大豆-三十一個(gè)野生和馴化重測(cè)序揭示

三十一個(gè)野生和馴化大豆重揭示多態(tài)性和選擇的模式（2010NG）Resequencingof31wildandcultivatedsoybeangenomesidentifiespatternsofgeneticdiversityandselection：報(bào)導(dǎo)了大規(guī)模的大豆中全組范圍的遺傳變異模式。用第二代Illumina系統(tǒng)對(duì)17個(gè)野生和14個(gè)馴化進(jìn)行了平均5X的，覆蓋了全組>90%的區(qū)域。比較了野生大豆和馴化大豆中的遺傳變異模式，并且發(fā)現(xiàn)野生大豆具有更高的多態(tài)性。在大豆組中鑒定出了很高的連鎖程度，因此在大豆育種時(shí)，用marker標(biāo)記的方法要比圖位克隆的方法更為容易。報(bào)導(dǎo)了連鎖區(qū)的位置和分布，并且鑒定出了205,614個(gè)可能對(duì)QTL研究和關(guān)聯(lián)性研究有幫助的SNP位點(diǎn)。這些所提供首先研究了野生大豆和馴化大豆之間的遺傳差異，表明野生大豆之間差異很大，馴化大豆之間的差異較小。其次尋找了大豆組中連鎖程度很高的區(qū)域，在其中找到了可以用于遺傳育種的SNP通過(guò)Fst窗口滑動(dòng)，找到了馴化群體與野生群體之間差異較大的區(qū)域，同時(shí)用多態(tài)性作為對(duì)17個(gè)野生和14個(gè)馴化進(jìn)行了平均5X的。對(duì)一個(gè)野生進(jìn)行了80X的。數(shù)據(jù)分析過(guò)程：比對(duì)和尋找SNP；群體建樹(shù)，Structure、PCA等分析DaDi模擬了包含瓶頸的馴化歷史；尋找連鎖區(qū)域；尋找野生群體對(duì)馴化群體的漸滲區(qū)域；SNP多態(tài)性和Fst的計(jì)算；通過(guò)四重簡(jiǎn)并位點(diǎn)來(lái)尋找geneduplication，并用MK檢驗(yàn)來(lái)比較發(fā)生duplicaton之間的差異。五十個(gè)栽培和野生水稻的重提供了鑒定重要農(nóng)藝性狀相關(guān)的分子標(biāo)記（2011NBT）Resequencing50accessionsofcultivatedandwildriceyieldsmarkersforidentifyingagronomicallyimportantgenes：水稻是一種在馴化過(guò)程中經(jīng)歷了大量表型與生理變化的主要谷類(lèi)。從水稻主要群體中選取了40個(gè)馴化和10個(gè)它們的野生祖先，原始數(shù)據(jù)達(dá)到平均15X覆蓋度。我們探究了水稻中的組范圍遺傳變異模式并且獲得了6.5million個(gè)高質(zhì)量的SNP位點(diǎn)（在任何一個(gè)中沒(méi)有信息的位點(diǎn)都被刪除了）。使用這些群體的SNP數(shù)據(jù)，鑒定出了上千個(gè)在馴化中多態(tài)性很低但在野生群體中較高的，這些代表了在候選的要進(jìn)行功能驗(yàn)證。鑒定的這些分子標(biāo)記為將來(lái)的水稻育種和農(nóng)藝相關(guān)的鑒定在得到SNPsIndels之后，開(kāi)始對(duì)野生水稻和栽培水稻的群體結(jié)構(gòu)進(jìn)行研究，認(rèn)為一年通過(guò)鑒定多態(tài)性在栽培種中很低，但在野生水稻中很高的方法，鑒定了一些與馴化有關(guān)的區(qū)域。有四十個(gè)栽培種，十個(gè)野生種，平均深度在18X左右。其中栽培種包含了多數(shù)據(jù)分析流程：比對(duì)和SNP的鑒定；常規(guī)的群體分析，包括Pi，F(xiàn)st等等；通過(guò)鑒定多態(tài)栽培水稻單次的分子（2011Molecularevidenceforasingleevolutionaryoriginofdomesticated：亞洲水稻，Oryzasativa，是世界上最為古老和重要的谷類(lèi)作物之一。盡管在水稻的上仍存在爭(zhēng)議，水稻被公認(rèn)在約9,000年前馴化而來(lái)。單次模型表明亞洲水稻的兩個(gè)亞種，粳稻和秈稻，是從其祖先種O.rufipogon中馴化而來(lái)。然而，多次模型提議這兩存在很強(qiáng)列的遺傳差異和一些表型差異，多次模型獲得了的支持。通過(guò)對(duì)水稻8號(hào)、10號(hào)和12號(hào)上的630個(gè)片段的重，重新檢驗(yàn)了栽培水稻的進(jìn)化歷史。用獲得的SNPs在這些上找到了栽培水稻中20個(gè)假定的選擇掃蕩區(qū)域。用基于擴(kuò)散理論的方法和SNPs數(shù)據(jù)對(duì)群體歷史的模擬為栽培水稻單次的模型提供了強(qiáng)有力的。對(duì)以往過(guò)的數(shù)據(jù)使用系統(tǒng)進(jìn)行了溯祖分析，結(jié)果也支持葉軸水稻的單次。最終鑒定出水稻馴化的時(shí)間約為8,200到13,500年以前，這個(gè)結(jié)果依賴(lài)與所使用的分子鐘，得到的結(jié)果與考古學(xué)已知的長(zhǎng)江流域首次馴選取了上部分進(jìn)行了重，每個(gè)大概有兩百五十Kb的序列長(zhǎng)度。DaDi進(jìn)行群體歷史的模擬，分別用掃蕩區(qū)域與非掃蕩區(qū)域的數(shù)據(jù)進(jìn)行模擬，結(jié)果都顯示單次的模型有更高的可能性。作者還用Beast的方法對(duì)已經(jīng)過(guò)的數(shù)據(jù)進(jìn)行群體模擬，結(jié)果也顯示單次具有更高秈稻測(cè)了20個(gè)，晚熟粳稻測(cè)了16個(gè)，野生水稻測(cè)了20個(gè)數(shù)據(jù)分析流程：首先是尋找掃蕩區(qū)域，用了兩種方法同時(shí)尋找，比較特殊的是用了頻譜的方法；用DaDi對(duì)群體歷史進(jìn)行了模擬，比較奇怪的是，作者只是用DaDi對(duì)不同模型進(jìn)行評(píng)估，并沒(méi)有采用DaDi得到的時(shí)間等參數(shù)；最后用beast對(duì)已的數(shù)據(jù)進(jìn)行了重新水稻的組遺傳圖譜揭示了栽培水稻的（2012NATURE）Amapofricegenomevariationrevealstheoriginofcultivated：谷類(lèi)的馴化是長(zhǎng)期不斷的選擇嘗試，它極大的推進(jìn)了人類(lèi)的文明。栽培水稻的馴化是歷史上最重要的前進(jìn)標(biāo)志之一。然而它的和馴化過(guò)程一直都存在很大的爭(zhēng)議。對(duì)446個(gè)來(lái)自各地的栽培水稻祖先（Oryzafipogon）野生水稻進(jìn)行了重，將它們與,83個(gè)馴化的粳稻秈稻一起建立了一個(gè)全面的水稻組遺傳圖譜。通過(guò)對(duì)選擇信號(hào)的尋找，鑒定了55個(gè)在馴化中經(jīng)歷了選擇掃蕩的區(qū)域。對(duì)馴化掃蕩區(qū)域和全組范圍的深度研究表明粳稻是從中國(guó)南方的珠江區(qū)域首次馴化的，秈稻則是由粳稻與東南亞當(dāng)?shù)氐囊吧诫s交而產(chǎn)生的后代。從高精度的遺傳圖譜中研究了與馴化相關(guān)的性狀。本研究為水稻的育種提供了重要的資源，為水稻馴化研究提供了一個(gè)有效的組學(xué)方法首先是對(duì)野生水稻群體進(jìn)行了細(xì)致的研究，將野生水稻分為三類(lèi)，這三類(lèi)水稻主要按照地理位置分開(kāi)。其次將栽培水稻與野生水稻放在一起進(jìn)行全組水平上的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系的研究，結(jié)果表然后在全組水平上尋找馴化區(qū)域，用馴化區(qū)域來(lái)建立系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系，結(jié)果表明栽培水稻都與中國(guó)的野生水稻群體更近。針對(duì)全組和馴化區(qū)域的不同結(jié)果，提出秈稻是粳稻針對(duì)栽培水稻的地理位置，作者用不同地理位置的野生水稻與其做比較，得到廣西是栽培水稻直接的地理位置。最后進(jìn)行了水稻栽培的實(shí)驗(yàn)，將性狀與QTL位點(diǎn)聯(lián)系起來(lái)材料與方法對(duì)446個(gè)野生水稻進(jìn)序，深度為對(duì)15個(gè)外類(lèi)群進(jìn)行了深度，深度為采用了1,083個(gè)之間的栽培水稻數(shù)據(jù)，深度為1X；對(duì)一個(gè)野生進(jìn)行了100X的，并且進(jìn)行了組裝。數(shù)據(jù)處理流程包括：比對(duì)Reads到組；尋找SNP；進(jìn)行群體分析，Pi、Fst、主成分水稻品14個(gè)農(nóng)藝性狀的研究（2010Genome-wideassociationstudiesof14agronomictraitsinrice：揭示谷類(lèi)品種適應(yīng)不同的農(nóng)業(yè)氣候的遺傳機(jī)制對(duì)世界的食物安全非常重要。在517個(gè)水稻中鑒定了約3.6million的SNPs，并且用新的算法構(gòu)建了一個(gè)高密度的水稻組單倍型圖譜。利用GWAS方法研究了水稻中的秈稻亞種的14個(gè)農(nóng)藝性狀。通過(guò)GWAS找到的位點(diǎn)解釋了36%的性狀是如何偏離的。其中由六個(gè)位點(diǎn)的峰值與之前已經(jīng)鑒定出的緊密相連。這項(xiàng)工作為水稻研究和育種提供了一個(gè)基礎(chǔ)的資源，同時(shí)證明了第二代技術(shù)和GWAS相對(duì)于傳統(tǒng)的雙親雜交圖譜技術(shù)可以更有力的研究水稻中復(fù)雜在做了SNPs的鑒定之后