pubmed外文摘要信息獲取課件

1、外文摘要信息獲取南方醫(yī)科大學醫(yī)學情報學教研室 張政寶Tel:E-mail: 一、常用外文摘要數(shù)據(jù)庫二、認識PubMed文獻三、PubMed檢索特點（重點）四、PubMed基本檢索功能（重點）五、PubMed高級檢索功能（重點）六、PubMed檢索結(jié)果的處理七、PubMed主題詞檢索八、MyNCBI個性化服務 外文摘要信息獲取一、常用外文摘要數(shù)據(jù)庫常用外文摘要數(shù)據(jù)庫PubMedEMBaseEngineering Village 2Web of ScienceScopusBIOSIS PreviewSciFinder Scholar PubMed概況網(wǎng)址： (com;

2、org; net)由美國國立醫(yī)學圖書館（National Library of Medicine - NLM）國家生物技術(shù)信息中心（National Center for Biotechnology Information - NCBI）向因特網(wǎng)用戶提供免費MEDLINE檢索服務(自1997-6-26起)PubMed的外部鏈接功能 提供NCBI開發(fā)的分子生物學數(shù)據(jù)庫的鏈接，如Nucleotide、Protein、Genome、OMIN、Structure、Taxonomy等。提供美國國立醫(yī)學圖書館多種資源的鏈接提供相關(guān)文獻（RELATED ARTICLES）的鏈接提供其它外部資源的鏈接，如生物

3、醫(yī)學期刊網(wǎng)站全文鏈接、NCBI資源。外部鏈接二、認識PubMed文獻檢索練習與演示問題：砒霜是什么？有什么特點與作用？砒霜（三氧化二砷，白砷）：arsenic trioxide, white arsenic，As2O3利用PubMed數(shù)據(jù)庫檢索有關(guān)砒霜的文獻作者AU題名TI來源SOPubMed記錄類型（狀態(tài)） PubMed題錄三、PubMed檢索特點 PubMed檢索特點檢索運算符AND、NOT、OR必須大寫。(vitamin c OR zinc) AND common cold支持截詞檢索（*），但對詞組無效。如bacter*, 可以檢出以bacter為詞干的單詞bacteria、bacte

4、rium等最多600個單詞。截詞檢索時，系統(tǒng)的自動詞語匹配功能和MeSH自動擴展功能將不再被執(zhí)行，如：heart attack* 將不映射到 MeSH 詞 Myocardial Infarction。PubMed常用字段Affiliation AD （機構(gòu)地址）Author AU（作者）：姚開泰（yao kai tai - yao kt, yao kaitai - yao k）； tan jau 與 tan jau 不同 Language LA（文獻語種）：chinese la 或 chi la （前3個字母） MeSH Terms MH（主題詞）：自動擴展下位主題詞；如需關(guān)閉該功能，使用mh

5、:noexp PubMed常用字段Publication Date DP （出版日期）：1998/03dp; 1998dp; 1996:1998dp; 1998/01:1998/04 dpPublication Type PT（文獻類型）：reviewptTitle TI （文獻題名）Text Words TW （文本詞） ：包括Title, Abstract, MeSH Terms, MeSH Subheadings, Chemical Substance Names, Personal Name as Subject 等 字段Title/Abstract TIAB （題名與摘要）檢索練習檢

6、索珠江醫(yī)院醫(yī)護人員發(fā)表的論文 （zhujiang hospital; zhu jiang hospital ）檢索珠江醫(yī)院肝膽外科方馳華教授發(fā)表的論文檢索珠江醫(yī)院醫(yī)護人員2005年以來發(fā)表的英文論文四、PubMed基本檢索功能檢索練習與演示2000年10月4日美國食品藥物管理局（FDA）批準以砒霜（三氧化二砷）治療某種類型的白血病用砒霜治療的白血病名稱是：acute promyelocytic leukemia（APL，急性早幼粒細胞白血?。┡?三氧化二砷，白砷)：arsenic trioxide, white arsenic，As2O3利用PubMed數(shù)據(jù)庫檢索有關(guān)砒霜治療白血病的文獻自由

7、詞檢索自由詞檢索轉(zhuǎn)換后的檢索式可進行修改作者檢索檢索時姓用全稱，名用首字母。2002年以來的文獻可以用姓名全拼形式查找。作者姓名書寫格式1. 西方人姓名書寫格式：First name、Middle Name、Last name。美國肯尼迪總統(tǒng)名為： John Frank Kenedy，Kenedy為Last name（姓）。Frank為Middle name，比較少看到，多看到 John F. Kenedy，中間名縮寫了。如果看到姓名中間有逗號，則逗號前一定是姓。如： Kenedy, John F. 作者檢索作者姓名書寫格式2. 中國人姓名格式：Last name、First name。如：鐘

8、世鎮(zhèn)，就有如下拼寫形式可供檢索：Shi-zhen Zhong； Shi zhen ZhongZhong shi-zhen； Zhong，shi zhenZhong，shi-zhen zhong szShizhen Zhong，zhong shizhenzhong s期刊檢索檢索時可輸入期刊全名，如：molecular biology of the cell，系統(tǒng)自動轉(zhuǎn)換為”mol biol cell” Journal Name；也可輸入期刊標準縮寫形式（如：mol biol cell）或期刊的ISSN（國際標準出版物編號，如：1059-1524）。 如果期刊名是一個單詞或恰好是MeSH詞表中的

9、詞，如Gene Therapy、Science、Cell等，則必須在刊名后加ta（期刊名稱字段標識符），也可使用so。期刊檢索如果雜志全名中包括括弧或方括號，鍵入時應該予以取消，例如雜志名為：J Hand Surg Am，檢索時應轉(zhuǎn)成：J Hand Surg Am。中文期刊，用漢語拼音：Nan fang yi ke da xue xue baoBeijing da xue xue baoZhonghua nei ke xue za zhi限定檢索（Limits）文獻類型（Type of Article）、語種（Languages）、文獻子集限定（Subsets）研究對象：物種（Species）

10、、性別（Sex） 、年齡（Ages）全文鏈接（Full Text 或 Free Full Text）、有摘要（Abstracts）以上各種限定可以單獨或組合進行。限定檢索界面五、 PubMed高級檢索功能檢索舉例姚開泰院士2001年以前發(fā)表的有關(guān)鼻咽癌（nasopharyngeal cancer）方面的文獻分析 姚開泰， 2001年以前， nasopharyngeal cancer點擊“Limits”后顯示限定檢索框各檢索式之間可以進行邏輯組配，可以#n代替檢索式。注意：限定檢索結(jié)束后，點擊“Change”修改或“Remove”取消限定項。為了驗證檢索結(jié)果是否正確，需通過Abstract格式查

11、看作者所在的機構(gòu)名稱。六、PubMed檢索結(jié)果的處理檢索結(jié)果的處理顯示格式 (Display Settings)結(jié)果排序 (Display Settings - Sort by)保存為本地文件（最多10000篇）(Send to File)臨時存放至剪貼板 (Send to Clipboard)保存為個人資料集 (Send to Collections)發(fā)送至電子郵箱 (Send to E-mail)（一）顯示格式設(shè)置（Display Settings）題錄格式：作者、題名、出處顯示格式Summary格式（默認）顯示格式Abstract格式顯示格式MEDLINE格式導入NoteExpress的

12、必選格式（二）將檢索結(jié)果保存為本地文件（三）檢索結(jié)果臨時存放至剪貼板（Clipboard）將每次選中的檢索結(jié)果暫時保存至此最后集中處理（下載存盤或發(fā)E-mail）最多500條記錄斷開連接后仍可保存8小時選取記錄，將記錄發(fā)送到Clipboard記錄保存到Clipboard后有提示信息在Clipboard中查看保存的記錄在檢索歷史中顯示Clipboard操作歷史（四）將檢索結(jié)果發(fā)送到郵箱七、PubMed主題詞檢索MeSH (Medical Subject Headings) PubMed記錄中的醫(yī)學主題詞(MeSH)是由標引員為PubMed中的Medline文獻所人工指定的詞。 例：ascorbi

13、c acid是MeSH Terms，而vitamin c則不是。標引員使用能恰當描述文章內(nèi)容的最相關(guān)MeSH詞。通常一篇文章可有多個MeSH詞。PubMed能自動地為輸入的檢索詞尋找相應的MeSH詞用戶利用一個MeSH詞能找出所有有關(guān)該主題的文獻 不同拼寫：leukemia(s), leukaemia(s)leukemia同義詞：tumor(s), tumour(s), cancer(s),neoplasm(s) neoplasmsMeSH (Medical Subject Headings) MeSH詞獨有特征主要MeSH詞(MAJOR TOPIC): MeSH term as main s

14、ubject of the article (*)次要MeSH詞擴展(EXPLODE)：chosen MeSH term and all more specific underlying MeSH terms副主題詞(SUBHEADINGS)SubHeadings 副主題詞對一個主題詞的多個方面進行修飾限定的詞，又稱限定詞。目前有83個副主題詞并非每個主題詞都能和83個副主題詞組配。主題詞等級排列，檢索時可以將包含其下位詞的文獻都檢索出來。一個主題詞可以同時處在不同類目下?？蛇x用的副主題詞檢索有關(guān)糖尿病（Diabetes ）流行病學方面的文獻。第一步：輸入檢索詞。第二步：確定主題詞第三步：確定

15、副主題詞第四步：發(fā)送到檢索框并檢索檢索結(jié)束八、MyNCBI個性化服務MyNCBI個性化服務存儲檢索式，定期發(fā)送最新相關(guān)文獻。設(shè)定檢索過濾器，使檢索結(jié)果更加個性化。存儲檢索結(jié)果文獻。注冊My NCBI賬號注意大小寫1. 存儲檢索式2. 設(shè)定檢索過濾器每個賬號可對PubMed設(shè)置15個過濾器，對其他數(shù)據(jù)庫可設(shè)置5個過濾器。查找可設(shè)定的過濾器可自行定制過濾器查看設(shè)定的過濾器3. 存儲檢索結(jié)果文獻檢索練習1. 2000年以來鐘世鎮(zhèn)院士有關(guān)三維重建的論文。 (Zhong Shi Zhen, Zhong Shi-Zhen, Zhong Shizhen; three-dimensional reconstruction, 3D recons