海洋沉積物中可培養(yǎng)微生物的多樣性課件

海洋沉積物中可培養(yǎng)微生物的多樣性匯報(bào)人：盧婧雯指導(dǎo)老師：吳敏海洋沉積物中可培養(yǎng)微生物的多樣性匯報(bào)人：盧婧雯1報(bào)告內(nèi)容一、國內(nèi)外研究動(dòng)態(tài)二、研究目的與意義三、主要研究內(nèi)容四、研究材料、方法與主要技術(shù)路線五、研究條件、可行性與困難六、研究進(jìn)度安排七、預(yù)期結(jié)果八、參考文獻(xiàn)報(bào)告內(nèi)容一、國內(nèi)外研究動(dòng)態(tài)2海洋沉積物概況地球上最復(fù)雜的微生物棲息地海洋沉積物是海洋歷史的記錄，包括軟泥沙、灰塵、動(dòng)植物的遺骸、宇宙塵埃等。為開發(fā)利用微生物資源提供重要的參考依據(jù)為人類了解生命的起源和進(jìn)化提供重要的先說海洋沉積物概況地球上最復(fù)雜的微生物棲息地3一、國內(nèi)外研究進(jìn)展

在已報(bào)道的微生物物種中，海洋微生物不到總數(shù)的10%在整個(gè)海洋環(huán)境中只有0.01％-10％的微生物是可培的，而可培的深海微生物則更少。一、國內(nèi)外研究進(jìn)展

在已報(bào)道的微生物物種中，海洋微生物不到總4全球沉積物采樣點(diǎn)FromNationalOceanicandAtmosphericAdministration，UnitedStates

全球沉積物采樣點(diǎn)FromNationalOceanic5海洋沉積物中存在的微生物細(xì)菌：proteobacteria包括α、β、γ、δ、ε變型菌綱；Holophaga/Acidobacteria；Planctomycetales古菌：Euryarchaeota和Crenarchaeota海洋沉積物中存在的微生物細(xì)菌：proteobacteria6二、研究目的與意義

分離培養(yǎng)海洋沉積物中的微生物，為微生物種質(zhì)資源開發(fā)提供材料，分析海洋沉積物中可培養(yǎng)微生物群落結(jié)構(gòu)，評價(jià)其多樣性。對海洋微生物的生物活性物質(zhì)進(jìn)行篩選，尋找具有潛在工業(yè)應(yīng)用價(jià)值的生物材料。對疑似新種進(jìn)行多相分類學(xué)研究。二、研究目的與意義

分離培養(yǎng)海洋沉積物中的微生物，為微生物種7三、主要研究內(nèi)容海洋沉積物中微生物的分離可培養(yǎng)微生物多樣性分析微生物活性物質(zhì)篩選疑似新種的多相分類學(xué)研究三、主要研究內(nèi)容海洋沉積物中微生物的分離8四、研究材料、方法與主要技術(shù)路線研究材料：海洋沉積物樣品（海洋二所提供）中國南海西南印度洋四、研究材料、方法與主要技術(shù)路線研究材料：海洋沉積物樣品中國9技術(shù)路線：海洋沉積物樣品懸浮16SrDNA測序疑似新種多相分類學(xué)研究活性物質(zhì)的篩選微生物的分離純化培養(yǎng)基設(shè)計(jì)挑取單菌落多樣性分析涂平板菌株保藏短時(shí)間充分富集富集涂平板菌株保藏菌株保藏技術(shù)路線：海洋沉積物樣品懸浮16SrDNA測序疑似新種10五、可行性與困難可行性：1.實(shí)驗(yàn)室有較成熟的微生物培養(yǎng)和鑒定平臺；2.可獲得較豐富的沉積物樣品；困難：1.微生物分離鑒定實(shí)驗(yàn)方法不熟悉；2.深海微生物的可培養(yǎng)率較低。五、可行性與困難可行性：11經(jīng)費(fèi)預(yù)算生化試劑：2000元序列測定：3000元指標(biāo)測定（電鏡、脂肪酸、GC含量）：2000元標(biāo)株購買：2000元其他耗材：1000元總計(jì)：10000元左右經(jīng)費(fèi)預(yù)算生化試劑：2000元12六、研究進(jìn)度安排2009.11-2010.2微生物篩選、分離、純化；2010.2-2010.316SrDNA序列測定和分析；2010.3-2011.1多相分類學(xué)研究及活性物質(zhì)篩選2011.1以后完成論文六、研究進(jìn)度安排2009.11-2010.2微生物篩選13七、預(yù)期結(jié)果

構(gòu)建海洋沉積物菌株庫，完成相關(guān)生物信息的描述（多樣性、活性物質(zhì)等）；參與分離鑒定微生物新物種1-2個(gè)；建立海洋微生物新種1-2個(gè)。七、預(yù)期結(jié)果

構(gòu)建海洋沉積物菌株庫，完成相關(guān)生物信息的描述（14八、參考文獻(xiàn)

[1]Byung-YongKim.InternationalJournalofSystematicandEvolutionaryMicrobiology(2006),56,2653–2656[2]S.Shivaji.InternationalJournalofSystematicandEvolutionaryMicrobiology(2005),55,1453–1456[3]Jung-HoonYoon.InternationalJournalofSystematicandEvolutionaryMicrobiology(2004),54,1799–1803[4]FengqinSun,BaojiangWang,XiupianLiu,QiliangLai,YapingDu,GuangyuLi,JieLuoandZongzeShao.IJSEMPapersinPress(2009)

[5]So-JeongKim,Soo-JePark,Dae-NoYoon,Byoung-JoonPark,Bo-RamChoi,Dong-HunLee,YulRohandSung-KeunRhee.Marinobacteriummaritimumsp.nov.,amarinebacteriumisolatedfromtheArcticSediment.IJSEMPapersinPress(2009)[6]ParkesRJ,CraggBA,BaleSJ,etal.Deepbacterialbio-sphereinPacificOceansediments.Nature,1994,371:410-413.

[7]NewberryCJ,WebsterG,CraggBA,etal.Diversityofpro-karyotesandMethanogenesisindeepsubsurfacesedimentsfromtheNankaiTrough,OceanDrillingProgramLeg190.EnvironmentalMicrobiology,2004,6(3):274-287.[8]王鵬.深海沉積物微生物多樣性及其與環(huán)境相互關(guān)系的研究[D]青島:中國海洋大學(xué),2005[9]許飛，戴欣等.南沙海區(qū)沉積物中細(xì)菌和古細(xì)菌16SrDNA多樣性的研究.2004,35(1):89-94.[10]SorensenKB,TeskeA.Stratifiedcommunitiesofactivear-chaeaindeepmarinesubsurfacesediments.AppliedandEn-vironmentalMicrobiology,2006,72(7):4596-4603八、參考文獻(xiàn)

[1]Byung-YongKim.Int15

謝謝

16培養(yǎng)基：1、常規(guī)2216或寡營養(yǎng)的22162、M23、ISP24、改良培養(yǎng)基：（1）微量元素（Mo等）（2）維生素（煙酸等）（3）C、N源多樣化（設(shè)計(jì)碳氮源配方）（4）電子受體（厭氧微生物）（Fe3+）（5）緩沖劑（pH精確控制）培養(yǎng)基：17微生物的分離鑒定：1、根據(jù)菌落形態(tài)的不同，進(jìn)行初步挑選。2、對純培養(yǎng)菌株的16SrDNA進(jìn)行RFLP分析，挑選譜型不同的菌株進(jìn)行16SrDNA測序。微生物的分離鑒定：18

微生物多相分類學(xué)研究方法糖醇利用產(chǎn)酸實(shí)驗(yàn)酶學(xué)實(shí)驗(yàn)抗生素敏感性極性脂分析脂肪酸分析醌分析細(xì)胞壁分析溫度、pH梯度NaCl濃度梯度革蘭氏染色電鏡觀察16SrDNA測定G+C含量測定DNA雜交微生物多相分類學(xué)研究方法糖醇利用極性19海洋沉積物中可培養(yǎng)微生物的多樣性匯報(bào)人：盧婧雯指導(dǎo)老師：吳敏海洋沉積物中可培養(yǎng)微生物的多樣性匯報(bào)人：盧婧雯20報(bào)告內(nèi)容一、國內(nèi)外研究動(dòng)態(tài)二、研究目的與意義三、主要研究內(nèi)容四、研究材料、方法與主要技術(shù)路線五、研究條件、可行性與困難六、研究進(jìn)度安排七、預(yù)期結(jié)果八、參考文獻(xiàn)報(bào)告內(nèi)容一、國內(nèi)外研究動(dòng)態(tài)21海洋沉積物概況地球上最復(fù)雜的微生物棲息地海洋沉積物是海洋歷史的記錄，包括軟泥沙、灰塵、動(dòng)植物的遺骸、宇宙塵埃等。為開發(fā)利用微生物資源提供重要的參考依據(jù)為人類了解生命的起源和進(jìn)化提供重要的先說海洋沉積物概況地球上最復(fù)雜的微生物棲息地22一、國內(nèi)外研究進(jìn)展

在已報(bào)道的微生物物種中，海洋微生物不到總數(shù)的10%在整個(gè)海洋環(huán)境中只有0.01％-10％的微生物是可培的，而可培的深海微生物則更少。一、國內(nèi)外研究進(jìn)展

在已報(bào)道的微生物物種中，海洋微生物不到總23全球沉積物采樣點(diǎn)FromNationalOceanicandAtmosphericAdministration，UnitedStates

全球沉積物采樣點(diǎn)FromNationalOceanic24海洋沉積物中存在的微生物細(xì)菌：proteobacteria包括α、β、γ、δ、ε變型菌綱；Holophaga/Acidobacteria；Planctomycetales古菌：Euryarchaeota和Crenarchaeota海洋沉積物中存在的微生物細(xì)菌：proteobacteria25二、研究目的與意義

分離培養(yǎng)海洋沉積物中的微生物，為微生物種質(zhì)資源開發(fā)提供材料，分析海洋沉積物中可培養(yǎng)微生物群落結(jié)構(gòu)，評價(jià)其多樣性。對海洋微生物的生物活性物質(zhì)進(jìn)行篩選，尋找具有潛在工業(yè)應(yīng)用價(jià)值的生物材料。對疑似新種進(jìn)行多相分類學(xué)研究。二、研究目的與意義

分離培養(yǎng)海洋沉積物中的微生物，為微生物種26三、主要研究內(nèi)容海洋沉積物中微生物的分離可培養(yǎng)微生物多樣性分析微生物活性物質(zhì)篩選疑似新種的多相分類學(xué)研究三、主要研究內(nèi)容海洋沉積物中微生物的分離27四、研究材料、方法與主要技術(shù)路線研究材料：海洋沉積物樣品（海洋二所提供）中國南海西南印度洋四、研究材料、方法與主要技術(shù)路線研究材料：海洋沉積物樣品中國28技術(shù)路線：海洋沉積物樣品懸浮16SrDNA測序疑似新種多相分類學(xué)研究活性物質(zhì)的篩選微生物的分離純化培養(yǎng)基設(shè)計(jì)挑取單菌落多樣性分析涂平板菌株保藏短時(shí)間充分富集富集涂平板菌株保藏菌株保藏技術(shù)路線：海洋沉積物樣品懸浮16SrDNA測序疑似新種29五、可行性與困難可行性：1.實(shí)驗(yàn)室有較成熟的微生物培養(yǎng)和鑒定平臺；2.可獲得較豐富的沉積物樣品；困難：1.微生物分離鑒定實(shí)驗(yàn)方法不熟悉；2.深海微生物的可培養(yǎng)率較低。五、可行性與困難可行性：30經(jīng)費(fèi)預(yù)算生化試劑：2000元序列測定：3000元指標(biāo)測定（電鏡、脂肪酸、GC含量）：2000元標(biāo)株購買：2000元其他耗材：1000元總計(jì)：10000元左右經(jīng)費(fèi)預(yù)算生化試劑：2000元31六、研究進(jìn)度安排2009.11-2010.2微生物篩選、分離、純化；2010.2-2010.316SrDNA序列測定和分析；2010.3-2011.1多相分類學(xué)研究及活性物質(zhì)篩選2011.1以后完成論文六、研究進(jìn)度安排2009.11-2010.2微生物篩選32七、預(yù)期結(jié)果

構(gòu)建海洋沉積物菌株庫，完成相關(guān)生物信息的描述（多樣性、活性物質(zhì)等）；參與分離鑒定微生物新物種1-2個(gè)；建立海洋微生物新種1-2個(gè)。七、預(yù)期結(jié)果

構(gòu)建海洋沉積物菌株庫，完成相關(guān)生物信息的描述（33八、參考文獻(xiàn)

[1]Byung-YongKim.InternationalJournalofSystematicandEvolutionaryMicrobiology(2006),56,2653–2656[2]S.Shivaji.InternationalJournalofSystematicandEvolutionaryMicrobiology(2005),55,1453–1456[3]Jung-HoonYoon.InternationalJournalofSystematicandEvolutionaryMicrobiology(2004),54,1799–1803[4]FengqinSun,BaojiangWang,XiupianLiu,QiliangLai,YapingDu,GuangyuLi,JieLuoandZongzeShao.IJSEMPapersinPress(2009)

[5]So-JeongKim,Soo-JePark,Dae-NoYoon,Byoung-JoonPark,Bo-RamChoi,Dong-HunLee,YulRohandSung-KeunRhee.Marinobacteriummaritimumsp.nov.,amarinebacteriumisolatedfromtheArcticSediment.IJSEMPapersinPress(2009)[6]ParkesRJ,CraggBA,BaleSJ,etal.Deepbacterialbio-sphereinPacificOceansediments.Nature,1994,371:410-413.

[7]NewberryCJ,WebsterG,CraggBA,etal.Diversityofpro-karyotesandMethanogenesisindeepsubsurfacesedimentsfromtheNankaiTrough,OceanDrillingProgramLeg190.EnvironmentalMicrobiology,2004,6(3):274-287.[8]王鵬.深海沉積物微生物多樣性及其與環(huán)境相互關(guān)系的研究[D