MaterialsStudioLinux集群安裝手冊(比較詳細)

1、MaterialsStudioLinux集群安裝手冊一、安裝Linux操作系統(tǒng)，進行系統(tǒng)配置一般都建議最小化安裝，不用安裝圖形界面。下面我以redhatenterpriselinux6.0 x86-64在AMDAthlon(tm)64X2DualCoreProcessor4400+電腦上的安裝為例rhel6.0的安裝過程和windows差不多，一路下一步(或Next)基本就ok了，在您要進行哪種類型的安裝？你如果是第一次安裝，是新硬盤的話可以選使用所有空間，并勾選下邊的查看并修改分區(qū)布局，然后下一步，你可以看下大概的分區(qū)情況，在RedHatEnterpriseLinux的默認安裝是基本服務器安

2、裝。如果對Linux不太熟的話，最好選擇軟件開發(fā)工作站(或SoftwareDevelopmentWorkstation)，這樣基本上把要用的軟件都安裝上了，然后再選上下邊的現(xiàn)在自定義(或Customizenow)，再下一步，然后把所有能選上的軟件都選上，再一路下一步。安裝完以后，創(chuàng)建一個非root用戶，比如創(chuàng)建一個msi用戶，root和msi用戶密碼設的簡單一些比較好，別一會兒你自己都忘了，我是root和msi用的一個密碼，當然將來你自己真正組建集群用于計算的時候再設置復雜一些，這樣課題提高系統(tǒng)的安全性。gccglibc-2.3.4-2.43(32-bitand64-bit)libgcc-3.

3、4.6-11(32-bitand64-bit)libstdc+-33-3.4.6-11(32-bitand64-bit)compat-libstdc+-33-3.2.3-47.3(32-bit)hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64這幾個補丁，好像除了hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86和64libstdc+-33-3.4.6-112-bit沒有裝上之外，別的都給你裝好了。這里要說的是，這些補丁每個節(jié)點都要裝，千萬記住。你可以用命令：rpm-qa|grepgcc查詢，當然你要查libstdc+就要用命令：rpm-qa|greplibstdc+

4、了。對于hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64和libstdc+-33-3.4.6-11(32-bit)的安裝可以用命令rpm安裝,首先切換到這兩個軟件包所在的目錄下，執(zhí)行下列命令,格式如下：rpm-ivhlibstdc+-33-3.4.6-11.i386.rpmrpm-ivhhpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64.rpm注意，這里都是在root用戶執(zhí)行的操作,為msi用戶添加sudo命令使用權(quán)限，運行命令suroot,輸入root用戶的登錄密碼后，使用vi命令進行下面的修改:在root權(quán)限下，運行命令：vi/etc/sudoers#在r

5、ootALL=(ALL)ALL這一行下面添加一行msiALL=(ALL)ALL然后運行命令：wq!#在命令模式下，強制執(zhí)行存盤退出操作注：修改后，則成功添加msi用戶使用sudo命令的權(quán)限，在往后的安裝中可方便進行提權(quán)操作。于各節(jié)點安裝HP-MPI，安裝方法：掛載MS安裝光盤，對應系統(tǒng)版本進入下列相應目錄進行安裝，下面是版本信息：2：1：UNIX/Linux/hpmpi/forolderIA32LinuxUNIX/Linux_x86_64/hpmpi/forIA32Linuxsystemswithx86_643：UNIX/Linux_IA64/hpmpi/forIA64Linux.安裝時需要使

6、用root用戶進行安裝，終端運行suroot后輸入密碼登錄為root，使用下面安裝命令：1：rpm-ivh/UNIX/Linux_x86_64/hpmpi/hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64.rpm安裝后出現(xiàn)下面提示即成功安裝Frcparing1:hpm.pihope!ocahosLhpmpi$lOOb100冷四查看各節(jié)點網(wǎng)絡狀態(tài)，修改主機名可以使用ifconfig命令，查看各個節(jié)點的網(wǎng)絡狀態(tài)。rhel6.0開機后網(wǎng)絡是處于禁用狀態(tài)，要激活網(wǎng)絡接口，可以使用命令:ifcfgethOstart或ifupethO。一般情況下rhel6.0在安裝的過程中都可以認出主機

7、的網(wǎng)卡，如果由于網(wǎng)卡太新沒有認出來，那就需要到網(wǎng)卡官方網(wǎng)站下載Linux網(wǎng)卡驅(qū)動程序進行安裝了，網(wǎng)上教程很多很容易掌握。使用hostname指令設置主機名。在命令行中輸入下面的命令：hostnamemsinodel注意：使用hostname指令設置的主機名稱僅在系統(tǒng)重新啟動前起效，重啟系統(tǒng)后將使用原來的主機名稱。如果希望啟動系統(tǒng)后生效，則需要修改文件7etc/hosts”。五.配置SSH免認證登錄，配置過程：a.SSH免認證登錄的配置：i.測試是否已經(jīng)安裝SSH,于終端（Terminal）中輸入sshlocalhost后回車，若出現(xiàn)下面提示：則表示已經(jīng)安裝SSH。若提示失敗，則需要放入安裝光盤

8、進行安裝。ii.于終端中輸入ssh-keygen-trsa,此時它會提示你生成SSH的密鑰。hopealocalhostsshLeyge口一tr-saGeneratingpublic/prtvatersskeyp召l寧.EnterfileinwhichtoeavetheLey(/home/hope/-EEh/idrea):Enterpassphrase(-emptyfornopassphrase)-Entersan*epassphr-aseagai-Vouridentificationhasbeensaedin/homse/hope/.ssh/id_rsa-Yulis口ubli-rkeyhas

9、beeisavedin/hone/hope/assh/idrss.pub-Th-ekeyfingerprintis-ec：52：5d：57-2c：5c:ab：2b：f9:f2-eaiaOiBe：4f：ef：62hopelocalho-stalocaldoniainh-opelocalhostj培|iii.此時無須設置密碼，你只需要點擊回車就可以了，生成的公鑰和私鑰會保存/.ssh/目錄下。進入目錄/.ssh/(命令：cd/.ssh/)，運行命令：1:cpid_rsa.pubauthorized_keys，將公鑰進行復制。同樣地，在其他節(jié)點上運行上面的命令，將各節(jié)點中得到的authorized_

10、key中的內(nèi)容復制出來，匯總到一個文件中，命名為authorized_key，并放置于各節(jié)點的/.ssh/目錄下(覆蓋原有文件)。#可以在xp下使用WinSCP軟件進行管理，就像處理word文檔一樣復制粘貼就行了，每個節(jié)點的authorized_key內(nèi)容在匯總的authorized_key里各占一行。修改.ssh/目錄下的文件權(quán)限以及目錄權(quán)限，運行命令：1：chmod600*2：chmod700.再修改home目錄的權(quán)限為只讀，運行命令：1：cd2：chmod755.在各節(jié)點的對應目錄重復以上命令，如成功的話，對localhos（t或者其他節(jié)點機器名）進行ssh連接則不會再出現(xiàn)密碼提示，如圖

11、：為加快SSH連接速度，使用vi命令（需要root權(quán)限）修改各個節(jié)點的/etc/hosts文件，運行下列命令：1：sudovi/etc/hosts顯示如下：#Donotremovethefollowingline,orvariousprograms：#thatrequirenetworkfunctionalitywillfail.：127.0.0.1localhost.localdomainlocalhost：:1localhost6.localdomain6localhost6：192.168.2.160mscnode1：192.168.2.161mscnode2將127.0.0.1后對應的

12、主機名刪除，添加集群中各節(jié)點的IP地址和機器名，保存后退出即可，示例如下所示：#Donotremovethefollowingline,orvariousprograms：#thatrequirenetworkfunctionalitywillfail.：#127.0.0.1localhost.localdomainlocalhost：192.168.128.160mscnode1：192.168.128.161mscnode2:w#保存，如果顯示無法保存可以在w后加！強制執(zhí)行：:q#退出SSH免認證登錄可使用WinSCP軟件進行簡化。六.以集群模式安裝MS先將MS文件上傳到主節(jié)點?？梢砸源虬?/p>

13、的形式上傳，也可以先做成ISO,我一般是習慣先做成ISO上傳，以免出現(xiàn)權(quán)限不夠的問題，遇到權(quán)限不夠的時候改變文件屬性，加上執(zhí)行權(quán)限就可以了。上傳后將ISO文件掛載到某一目錄下，如果想掛到根目錄下mnt目錄下的iso目錄中，命令示例如下：1：mkdir/mnt/iso2：mount-oloop-tiso9660ms50_unix.iso/mnt/iso在主節(jié)點上切換到MS安裝用戶，這里用的是hope,然后到換到/mnt/iso/UNIX下執(zhí)行1：./Install-typecluster2：或是直接./mnt/iso/UNIX/Install-typecluster-typecluster這個參

14、數(shù)是并行時必須加的參數(shù)，另一個要注意的就是要用非root用戶安裝。如果執(zhí)行上述命令后出現(xiàn)無法安裝的提示，可使用下列命令進行提權(quán)：1：chmod777/mnt/iso/-R安裝過程中其他基本上用默認的就可以，但有一個臨時文件夾建議不要放在共享目錄下，每個節(jié)點放一個tmp，這樣可以減少節(jié)點間的通信量，提高性能。比如說我的安裝目錄是/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio50，Accelrys是我要共享給其他節(jié)點的目錄，那tmp我就放在/home/hope/下，用MS的用戶創(chuàng)建，保證可寫入。其他每個節(jié)點的用戶目錄下都創(chuàng)建一個tmp目錄。6.安裝完成后將Accelrys目

15、錄共享給其他節(jié)點，方法如下：1：vi/etc/exports#加入下面一行內(nèi)容：2：/home/msi/Accelrys*（rw,no_root_squash）7.然后重啟nfs服務，servicenfsrestart。如出現(xiàn)錯誤提示,則參考Linux下配置安裝NFS文章中檢查portmap服務是否已經(jīng)啟動或者運行命令是否有root權(quán)限。1）NFS服務所需的套件（1）portmap運行命令查詢portmap是否安裝：rpm-qaIgrepportmap#顯示portmap-4.0-65.2.2.1表示已正確安裝（2）nfs-utils運行命令查詢nfs-utils是否安裝：rpm-qa|gre

16、pnfs-utils#顯示一下內(nèi)容表示已正確安裝nfs-utils-lib-1.0.8-7.2.22nfs-utils-1.0.9-33.el52）啟動NFS服務NFS服務要正常運行，必須先啟動portmap服務。使用以下命令就可以啟動NFS服務：serviceportmapstartservicenfsstart3）停止NFS服務：servicesmbstop4）重啟NFS服務servicesmbrestart8.然后到其他節(jié)點上使用root用戶登錄，執(zhí)行掛載命令：1:mount-tnfs主節(jié)點名或iP地址:/home/hope/Accelrys/home/hope/Accelrys/若出現(xiàn)

17、錯誤提示，則檢查該節(jié)點是否已經(jīng)新建Accelrys文件夾、防火墻是否已經(jīng)關閉以及SELinux功能是否已經(jīng)關閉。9.導入證書。在安裝光盤中找到msi.lic文件，將licenses文件中里第一行中的機器名改為你的主節(jié)點的機器名后，文件名改為msi.lic放至到/home/hope/Accelrys/LicensePack/Licenses里。在Terminal中運行：1:./home/hope/Accelrys/LicensePack/linux/bin/lp_admin然后在圖形界面下進行證書的導入。呂1口EdityiswItairminalTatEHelph0pegm6nodel一羊/bl

18、n/hone/medHs/匕口口七#11b/mis匚#dev/Llb/bin/license_admin-cwor:/bin/license_admin-console-wizard:即MS的安裝目錄10修改/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio50/share/data下的machines.LINUX，寫上各節(jié)點的機器名：CPU數(shù)。修改/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway/root_default/dsd/conf里兩個文件里的CPU數(shù)為你各節(jié)點CPU總數(shù)。重新啟動網(wǎng)關，進入/home/msi/Ac

19、celrys/MaterialsStudio5O/etc/Gateway，執(zhí)行1：./msgateway_control_18888restart13由于之前安裝的時候沒有將Gateway注冊為自動啟動服務的話，可執(zhí)行下面的命令：1：cp/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Gateway/msgateway_control_18888/etc/rc.d/init.d/msgateway_control_18888#接上一行2：再執(zhí)行命令：/sbin/chkconfig-addmsgateway_control_18888至此，MS的集群安裝基本完成備注：1.防火墻配置要注意，測試時請先關閉防