分子對(duì)接與分子動(dòng)力學(xué)模擬教材課件

分子對(duì)接與全局最優(yōu)化方法分子對(duì)接與全局最優(yōu)化方法分子對(duì)接配體－受體的相互作用結(jié)合自由能的理論計(jì)算優(yōu)化方法分子對(duì)接配體－受體的相互作用配體與受體的相互作用生理過(guò)程與其有關(guān)生物大分子與大分子之間小分子與生物大分子之間蛋白質(zhì)的生理和藥物作用體現(xiàn)在蛋白質(zhì)與小分子之間配體與受體的相互作用生理過(guò)程與其有關(guān)結(jié)合自由能的理論計(jì)算靜電相互作用氫鍵相互作用范德華相互作用疏水作用結(jié)合自由能的理論計(jì)算靜電相互作用結(jié)合自由能的理論計(jì)算幾何形狀互補(bǔ)靜電相互作用互補(bǔ)氫鍵作用互補(bǔ)疏水作用互補(bǔ)結(jié)合自由能的理論計(jì)算幾何形狀互補(bǔ)幾種計(jì)算方法分子動(dòng)力學(xué)自由能微擾方法(FEP)經(jīng)驗(yàn)計(jì)算方法幾種計(jì)算方法分子動(dòng)力學(xué)自由能的經(jīng)驗(yàn)計(jì)算方法(Autodock)自由能的經(jīng)驗(yàn)計(jì)算方法(Autodock)自由能的經(jīng)驗(yàn)計(jì)算方法(Autodock)自由能的經(jīng)驗(yàn)計(jì)算方法(Autodock)網(wǎng)格能量(GridMap)近似計(jì)算利用計(jì)算好的參數(shù)三線性插值網(wǎng)格能量(GridMap)近似計(jì)算現(xiàn)在的問(wèn)題和今后的方向溶劑化效應(yīng)、水分子、柔性問(wèn)題精確的計(jì)算和計(jì)算時(shí)間的問(wèn)題表面計(jì)算數(shù)據(jù)庫(kù)現(xiàn)在的問(wèn)題和今后的方向溶劑化效應(yīng)、水分子、柔性問(wèn)題Autodock的處理Pdb文件的準(zhǔn)備

/pdb/小分子的準(zhǔn)備Autodock的處理Pdb文件的準(zhǔn)備

http://www分子處理文件格式：pdb,mol2,mol,pdbq優(yōu)缺點(diǎn)各種軟件的使用

babel，chemoffice，weblabviewer，hyperchem等等分子處理文件格式：pdb,mol2,mol,pdbqbabel轉(zhuǎn)換分子類型，支持幾十種分子類型，dos界面。使用方法：babel–ipdb文件名[-h/-d]-omol2文件名Wendows界面babelwinbabel轉(zhuǎn)換分子類型，支持幾十種分子類型，dos界面。Chemoffice畫(huà)小分子的三維結(jié)構(gòu)(由分子式轉(zhuǎn)化)計(jì)算其最小能量構(gòu)形用PM3或者AM1計(jì)算原子電荷或者其他參數(shù)Chemoffice畫(huà)小分子的三維結(jié)構(gòu)(由分子式轉(zhuǎn)化)處理蛋白質(zhì)程序weblabviewer顯示格式加氫減氫氨基酸顯示去水除去小分子處理蛋白質(zhì)程序weblabviewer顯示格式顯示格式顯示格式加氫減氫利用playscriptSetPropertyAtomelement="Oxygen":select=onSetPropertyAtomelement="Sulfur":select=onSetPropertyAtomelement="Nitrogen":select=onHydrogensAdd加氫減氫利用playscript多種顯示模式NewHierarchyWindowNewDataWindow多種顯示模式NewHierarchyWindow去水去水除去小分子除去小分子全局優(yōu)化方法SAGA-NGATabu-Search全局優(yōu)化方法SATabu-SearchTabu-Search新的發(fā)展ReactiveTabuSearchEnhancedContinuousTabuSearchContinuousReactiveTabuSearch新的發(fā)展ReactiveTabuSearch缺點(diǎn)初始解具有較強(qiáng)的依賴性單-單操作缺點(diǎn)初始解具有較強(qiáng)的依賴性與NGA的結(jié)合現(xiàn)在的做法：

在NGA計(jì)算到減少Scale的時(shí)候，把最好的值作TabuSearch，TS時(shí)sacle也是逐步減少，到一定步數(shù)時(shí)如果數(shù)值不見(jiàn)好的話，就跳回到最好的地方重新開(kāi)始。缺點(diǎn)與NGA的結(jié)合現(xiàn)在的做法：

在NGA計(jì)算到減少Scale的時(shí)計(jì)算結(jié)果計(jì)算次數(shù)NGANGA-TS計(jì)算結(jié)果所用時(shí)間(s)計(jì)算結(jié)果所用時(shí)間(s)10.2305083392900.2305083373620.251533333460.2305083382630.230508344190.2305083392340.230508344150.2305083405350.230508335390.2305083385162.351950000350.2305083383470.230508338310.2305083385080.251533333370.2305083346890.4825583331190.23050833960100.251533333410.23050833963計(jì)算結(jié)果計(jì)算次數(shù)NGANGA-TS計(jì)算結(jié)果所用時(shí)間(s)計(jì)算分子對(duì)接與分子動(dòng)力學(xué)模擬教材課件討論重點(diǎn)討論重點(diǎn)分子對(duì)接與全局最優(yōu)化方法分子對(duì)接與全局最優(yōu)化方法分子對(duì)接配體－受體的相互作用結(jié)合自由能的理論計(jì)算優(yōu)化方法分子對(duì)接配體－受體的相互作用配體與受體的相互作用生理過(guò)程與其有關(guān)生物大分子與大分子之間小分子與生物大分子之間蛋白質(zhì)的生理和藥物作用體現(xiàn)在蛋白質(zhì)與小分子之間配體與受體的相互作用生理過(guò)程與其有關(guān)結(jié)合自由能的理論計(jì)算靜電相互作用氫鍵相互作用范德華相互作用疏水作用結(jié)合自由能的理論計(jì)算靜電相互作用結(jié)合自由能的理論計(jì)算幾何形狀互補(bǔ)靜電相互作用互補(bǔ)氫鍵作用互補(bǔ)疏水作用互補(bǔ)結(jié)合自由能的理論計(jì)算幾何形狀互補(bǔ)幾種計(jì)算方法分子動(dòng)力學(xué)自由能微擾方法(FEP)經(jīng)驗(yàn)計(jì)算方法幾種計(jì)算方法分子動(dòng)力學(xué)自由能的經(jīng)驗(yàn)計(jì)算方法(Autodock)自由能的經(jīng)驗(yàn)計(jì)算方法(Autodock)自由能的經(jīng)驗(yàn)計(jì)算方法(Autodock)自由能的經(jīng)驗(yàn)計(jì)算方法(Autodock)網(wǎng)格能量(GridMap)近似計(jì)算利用計(jì)算好的參數(shù)三線性插值網(wǎng)格能量(GridMap)近似計(jì)算現(xiàn)在的問(wèn)題和今后的方向溶劑化效應(yīng)、水分子、柔性問(wèn)題精確的計(jì)算和計(jì)算時(shí)間的問(wèn)題表面計(jì)算數(shù)據(jù)庫(kù)現(xiàn)在的問(wèn)題和今后的方向溶劑化效應(yīng)、水分子、柔性問(wèn)題Autodock的處理Pdb文件的準(zhǔn)備

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在NGA計(jì)算到減少Scale的時(shí)計(jì)算結(jié)果計(jì)算次數(shù)NGANGA-TS計(jì)算結(jié)果所用時(shí)間(s)計(jì)算結(jié)果所用時(shí)間(s)10.2305083392900.2305083373620.251533333460.2305083382630.230508344190.2305083392340.230508344150.2305083405350.230508335390.2305083385162.351950