基因組信息學(xué)實驗課講義--序列

1、基因組信息學(xué)實驗課序列分析第一部分：課堂知識復(fù)習(xí)形式：題目問答，請同學(xué)單獨回答以下問題，并陳述答題理由。1 判斷對錯：兩條序列的同源程度為60%。2 判斷對錯：兩條序列的相似性很高，所以它們一定是同源序列。錯誤3 計算下面兩條序列的海明距離： AGCAAACACACTAACATAAGCACACA4 通過字符編輯操作將序列s轉(zhuǎn)換成ts：AG-CAt：ACAC-5 分析兩條序列的關(guān)系時，（）方法可以通過觀察矩陣對角線迅速發(fā)現(xiàn)可能的序列比對。A Dot-plot B Pairwise-Alignment C BLAST D FASTA E Score Matrix6 下列哪些是核酸序列數(shù)據(jù)庫（）。A

2、 GenBank B PDB 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫 C Entrez D EMBL-Bank E DDBJ7 下列哪些是蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫（）。A PIR 蛋白質(zhì)信息資源 B SWISS-PROT C TrEMBL D EPD 真核生物啟動子 E PDB大分子結(jié)構(gòu)圖8 PDB文件的顯示序列信息中，關(guān)鍵字（）作為顯式序列標(biāo)記，以該關(guān)鍵字打頭的每一行都是關(guān)于序列的信息。A HEADER B REMARK C SEQRES D EXPDTA9 下列哪些是可以用來顯示分子結(jié)構(gòu)的軟件（）。A GCG-DS Visualizer B RasMol C ChemView D DSSP 10 Entrez數(shù)據(jù)庫集成

3、系統(tǒng)中集成了NCBI中哪些數(shù)據(jù)庫中的信息（）。A 核酸序列 B 蛋白質(zhì)序列 C 生物大分子結(jié)構(gòu) D 基因組數(shù)據(jù) E 生物分類數(shù)據(jù)庫 F 孟德爾人類遺傳學(xué)數(shù)據(jù)（OMIM） G Pubmed 11 排序：一個基本的DNA序列分析方案的分析順序是： 1 發(fā)現(xiàn)重復(fù)元素 2分析功能位點 3數(shù)據(jù)庫搜索 4綜合分析 5 序列組成統(tǒng)計分析12 序列ATTCGATCGCAA的三種ORF順序是：第二部分：例題演示及講解形式：通過對例題的演示以及講解，使同學(xué)能夠更好的理解序列分析中數(shù)據(jù)的獲得及處理方法，開發(fā)同學(xué)的分析問題解決問題的能力。例題1、登陸到NCBI，查看Entrez包括哪些數(shù)據(jù)庫，了解Entrez系統(tǒng)的使

4、用方法。附：查詢OMIM向?qū)嵗?、What human genes are related to hypertension? Which of those genes are on chromosome 17?2、List the OMIM entries that describe genes on chr10.3、List the OMIM entries that contain information about allelic variants.4、 Retrieve the OMIM record for the cystic fibrosis transmembrane co

5、nductance regulator (CFTR), and link to related protein sequence records in Entrez. CFTR: is an ABC transporter-class protein and ion channel that transports chloride ions across epithelial cell membranes.5、 Find the OMIM record for the p53 tumor protein, and linkout to related information in Entrez

6、 Gene and the p53 Mutation Database.將下列三種蝎毒蛋白用CLUSTALW進行比對，將返回結(jié)果寫入Word文檔，并說明三種蛋白中哪兩種的同源性更強。1. 1SN1:A2. 1SN4:A3. 1SNB:_從PDB中下載序列的FASTA格式，然后提交到CLUSTALW例題3、序列分析在真核生物啟動子數(shù)據(jù)庫中下載啟動子數(shù)據(jù)：TSS上游-250bp到TSS下游49bp總長度為300bp的人類啟動子數(shù)據(jù)手工剔出含N的序列自己編寫程序，計算出ATCG4堿基頻率表以及頻率矩陣。用相同的操作對已知的非啟動子數(shù)據(jù)集進行分析。在Excel或其它軟件中，對啟動子和非啟動子的頻率表做

7、統(tǒng)計圖，發(fā)現(xiàn)ATCG4個堿基在不同位置出現(xiàn)頻率的差異。第三部分：習(xí)題作業(yè)形式：學(xué)生綜合掌握例題中的知識點及方法后，仿照例題完成以下習(xí)題。習(xí)題1、任選一個數(shù)據(jù)庫，熟悉其查詢和比對的操作，將操作方法和查詢比對的例子寫入word文檔。提示：閱讀數(shù)據(jù)庫首頁的說明以及幫助。習(xí)題2、試從Genbank中查找10條SARS冠狀病毒（coronovirus）的基因組序列，利用軟件clustalw進行多重比對。Clustalw for windows習(xí)題2、試通過生物大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫PDB服務(wù)器取出一個蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，并用相應(yīng)的分子圖形學(xué)軟件顯示該結(jié)構(gòu)。GCG-setupdsv201.exePDBRasmolChemview習(xí)題3、編