8 vasp > log &CONTCAR，獲取晶胞參數(shù)a=b=c=3.629 誤差 =0.4%優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)為CONTCAR， 導(dǎo)出保存為*.vasp， 通過Vesta打開輸出為.cifMS 打開。4.2.3 Cu(100)表面的能量從 MS 構(gòu)建模型，直到獲得POSCAR。INCARSYSTEM = Cu100ENCUT = 400P

31、REC = MediumEDIFF = 5E-6 EDIFFG = -0.01GGA = 91LREAL = .FALSE.ISTART = 0ICHARG = 2 ISMEAR = 2 SIGMA = 0.1 IBRION = 2ISIF = 2NSW = 200POTIM = 0.5NELMIN = 4NELM = 200LWAVE = .FALSE.LCHARG = .FALSE.3POSCARCIF file1.05.11199998860.00000000000.0000000000Cu16SDirect0.0000000000.0000000000.2500000000.00000

32、000005.11199998860.00000000000.0000000000.0000000000.2500000000.00000000000.000000000015.42210006710.117190003 T T T0.351579994 T T T0.000000000 F F F0.234390005 T T T0.117190003 T T T0.351579994 T T T0.000000000 F F F0.234390005 T T T0.117190003 T T T0.351579994 T T T0.000000000 F F F0.234390005 T

33、T T0.117190003 T T T0.351579994 T T T0.000000000 F F F0.234390005 T T T0.2500000000.5000000000.5000000000.7500000000.7500000000.0000000000.0000000000.2500000000.2500000000.5000000000.5000000000.7500000000.7500000000.2500000000.0000000000.0000000000.2500000000.2500000000.5000000000.5000000000.7500000

34、000.7500000000.5000000000.5000000000.7500000000.75000000015KPOINTS （ 略 ） 5x5x2POTCAR （ 略 ）命令： mpirun np 8 vasp > log &grep 'energy without entropy' OUTCAR | tail -1計(jì)算結(jié)果：ECu100= -54.891221 eV4.2.4 吸附分子CO、 H、 CHO 的結(jié)構(gòu)優(yōu)化CO 的結(jié)構(gòu)優(yōu)化：INACARSYSTEM = nameENCUT = 400PREC = MediumEDIFF = 5E-6EDIFF

35、G = -0.01GGA = 91ISYM = 0KPOINTSCO1R0 0 0 1POSCARCIF file1.010.0000000000LREAL = .FALSE.ISTART = 0ICHARG = 2ISMEAR = 0SIGMA = 0.1 IBRION = 2 ISIF = 2NSW = 200POTIM = 0.05NELMIN = 4NELM = 200LWAVE = .FALSE.LCHARG = .FALSE.0.00000000000.00000000000.00000000000.0000000000CO11Direct0.5147899990.51488995

36、610.00000000000.00000000000.5577999950.4073899980.000000000010.00000000000.4678100050.481169999POTCAR （略）命令： mpirun np 8 vasp > log &grep 'energy without entropy' OUTCAR | tail -1計(jì)算結(jié)果：C-O 鍵長(zhǎng)： 1.142 ?ECO= -14.828858 eVCHO 的優(yōu)化：POSCARCHO1.010.0 0.0 0.00.0 10.0 0.00.0 0.0 10.0C O H1 1 1Di

37、rect0.442709982 0.448029995 0.5285999770.418269992 0.597039998 0.5284299850.549360037 0.407759994 0.528409958其他同上，POTCAR 順序C-O-H。命令： mpirun np 8 vasp > log &grep 'energy without entropy' OUTCAR | tail -1計(jì)算結(jié)果：ECHO= -16.718H 的能量：POSCARCIF file1.00.000000000010.00000000000.00000000000.00

38、000000000.000000000010.000000000010.00000000000.00000000000.0000000000H1Direct0.4765400290.5278699990.510450006命令： mpirun np 8 vasp > log &grep TOTEN OUTCAR | tail -1 注：?jiǎn)卧幽芰?。?jì)算結(jié)果：EH= -0.056 eV4.2.5 CO吸附于Cu100表面H 位INCARSYSTEM = name ENCUT = 400 PREC = Medium EDIFF = 5E-6 EDIFFG = -0.01GGA = 9

39、1ISYM = 0KPOINTS 5 5 2POSCARLREAL = .FALSE.ISTART = 0ICHARG = 2ISMEAR = 2SIGMA = 0.1 IBRION = 2 ISIF = 2NSW = 200POTIM = 0.5NELMIN = 4NELM = 200LWAVE = .FALSE.LCHARG = .FALSE.CO-H-Cu100 1.00.00000000005.11199998860.00000000000.00000000000.000000000015.42210006715.11199998860.00000000000.0000000000Cu

40、 C O1611SDirect0.0000000000.0000000000.117190003 T T T0.0000000000.0000000000.351579994 T T T0.2500000000.2500000000.000000000 F F F0.2500000000.2500000000.234390005 T T T0.5000000000.0000000000.117190003 T T T0.5000000000.0000000000.351579994 T T T0.7500000000.2500000000.000000000 F F F0.7500000000

41、.2500000000.234390005 T T T0.0000000000.5000000000.117190003 T T T0.0000000000.5000000000.351579994 T T T0.2500000000.7500000000.000000000 F F F0.2500000000.7500000000.234390005 T T T0.5000000000.5000000000.117190003 T T T0.5000000000.5000000000.351579994 T T T0.7500000000.7500000000.000000000 F F F

42、0.7500000000.7500000000.234390005 T T T0.2496500020.249449998POTCAR0.7553900480.7589099410.439150006 T T T0.513199985 T T T按照 Cu-C-O 的順序合并。命令： mpirun np 8 vasp > log &grep 'energy without entropy' OUTCAR | tail -1計(jì)算結(jié)果：E 總 = -70.528 eV Eads= 0.808 eV4.2.6 H 吸附于 Cu100表面 H 位INCAR (同 4.2.

43、5)KPOINTS (5 5 2)POSCARH-H-Cu1001.05.11199998860.00000000000.00000000000.00000000005.11199998860.00000000000.00000000000.000000000015.4221000671Cu H161S Direct0.0000000000.0000000000.117190003 T T T0.0000000000.0000000000.351579994 T T T0.2500000000.2500000000.000000000 F F F0.2500000000.2500000000.

44、234390005 T T T0.5000000000.0000000000.117190003 T T T0.5000000000.0000000000.351579994 T T T0.7500000000.2500000000.000000000 F F F0.7500000000.2500000000.234390005 T T T0.0000000000.5000000000.117190003 T T T0.0000000000.5000000000.351579994 T T T0.2500000000.7500000000.000000000 F F F0.2500000000

45、.7500000000.234390005 T T T0.5000000000.5000000000.117190003 T T T0.5000000000.5000000000.351579994 T T T0.7500000000.7500000000.000000000 F F F0.7500000000.7500000000.234390005 T T T0.7470200060.7502299550.370979995 T T TPOTCAR按照 Cu-H 的順序合并。命令： mpirun np 8 vasp > log &grep 'energy withou

46、t entropy' OUTCAR | tail -1計(jì)算結(jié)果：E 總 = -58.425 eV Eads= 3.48 eV=335.6 kJ/mol4.2.7 CHO吸附于Cu100表面B 位INCAR (同 4.2.5)KPOINTS (5 5 2)POSCARCHO-B-Cu100 1.00.00000000005.11199998860.00000000000.00000000000.000000000015.42210006715.11199998860.00000000000.0000000000Cu C O H16111SDirect0.0000000000.000000

47、0000.117190003 T T T0.0000000000.0000000000.351579994 T T T0.2500000000.2500000000.000000000 F F F0.2500000000.2500000000.234390005 T T T0.5000000000.0000000000.117190003 T T T0.5000000000.0000000000.351579994 T T T0.7500000000.2500000000.000000000 F F F0.7500000000.2500000000.234390005 T T T0.00000

48、00000.5000000000.117190003 T T T0.0000000000.5000000000.351579994 T T T0.2500000000.7500000000.000000000 F F F0.2500000000.7500000000.234390005 T T T0.5000000000.5000000000.117190003 T T T0.5000000000.5000000000.351579994 T T T0.7500000000.7500000000.000000000 F F F0.7500000000.7500000000.234390005

49、T T T0.5038599970.7500000000.473500013 T T T0.5034500360.9536999460.510500014 T T T0.5026600360.5535999540.508180022 T T TPOTCAR按照 Cu-C-H-O 的順序合并。命令： mpirun np 8 vasp > log &grep 'energy without entropy' OUTCAR | tail -1計(jì)算結(jié)果：E 總 = -73.522 eVEads= 1.913 eV4.2.8 CO和 H 共吸附于Cu100表面INCAR (

50、同 4.2.5)KPOINTS (5 5 2)POSCARCO&H H-H Cu1001.05.11199998860.00000000000.0000000000Cu C O H16111SDirect0.00000000005.11199998860.00000000000.00000000000.000000000015.42210006710.0000000000.0000000000.0000000000.0000000000.2500000000.2500000000.2500000000.2500000000.5000000000.0000000000.500000000

51、0.0000000000.7500000000.2500000000.7500000000.2500000000.0000000000.5000000000.0000000000.5000000000.2500000000.7500000000.2500000000.7500000000.5000000000.5000000000.5000000000.5000000000.7500000000.7500000000.7500000000.7500000000.2496100070.7456099990.2516799870.7461700440.7487900260.750480056mpirun np 8 vasp >log &grep 'energy without entropy' OUTCAR | tail -1計(jì)算結(jié)果：E 總 = -73.854 eVEads= 4.078 eV0.117190003 T T T0.351579994 T T T0.000000000 F F F0.234390005 T T T0.117190003 T T T0.351579994 T T T0.000000000 F F F0.234390005 T T T0.117190003