《生物信息學(xué)》實驗教學(xué)大綱

《生物信息學(xué)》實驗教學(xué)大綱課程名稱（中文）：生物信息學(xué)課程名稱（英文）:Bioinformatics課程編號：課程性質(zhì)：非獨立設(shè)課課程屬性：專業(yè)課教材及講義：自編學(xué)時學(xué)分：總學(xué)時36總學(xué)分1實驗學(xué)時12實驗學(xué)分0.5應(yīng)開實驗學(xué)期：四年級第一學(xué)期適用專業(yè)：生物醫(yī)學(xué)工程系先修課程：《計算機(jī)應(yīng)用基礎(chǔ)》等一、課程簡介及基本要求生物信息學(xué)實驗以生物信息學(xué)理論課為基礎(chǔ)，涵蓋了世界上權(quán)威的核酸和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫以及常用軟件的使用；同時結(jié)合生物醫(yī)學(xué)工程專業(yè)的學(xué)生的特點，增加了算法的相關(guān)內(nèi)容，構(gòu)成一個完整的、對生物醫(yī)學(xué)工程專業(yè)有針對性的課程體系。二、課程實驗?zāi)康暮鸵笊镄畔W(xué)實驗的目的主要是使學(xué)生在了解生物信息學(xué)算法理論的基礎(chǔ)上，對現(xiàn)有的權(quán)威數(shù)據(jù)庫和常用的分析軟件有一定的認(rèn)識，把生物信息學(xué)的理論與自身的專業(yè)緊密結(jié)合，培養(yǎng)有自己專業(yè)特色的應(yīng)用能力。生物信息學(xué)實驗的要求主要是了解生物信息學(xué)的算法，以及在算法理論的基礎(chǔ)上對常用數(shù)據(jù)庫和軟件的使用。三、適用專業(yè)生物醫(yī)學(xué)工程。四、主要儀器設(shè)備計算機(jī)五、實驗方式與基本要求Genbank，EMBL，DDBJ數(shù)據(jù)庫的使用（3學(xué)時）。熟悉Genbank、EMBL、DDBJ數(shù)據(jù)庫的建庫原則、數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)、具體的查詢方式和結(jié)果分析。SWISSPROT和PROSITE數(shù)據(jù)庫的使用（3學(xué)時）熟悉蛋白質(zhì)一級數(shù)據(jù)庫SWISSPROT和二級數(shù)據(jù)庫PROSITE的建庫原則、數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)、具體的查詢方式和結(jié)果分析BLAST和檢索工具Entrez和SAS（3學(xué)時）熟悉BLAST的使用方法，掌握BLAST的結(jié)果分析。了解Entrez和SAS的界面和查詢方式。ExPASY（蛋白質(zhì)專家分析系統(tǒng)）和蛋白質(zhì)預(yù)測工具（3學(xué)時）了解ExPASY的總體結(jié)構(gòu)，掌握常用的預(yù)測工具的適用范圍、使用方法和結(jié)果分析。六、考核與報告七、實驗項目設(shè)置與內(nèi)容序號實驗名稱內(nèi)容提要實驗學(xué)時每組人數(shù)實驗屬性實驗者類別開出要求1Genbank，EMBL，DDBJ數(shù)據(jù)庫的使用熟悉Genbank、EMBL、DDBJ數(shù)據(jù)庫的建庫原則、數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)、具體的查詢方式和結(jié)果分析。31綜合本科生必做2SWISSPROT和PROSITE數(shù)據(jù)庫的使用熟悉蛋白質(zhì)一級數(shù)據(jù)庫SWISSPROT和二級數(shù)據(jù)庫PROSITE的建庫原則、數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)、具體的查詢方式和結(jié)果分析31綜合本科生必做3BLAST和檢索工具Entrez和SAS熟悉BLAST的使用方法，掌握BLAST的結(jié)果分析。了解Entrez和SAS的界面和查詢方式。31綜合本科生必做4ExPASY（蛋白質(zhì)專家分析系統(tǒng)）和蛋白