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文檔簡(jiǎn)介
1、基因BLAST及發(fā)育樹構(gòu)建操作步驟整理-周志勤1、輸入“ ”網(wǎng)址。得到:圖 12、單擊 nucleotide blast巳 BLAST.日詔爵C漏月眄由roofHeme Recent Results Saved Slrtegres Help NCBlBLASTHCWieBLAST nods fegiorts o( gimilafitybiolaglcal 與白qucnc齡.nw“.DELTA-B LASTf a more sensitive protein-protein search 時(shí)BLASTGenomesFind Genomic BLAST pages.Em印 口gmnisrn nmm
2、e: di id皿回沽。1! 智ill be飩do I lum,”曰心門1娘n Rai CfllW口 Ehla Deg昭Rhit口 而mp口 Guinea ui 口 F n血 fty口 Hwn珅b曲o 匚h祀kEDo E-h占H&h口 flawM %口 nrabidgaH何iw口 丫曲貌o G1icirobe:5單擊! nucleotide blastChuae a 日 LAST program to rulineh?rtin? h aiE-tpmMin hMstBasic BLASTrch s iiucleoild dalabaGQ using a mucleoilda wery 加洲町&:
3、 的皿 megablsLsl. dconliguoue mggablg就Search prolein dataoEi&e using a proteiin query Amthms. Uastpn psi-blast, phnblasi. delta-last3、得到新頁面:圖24、復(fù)制粘貼測(cè)序公司提供的DNA序列到blastn窗口5、勾選“結(jié)果顯示在新窗口”,單擊“blast”BLAST*歡*,血瀏1 WJQflpK劍割的TWFHwrnr RgfrilSonml S口咽i rr. i - uA5 - Dldti Hin?Standard Nucleotide BLASTMflln HJflS
4、lD 更tai 朋 Di蟲1,國(guó)3B LA占T凱 programs searc h mucfeoUde1 gNy鋼的能皿自曲莎問呀日刷陽Um ilkgirwlflr皿網(wǎng)驢eh 姑小隊(duì)咐眥 ggbl站L)Some*tvBt mx s efptrice sbiasln)ChDua a aiBMGT ajHEAm 郵-r 單卻 LAST( BLAST J3*4h- daLAbiw Nu已怕削曲 f&lhj句日n 加可明口如g U坎白凱麗 忡田iiniiim 陳r highly siiiHhn 女iqii由mih|建加 12 罰 A 陋村 WafldCRW6、得到新窗口:圖32 BEwk|vBa&fc
5、 LctM AUgnment sernft nSf W-SO BO-2AO -2M250500750100012507、下拉頁面,如:圖48、選擇Accession下的基因編碼。入選第一 4“HQ711983T日 Description 號(hào)烏蛔時(shí) 與tfiE 與 Emi.單擊AcceiE下面的漏與Seil 削險(xiǎn) Sealed 0di 削lgnM9m&DDscridksnMaxg用T遇 BCOFBGiu叫囪明AcioflSEian IE的!:雄機(jī)響isstim 3甜81 1明1|)。3佃|1即W 傾日.曲血1 湖Ug月2912691盼00苗?11宓.1B口口史:3 mm Cl召:Ed俗誠(chéng) 引I:
6、mEWR9 1快打i就Prm U日眄.:疝片1饑口戲牌M26B59?%0Q其匚?誠(chéng)仍壬9日.1SjcJuz 】F/tolauefaci佇nm mhain189iDtiEinjI RNA 口匕ne iiBrtial j史Hiien匚史zfias2GBEg睥o nFJ4J54Q6IECHUG:jEi BAEU34W5 169 nUUMPTiGl RUMEigdL3日口扯口用讖敬9$%00W715&1S口3口,.三:,/01|士希;: Hijrm門|“1占口日 165 i|!:i:F n:iiRMac中日 r:,U 中。MS226B299%Q0KF4 :衛(wèi) 1EEaalus jubtilis sta
7、in ATCC 1SG1T cnrrEleij IfllEnifi268018&9299%o a踏BDcgg.iSI3H9 IXEWI噸 UHrwEB海I18703蝌0.0CPCO5 的 D.19、得到新窗口如:圖510、單擊 FASTADisplay Settingw F) GenBankBacillus subtills strain Bawsl 16S ribosomal RNA gene, parti說 sequenceHQ71 f903 1單擊FASTAU3CUSDEFINITIONJiCCESSIOlT wRsinraEK7119B3L-179 bp LUTA liiiBar BC
8、7 口日-FEE-MI 1Bacillus subtilis straiiL Eavsl 16S ribas Dual OA gen 勺 psrlial sequenceu EW7119B3 mn iari. iFinds sub-seauences or csttems in the seauence ai11、得到如:圖612、復(fù)制菌株種名跟16SrDNA序列,并粘貼到“.txt文件 中Retcoc&s k) HtrivToWNucleolidefJucleofideHA.anceclBa til liis subtilis strain Bawsl 16S ribosomal RNA g
9、ene, partial sequence決源如,_一復(fù)制菌株名字和基因煽碼Ge 門日目nkGmhin.到記事本gi I 3212725761 gb |HQ7110S3.11 Bacillus subtilis fft ram Bavs 16S ri bos Dual們 partialqueuesJr7OGGCG NCTATACATGC叔 TCG簸CGGACMATGGGMC TTGCTCOC 走ATG TTAGCGGC時(shí)區(qū)GGG T / GAG TAACACGTGG&TAACCTCCC TGTAA&AjC TCGGATAACTCD&KAAACCGGGGC TAATAjCOGGATGC L TC
10、iriCAACmCATGC riCAtACATlAAAW rGGCI TCGGC TACCACTT 虹 JLGJLrGGACCCGiXGCGCLT TICCTAGirGG rCAGGrAATOK rCACCAAGKQjCGATKQIAKCGACC TGAGAQGQ KATCKCCAC ACIGGGACTGAGACACGCSC 餐 ACTCCTAC 威GMGCiGCAGT 快 GGAAICTTOCGCAAIGGACGAMG TCTGACGGAGCMCGCOGCG7GAGTGATGAAGC TTT TCGGATCG TAAAGCICTG TTGTTMGG 應(yīng) AAC A AG7GCCG7 TCAM
11、T AGGGCG(CACCT TGACGG7ADC TAAOCA&AMGOCGGC TAACTCGTGOCAGCA GCCGCGGTAATACGT 通 TGCCAAGC&T T&7CCGGAAT7AT TG6GCGTAAA&GGCTCGCAGG0GGT TTC T 7AAJ;K: rGAIG K; AA1GCCCCCGGCTCAATC GCGG幽 GG ICATTKAAICIGGCAACT FGACTGCAGIA GA3GAGA3 rCGAArTCCACG ItlAGCGG rGAMrGCGIAGAGATtIGGAGGAACAZCAQ IGGOG AAGGCG AC1CTC rCGIC IG
12、TAAC1GACGC TGAGGAGCGAAASCG TGGGG AGCG AACAGG 占 口副偵AC* FGGTAG TCKACGCCGTAMC&APSAGTGC T AAGTGTTMGGGGTT TCCGCOCCTT TGC TGCCTAACGCATTA AGCACTCCGOC VGG* AG TACGG TmCAAJHjCTGAAACTCAJ!躬 GAATTGACGGGGGOCCGC 妃 AA&CGG 7KJLGCAIUIG&I TLLAUiXAAJJCLACG% AAGAAC 匚 T LfiC 匚心 TC7 rGACAICCTC rcAClAICCIA GA3ATAGGADGICCD
13、C riCGGGGGCAGAQTGAZAGG TGC TGCATK TK TCGIC 織 CTCGIGTCGIG 蠣 A TGITGGGI TA>COCGC 應(yīng)GAGOGCMOCCHGATCUAGTT就 C 曲 CATTCAG TTGGCC AC FC TAAGEirfiXSP任13、新建“.txt”文件,如:圖714、把測(cè)序菌株16SrDNA序列和選取blast所得的匹配度高的菌株16SrDNA序列粘貼在“.txt”文件下,在菌株種名前加“”,每個(gè)序列后空一行| S292-l.fasta.txt -記享本奩相曰 漏晝舊 格式茸看燦 幫助口如圖粘必字前加ff_Bacillus subtil
14、is strain Bawsl常席就朝藤碣席席而翼蒲需藏S&TGGG麻ClT配了意TGMGTT%配G液G:亞GGT GAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGG&AAACCGGGGCTAATACCGGATGGT TGTTTGMCCGCATGGTTCAGACATAAMGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCAT TAGCTAGTTGGTGAGGTMCGGCTCACCMGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCAC ACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG
15、GAGGCAGCAGTA&GGAATCTTCCGCAATGGACGAAAG TCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACA AGTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCA&CA GCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGMTTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCT TAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTG&AAAC
16、TGGGGAACTTGAGTGCAGAA GAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCG ACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAG TCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTMGTGTTGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTMCGCATTA AGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCMGACTGAMCTCAMGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGG T
17、GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAG&TCTTGACATCCTCTGACAATCCTA GAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATG&TTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGA TGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCMCCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAG GTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGC TACACACGTGCTACAATG
18、GACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTTAAGCCAATCCCACAAATCTG TTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCA TGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGA AGTCGGTGAGGTAACCTTTTAGGAGCCAGCCGCCGAAGGTGGGACAGATGATTGGGGGAAGTCGTAACAA G&GCTTAGG圖715、復(fù)制“.txt”文件,改“.txt”文件
19、為“.fasta”文件,如:圖8 TOC o 1-5 h z dl、I I_ -M 、1Mj 29j-3fa!;ta .2314/12/4 2040 FagTA立件2D .,S292-2.fa2314/12/4 20:40文本文擋20 E改txt格式為fasta格式16、用MEGA 4.0.2軟件打開.fasta”文件,如:圖9圖917、單擊 Alignment 里的 Alinment Explorel/CLUSAC,如: 圖10ttLeq:L T四切dr-cLI.p如bJnIJcqJD-qq.ucKIrlIJll-AaM-ZIdiNjJJE - -rIEIE二一 _ 二一 wmrqln目 E
20、-3.pmlE:IaJT:nEMOJTdbTITo-lAAZEIml: TTOEnnlm 叫凸muE TUEMSTib iztenh加 口一 U 口ID 1曰置|-!呂10|=|苴明rldTl-llDIB C2 nrjIWLIIimil-CITIII-I!-lITi!-l4JEIEl rlqnsl3Ti-lleE mlm LIJ-zoOETTTEPISTnT: uffl-5.cuaQ:頁碧希IM心ouantnLO罷IIK口 “反(MMSnp Aq u 胃 vgfflllsmuusHV 矩jNA Sequences j Trahated Protein equencs21、運(yùn)算結(jié)束,關(guān)閉當(dāng)前窗口
21、。如:圖1522、在彈出的第一個(gè)窗口單擊NODdta Edit Search Alignm&nT Web Sequencer Djsplay Helpom曲舊輝二屈狷財(cái)-*l-1土電W鼠X螫魁函 * I,DMA 5equc | JietiJftedRcteh S$queroa$ j回里帥節(jié)PV璀.匚DS函堅(jiān)洽舞乒神快皿上功j I = 有i3j:!Lrllia_ei;diJ iL3_BxyLolii5QeacJ 15_皿匚口加如心 uj siJjzi 11 s arralkAE|T.rc|TAEc|A.|T|c3d c-LLL3_3i.-Qll 4iieaelns_3criLD_&ZL.Siil
22、lliLS juhylcDE:ititLla.iJB_a,craLL_LW- E atI,3in_523Z5tr-EFZDCE3_E3.QLapb.aeuE_atra lr._EIRLL.FiMTrrrrrn7圖1523、在彈出的第一個(gè)窗口單擊YES,如:圖16魅 W:Mgr.EntEplowrSAU旺將TellW*kt叩華業(yè)i泌A.B/C.DS31E性定宙!歪樣戶M92-A3a =回24、將文件以“.meg”格式保存,如:圖17Edi: SearchSeqjencEi Iransla11113lluallus aubcilisllua_p&lfen llusllua anLsli:1111311U9 SlXbClllS11U3lliia hmin S292ptcmycea圖1725、關(guān)閉其余窗口,打開剛剛保存的“.meg”文件,如:圖
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