分子標記技術(同名13)課件

1、第七章 現(xiàn)代分子生物學技術（3）第一節(jié) 聚合酶鏈式反應第二節(jié) 物理圖譜的構建第三節(jié) 基因組測序技術第四節(jié) 分子標記技術第五節(jié) 基因表達研究技術第六節(jié) DNA-蛋白質相互作用 研究技術第三節(jié) 分子標記技術一、遺傳圖譜(genetic map)遺傳圖譜(genetic map)又稱遺傳連鎖圖譜或連鎖圖譜(linkage map)。經(jīng)典遺傳 學時代的遺傳連鎖圖譜主要是以家系分析或不同性狀個體間雜交為基礎，根據(jù)同源染色體上 等位基因的變化，通過計算重組率，確定染色體上基因座位的順序和距離，構建基因的連鎖圖譜。經(jīng)典遺傳圖譜 人們把單倍體配子所有染色體上的全部基因稱為一個基 因組?；蚪M內每條染色體上的連

2、鎖基因稱為一個連鎖群。繪制遺傳圖譜就是要進行每條染 色體上基因座位的順序和距離的確定，即主要通過家系分析，對不同性狀之間、性狀與標 記之間、標記與標記之間的連鎖遺傳頻率進行計算，最終繪制遺傳連鎖圖。人類遺傳圖譜包括女性一種配子的23條染色體(記作23，X)和男性兩種配子的23條染色體(23 ，X)、(23，Y)上的所有基因位點?，F(xiàn)代遺傳圖譜 70年代發(fā)展起來的DNA重組技術、DNA克隆技術和DNA探針技術無疑為拓展遺傳圖譜的構建途徑創(chuàng)造了技術條件，也使人類基因定位的方法從細胞及染色體水平過渡到分子水平。DNA水平的多態(tài)性標記位點作為繪制現(xiàn)代遺傳圖譜的主要界標，大大提高圖譜的 精確度、準確性。遺

3、傳圖譜的繪制也因此進入了一個嶄新的時代。 現(xiàn)代遺傳圖譜的概念是由Botstein D等(1980)首先提出的，在此基礎上，限制性片段長 度多態(tài)性RFLP作為遺傳圖譜的第一代嶄新標記得以問世 。遺傳圖譜的第二代標記位點是大量的可變數(shù)量串聯(lián)重復（VNTR)，包括微、小衛(wèi)星(MS)或短串聯(lián)重復(STR 或SSLP)。第三代標記是位點極其豐富的單核苷 酸多態(tài)性(SNP)。 二、分子標記的概念 廣義的分子標記(molecular marker)是指可遺傳的并可檢測的DNA序列或蛋白質。蛋白質標記包括種子貯藏蛋白和同工酶（指由一個以上基因位點編碼的酶的不同分子形式）及等位酶（指由同一基因位點的不同等位基因

4、編碼的酶的不同分子形式）。狹義的分子標記概念只是指DNA標記，而這個界定現(xiàn)在被廣泛采納： 能反映生物個體或種群間基因組中某種差異特征的DNA片段，它直接反映基因組DNA間的差異。三、分子標記的種類 分子標記大多以電泳譜帶的形式表現(xiàn)，大致可分為三大類。 第一類是以分子雜交為核心的分子標記技術，包括：限制性片段長度多態(tài)性標記（Restriction fragment length polymorphism, 簡稱RFLP標記）； DNA指紋技術（DNA Fingerprinting）；原位雜交（in situ hybridization）等； 第二類是以聚合酶鏈式反應（Polymerase cha

5、in reaction ,簡稱PCR反應）為核心的分子標記技術，包括： 隨機擴增多態(tài)性DNA標記（Random amplification polymorphism DNA, 簡稱RAPD標記）； 簡單序列重復標記（Simple sequence repeat, 簡稱SSR標記）或簡單序列長度多態(tài)性（Simple sequence length polymorphism, 簡稱SSLP標記）； 擴展片段長度多態(tài)性標記（Amplified fragment length polymorphism, 簡稱AFLP標記）； 序標位（Sequence tagged sites, 簡稱STS標記）； 序

6、列特征化擴增區(qū)域（Sequence charactered amplified region, 簡稱SCAR標記）等； 第三類是一些新型的分子標記，如： 單核苷酸多態(tài)性（Single nuleotide polymorphism, 簡稱SNP標記）； 表達序列標簽（Expressed sequences tags, 簡稱EST標記）等。四、分子標記的特點（1）直接以DNA的形式表現(xiàn)，在生物體的各個組織、各個發(fā)育階段均可檢測到，不受季節(jié)、環(huán)境限制，不存在表達與否等問題；（2）數(shù)量極多，遍布整個基因組，可檢測座位幾乎無限；（3）多態(tài)性高，自然界存在許多等位變異，無須人為創(chuàng)造；（4）表現(xiàn)為中性，不影

7、響目標性狀的表達；（5）許多標記表現(xiàn)為共顯性的特點，能區(qū)別純合體和雜合體。五、幾種常用的分子標記（一）限制性片段長度多態(tài)性標記（Restriction fragment length polymorphism, RFLP） 該技術由Grodzicker等于1974年創(chuàng)立。 特定生物類型的基因組DNA經(jīng)某一種限制性內切酶完全酶解后，會產生分子量不同的同源等位片段，或稱限制性等位片段。RFLP標記技術的基本原理就是通過電泳的方法分離和檢測這些片段。凡是可以引起酶解位點變異的突變，如點突變（新產生和去除酶切位點）和一段DNA的重新組織（如插入和缺失造成酶切位點間的長度發(fā)生變化）等均可導致限制性等位片

8、段的變化，從而產生RFLP。EcoR酶切示意圖5 AG-GAATTC-GAATTC-GAATTC-CG 33 TC-CTTAAG-CTTAAG-CTTAAG-GC 5 AG-G AATTC-G AATTC-G AATTC-CG TC-CTTAA G-CTTAA G-CTTAA G-GC5 AG-GAATTC-GAATCC-GAATTC-CG 33 TC-CTTAAG-CTTAGG-CTTAAG-GC 5 AG-G AATTC-GAATCC-G AATTC-CG TC-CTTAA G-CTTAGG-CTTAA G-CG基本步驟： DNA提取用DNA限制性內切酶消化 凝膠電泳分離限制性片段 將這些

9、片段按原來的順序和位置轉移到易操作的濾膜上 用放射性同位素或非放射性物質標記的DNA作探針與膜上的DNA雜交（稱 Southern雜交） 放射性自顯影或酶學檢測顯示出不同材料對該探針的限制性酶切片段多態(tài)性。 RFLP標記的主要特點有：（1）遍布于整個基因組，數(shù)量幾乎是無限的；（2）無表型效應，不受發(fā)育階段及器官特異性限制；（3）共顯性，可區(qū)分純合子和雜合子；（4）結果穩(wěn)定、可靠；（5）DNA需要量大，檢測技術繁雜，難以用于大規(guī)模的育種實踐中。ABAB限制性內切酶位點與放射性探針結合部位限制性內切酶酶切后；電泳分離DNA片段；轉移至硝酸纖維素薄膜；與放射性探針雜交，分析陽性條帶（二）染色體原位雜

10、交染色體原位雜交技術是DNA探針與染色體上的DNA雜交，并在染色體上直接進行檢測的分子標記技術。目前發(fā)展最快的是熒光素標記的原位DNA雜交技術，即熒光原位雜交技術（fluorescence in situ hybridization, 簡稱FISH技術），是利用與熒光素分子偶聯(lián)的單克隆抗體與抗原標記的探針分子特異性的結合來檢測DNA序列在染色體上的位置。熒光標記原位雜交原理示意圖原位雜交技術的基本步驟為制備探針；染色體制片；染色體處理與變性；染色體與探針雜交；顯微檢測。染色體專一位點探針熒光標記探針檢測精子（三） 隨機擴增多態(tài)性DNA標記(RAPD)由Williams等于1990年創(chuàng)立。其基本

11、原理與PCR技術一致。 RAPD標記技術就是用一個（有時用兩個）隨機引物（一般8-10個堿基）非定點地擴增基因組DNA，然后用凝膠電泳分開擴增片段。遺傳材料的基因組DNA如果在特定引物結合區(qū)域發(fā)生DNA片段插入、缺失或堿基突變，就有可能導致引物結合位點的分布發(fā)生相應的變化，導致PCR產物增加、缺少或發(fā)生分子量變化。若PCR產物增加或缺少，則產生RAPD標記。 親本中國春小麥、節(jié)節(jié)麥雙倍體和子代的RAPD電泳圖譜 引物為S516: CTCTGCGCGT 泳道1為中國春小麥，泳道2、二者的子代，泳道3為節(jié)節(jié)麥。 RAPD擴增克隆魚(B)、供體紅鯉(A)、受體金魚(D)和雜交魚(C，即AxD)的細胞

12、核DNA指紋圖譜。結果顯示，對于不同的引物，克隆魚的擴增譜帶均和供體紅鯉的一致，迥異于受體金魚和雜交魚。RAPD標記的主要特點有：（1）不需DNA探針，設計引物也無須知道序列信息；（2）顯性遺傳（極少數(shù)共顯性），不能鑒別雜合子和純合子；（3）技術簡便，不涉及分子雜交和放射性自顯影等技術；（4）DNA樣品需要量少，引物價格便宜，成本較低；（5）實驗重復性較差，結果可靠性較低。 （四）簡單序列重復標記，SSR又稱微衛(wèi)星DNA(Micro-satellite DNA)標記；屬高度重復序列，重復單元26bp，如(CA)n、(AT)、(GGC)n等重復，重復區(qū)大多幾十幾百bp，分散在基因組中，大多不存在

13、于編碼序列內，具有較高的多態(tài)性。呈現(xiàn)孟德爾式遺傳。目前微衛(wèi)星DNA已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了萬余個位點。TTCAGCTAGCTCAGCAGCAGCAGCAGCAGAGCTTGCAAGTCGATCGAGTCGTCGTCGTCGTCGTCTCGAACG微衛(wèi)星DNA PCR擴增結果（示例）：500bp400bp300bp240bp 該結果顯示在所檢查的人群中，該位點多態(tài)性有4種。SSR標記的主要特點（1）數(shù)量豐富，廣泛分布于整個基因組；（2）具有較多的等位性變異；（3）共顯性標記，可鑒別出雜合子和純合子；（4）實驗重復性好，結果可靠；（5）由于創(chuàng)建新的標記時需知道重復序列兩端的序列信息，因此其開發(fā)有一定困難，費用也

14、較高。 （五）單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism SNP)1. 定義單核苷酸多態(tài)性(SNP)主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。 不同個體間，基因組DNA某部位的 單核苷酸的變異。1996年，Lander報道了用單核苷酸多態(tài)性標記（single nucleotid polymorphism SNP）制備第三代遺傳連鎖圖的遺傳標記。2. SNP在人類基因組中出現(xiàn)的頻率 SNP在人類基因組中廣泛存在，平均每5001000個堿基對中就有1個，估計其總數(shù)可達1700萬個甚至更多。 There is one SNP in every

15、 1000 bases leads to an estimate that any two individuals differ by up to three million SNPs. 在基因組DNA中，任何堿基均有可能發(fā)生變異，因此SNP既有可能在基因序列內，也有可能在基因以外的非編碼序列上。總的來說，位于編碼區(qū)內的SNP(coding sNP,cSNP)比較少，因為在外顯子內，其變異率僅及周圍序列的1/5。但它在遺傳性疾病研究中卻具有重要意義，因此cSNP的研究更受關注。3. SNP檢測方法 目前已有多種方法可用于SNP檢測：根據(jù)DNA列陣的微測序法；動態(tài)等位基因特異的雜交；寡聚核苷酸特

16、異的連接； DNA芯片以及TaqMan系統(tǒng)等。但不管哪一種方法，首先必須進行靶序列的擴增，然后才能進行其它檢測。4. SNP用作遺傳標記的優(yōu)點(1) SNP在人群中是二等位基因性的，在任何人群中其等位基因頻率都可估計出來。(2)它在基因組中的分布較微衛(wèi)星標記廣泛得多。(3)與串聯(lián)重復的微衛(wèi)星位點相比，SNP是高度穩(wěn)定的，尤其是處于編碼區(qū)的SNP(cSNP),而前者的高突變率容易引起對人群的遺傳分析出現(xiàn)困難。(4)部分位于基因內部的SNP可能會直接影響產物蛋白質的結構或基因表達水平，因此，它們本身可能就是疾病遺傳機制的候選改變位點。(5)易于進行自動化分析，縮短了研究時間。5. SNP的意義對于

17、人類來說，SNP的意義在于：、致病SNP、疾病易感性SNP、具有診斷價值的SNP、疾病的SNP譜、人表型相關SNP、藥物作用與不良反應的SNP、藥物劑量SNP日本學者發(fā)現(xiàn)糖尿病基因的個人SNP差別日本研究人員最近經(jīng)過研究發(fā)現(xiàn)，與糖尿病有關的基因并不是千篇一律，它們之間存在著個人差別，即“單核苷酸多態(tài)性”（SNP）。 預計今后SNP將在下列領域發(fā)揮重要作用：(1)進行簡單和復雜疾病的遺傳連鎖分析(linkage analysis)及關聯(lián)分析(association analysis),用于疾病易感基因定位；而且其定位的精度將比微衛(wèi)星標記精細得多，可直接用于指導易感基因克隆。(2)在“藥物基因組學

18、”(pharmacogenomics)研究中，可通過檢測SNP的遺傳多態(tài)性標記揭示人群中不同個體對不同藥物的敏感性差異的根本原因。(3)也可用于法醫(yī)研究的罪犯身份的鑒別、親子鑒定等，此外在器官移植中供體和受體間的配對選擇及物種進化的研究中都將具有重要意義。分子標記技術在植物研究中的應用 分子遺傳圖譜的構建遺傳多樣性與種質鑒定重要農藝性狀相關基因的定位分子標記輔助選擇 重要農藝性狀的圖位克隆 瀏覽以下網(wǎng)站國內： 天大生物信息中心 北大生物信息中心 中國生物信息/國外 美國國家生物技術信息中心(NCBI) 歐洲生物信息學研究所(EBI) http:/www.ebi.ac.uk/sw/03.htmSNP在“藥物基因組學”(pharmacogenomics)研究中應用不同個體的藥物反應（主要指藥效與毒性）差異與DNA多態(tài)性的關系。即通過DNA序列差異的分析，從基因水平上深入認識疾病及藥物作用的個體差異的機理，指導和優(yōu)化臨床用藥。并