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認(rèn)證信息

認(rèn)證類型：個人認(rèn)證

認(rèn)證主體：張**（實名認(rèn)證）

IP屬地：河南

IP屬地：河南 上傳時間：2022-03-16 格式：DOCX 頁數(shù)：11 大?。?.69MB 積分：16 舉報 版權(quán)申訴

1、在VMD中操作1. 用vmd生成一個雙層膜系統(tǒng)。2. 載入蛋白質(zhì)pdb文件。3. 調(diào)整好pdb和膜不要移動膜的相對位置。4. 保存調(diào)整后的pdb和膜的坐標(biāo)如果用charmm-gui可以不保存脂質(zhì)膜的坐標(biāo)，如果想最后合并該膜和蛋白質(zhì)都需要保存，合并為一個整體的教程地址詳看 :/weibingsheng /blog/index.php/home/index/read.html?id=161。5. 重復(fù)步驟3和4插入多個pdb到脂質(zhì)雙層中并保存對應(yīng)的pdb坐標(biāo)。6. 生成PSF文件。將調(diào)整好位置的pdb文件用vmd里面的psf插件進(jìn)行處理，對每個調(diào)整后的pdb都進(jìn)行一次psf處理，會分別生成一個ps

2、f格式的pdb文件，這個文件是charmm支持的，也是下一步合并需要的。7. 合并多個pdb文件。用vmd里面的合并插件分別將上面調(diào)整好位置的psf格式的pdb合并，合并兩個pdb需要4個文件比方1_autopsf.pdb 、1_autopsf.psf、 2_autopsf.pdb、 2_autopsf.psf ，每次合成會按自己設(shè)置的輸知名字生成兩個文件比方12.pdb和12.psf，然后再將12.pdb進(jìn)行psf處理不處理直接合成的話只能一次，所以每次合成后重新生成一次psf就沒有問題了。8. 將最后合并的pdb文件再生成一次psf就可以到charmm-gui進(jìn)行參數(shù)設(shè)置了。如果是組合了該

3、膜和蛋白質(zhì)的就要自己設(shè)置mdp和生產(chǎn)top文件，需要下載對應(yīng)的itp文件和設(shè)置mdp參數(shù)，此步我跳過，我直接用charmm-gui更容易成功，選擇了最簡單命令最小的方法進(jìn)行CHARMM-GUI操作首先將用VMD處理后的PDB文件上傳到CHARMM-GUI的Martin 雙層膜系統(tǒng)上面并選擇martin22力場和PDB類型為charmm。然后點擊下一步，就會提交上傳。下一步系統(tǒng)會識別PBD的內(nèi)容，默認(rèn)選擇了里面的protein，選擇默認(rèn)的就可以了，如果有其他也可以手動選擇。下一步是選擇是否帶電等設(shè)置，默認(rèn)是帶電的，讓其默認(rèn)即可：下一步是調(diào)整PDB里面protein的位置，因為我們用VMD調(diào)整了，

4、所以按照PDB的方向即可，或者按照自己需要調(diào)整距離我這里沿著Z軸移105剛好在中間，因為之前設(shè)置在雙層外面的，如果已經(jīng)用VMD調(diào)整在雙層里面那么不需要設(shè)置，默認(rèn)即可：下一步設(shè)置 水層厚度、脂質(zhì)類型數(shù)量等我這里選擇35A的水層厚度，選擇DPPC脂質(zhì)，上下兩層分別512個脂質(zhì)分子：下一步是顯示了前面設(shè)置是信息，以及需要選擇給體系添加的離子類型和數(shù)量。默認(rèn)我選擇0.15M的NaCl作為離子。膜已經(jīng)生成了，可以在線查看結(jié)構(gòu)每一步都可以看相應(yīng)結(jié)果。下一步生成離子和水盒子：生成離子和盒子后“下一步將它們和前面的組合起來下一步后會顯示前面步驟設(shè)置的參數(shù)和選擇NPT的溫度，我這里選擇默認(rèn)303.15K：最后一

5、步step6是生成相應(yīng)的平衡和生產(chǎn)參數(shù)mdp文件：可以在線查看step5的組合體：然后可以下載charmm-gui這個文件進(jìn)行mdp修改主要修改模擬步數(shù)，默認(rèn)是150000030ns,然后在linux的gromacs5.x以上下模擬，也可以用NAMD模擬。在gromacs下模擬：1.修改README文件這是一個自動模擬的腳本，修改內(nèi)容如下，也可以不修改，修改后可以直觀看到什么時候完成相應(yīng)的步驟，-pnum是為了產(chǎn)生cpt文件，可以在某些問題導(dǎo)致中斷后續(xù)跑用：#!/bin/shgmx grompp -f step6.0_equilibration.mdp -o step6.0_equilibra

6、tion.tpr -c step5_assembly.box.pdb -p system.top -n index.ndxgmx mdrun -deffnm step6.0_equilibration -vfor i in 1 2 3 4 5 6do let j=$i-1 gmx grompp -f step6.$i_equilibration.mdp -o step6.$i_equilibration.tpr -c step6.$j_equilibration.gro -p system.top -n index.ndx gmx mdrun -deffnm step6.$i_equilibr

7、ation -vdonegmx grompp -f step7_production.mdp -o step7_production.tpr -c step6.6_equilibration.gro -p system.top -n index.ndxgmx mdrun -deffnm step7_production -cpnum v2.修改step7_product.mdp文件，主要是修改模擬步數(shù)默認(rèn)30ns：integrator = mdtinit = 0.0dt = 0.020nsteps = 200000003.在gromacs給予執(zhí)行權(quán)限用chmod +x README命令即可：4

8、.執(zhí)行腳本自動運(yùn)算用./README & 直接執(zhí)行。在CHARMM-GUI的設(shè)置和在GROMACS執(zhí)行步驟就這么多了。下面是一些常用的命令：1.追加延長模擬時間如果模擬結(jié)束后發(fā)現(xiàn)時間不夠，那么可以用這個命令繼續(xù)在結(jié)果上追加時間，以下命令是追加170ns，并輸知名字為extend170ns.tpr文件gmx convert-tpr -s step7_production.tpr -f step7_production.trr -e step7_production.edr -extend 170000 -o extend170ns.tpr2.執(zhí)行追加生成tpr后就可以執(zhí)行追加了，用mdr

9、un s 載入tpr文件，-c x o -e 分別輸出對應(yīng)的gro/xtc/trr/edr文件,-cpnum 是為了定期生成可續(xù)跑的cpt文件，-v是為了可以顯示完成時間，&是使命令在后臺運(yùn)行，建議參數(shù)都加上，以方便自己查看和續(xù)跑追加等操作：gmx mdrun -s extend170ns.tpr -c extend170ns.gro -x extend170ns.xtc -o extend170ns.trr -e extend170ns.edr -cpnum -v &3.完整原子由于模擬過程的誤差和小干擾會導(dǎo)致分子出現(xiàn)不完整的現(xiàn)象，用下面的命令可以保持分子完整，pbc選項很多

10、比方nojump、mol、atom、res，whole、atom和mol比較常用，還得看自己需要，不過還是超出周期邊界了，所以要組合vmd命里如果有xxx.ndx可以加-n xxx.ndx選擇不同的組進(jìn)行pbc設(shè)置。gmx trjconv -s step7_production.tpr -f combine.xtc -o pbc_whole.xtc -pbc wholeVMD中MD提供了一個pbc命令, 也可用于對體系的PBC進(jìn)行處理. 如果只是用于論文作圖, 使用這個命令可能比上面的方法更簡單不過個人感覺并不是很好用.根本命令是pbc wrap -compound res -allpbc b

11、ox你也可以同時對盒子進(jìn)行平移, 以將分子顯示在盒子中央(注意, 平移是以盒子長度為單位的)pbc wrap -compound res -all -shiftcenterrel 0.0 -0.5 0.0pbc box -shiftcenterrel 0.0 -0.5 0.0如果溶質(zhì)分子的原子類型都是1, 你可以使用下面的命令使其在盒子中居中pbc wrap -sel type=1 -all -centersel type=2 -center com更復(fù)雜的一個命令pbc wrap -center com -centersel protein -compound fragment all4.合

12、并多個xtc軌跡文件由于分段進(jìn)行的模擬或者續(xù)跑的模擬會產(chǎn)生不同的軌跡文件，一個一個載入相對麻煩，所以對全部軌跡文件進(jìn)行合并非常方便了，不過先分別用gmx trjconv pbc 命令保持完整性后再合并比較好。gmx trjcat f step1.xtc step2.xtc step3.xtc o all.xtc 5.分析模擬后可以進(jìn)行溫度和壓力、密度、能量、盒子大小、外表張力等進(jìn)行分析。用gmx density f xxxx.xtc s xxxx.tpr n index.ndex o density.xvg -n 是可選的 進(jìn)行相應(yīng)的分析。 gmx energy f xxxx.edr o xx

13、x.xvg 這個命令出來后可以選擇很多分析，輸入相應(yīng)的序號即可，如下- 1 Bond 2 G96Angle 3 Proper-Dih. 4 Improper-Dih. 5 LJ-(SR) 6 Coulomb-(SR) 7 Potential 8 Kinetic-En. 9 Total-Energy 10 Temperature 11 Pressure 12 Constr.-rmsd 13 Box-X 14 Box-Y 15 Box-Z 16 Volume 17 Density 18 pV 19 Enthalpy 20 Vir-XX 21 Vir-XY 22 Vir-XZ 23 Vir-YX 24 Vir-YY 25 Vir-YZ 26 Vir-ZX 27 Vir-ZY 28 Vir-ZZ 29 Pres-XX 30 Pres-XY 31 Pres-XZ 32 Pres-YX 33 Pres-