遺傳標(biāo)記技術(shù)及應(yīng)用

1、遺傳標(biāo)記技術(shù)及應(yīng)用遺傳標(biāo)記技術(shù)及應(yīng)用夏海武夏海武一、遺傳標(biāo)記的發(fā)展一、遺傳標(biāo)記的發(fā)展n1、形態(tài)學(xué)標(biāo)記、形態(tài)學(xué)標(biāo)記n2、細(xì)胞遺傳標(biāo)記、細(xì)胞遺傳標(biāo)記n3、生化與免疫遺傳標(biāo)記、生化與免疫遺傳標(biāo)記n4、分子遺傳標(biāo)記、分子遺傳標(biāo)記n5、理想的分子遺傳標(biāo)記應(yīng)具備的特、理想的分子遺傳標(biāo)記應(yīng)具備的特點(diǎn)點(diǎn)1、形態(tài)學(xué)標(biāo)記、形態(tài)學(xué)標(biāo)記n形態(tài)學(xué)標(biāo)記形態(tài)學(xué)標(biāo)記(morphological marker)能夠用肉眼識(shí)別和觀察、明確顯示遺傳多能夠用肉眼識(shí)別和觀察、明確顯示遺傳多樣性的外觀性狀。樣性的外觀性狀。n特點(diǎn)特點(diǎn)簡(jiǎn)單直觀，但標(biāo)記數(shù)目少，多態(tài)性低，易簡(jiǎn)單直觀，但標(biāo)記數(shù)目少，多態(tài)性低，易受外界條件的影響；受外界條件的影響

2、；依據(jù)它進(jìn)行選擇的準(zhǔn)確性差，所需時(shí)間較長(zhǎng)，依據(jù)它進(jìn)行選擇的準(zhǔn)確性差，所需時(shí)間較長(zhǎng)，選擇效率也較低。選擇效率也較低。古代形態(tài)學(xué)標(biāo)記古代形態(tài)學(xué)標(biāo)記n公元前公元前4000年，伊拉克的古代巴比倫石年，伊拉克的古代巴比倫石刻上記載了馬頭部性狀在個(gè)世代的遺刻上記載了馬頭部性狀在個(gè)世代的遺傳。傳。伯樂(lè)相馬按圖索驥2、細(xì)胞遺傳標(biāo)記、細(xì)胞遺傳標(biāo)記n細(xì)胞遺傳標(biāo)記細(xì)胞遺傳標(biāo)記(cytological genetic marker)主要是指染色體核型（染色體數(shù)目、大小、主要是指染色體核型（染色體數(shù)目、大小、隨體、著絲粒位置、核仁組織區(qū)等）、帶型隨體、著絲粒位置、核仁組織區(qū)等）、帶型（Q、G、C、R帶型）和數(shù)量特征的變

3、異等，帶型）和數(shù)量特征的變異等，它們分別反映了染色體在結(jié)構(gòu)上和數(shù)量上的遺它們分別反映了染色體在結(jié)構(gòu)上和數(shù)量上的遺傳多態(tài)性。傳多態(tài)性。人類染色體核型家豬X、Y染色體G帶示意圖細(xì)胞遺傳標(biāo)記的特點(diǎn)細(xì)胞遺傳標(biāo)記的特點(diǎn)n不易受環(huán)境影響，呈孟德?tīng)柗绞竭z傳。不易受環(huán)境影響，呈孟德?tīng)柗绞竭z傳。n多態(tài)性集中表現(xiàn)在染色體高度重復(fù)多態(tài)性集中表現(xiàn)在染色體高度重復(fù)DNA結(jié)構(gòu)的異染色質(zhì)所在的部位。結(jié)構(gòu)的異染色質(zhì)所在的部位。n細(xì)胞遺傳標(biāo)記經(jīng)常伴有對(duì)生物有害的表細(xì)胞遺傳標(biāo)記經(jīng)常伴有對(duì)生物有害的表型效應(yīng)，難以獲得相應(yīng)的標(biāo)記材料，或型效應(yīng)，難以獲得相應(yīng)的標(biāo)記材料，或者觀測(cè)和鑒定比較困難，從而限制了細(xì)者觀測(cè)和鑒定比較困難，從而限制

4、了細(xì)胞遺傳標(biāo)記的應(yīng)用。胞遺傳標(biāo)記的應(yīng)用。3、生化與免疫遺傳標(biāo)記、生化與免疫遺傳標(biāo)記n免疫遺傳學(xué)標(biāo)記免疫遺傳學(xué)標(biāo)記(immunogenetical marker)n以動(dòng)物的免疫學(xué)特性為標(biāo)記，包括紅細(xì)胞抗原以動(dòng)物的免疫學(xué)特性為標(biāo)記，包括紅細(xì)胞抗原多態(tài)性和白細(xì)胞抗原多態(tài)性。多態(tài)性和白細(xì)胞抗原多態(tài)性。n生化遺傳標(biāo)記生化遺傳標(biāo)記(biochemical genetic marker)n主要是指在同一動(dòng)物個(gè)體中具有相同功能的蛋主要是指在同一動(dòng)物個(gè)體中具有相同功能的蛋白質(zhì)存在兩種以上的變異體。白質(zhì)存在兩種以上的變異體。同工酶與等位酶同工酶與等位酶n同工酶同工酶(isozyme)：電泳所可區(qū)分的同一電泳所可區(qū)

5、分的同一種酶（系統(tǒng)）的不同變化種酶（系統(tǒng)）的不同變化n等位酶等位酶(allozyme)：由一個(gè)位點(diǎn)的不同由一個(gè)位點(diǎn)的不同等位基因編碼的同種酶的不同類型，其等位基因編碼的同種酶的不同類型，其功能相同但氨基酸序列不同功能相同但氨基酸序列不同等位酶分析的過(guò)程材料的采集材料的采集研磨和酶的提取研磨和酶的提取酶的保存酶的保存凝膠制備凝膠制備電泳電泳凝膠切片凝膠切片酶的組織化學(xué)染色酶的組織化學(xué)染色酶譜的記錄與分析酶譜的記錄與分析數(shù)據(jù)分析數(shù)據(jù)分析生化與免疫遺傳標(biāo)記的特點(diǎn)生化與免疫遺傳標(biāo)記的特點(diǎn)n與形態(tài)學(xué)標(biāo)識(shí)和細(xì)胞遺傳標(biāo)記相比，數(shù)與形態(tài)學(xué)標(biāo)識(shí)和細(xì)胞遺傳標(biāo)記相比，數(shù)量更豐富，受環(huán)境影響更小，檢測(cè)手段量更豐富，受

6、環(huán)境影響更小，檢測(cè)手段簡(jiǎn)便，是一種較好的遺傳標(biāo)記。簡(jiǎn)便，是一種較好的遺傳標(biāo)記。n血液型和蛋白質(zhì)型都是基因表達(dá)的產(chǎn)物，血液型和蛋白質(zhì)型都是基因表達(dá)的產(chǎn)物，局限于反映基因組編碼區(qū)的遺傳信息，局限于反映基因組編碼區(qū)的遺傳信息，且標(biāo)記的數(shù)量還比較有限，不能很好地且標(biāo)記的數(shù)量還比較有限，不能很好地覆蓋整個(gè)基因組。覆蓋整個(gè)基因組。4、分子遺傳標(biāo)記、分子遺傳標(biāo)記n分子遺傳標(biāo)記分子遺傳標(biāo)記(molecular genetic marker)n是一種新的以是一種新的以DNA多態(tài)性為基礎(chǔ)的遺傳標(biāo)多態(tài)性為基礎(chǔ)的遺傳標(biāo)記記.n隨著分子生物學(xué)的發(fā)展，相繼建立了隨著分子生物學(xué)的發(fā)展，相繼建立了RFLP、RAPD、AFLP

7、、SNP等多種分子遺傳標(biāo)記等多種分子遺傳標(biāo)記檢測(cè)技術(shù)，開(kāi)創(chuàng)了遺傳標(biāo)記研究的新階段。檢測(cè)技術(shù)，開(kāi)創(chuàng)了遺傳標(biāo)記研究的新階段。分子遺傳標(biāo)記的特點(diǎn)分子遺傳標(biāo)記的特點(diǎn) 分子標(biāo)記指能反映生物個(gè)體或種群間基因組分子標(biāo)記指能反映生物個(gè)體或種群間基因組中某種差異特征的中某種差異特征的DNA片段，它直接反映基因片段，它直接反映基因組組DNA間的差異。分子標(biāo)記的優(yōu)越性表現(xiàn)為：間的差異。分子標(biāo)記的優(yōu)越性表現(xiàn)為：（1）直接以）直接以DNA的形式表現(xiàn)，在生物體的各的形式表現(xiàn)，在生物體的各個(gè)組織、各個(gè)發(fā)育階段均可檢測(cè)到，不受季節(jié)、個(gè)組織、各個(gè)發(fā)育階段均可檢測(cè)到，不受季節(jié)、環(huán)境限制，不存在表達(dá)與否等問(wèn)題；（環(huán)境限制，不存在表

8、達(dá)與否等問(wèn)題；（2）數(shù)）數(shù)量極多，遍布整個(gè)基因組，可檢測(cè)座位幾乎無(wú)量極多，遍布整個(gè)基因組，可檢測(cè)座位幾乎無(wú)限；（限；（3）多態(tài)性高，自然界存在許多等位變）多態(tài)性高，自然界存在許多等位變異，無(wú)須人為創(chuàng)造；（異，無(wú)須人為創(chuàng)造；（4）表現(xiàn)為中性，不影）表現(xiàn)為中性，不影響目標(biāo)性狀的表達(dá)；（響目標(biāo)性狀的表達(dá)；（5）許多標(biāo)記表現(xiàn)為共）許多標(biāo)記表現(xiàn)為共顯性的特點(diǎn)，能區(qū)別純合體和雜合體。顯性的特點(diǎn)，能區(qū)別純合體和雜合體。n目前的分子標(biāo)記有三類：目前的分子標(biāo)記有三類：n第一類是以分子雜交為核心的分子標(biāo)記技術(shù)，第一類是以分子雜交為核心的分子標(biāo)記技術(shù)，包括包括RFLP、DNA指紋技術(shù)（指紋技術(shù)（DNA Finger

9、printing）、原位雜交（）、原位雜交（in situ hybridization）等；）等；n第二類是以第二類是以PCR為核心的分子標(biāo)記技術(shù)，為核心的分子標(biāo)記技術(shù)，包括包括RAPD、簡(jiǎn)單序列重復(fù)標(biāo)記、簡(jiǎn)單序列重復(fù)標(biāo)記SSR或簡(jiǎn)單序列長(zhǎng)或簡(jiǎn)單序列長(zhǎng)度多態(tài)性（度多態(tài)性（Simple sequence length polymorphism, 簡(jiǎn)稱簡(jiǎn)稱SSLP標(biāo)記）、擴(kuò)展片段標(biāo)記）、擴(kuò)展片段長(zhǎng)度多態(tài)性標(biāo)記長(zhǎng)度多態(tài)性標(biāo)記AFLP、序標(biāo)簽、序標(biāo)簽STS、序列特、序列特征化擴(kuò)增區(qū)域征化擴(kuò)增區(qū)域SCAR等；等；n第三類是基于基因芯片等的一些新型的分子標(biāo)第三類是基于基因芯片等的一些新型的分子標(biāo)記，記，如

10、：如：SNP標(biāo)記、表達(dá)序列標(biāo)簽標(biāo)記、表達(dá)序列標(biāo)簽EST標(biāo)記等。標(biāo)記等。5、理想的分子遺傳標(biāo)記應(yīng)、理想的分子遺傳標(biāo)記應(yīng)具備的特點(diǎn)具備的特點(diǎn)n遺傳多態(tài)性高遺傳多態(tài)性高;n檢測(cè)手段簡(jiǎn)單快捷，易于實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化檢測(cè)手段簡(jiǎn)單快捷，易于實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化;n遺傳共顯性，即在分離群中能夠分離出等位基遺傳共顯性，即在分離群中能夠分離出等位基因的因的3種基因型。種基因型。n標(biāo)記遍布整個(gè)基因組；標(biāo)記遍布整個(gè)基因組； n準(zhǔn)確性高，能正確反映動(dòng)植物的真實(shí)遺傳，即準(zhǔn)確性高，能正確反映動(dòng)植物的真實(shí)遺傳，即標(biāo)記是經(jīng)濟(jì)性狀基因，或是與影響重要性的性標(biāo)記是經(jīng)濟(jì)性狀基因，或是與影響重要性的性狀連鎖。狀連鎖。 n實(shí)驗(yàn)重復(fù)性好（便于數(shù)據(jù)交換）；

11、實(shí)驗(yàn)重復(fù)性好（便于數(shù)據(jù)交換）； n開(kāi)發(fā)成本和使用成本盡量低廉；開(kāi)發(fā)成本和使用成本盡量低廉； 二、分子遺傳標(biāo)記n（一）基于分子雜交的分子標(biāo)記（如：RFLP：限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性 等）n（二）基于PCR 技術(shù)的分子標(biāo)記（如：隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA標(biāo)記（Random amplification polymorphism DNA, RAPD 等） n（三）基于基因芯片等的分子標(biāo)記（如：SNP：?jiǎn)魏塑账岫鄳B(tài)性 等）（一）基于分子雜交的分子標(biāo)記（一）基于分子雜交的分子標(biāo)記 這類標(biāo)記利用限制性內(nèi)切酶酶切不同生物體這類標(biāo)記利用限制性內(nèi)切酶酶切不同生物體的的DNA分子，然后用特異探針進(jìn)行分子，然后用特異探針進(jìn)行S

12、outhern雜交，通過(guò)放射性自顯影或非同位素顯色技術(shù)雜交，通過(guò)放射性自顯影或非同位素顯色技術(shù)揭示揭示DNA的多態(tài)性。的多態(tài)性。1、限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性、限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性 （RFLP）nrestriction fragment length polymorphismn最早應(yīng)用于動(dòng)植物遺傳學(xué)研究的分子標(biāo)記技術(shù)RFLP的原理的原理n利用限制性內(nèi)切酶消化基因組利用限制性內(nèi)切酶消化基因組DNA，形成大小形成大小不等、數(shù)量不同的分子片段，不等、數(shù)量不同的分子片段，n經(jīng)電泳分離，經(jīng)電泳分離，n通過(guò)通過(guò)Southern印跡將印跡將DNA片段轉(zhuǎn)移至支持膜片段轉(zhuǎn)移至支持膜 (尼龍膜或硝酸纖維素膜尼龍膜或硝酸

13、纖維素膜)上，上，n然后用放射性同位素然后用放射性同位素(32P)或非同位素或非同位素 (如地高如地高辛，熒光素辛，熒光素)標(biāo)記的探針與支持膜上的標(biāo)記的探針與支持膜上的DNA片片段進(jìn)行雜交。段進(jìn)行雜交。n不同基因組不同基因組DNA酶切位點(diǎn)的改變，會(huì)使得酶切位點(diǎn)的改變，會(huì)使得RFLP譜帶表現(xiàn)出不同程度的多態(tài)性。譜帶表現(xiàn)出不同程度的多態(tài)性。RFLP示意圖限制性片段的制備限制性片段的制備電泳電泳Southern 印印 跡跡與放射性探針雜交與放射性探針雜交放射性自顯影放射性自顯影RFLP的特點(diǎn)的特點(diǎn)：（1）遍布于整個(gè)基因組，）遍布于整個(gè)基因組，數(shù)量幾乎是無(wú)限的；（數(shù)量幾乎是無(wú)限的；（2）無(wú)表型效應(yīng)，不

14、受發(fā)）無(wú)表型效應(yīng)，不受發(fā)育階段及器官特異性限制；（育階段及器官特異性限制；（3）共顯性，可區(qū)）共顯性，可區(qū)分純合子和雜合子；（分純合子和雜合子；（4）結(jié)果穩(wěn)定、可靠；（）結(jié)果穩(wěn)定、可靠；（5）DNA需要量大，檢測(cè)技術(shù)繁雜，難以用于大規(guī)需要量大，檢測(cè)技術(shù)繁雜，難以用于大規(guī)模的育種實(shí)踐中。模的育種實(shí)踐中。對(duì)分子標(biāo)記中共顯性的理解（二）基于（二）基于PCR 技術(shù)的分子標(biāo)記技術(shù)的分子標(biāo)記 PCR技術(shù)的特異性取決于引物與模板DNA的特異性結(jié)合，按照引物類型可分為：?jiǎn)我颬CR標(biāo)記，其多態(tài)性來(lái)源于單個(gè)隨機(jī)引物作用下擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度或序列的變異，如：隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA標(biāo)記（Random amplificati

15、on polymorphism DNA, RAPD）等技術(shù)；雙引物選擇性擴(kuò)增的PCR標(biāo)記，主要通過(guò)引物3端堿基的變化獲得多態(tài)性，這種標(biāo)記主要是擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性標(biāo)記（Amplified fragment length polymorphisms, AFLP）；基于特異雙引物PCR的標(biāo)記，如簡(jiǎn)單系列重復(fù)標(biāo)記（Simple sequence repeats, SSR）等。1.RAPD1.RAPD（隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性（隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNADNA）標(biāo)記）標(biāo)記 Williams等于1990年創(chuàng)立。其基本原理與PCR技術(shù)一致。RAPD標(biāo)記技術(shù)就是用一個(gè)（有時(shí)用兩個(gè)）隨機(jī)引物（一般8-10個(gè)堿基）非定點(diǎn)地?cái)U(kuò)增基

16、因組DNA，然后用凝膠電泳分開(kāi)擴(kuò)增片段。遺傳材料的基因組DNA如果在特定引物結(jié)合區(qū)域發(fā)生DNA片段插入、缺失或堿基突變，就有可能導(dǎo)致引物結(jié)合位點(diǎn)的分布發(fā)生相應(yīng)的變化，導(dǎo)致PCR產(chǎn)物增加、缺少或發(fā)生分子量變化。若PCR產(chǎn)物增加或缺少，則產(chǎn)生RAPD標(biāo)記。 primerA B CRAPD標(biāo)記原理標(biāo)記原理（1）不需DNA探針，設(shè)計(jì)引物也無(wú)須知道序列信息；（2）顯性遺傳（極少數(shù)共顯性）不能鑒別雜合子和純合子；（3）技術(shù)簡(jiǎn)便，不涉及分子雜交和放射性自顯影等技術(shù)；（4）DNA樣品需要量少，引物價(jià)格便宜，成本較低；（5）實(shí)驗(yàn)重復(fù)性較差，結(jié)果可靠性較低。 RAPD標(biāo)記的實(shí)驗(yàn)條件摸索和引物的選擇是十分關(guān)鍵而艱巨

17、的工作。只要實(shí)驗(yàn)條件標(biāo)準(zhǔn)化，可以提高RAPD標(biāo)記的再現(xiàn)性。RAPD標(biāo)記的特點(diǎn)標(biāo)記的特點(diǎn)2 2、AFLPAFLP（擴(kuò)增片斷長(zhǎng)度多態(tài)性）標(biāo)記（擴(kuò)增片斷長(zhǎng)度多態(tài)性）標(biāo)記 AFLP即擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性，是1993年由Marc 和Pieter 發(fā)明創(chuàng)造的一種DNA分子標(biāo)記。 該技術(shù)是對(duì)限制性酶切片段的選擇性擴(kuò)增，又稱基于PCR的RFLP。鑒于AFLP標(biāo)記的多態(tài)性強(qiáng)，一次可檢測(cè)到100150個(gè)擴(kuò)增產(chǎn)物，因而非常適合繪制品種指紋圖譜及進(jìn)行分類研究。AFLP標(biāo)記原理標(biāo)記原理對(duì)基因組DNA進(jìn)行雙酶切，在使用的兩種限制性酶中，一種為酶切識(shí)別位點(diǎn)為4堿基的酶，另一種為識(shí)別位點(diǎn)為6堿基的酶。進(jìn)一步將酶切片段和含有與其

18、粘性末端相同的人工接頭連接，連接后的接頭序列及臨近內(nèi)切酶識(shí)別位點(diǎn)就作為以后PCR反應(yīng)的引物結(jié)合位點(diǎn)，通過(guò)選擇在末端上分別添加13個(gè)選擇性堿基的不同引物，選擇性地識(shí)別具有特異配對(duì)順序的酶切片段與之結(jié)合，從而實(shí)現(xiàn)特異性擴(kuò)增，最后用變性聚丙烯酰胺凝膠電泳分離擴(kuò)增產(chǎn)物。 AFLP標(biāo)記的特點(diǎn)標(biāo)記的特點(diǎn) （1）結(jié)合了RFLP穩(wěn)定性和PCR技術(shù)高效性的特點(diǎn)，不需要事先知道DNA序列的信息，可以用于任何動(dòng)植物基因組的研究。（2）多態(tài)性豐富。（3）標(biāo)記多數(shù)具有共顯性表達(dá)，無(wú)復(fù)等位效應(yīng)，表現(xiàn)孟德?tīng)柗绞竭z傳。（4）分析成本較高，對(duì)DNA的純度和內(nèi)切酶的質(zhì)量要求也較高。3 3、SSRSSR（簡(jiǎn)單重復(fù)序列）標(biāo)記（簡(jiǎn)單重

19、復(fù)序列）標(biāo)記 又稱微衛(wèi)星DNA(Micro-satellite DNA)標(biāo)記；它是一類由1-6個(gè)堿基組成的基序串聯(lián)重復(fù)而成的DNA序列，其長(zhǎng)度一般較短，它們廣泛分布于基因組的不同位置。如(CA)n、(AT)、(GGC)n等重復(fù)，重復(fù)區(qū)大多幾十幾百bp，分散在基因組中，大多不存在于編碼序列內(nèi)，具有較高的多態(tài)性。呈現(xiàn)孟德?tīng)柺竭z傳。目前微衛(wèi)星DNA已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了萬(wàn)余個(gè)位點(diǎn)。盡管微衛(wèi)星盡管微衛(wèi)星DNA分布于分布于整個(gè)基因組的不同位置整個(gè)基因組的不同位置上，但其兩端的序列多上，但其兩端的序列多是相對(duì)保守的單拷貝序是相對(duì)保守的單拷貝序列。列。根據(jù)微衛(wèi)星根據(jù)微衛(wèi)星DNA兩兩端的單拷貝序列設(shè)計(jì)一端的單拷貝序列設(shè)計(jì)

20、一對(duì)特異引物，利用對(duì)特異引物，利用PCR技術(shù)，擴(kuò)增每個(gè)位點(diǎn)的技術(shù)，擴(kuò)增每個(gè)位點(diǎn)的微衛(wèi)星微衛(wèi)星DNA序列，通過(guò)序列，通過(guò)電泳分析核心序列的長(zhǎng)電泳分析核心序列的長(zhǎng)度多態(tài)性。度多態(tài)性。SSR標(biāo)記的原理標(biāo)記的原理微衛(wèi)星分子標(biāo)記對(duì)微衛(wèi)星分子標(biāo)記對(duì)18份山羊草基因型的擴(kuò)增結(jié)果份山羊草基因型的擴(kuò)增結(jié)果 SSR標(biāo)記的特點(diǎn)標(biāo)記的特點(diǎn)（1）數(shù)量豐富，廣泛分布于整個(gè)基因組；數(shù)量幾乎無(wú)限。（2） SSR技術(shù)一般檢測(cè)到的是一個(gè)單一的多等位基因位點(diǎn)。 （3）共顯性標(biāo)記，可鑒別出雜合子和純合子。（4）實(shí)驗(yàn)重復(fù)性好，結(jié)果可靠。（5）由于創(chuàng)建新的標(biāo)記時(shí)需知道重復(fù)序列兩端的序列信息，因此其開(kāi)發(fā)有一定困難，費(fèi)用也較高。 （三）基于

21、基因芯片等的分子標(biāo)（三）基于基因芯片等的分子標(biāo)記記1、 單核苷酸多態(tài)性（SNP） 單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism，SNP)主要是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。從分子水平上對(duì)單個(gè)核苷酸的差異進(jìn)行檢測(cè)，SNP 標(biāo)記可幫助區(qū)分兩個(gè)個(gè)體遺傳物質(zhì)的差異。檢測(cè) SNP 的最佳方法是DNA 芯片技術(shù)。SNP 被稱為第三代DNA分子標(biāo)記技術(shù)，隨著 DNA 芯片技術(shù)的發(fā)展，其有望成為最重要最有效的分子標(biāo)記技術(shù)。SNP的特點(diǎn)： nSNP數(shù)量多，分布廣泛。nSNP適于快速、規(guī)模化篩查。組成DNA的堿基雖然有4種，但SNP一般只有兩種堿基組成

22、，所以它是一種二態(tài)的標(biāo)記，即雙等位基因（biallelic）。由于SNP的二態(tài)性，非此即彼，在基因組篩選中SNPs往往只需+/-的分析，而不用分析片段的長(zhǎng)度，這就利于發(fā)展自動(dòng)化技術(shù)篩選或檢測(cè)SNPs。nSNP等位基因頻率容易估計(jì)。n易于基因分型。SNPs 的二態(tài)性，也有利于對(duì)其進(jìn)行基因分型 。構(gòu)建高密度的遺傳連鎖圖 ： 在經(jīng)典遺傳學(xué)中由于遺傳標(biāo)記的數(shù)量較少，只能建立稀疏且分布不均勻的遺傳連鎖圖。DNA分子標(biāo)記數(shù)量豐富，為高密度遺傳圖譜的制作提供了可能，促進(jìn)DNA指紋的分析。進(jìn)行基因定位：進(jìn)行基因定位： 基因定位就是尋找與目的的基因緊密連鎖的遺傳標(biāo)記并確定其在染色體上的位置，高密度遺傳連鎖圖的建

23、立使目的基因的定位更為方便。 3 3、遺傳多樣性和物種親緣關(guān)系：、遺傳多樣性和物種親緣關(guān)系： 分子圖譜的構(gòu)建和基因定位更加有利于遺傳多樣性和物種親緣關(guān)系的研究。植物的遺傳多樣性是品種遺傳改良的基礎(chǔ)。 DNA標(biāo)記可以覆蓋整個(gè)基因組，能客觀、準(zhǔn)確地檢測(cè)物基因組DNA水平的差異。表表1 96份大麥參試材料的編號(hào)及名稱份大麥參試材料的編號(hào)及名稱編號(hào)編號(hào) 序號(hào)序號(hào)材料號(hào)材料號(hào)編號(hào)編號(hào)序號(hào)序號(hào)材料號(hào)材料號(hào)編號(hào)編號(hào)序號(hào)序號(hào)材料號(hào)材料號(hào)編號(hào)編號(hào)序號(hào)序號(hào)材料號(hào)材料號(hào)1R-1揚(yáng)農(nóng)啤揚(yáng)農(nóng)啤6號(hào)號(hào)25R-25BARI-17649S-1朸系朸系14373S-25BARI-1472R-2揚(yáng)農(nóng)啤揚(yáng)農(nóng)啤7號(hào)號(hào)26R-26BA

24、RI-18050S-2連連87-34-274S-26BARI-1613R-3蘇農(nóng)蘇農(nóng)91-711227R-27BARI-19251S-3福福84-810475S-27BARI-1624R-4廣麥廣麥940228R-28BARI-19852S-42004-日引日引3號(hào)號(hào)76S-28BARI-1665R-5揚(yáng)農(nóng)揚(yáng)農(nóng)2號(hào)號(hào)29R-29BARI-19953S-5甘啤甘啤2號(hào)號(hào)77S-29BARI-1716R-6鹽鹽93-14630R-30BARI-21254S-6連連901578S-30BARI-1737R-7浙浙934331R-31BARI-23055S-7駐駐9505-1-379S-31BARI-

25、1748R-8浙浙708232R-32BARI-23456S-8蘇引麥蘇引麥3號(hào)號(hào)80S-32BARI-1759R-9浙浙95-5433R-33BARI-24057S-9單單281S-33BARI-17810R-1093-16634R-34BARI-24558S-10蘇引麥蘇引麥2號(hào)號(hào)82S-34BARI-18911R-11矮桿矮桿-135R-35BARI-26859S-11駐駐92017-0-2-183S-35BARI-20412R-12蘇農(nóng)蘇農(nóng)647236R-36BARI-27860S-12駐駐96015-5-284S-36BARI-21313R-13浙農(nóng)大浙農(nóng)大7號(hào)號(hào)37R-37BARI

26、-28061S-132004-日引日引1號(hào)號(hào)85S-37BARI-23614R-142004-日引日引4號(hào)號(hào)38R-38BARI-28262S-14新洋新洋01-386S-38Z052K001915R-15揚(yáng)飼麥揚(yáng)飼麥3號(hào)號(hào)39R-39Z012L031L63S-15鹽鹽95-22187S-39BARI-25816R-16揚(yáng)農(nóng)啤揚(yáng)農(nóng)啤4號(hào)號(hào)40R-40Z010JV45J64S-16鹽鹽96-16688S-40BARI-29117R-17蘇啤蘇啤3號(hào)號(hào)41R-41Z127O108O65S-17矮桿矮桿-489S-41Z001L132L18R-18揚(yáng)輻揚(yáng)輻208542R-42Z127O115O66S-18KA-4B90S-42Z010J016J19R-19揚(yáng)農(nóng)啤揚(yáng)農(nóng)啤8號(hào)號(hào)43R-43Z149O046O67S-19華華232891S-43Z125O009020R-20揚(yáng)農(nóng)啤揚(yáng)農(nóng)啤5號(hào)號(hào)44R-44BARI-21068S-20楚大麥楚大麥3892S-44Z1270087021R-2172