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文檔簡介

常用的生物信息學分析方法第十組第1頁，共21頁。生物信息學是一門在生命科學的研究中，以計算機為工具對生物信息進行儲存、檢索和分析的科學。生物信息學Bioinformatics生物信息學基本上是分子生物學與信息技術的結合體。研究材料和結果是各種各樣的生物學數據研究工具是計算機研究方法包括對生物學數據的搜索（收集和篩選）、處理（編輯、整理、管理和顯示）及利用（計算、模擬）第2頁，共21頁。節(jié)律基因Timeless第3頁，共21頁。數據庫MGIhttp第4頁，共21頁。數據庫NCBI第5頁，共21頁。數據庫TAIR第6頁，共21頁。http多序列比對MEGA第7頁，共21頁。http系統(tǒng)發(fā)育樹MEGA第8頁，共21頁。http:///tools/meme保守基序分析MEME第9頁，共21頁。http基因結構GSDS第10頁，共21頁。http啟動子分析PlantCARE基序名稱位置序列特征功能TATA-box254TATAAcorepromoterelementCAAT-box 260CCAATcommoncis-actingelementinpromoterandenhancerregions3-AF1bindingsite50AAGAGATATTTlightresponsiveelementCCAAT-box1051CAACGGMYBHv1bindingsiteCGTCA-motif1294CGTCAMeJA-responsivenessGA-motif 1252ATAGATAAlightresponsiveelementHSE 28AAAAAATTTCheatstressresponsivenessLTR414CCGAAAlow-temperatureresponsivenessMSA-like 568CCCAACGGTcellcycleregulationTGA-element 289AACGACauxin-responsiveelement第11頁，共21頁。http轉錄因子結合位點分析JASPARMatrixIDNameScoreRelativescoreStartEndStrandPredictedsequenceMA0940.1AP112.570.9011628+acaaaaatgaaatMA0934.1AHL2512.51691328335+aattaattMA0951.1ATHB-1612.24230.964352359+taatgattMA0933.1AHL2012.0060.979328335+aattaattMA0943.1ARF511.84490.97410171024+GCCGACAGMA0947.1ARR1411.81320.965707714+AGATCCGCMA0934.1AHL2511.81260.984333340+atttaatt第12頁，共21頁?？梢暬蚪M學BAR第13頁，共21頁。亞細胞定位SUBAAGISUBAconPredictionsAT5G52910.1nucleusnucleus

cytosol

mitochondrion第14頁，共21頁。http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/三級結構預測Phyre16-464replication643-747proteinbinding第15頁，共21頁。http信號肽預測SignalPAT5G52910AT1G01070第16頁，共21頁。http跨膜結構域預測TMHMM第17頁，共21頁。http蛋白互作網絡STRINGDNArepairpolymerasehelicase第18頁，共21頁。序列分析雙序列比對MEGA/Bioedit/bioedit/bioedit.htmlNCBI/GenBank/MEME/tools/meme多序列比對（系統(tǒng)進化樹、保守基序）基因分析ORF(Open

Reading

Frame)分析NBCI/orffinder/基因結構分析（外顯子、內含子）GSDS/啟動子分析PlantCAREhttp://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/PLACEhttps://sogo.dna.affrc.go.jp/cgi-bin/sogo.cgi?sid=&lang=en&pj=640&action=page&page=newplace轉錄因子結合位點分析TFSEARCHhttp://diyhpl.us/~bryan/irc/protocol-online/protocol-cache/TFSEARCH.htmlJASPAR/表達模式分析barhttp://bar.utoronto.ca/蛋白分析結構分析二級PredictProtein

/PSIPREDhttp://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred三級Phyrehttp://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/SWISS-MODEL/亞細胞定位PSORTSUBAhttp://suba.live信號肽預測SignalPhttp://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/跨膜結構預測TMHMMhttp://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/蛋白互作及功能分析STRINGhttp://string.embl.degenemania/BINDhttp://bind.ca/IntActhttp://www.ebi.ac.uk/intact/DIP/第19頁，共21頁。謝謝第20頁，共21頁。內容梗概常用的生物信息學。研究方法包括對生物學數據的搜索（收集和篩選）、處理（編輯、整理、管理和顯示）及利用（計算、模擬）。/tools/moncis-actingelementinpromoterandenhancerregions。3-AF1bindingsite。cellcycleregulation。http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/。16-464replication。643-7

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