分子生物學(xué)小問題整理

1、第一章1. 蛋白質(zhì) 氨基酸構(gòu)成氨基羧基 H 原子 R2. 堿性 賴精組 酸性 天谷 Asp Glu3. 肽鍵是有剛性的 酰胺鍵 部分雙鍵防止肽鍵自由旋轉(zhuǎn)4. N-末端 正電荷 C-末端 負(fù)電荷5. 多肽 肽鍵連接起來的聚合物6. 一級(jí)結(jié)構(gòu)氨基酸順序7. 二級(jí)結(jié)構(gòu)多肽中的區(qū)域通過折疊產(chǎn)生8. 三級(jí)結(jié)構(gòu)由不同二級(jí)結(jié)構(gòu)組成9. 四級(jí)結(jié)構(gòu)幾條多肽鏈組成的蛋白質(zhì)形狀10. 二級(jí)結(jié)構(gòu)a 螺旋 b 折疊 helix and sheet11. 疏水相互作用 非極性分子遠(yuǎn)離水分子而互相聚集在一起第二章1. 核酸 長(zhǎng)的小分子聚合物2. 核苷酸 含氮堿基 糖 三磷酸3. 一環(huán)嘧啶 2N4. 二環(huán)嘌呤 4N5. 大小

2、溝 major minor 蛋白質(zhì)大多結(jié)合在大溝6. 一圈3.4nm 10bp寬度大約 2nm7. 變性 260nm 單鏈 DNA 吸收很多 光 復(fù)性 了解一下8. 1.DNA 鏈中的堿基序列可以用來保存生產(chǎn)蛋白質(zhì)的氨基酸序列信息9. 2.提供了作為遺傳物質(zhì)需要的穩(wěn)定性10. 3. 對(duì)某些類型的損傷進(jìn)行修復(fù)11. 4. 一定的脆弱性第三章1. 原核生物轉(zhuǎn)錄2. 起始：閉合啟動(dòng)子復(fù)合體 開放啟動(dòng)子復(fù)合體取得立足點(diǎn) 啟動(dòng)子清空3. 延伸：局部分開兩條鏈， RNA 聚合酶創(chuàng)造了一個(gè)開口 轉(zhuǎn)錄泡4. 終止內(nèi)在型重視和p依賴型終止結(jié)合到RNA上形成發(fā)夾5. 對(duì)基因的表達(dá)進(jìn)行調(diào)控何時(shí)該表達(dá)什么蛋白 特殊時(shí)

3、期特殊表達(dá)。 。6. 操縱子：被協(xié)同調(diào)控的基因組織起來的結(jié)構(gòu)包含一個(gè)啟動(dòng)子和操縱基因( operator )7. 乳糖操縱子：沒有乳糖時(shí)乳糖會(huì)與lac 阻遏蛋白結(jié)合別構(gòu)調(diào)控8. 正調(diào)控 CAP 能感應(yīng)葡萄糖水平低-激活 lac 基因的轉(zhuǎn)錄 不與葡萄糖直接結(jié)合 與CAMP 這樣的小分子結(jié)合而發(fā)揮作用 成反比( CAMP 和葡萄糖)9. 乳糖 誘導(dǎo)物 誘導(dǎo)了轉(zhuǎn)錄10. 色氨酸操縱子trp 阻遏蛋白 輔阻遏物11. 衰減作用：確保轉(zhuǎn)錄被徹底阻遏12. 邊轉(zhuǎn)錄邊翻譯 偶聯(lián)轉(zhuǎn)錄 - 翻譯第四章1.RNA 聚合酶 I rRNA2.III tRNA 5S rRNA U6 RNA3. II SRNA MRNA

4、1. 通用轉(zhuǎn)錄因子與RNA 聚合酶 II 在啟動(dòng)子位置形成的組合稱為 RNA 前起始復(fù)合體2. TF II D 8-10 subunits 其中一個(gè) TATA 結(jié)合蛋白（ TBP） 必須 作為組織中心3. TAF IIs TBP 相關(guān)因子取名就不能取得有意思一點(diǎn) 一看就不是合格的程序員 可讀性極差 不是必須的4. 原核生物DNA 結(jié)合基序HTH5. 真核生物DNA 結(jié)合基序同源異型域三個(gè) a 螺旋6. Zinc fingers a+b+zn2+7. 亮氨酸拉鏈識(shí)別不同的 DNA 序列 異源二聚化作用8. HLH9. Trp 阻遏蛋白 兩個(gè)蛋白的二聚體10. 激活蛋白也通過改變基因中 DNA 的

5、高級(jí)包裝情況來促進(jìn)轉(zhuǎn)錄第五章1. 真核生物 mRNA 的修飾7- 甲基鳥嘌呤核苷the CTD第六章看問題第七章2. 組蛋白尾 對(duì) 組蛋白發(fā)揮調(diào)控作用是十分重要的，因?yàn)樗厦娴囊恍┌被釟埢梢园l(fā)生改變 乙?；?甲基 磷酸等基團(tuán)可以共價(jià)連接上去3. 賴氨酸乙酰化 正電 -中4. 甲基化 激活轉(zhuǎn)錄 也可 阻遏轉(zhuǎn)錄5. 染色質(zhì)重塑蛋白 能對(duì)組蛋白密碼發(fā)生相應(yīng)響應(yīng)4 . 小 RNA 調(diào)控 Mrna 穩(wěn)定性 RISC 的蛋白復(fù)合體 這一復(fù)合體選用小RNA 兩條鏈中的一條并用它來與目標(biāo)mRNA 結(jié)合 極度匹配 切片 不是很匹配干涉翻譯5 .miRNa 源自于細(xì)胞基因 轉(zhuǎn)錄出的 RNA 長(zhǎng)鏈中切割出來的問

6、題1. 問題 1 ：生物學(xué)家知道染色體早在他們知道遺傳物質(zhì)是DNA 之前就攜帶了遺傳物質(zhì)。你為什么認(rèn)為花了這么長(zhǎng)時(shí)間才發(fā)現(xiàn)DNA 的重要性？1 ) 。 染色體由 DNA 和蛋白質(zhì)組成。 所以結(jié)構(gòu)上DNA 和蛋白質(zhì)組分都可能是遺傳物質(zhì);2 ) DNA 的結(jié)構(gòu)仍然是未知的，因此很難讓人們?nèi)菀椎亟邮?DNA 作為遺傳物質(zhì);3 )人們還沒有找到一種好的或適當(dāng)?shù)姆椒▉眚?yàn)證DNA 或蛋白質(zhì)是否是遺傳物質(zhì)。2. 問題 2 ：許多生物學(xué)家認(rèn)為，在早期的生命形式中， DNA 和蛋白質(zhì)非常少。 什么分子可以代替？為什么這些功能很好的候選人？1 ： RNA 可能已經(jīng)出現(xiàn)了。 因?yàn)?1 )像 DNA 一樣， RNA

7、可以在早期生活中用作遺傳物質(zhì)，如病毒;2 ）使用 RNA 還可以使病毒的早期生命直接從遺傳物質(zhì)中制備蛋白質(zhì)，而不必像轉(zhuǎn)錄一樣協(xié)調(diào)中間步驟。3 ） RNA 的相對(duì)不穩(wěn)定性在其作為遺傳物質(zhì)的拷貝的作用中非常重要， 因?yàn)檫@些拷貝需要被降解以使細(xì)胞具有動(dòng)態(tài)生理學(xué) ;4 ） RNA 可折疊成各種復(fù)雜的三維形狀， 與肽類似。 這意味著 RNA 可以起到酶的作用，可以具有遠(yuǎn)遠(yuǎn)超出其遺傳物質(zhì)作用的其他功能。 核糖體是制造蛋白質(zhì)的高度結(jié)構(gòu)化復(fù)合物，主要由 RNA 組成。3. 問題 3 ： James Watson 和 Francis Crick 發(fā)現(xiàn) DNA 的結(jié)構(gòu)被認(rèn)為是生物學(xué)史上最重要的發(fā)現(xiàn)之一。 你為什么

8、認(rèn)為這可能是這種情況？答：因?yàn)?1 ）這意味著DNA 分子的結(jié)構(gòu)已被證明2 ）它也提示DNA 的復(fù)制機(jī)制，揭示生命的奧秘。3）它被認(rèn)為是分子生物學(xué)誕生的象征4. 問題 4 ： “基因”的概念并不簡(jiǎn)單，我們才剛剛開始發(fā)現(xiàn)基因是或可能是什么。 你目前對(duì)什么是基因的理解？答： 1）基因是 DNA 分子的一個(gè)片段。2 ）大多數(shù)基因含有制造一種多肽的信息，其中一些含有制造多肽或RNA 的信息。3）基因是控制生物學(xué)特性的遺傳物質(zhì)的功能單位，結(jié)構(gòu)單位和突變單位。4）該單元片段中的許多核苷酸不是任意排列，而是排列成具有代碼序列的含義。5. 問： DNA 復(fù)制如此復(fù)雜的一些約束條件是什么？6. 答案： DNA

9、復(fù)制是復(fù)雜的，因?yàn)闆]有步驟可以在沒有蛋白質(zhì)幫助的情況下快速或自發(fā)地發(fā)生。 一些所需的蛋白質(zhì)含有內(nèi)在的限制，例如 DNA 聚合酶只能在5'-3' 方向合成DNA 聚合酶也新的 DNA ， DNA 聚合酶由 10 個(gè)亞基組成，每個(gè)亞基具有獨(dú)特的功能，具有校對(duì)功能-3'-5' 和 5'-3' 外切酶活性， 等等。7. 問題：真核細(xì)胞在 DNA 復(fù)制過程中面臨的問題是什么，原核生物不需要處理？1 ：1）真核生物基因組比原核生物基因組大得多;2 ）由于真核生物 DNA 與組蛋白相關(guān)，真核復(fù)制叉比原核叉更慢地移動(dòng) ;3 ） 真核生物復(fù)制在細(xì)胞的生命周期內(nèi)是協(xié)

10、調(diào)的，并且所有的 DNA 只在 S 期復(fù)制一次。4）真核生物復(fù)制必須處理引物問題染色體的末端。8. 問題：滯后股是否比領(lǐng)先股更真實(shí)地合成？為什么或者為什么不？答案是肯定的，滯后股的合成速度比領(lǐng)先股慢得多。原因如下：首先，與連續(xù)合成的前導(dǎo)鏈不同，滯后鏈不是合成為一條長(zhǎng)鏈，而是由 DNA 聚合酶 III跳回叉中引起的小片段合成，合成一段時(shí)間，然后再跳回來。其次，如果沒有引物合成的引物， DNA 聚合酶 III 不能合成 DNA 。在引導(dǎo)鏈合成中，除復(fù)制起點(diǎn)外很少需要引物。 然而， 在滯后鏈合成中， 每個(gè)岡崎片段必須以新引物開始。因此，首先必須為每個(gè)（ 1-2 ） kb 的滯后鏈合成（ 1kb =

11、1000bp ）添加引物。并且在 DNA 復(fù)制完成之前， RNA 引物必須被DNA 聚合酶 I 替換為具有5'3' 外切核酸酶活性的 DNA 。最后， RNA 引物降解和DNA 聚合酶 I 合成 DNA 后滯后鏈中的空位將被連接酶密封。所有這些步驟都需要時(shí)間。9. 問題：為什么真核基因在它們的調(diào)控DNA 區(qū)域可能有許多不同的元件是重要的？答：這是因?yàn)檎婧松镉懈嗟幕?，需要更?fù)雜的基因表達(dá)調(diào)控。 真核生物啟動(dòng)子包含核心啟動(dòng)子元件， TATA 盒，啟動(dòng)子， TF II B 識(shí)別元件（ BRE ）和下游啟動(dòng)子元件（ DPE ）以及上游啟動(dòng)子元件，多種保守序列，包括GC 盒和 CC

12、AAT 盒。 然而，真核生物啟動(dòng)子幾乎從未包含剛剛列出的所有元素。不同的啟動(dòng)子包含這些元素的不同組合，從而提供了一種多樣性，允許將數(shù)以萬計(jì)的單個(gè)基因彼此清晰地區(qū)分開來。10. 問題： 眾所周知， 許多增強(qiáng)子可以將數(shù)百或數(shù)千個(gè)堿基對(duì)從其正常位置移開并仍能正常工作。為什么或者為什么不？答：這是因?yàn)?DNA 可以環(huán)繞，這使得增強(qiáng)子和附著的特定轉(zhuǎn)錄因子與預(yù)先起始復(fù)合物接觸。因此，雖然增強(qiáng)子位于遠(yuǎn)離啟動(dòng)子的位置，但它仍然可以正常工作。11. 問題：蛋白質(zhì)如何識(shí)別特定的 DNA 堿基序列？ 你會(huì)期望什么樣的氨基酸對(duì)于識(shí)別和結(jié)合最重要？答：它依賴于DNA 的大溝中的結(jié)合，其中 A ， G ， T ， C 的

13、四個(gè)堿基是完全可區(qū)分的。然而，如果在小溝中結(jié)合， G 與 C 無法區(qū)分，且A 與 T 不可區(qū)分，這導(dǎo)致蛋白質(zhì)不能識(shí)別特定的 DNA 堿基序列。 預(yù)期可與 DNA 堿基化學(xué)基團(tuán)相互作用的蛋白質(zhì)的氨基酸對(duì)于識(shí)別和結(jié)合最重要。12. 問題：您是否期望與 RNA 結(jié)合的蛋白質(zhì)具有與結(jié)合 DNA 的蛋白質(zhì)相似的結(jié)構(gòu)？為什么或者為什么不？答：不，我不認(rèn)為結(jié)合 RNA 的蛋白質(zhì)具有與結(jié)合 DNA 的蛋白質(zhì)相似的結(jié)構(gòu)。這是因?yàn)榕c DNA 的單一雙鏈結(jié)構(gòu)不同，即使在分子內(nèi)， RNA 也具有雙鏈和單鏈結(jié)構(gòu)。事實(shí)上， RNA 結(jié)合蛋白通過識(shí)別它們的序列和結(jié)構(gòu)而顯示出對(duì)其靶RNA 的高度特異性識(shí)別。 到目前為止， 包

14、括 RNA 識(shí)別基序， 雙鏈 RNA 結(jié)合基序， 鋅指基序在內(nèi)的三類RNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域被廣泛研究和記錄。然而，所有這三類 RNA 結(jié)合結(jié)構(gòu)域都與那些與DNA結(jié)合的結(jié)構(gòu)不同。 RRM是75-85個(gè)氨基酸的小蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域， 其形成針對(duì)兩個(gè)“-螺旋 的四鏈3 -折疊。dsRBM 是通過a -螺旋和3 1-魚環(huán)結(jié)合dsRNA的70-75個(gè)氨基酸結(jié)構(gòu)域 。鋅 指基 序不是 與 DNA 結(jié) 合 的 CCCH 型結(jié) 構(gòu)域 ，而 是通過 分子間 氫鍵 和Watson-Crick RNA 邊緣之間的相互作用與單鏈RNA 結(jié)合的 CCHH 型結(jié)構(gòu)域。13. 問題：修復(fù)DNA 損傷的一個(gè)重要部分是識(shí)別損傷的存在，特別

15、是它是什么樣的損傷。細(xì)胞用于識(shí)別各種損傷的一些機(jī)制是什么？答：對(duì)于每種類型的 DNA 損傷，細(xì)胞已經(jīng)發(fā)展出修復(fù)損傷或消除破壞性化合物的特定方法。 酶光解酶通過破壞它們之間的共價(jià)鍵特異性識(shí)別和修復(fù)嘧啶二聚體。 O6- 甲基鳥嘌呤 DNA 甲基轉(zhuǎn)移酶從DNA 結(jié)構(gòu)上的鳥嘌呤堿基裂解甲基和乙基加合物。 MMR酶能夠?qū)⑿潞铣傻逆溩R(shí)別為具有未甲基化的 GATC 序列的鏈。 大腸桿菌中的 NER 開始當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)UvrA 和 UvrB 在損傷部位與DNA 結(jié)合時(shí)。 BER 開始時(shí)， 稱為 DNA 糖基化酶的蛋白質(zhì)結(jié)合受損的堿基，并通過切斷與脫氧核糖連接的鍵將其去除。 在 NHEJ中，蛋白質(zhì)Ku 和 DNA-P

16、K 識(shí)別并結(jié)合到 DNA 的每個(gè)斷裂末端。14. 問題：你認(rèn)為細(xì)胞總是轉(zhuǎn)錄DNA 損傷修復(fù)基因嗎？ 你認(rèn)為這些基因在某些條件下表達(dá)更強(qiáng)烈嗎？ 為什么或者為什么不？答： 是的， 我認(rèn)為細(xì)胞總是轉(zhuǎn)錄DNA 損傷修復(fù)基因， 以確保 DNA 損傷可以及時(shí)修復(fù)。否則，生活會(huì)陷入困境。 雖然小的突變率驅(qū)動(dòng)進(jìn)化，但高的突變率使得不可能忠實(shí)地將遺傳信息從代代傳遞到代。 即使在一個(gè)有機(jī)體的生命周期內(nèi)，這種突變也是災(zāi)難性的。此外，我還認(rèn)為 DNA 損傷修復(fù)基因在生活不利條件下表達(dá)更強(qiáng)烈。 由于這些條件下的 DNA 損傷率高于正常條件下的 DNA 損傷率，因此需要更多的蛋白質(zhì)來修復(fù)它，尤其是那些僅適用于一次修復(fù)的蛋

17、白質(zhì)。15. 問題：對(duì)于細(xì)胞來說，哪種 DNA 損傷最難檢測(cè)和修復(fù)？答：有兩種 DNA 損傷對(duì)細(xì)胞來說是最難檢測(cè)和修復(fù)的，例如易位和轉(zhuǎn)位特別不可能逆16. 問：錯(cuò)配修復(fù)和核苷酸切除修復(fù)有什么區(qū)別？答：錯(cuò)配修復(fù)和核苷酸切除修復(fù)有三個(gè)區(qū)別。 首先， NER 和 MMR 識(shí)別不同類型的錯(cuò)誤并使用不同的蛋白質(zhì)來修復(fù)它們。 其次，雖然MMR 主要在復(fù)制期間發(fā)生，但NER在整個(gè)細(xì)胞周期中普遍存在。 最后， MMR存在于原核生物和真核生物中，而 NER機(jī)制在真核生物和原核生物中不完全相同。17. 你為什么認(rèn)為在真核生物中對(duì) RNA 進(jìn)行了很多修飾？含有內(nèi)含子必須被小心切除snRNPs加帽提高 mRNA 的穩(wěn)

18、定性18. 什么是“ CTD ”， 它在轉(zhuǎn)錄過程中有什么作用？Rbp1 亞基的 C 末端區(qū)域中 RNA 三磷酸酶鳥苷酸轉(zhuǎn)移酶 甲基轉(zhuǎn)移酶capping19. 為什么你認(rèn)為 snRNPs 含有 RNA ，而不是像大多數(shù)酶一樣專門由蛋白質(zhì)制成？snRNPS 的 RNA 能夠與前體 Mrna 中的堿基配對(duì)snRNPs 正確定位到前體 Mrna 中,開始引導(dǎo)前剪切反應(yīng) 20. 舉例說明轉(zhuǎn)錄后修飾如何使一個(gè)基因能夠制造多種蛋白質(zhì)。可變剪切 選擇不同外顯子產(chǎn)生不同的蛋白 果蠅的 Dscam 基因21. 除了編碼蛋白質(zhì)之外，您還能從多少個(gè)實(shí)例中了解哪些RNA 具有功能？mRNA, 又叫信使RNA, 作用是攜帶轉(zhuǎn)錄后的遺傳信息到核糖體上參與合成蛋白質(zhì)；rRNA, 又叫核糖體 RNA, 是最多的一類RNA, 也是 3 類 RNA ( tRNA,mRNA,rRNA) 中相對(duì)分子質(zhì)量最大的一類RNA, 它與蛋白質(zhì)結(jié)合而形成核糖體 ,是組成核糖體的重要原料； tRNA, 是具有攜帶并轉(zhuǎn)運(yùn)氨基酸功能的一類小分子核糖核酸,作用是攜帶氨基酸參與翻譯合成蛋白質(zhì)過程 .如果是高中答題,這樣就夠了.人體中的RNA 非常復(fù)雜,新的種類還在不斷發(fā)現(xiàn),尤其是小 RNA, 比如 miRNA 、 piRNA