分子數(shù)據(jù)庫(kù)及NCBI序列檢索課件

植物分子生物學(xué)生物信息學(xué)基礎(chǔ)(12學(xué)時(shí))唐玉榮tangyurong@植物分子生物學(xué)生物信息學(xué)基礎(chǔ)(12學(xué)時(shí))唐玉榮1.

緒論2.

分子數(shù)據(jù)庫(kù)及NCBI序列檢索3.

雙序列比對(duì)及BLAST比對(duì)工具4.多序列比對(duì)和分子系統(tǒng)發(fā)育5.核酸和蛋白質(zhì)序列分析工具6.蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)主要內(nèi)容2學(xué)時(shí)(第2周)4學(xué)時(shí)(第2周)2學(xué)時(shí)(第3周)2學(xué)時(shí)(第5周)2學(xué)時(shí)(第8周)1.緒論主要內(nèi)容2學(xué)時(shí)(第2周)4學(xué)時(shí)(第2周)2學(xué)時(shí)(第主要參考書基礎(chǔ)生物信息學(xué)及應(yīng)用，蔣彥等，清華大學(xué)出版社生物信息學(xué)方法與實(shí)踐，張成崗、賀福初，科學(xué)出版社生物信息學(xué)，趙國(guó)屏等，科學(xué)出版社生物信息學(xué)—基因和蛋白質(zhì)分析的使用指南，李衍達(dá)，清華大學(xué)出版社生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)，孫之榮主譯，化學(xué)工業(yè)出版社主要參考書基礎(chǔ)生物信息學(xué)及應(yīng)用，蔣彥等，清華大學(xué)出版社Bioinformatics:sequenceandgenomeanalysis,DavidW.Mount,科學(xué)出版社InstantNotesinBioinformatics(影印版),科學(xué)出版社Bioinformatics:sequenceandg1.1

生物信息學(xué)產(chǎn)生背景數(shù)據(jù)和知識(shí)的矛盾產(chǎn)生了生物信息學(xué)1.

緒論1.1生物信息學(xué)產(chǎn)生背景數(shù)據(jù)和知識(shí)的矛盾產(chǎn)生了生物信息學(xué)1生物信息學(xué)(Bioinformatics):是一門交叉科學(xué)，它包含了生物信息的獲取、處理、存儲(chǔ)、分發(fā)、分析和解釋等在內(nèi)的所有方面，它綜合運(yùn)用數(shù)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)等工具，來(lái)闡明和理解大量生物數(shù)據(jù)所包含的生物學(xué)意義。1.2生物信息學(xué)定義生物信息學(xué)(Bioinformatics):1.2生物信息數(shù)學(xué)計(jì)算機(jī)生物生物信息學(xué)數(shù)學(xué)計(jì)算機(jī)生物生物信息學(xué)收集和管理生物分子數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)分析和挖掘開(kāi)發(fā)分析工具和實(shí)用軟件生物分子序列比較工具基因識(shí)別工具生物分子結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)工具基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析工具

1.3

生物信息學(xué)目標(biāo)任務(wù)收集和管理生物分子數(shù)據(jù)1.3生物信息學(xué)目標(biāo)任務(wù)1.4

生物信息學(xué)研究?jī)?nèi)容序列比對(duì)(SequenceAlignment)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)計(jì)算機(jī)輔助基因識(shí)別非編碼區(qū)分析和ＤＮＡ語(yǔ)言研究分子進(jìn)化和比較基因組學(xué)序列重疊群裝配遺傳密碼的起源基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)基因表達(dá)譜分析,代謝網(wǎng)絡(luò)分析,基因芯片設(shè)計(jì)和蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析等

1.4生物信息學(xué)研究?jī)?nèi)容序列比對(duì)(SequenceAl1.5

國(guó)內(nèi)外生物信息網(wǎng)址國(guó)外美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)與信息中心（NCBI）歐洲分子生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)組織（EMBnet）

專業(yè)節(jié)點(diǎn)：歐洲生物信息研究所（英國(guó)，EBI）Sanger研究所（英國(guó)，Sanger）國(guó)家節(jié)點(diǎn)：瑞士(SIB)澳大利亞(ANGIS)日本國(guó)立遺傳學(xué)研究所（NIG）1.5國(guó)內(nèi)外生物信息網(wǎng)址國(guó)外NCBI網(wǎng)址：/包含了公共數(shù)據(jù)庫(kù)、生物信息工具及應(yīng)用等多種資源。與很多生物信息軟件相關(guān)的站點(diǎn)及資源有鏈接。NCBI網(wǎng)址：NCBI站點(diǎn)圖NCBI站點(diǎn)圖http://www.ebi.ac.uk/包含了生物數(shù)據(jù)庫(kù)、軟件等多種資源，很多都有相當(dāng)優(yōu)秀的使用指導(dǎo)幫助EBIhttp://www.ebi.ac.uk/EBISanger網(wǎng)址：http://www.sanger.ac.uk主要提供基因組研究相關(guān)的數(shù)據(jù)與分析工具Sanger網(wǎng)址：SIB網(wǎng)址：http://www.isb-sib.ch/SIB網(wǎng)址：網(wǎng)址：.au/ANGIS網(wǎng)址：ANGIS網(wǎng)址：http://www.nig.ac.jp/index-e.htmlNIG網(wǎng)址：NIG國(guó)內(nèi)北京大學(xué)生物信息中心（CBI）中國(guó)科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院生物信息中心（BioSino）香港中文大學(xué)生物信息中心（HKBIC）臺(tái)灣分子生物信息中心（MBC）天津大學(xué)生物信息中心（TUBIC）國(guó)家人類基因組南方研究中心（CHGC）國(guó)內(nèi)網(wǎng)址：是EMBnet和亞太生物信息網(wǎng)絡(luò)（APBioNet）的中國(guó)節(jié)點(diǎn)。CBI網(wǎng)址：CBI網(wǎng)址：/BioSino網(wǎng)址：BioSino網(wǎng)址：.hk/HKBIC網(wǎng)址：HKBIC網(wǎng)址：.tw/index.phpMBC網(wǎng)址：MBC網(wǎng)址：/TUBIC網(wǎng)址：TUBICCHGC網(wǎng)址：/CHGC網(wǎng)址：2.分子數(shù)據(jù)庫(kù)及NCBI序列檢索2.1

分子數(shù)據(jù)類型生物分子信息核酸序列數(shù)據(jù)

蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)

生物分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)

生物分子功能數(shù)據(jù)

最基本直觀復(fù)雜2.分子數(shù)據(jù)庫(kù)及NCBI序列檢索2.1分子數(shù)據(jù)類型生核酸2.2

分子數(shù)據(jù)庫(kù)核酸數(shù)據(jù)庫(kù)EMBL（EuropeanMolecularBiologyLaboratory歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室數(shù)據(jù)庫(kù)

，EBI維護(hù)）GenBank（

NCBI,NationalCenterforBiotechnologyInformation美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中心數(shù)據(jù)庫(kù)）DDBJ（

NIG,NationalInstituteofGenetics日本國(guó)立遺傳學(xué)研究所）2.2分子數(shù)據(jù)庫(kù)

NCBIEBICIB

EMBLNucleotideSequenceDatabaseGenBank

DNADatabankofJapanPatent

LiteratureIndividualScientists/Groups

GenomeSequencing

CentresNCBIEBICIBEMBLNucleotideSeqGenBank數(shù)據(jù)庫(kù)基因組DNA數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)應(yīng)于表達(dá)基因的cDNA數(shù)據(jù)庫(kù)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)表達(dá)序列標(biāo)簽(ESTs)序列標(biāo)簽位點(diǎn)(STS)基因組測(cè)序序列(GSSs)高通量基因組序列(HTGS)GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)其它核酸數(shù)據(jù)庫(kù)HIVDatabase(HIV序列數(shù)據(jù)庫(kù))

/content/indexIMGT(ImMunoGeneTics數(shù)據(jù)庫(kù)含有與免疫系統(tǒng)有關(guān)的核酸序列數(shù)據(jù))http://www.ebi.ac.uk/imgt/dbEST

(序列表達(dá)標(biāo)記數(shù)據(jù)庫(kù))/dbEST/index.htmlEPD(真核啟動(dòng)子數(shù)據(jù)庫(kù))http://www.epd.isb-sib.ch/其它核酸數(shù)據(jù)庫(kù)蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)SWISS-PROT(蛋白序列數(shù)據(jù)庫(kù))http://www.ebi.ac.uk/swissprot/PIR(蛋白序列鑒定數(shù)據(jù)庫(kù))/PDB(蛋白序列三維立體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù))/pdb/home/home.doPROSITE(蛋白特征序列字典)http://www.expasy.ch/prosite/蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)ENZYME(蛋白酶數(shù)據(jù)庫(kù))http://www.expasy.ch/enzyme/REBASE(限制酶數(shù)據(jù)庫(kù))/rebase/rebase.htmlHSSP(同類二級(jí)結(jié)構(gòu)蛋白數(shù)據(jù)庫(kù))

http://www.sander.ebi.ac.uk/hssp/BLOCKS(蛋白序列塊數(shù)據(jù)庫(kù))/ENZYME(蛋白酶數(shù)據(jù)庫(kù))基因組數(shù)據(jù)庫(kù)gdb(人類基因組數(shù)據(jù)庫(kù))

/DICTYDB(盤基網(wǎng)柄菌基因組數(shù)據(jù)庫(kù))/others/dsmith/dictydb.htmlEcoGene(大腸桿菌K12基因組數(shù)據(jù)庫(kù))

/FLYBASE(果蠅基因組數(shù)據(jù)庫(kù))/基因組數(shù)據(jù)庫(kù)MAIZEDB(玉米基因組數(shù)據(jù)庫(kù))/SGD(酵母菌基因組數(shù)據(jù)庫(kù))

/WORDMPED(蠕蟲基因組計(jì)劃蛋白數(shù)據(jù)庫(kù))

http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/TIGR(基因組分析研究中心)

MAIZEDB(玉米基因組數(shù)據(jù)庫(kù))其它數(shù)據(jù)庫(kù)OMIM(人類孟德?tīng)栠z傳學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù))/sites/entrez?db=OMIMPHDP(放射雜交體數(shù)據(jù)庫(kù))http://www.ebi.ac.uk/RHdb/index.htmlSRPDB(信號(hào)識(shí)別位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù))/dbs/SRPDB/SRPDB.htmlEMP(酶和代謝途徑數(shù)據(jù)庫(kù))/EMP/其它數(shù)據(jù)庫(kù)2.2

NCBI序列檢索網(wǎng)址:/

2.2NCBI序列檢索NCBI資源包括:PubMedAllDatabasesBLASTOMIMBooksTaxBrowserStructureNCBI資源包括:PubMedPubMed是美國(guó)國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書館提供的搜索服務(wù),提供了來(lái)自MEDLINE和其它相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)的文獻(xiàn)記錄,同時(shí)提供了許多在線期刊的鏈接.PubMedAllDatabases

Entrez檢索系統(tǒng),將科學(xué)文獻(xiàn)、核酸和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)、蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)、種群研究數(shù)據(jù)以及全基因組數(shù)據(jù)等整合成一個(gè)高度集成的系統(tǒng).AllDatabasesBLAST是為了分析核酸和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)而設(shè)計(jì)的序列相似性搜索工具BLASTOMIM在線人類孟德?tīng)栠z傳性狀數(shù)據(jù)庫(kù),是一個(gè)人類基因和遺傳異常的索引Books提供在線的參考書籍Structure提供了分子建模數(shù)據(jù)庫(kù),是一個(gè)記錄了大分子三維結(jié)構(gòu),以及使這些結(jié)構(gòu)可視化和進(jìn)行比較分析的工具OMIMTaxBrowser是一個(gè)以組織進(jìn)行分類的分類信息瀏覽器TaxBrowser分子數(shù)據(jù)庫(kù)及NCBI序列檢索課件NCBI序列檢索方法以索引號(hào)進(jìn)行檢索索引號(hào)是一段由約4-10個(gè)數(shù)字和字符組成的編碼,每個(gè)索引號(hào)與一個(gè)分子的序列記錄相對(duì)應(yīng)記錄類型索引號(hào)格式GenBank/EMBL/DDBJNucleotideSequenceRecordsOneletterfollowedbyfivedigits,e.g.:

U12345

Twolettersfollowedbysixdigits,e.g.:

AY123456,AF123456ProteinSequenceRecordsfromSWISS-PROTandPIRAllaresixcharacters:

Character/Format

1[O,P,Q]

2[0-9]

3[A-Z,0-9]

4[A-Z,0-9]

5[A-Z,0-9]

6[0-9]

e.g.:

P12345andQ9JJS7NCBI序列檢索方法記錄類型索引號(hào)格式GenBank/EMB記錄類型索引號(hào)格式RefSeqNucleotideSequenceRecordsTwoletters,anunderscorebar,andsixdigits,e.g.:

mRNArecords(NM_*):

NM_000492

genomicDNAcontigs(NT_*):

NT_000347completegenomeorchromosome(NC_*):

NT_000907genomicregion(NG_*):

NG_000019RefSeqProteinSequenceRecordsTwoletters(NP),anunderscorebar,andsixdigits,e.g.:

NP_000483記錄類型索引號(hào)格式RefSeqNucleotideSeq以序列索引號(hào)進(jìn)行搜索以序列索引號(hào)進(jìn)行搜索分子數(shù)據(jù)庫(kù)及NCBI序列檢索課件文本檢索文本可以是作者名字、雜志名字、基因或蛋白名、物種等。如：輸入RBP4文本檢索分子數(shù)據(jù)庫(kù)及NCBI序列檢索課件檢索結(jié)果選項(xiàng)Limits用來(lái)在檢索中對(duì)檢索做出各種附加的限制Previes/Index允許檢索者瀏覽最后三次檢索的結(jié)果History記錄使用者做了幾次檢索,檢索了哪些內(nèi)容Clipbord是一個(gè)臨時(shí)存放檢索結(jié)果的地方檢索結(jié)果選項(xiàng)如果文本檢索詞為：16SRNAх√如果文本檢索詞為：16SRNAх√檢索邏輯詞ANDORNOT檢索邏輯詞分子數(shù)據(jù)庫(kù)及NCBI序列檢索課件數(shù)據(jù)庫(kù)記錄格式說(shuō)明EMBLGenBank含義IDDEACSVKWOSOCRNRARTRLRXRCRPCCDRFHFTSQ空格LOCUSDEFINITIONACCESSIONVERSIONKEYWORDSSOURCEORGANISMREFERENCEAUTHORSTITLEJOURNALMEDLINERAMARKCOMMENTFEATURESBASECOUNTORIGIN序列名稱序列簡(jiǎn)單說(shuō)明序列編號(hào)序列版本號(hào)與序列相關(guān)的關(guān)鍵詞序列來(lái)源的物種名序列來(lái)源的物種學(xué)名和分類學(xué)位置相關(guān)文獻(xiàn)編號(hào),或遞交序列的注冊(cè)信息相關(guān)文獻(xiàn)作者,或遞交序列的作者相關(guān)文獻(xiàn)題目相關(guān)文獻(xiàn)刊物雜志名,或遞交序列的作者單位相關(guān)文獻(xiàn)Medline引號(hào)代碼相關(guān)文獻(xiàn)注釋相關(guān)文獻(xiàn)其他注釋關(guān)于序列的注釋信息相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)交叉引用號(hào)序列特征表起始序列特征表子項(xiàng)堿基種類統(tǒng)計(jì)數(shù)序列數(shù)據(jù)庫(kù)記錄格式說(shuō)明EMBLGenBank含義IDLOCUS序分子數(shù)據(jù)庫(kù)及NCBI序列檢索課件分子數(shù)據(jù)庫(kù)及NCBI序列檢索課件分子數(shù)據(jù)庫(kù)及NCBI序列檢索課件序列格式FASTA格式序列格式FASTA格式植物分子生物學(xué)生物信息學(xué)基礎(chǔ)(12學(xué)時(shí))唐玉榮tangyurong@植物分子生物學(xué)生物信息學(xué)基礎(chǔ)(12學(xué)時(shí))唐玉榮1.

緒論2.

分子數(shù)據(jù)庫(kù)及NCBI序列檢索3.

雙序列比對(duì)及BLAST比對(duì)工具4.多序列比對(duì)和分子系統(tǒng)發(fā)育5.核酸和蛋白質(zhì)序列分析工具6.蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)主要內(nèi)容2學(xué)時(shí)(第2周)4學(xué)時(shí)(第2周)2學(xué)時(shí)(第3周)2學(xué)時(shí)(第5周)2學(xué)時(shí)(第8周)1.緒論主要內(nèi)容2學(xué)時(shí)(第2周)4學(xué)時(shí)(第2周)2學(xué)時(shí)(第主要參考書基礎(chǔ)生物信息學(xué)及應(yīng)用，蔣彥等，清華大學(xué)出版社生物信息學(xué)方法與實(shí)踐，張成崗、賀福初，科學(xué)出版社生物信息學(xué)，趙國(guó)屏等，科學(xué)出版社生物信息學(xué)—基因和蛋白質(zhì)分析的使用指南，李衍達(dá)，清華大學(xué)出版社生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)，孫之榮主譯，化學(xué)工業(yè)出版社主要參考書基礎(chǔ)生物信息學(xué)及應(yīng)用，蔣彥等，清華大學(xué)出版社Bioinformatics:sequenceandgenomeanalysis,DavidW.Mount,科學(xué)出版社InstantNotesinBioinformatics(影印版),科學(xué)出版社Bioinformatics:sequenceandg1.1

生物信息學(xué)產(chǎn)生背景數(shù)據(jù)和知識(shí)的矛盾產(chǎn)生了生物信息學(xué)1.

緒論1.1生物信息學(xué)產(chǎn)生背景數(shù)據(jù)和知識(shí)的矛盾產(chǎn)生了生物信息學(xué)1生物信息學(xué)(Bioinformatics):是一門交叉科學(xué)，它包含了生物信息的獲取、處理、存儲(chǔ)、分發(fā)、分析和解釋等在內(nèi)的所有方面，它綜合運(yùn)用數(shù)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)等工具，來(lái)闡明和理解大量生物數(shù)據(jù)所包含的生物學(xué)意義。1.2生物信息學(xué)定義生物信息學(xué)(Bioinformatics):1.2生物信息數(shù)學(xué)計(jì)算機(jī)生物生物信息學(xué)數(shù)學(xué)計(jì)算機(jī)生物生物信息學(xué)收集和管理生物分子數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)分析和挖掘開(kāi)發(fā)分析工具和實(shí)用軟件生物分子序列比較工具基因識(shí)別工具生物分子結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)工具基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析工具

1.3

生物信息學(xué)目標(biāo)任務(wù)收集和管理生物分子數(shù)據(jù)1.3生物信息學(xué)目標(biāo)任務(wù)1.4

生物信息學(xué)研究?jī)?nèi)容序列比對(duì)(SequenceAlignment)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)計(jì)算機(jī)輔助基因識(shí)別非編碼區(qū)分析和ＤＮＡ語(yǔ)言研究分子進(jìn)化和比較基因組學(xué)序列重疊群裝配遺傳密碼的起源基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)基因表達(dá)譜分析,代謝網(wǎng)絡(luò)分析,基因芯片設(shè)計(jì)和蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析等

1.4生物信息學(xué)研究?jī)?nèi)容序列比對(duì)(SequenceAl1.5

國(guó)內(nèi)外生物信息網(wǎng)址國(guó)外美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)與信息中心（NCBI）歐洲分子生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)組織（EMBnet）

專業(yè)節(jié)點(diǎn)：歐洲生物信息研究所（英國(guó)，EBI）Sanger研究所（英國(guó)，Sanger）國(guó)家節(jié)點(diǎn)：瑞士(SIB)澳大利亞(ANGIS)日本國(guó)立遺傳學(xué)研究所（NIG）1.5國(guó)內(nèi)外生物信息網(wǎng)址國(guó)外NCBI網(wǎng)址：/包含了公共數(shù)據(jù)庫(kù)、生物信息工具及應(yīng)用等多種資源。與很多生物信息軟件相關(guān)的站點(diǎn)及資源有鏈接。NCBI網(wǎng)址：NCBI站點(diǎn)圖NCBI站點(diǎn)圖http://www.ebi.ac.uk/包含了生物數(shù)據(jù)庫(kù)、軟件等多種資源，很多都有相當(dāng)優(yōu)秀的使用指導(dǎo)幫助EBIhttp://www.ebi.ac.uk/EBISanger網(wǎng)址：http://www.sanger.ac.uk主要提供基因組研究相關(guān)的數(shù)據(jù)與分析工具Sanger網(wǎng)址：SIB網(wǎng)址：http://www.isb-sib.ch/SIB網(wǎng)址：網(wǎng)址：.au/ANGIS網(wǎng)址：ANGIS網(wǎng)址：http://www.nig.ac.jp/index-e.htmlNIG網(wǎng)址：NIG國(guó)內(nèi)北京大學(xué)生物信息中心（CBI）中國(guó)科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院生物信息中心（BioSino）香港中文大學(xué)生物信息中心（HKBIC）臺(tái)灣分子生物信息中心（MBC）天津大學(xué)生物信息中心（TUBIC）國(guó)家人類基因組南方研究中心（CHGC）國(guó)內(nèi)網(wǎng)址：是EMBnet和亞太生物信息網(wǎng)絡(luò)（APBioNet）的中國(guó)節(jié)點(diǎn)。CBI網(wǎng)址：CBI網(wǎng)址：/BioSino網(wǎng)址：BioSino網(wǎng)址：.hk/HKBIC網(wǎng)址：HKBIC網(wǎng)址：.tw/index.phpMBC網(wǎng)址：MBC網(wǎng)址：/TUBIC網(wǎng)址：TUBICCHGC網(wǎng)址：/CHGC網(wǎng)址：2.分子數(shù)據(jù)庫(kù)及NCBI序列檢索2.1

分子數(shù)據(jù)類型生物分子信息核酸序列數(shù)據(jù)

蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)

生物分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)

生物分子功能數(shù)據(jù)

最基本直觀復(fù)雜2.分子數(shù)據(jù)庫(kù)及NCBI序列檢索2.1分子數(shù)據(jù)類型生核酸2.2

分子數(shù)據(jù)庫(kù)核酸數(shù)據(jù)庫(kù)EMBL（EuropeanMolecularBiologyLaboratory歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室數(shù)據(jù)庫(kù)

，EBI維護(hù)）GenBank（

NCBI,NationalCenterforBiotechnologyInformation美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中心數(shù)據(jù)庫(kù)）DDBJ（

NIG,NationalInstituteofGenetics日本國(guó)立遺傳學(xué)研究所）2.2分子數(shù)據(jù)庫(kù)

NCBIEBICIB

EMBLNucleotideSequenceDatabaseGenBank

DNADatabankofJapanPatent

LiteratureIndividualScientists/Groups

GenomeSequencing

CentresNCBIEBICIBEMBLNucleotideSeqGenBank數(shù)據(jù)庫(kù)基因組DNA數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)應(yīng)于表達(dá)基因的cDNA數(shù)據(jù)庫(kù)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)表達(dá)序列標(biāo)簽(ESTs)序列標(biāo)簽位點(diǎn)(STS)基因組測(cè)序序列(GSSs)高通量基因組序列(HTGS)GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)其它核酸數(shù)據(jù)庫(kù)HIVDatabase(HIV序列數(shù)據(jù)庫(kù))

/content/indexIMGT(ImMunoGeneTics數(shù)據(jù)庫(kù)含有與免疫系統(tǒng)有關(guān)的核酸序列數(shù)據(jù))http://www.ebi.ac.uk/imgt/dbEST

(序列表達(dá)標(biāo)記數(shù)據(jù)庫(kù))/dbEST/index.htmlEPD(真核啟動(dòng)子數(shù)據(jù)庫(kù))http://www.epd.isb-sib.ch/其它核酸數(shù)據(jù)庫(kù)蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)SWISS-PROT(蛋白序列數(shù)據(jù)庫(kù))http://www.ebi.ac.uk/swissprot/PIR(蛋白序列鑒定數(shù)據(jù)庫(kù))/PDB(蛋白序列三維立體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù))/pdb/home/home.doPROSITE(蛋白特征序列字典)http://www.expasy.ch/prosite/蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)ENZYME(蛋白酶數(shù)據(jù)庫(kù))http://www.expasy.ch/enzyme/REBASE(限制酶數(shù)據(jù)庫(kù))/rebase/rebase.htmlHSSP(同類二級(jí)結(jié)構(gòu)蛋白數(shù)據(jù)庫(kù))

http://www.sander.ebi.ac.uk/hssp/BLOCKS(蛋白序列塊數(shù)據(jù)庫(kù))/ENZYME(蛋白酶數(shù)據(jù)庫(kù))基因組數(shù)據(jù)庫(kù)gdb(人類基因組數(shù)據(jù)庫(kù))

/DICTYDB(盤基網(wǎng)柄菌基因組數(shù)據(jù)庫(kù))/others/dsmith/dictydb.htmlEcoGene(大腸桿菌K12基因組數(shù)據(jù)庫(kù))

/FLYBASE(果蠅基因組數(shù)據(jù)庫(kù))/基因組數(shù)據(jù)庫(kù)MAIZEDB(玉米基因組數(shù)據(jù)庫(kù))/SGD(酵母菌基因組數(shù)據(jù)庫(kù))

/WORDMPED(蠕蟲基因組計(jì)劃蛋白數(shù)據(jù)庫(kù))

http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/TIGR(基因組分析研究中心)

MAIZEDB(玉米基因組數(shù)據(jù)庫(kù))其它數(shù)據(jù)庫(kù)OMIM(人類孟德?tīng)栠z傳學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù))/sites/entrez?db=OMIMPHDP(放射雜交體數(shù)據(jù)庫(kù))http://www.ebi.ac.uk/RHdb/index.htmlSRPDB(信號(hào)識(shí)別位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù))/dbs/SRPDB/SRPDB.htmlEMP(酶和代謝途徑數(shù)據(jù)庫(kù))/EMP/其它數(shù)據(jù)庫(kù)2.2

NCBI序列檢索網(wǎng)址:/

2.2NCBI序列檢索NCBI資源包括:PubMedAllDatabasesBLASTOMIMBooksTaxBrowserStructureNCBI資源包括:PubMedPubMed是美國(guó)國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書館提供的搜索服務(wù),提供了來(lái)自MEDLINE和其它相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)的文獻(xiàn)記錄,同時(shí)提供了許多在線期刊的鏈接.PubMedAllDatabases

Entrez檢索系統(tǒng),將科學(xué)文獻(xiàn)、核酸和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)、蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)、種群研究數(shù)據(jù)以及全基因組數(shù)據(jù)等整合成一個(gè)高度集成的系統(tǒng).AllDatabasesBLAST是為了分析核酸和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)而設(shè)計(jì)的序列相似性搜索工具BLASTOMIM在線人類孟德?tīng)栠z傳性狀數(shù)據(jù)庫(kù),是一個(gè)人類基因和遺傳異常的索引Books提供在線的參考書籍Structure提供了分子建模數(shù)據(jù)庫(kù),是一個(gè)記錄了大分子三維結(jié)構(gòu),以及使這些結(jié)構(gòu)可視化和進(jìn)行比較分析的工具OMIMTaxBrowser是一個(gè)以組織進(jìn)行分類的分類信息瀏覽器TaxBrowser分子數(shù)據(jù)庫(kù)及NCBI序列檢索課件NCBI序列檢索方法以索引號(hào)進(jìn)行檢索索引號(hào)是一段由約4-10個(gè)數(shù)字和字符組成的編碼,每個(gè)索引號(hào)與一個(gè)分子的序列記錄相對(duì)應(yīng)記錄類型索引號(hào)格式GenBank/EMBL/DDBJNucleotideSequenceRecordsOneletterfollowedbyfivedigits,e.g.:

U12345

Twolettersfollowedbysixdigits,e.g.:

AY123456,AF123456ProteinSequenceRecordsfromSWISS-PROTandPIRAllaresixcharacters:

Character/Format

1[O,P,Q]

2[0-9]

3[A-Z,0-9]

4[A-Z,0-9]

5[A-Z,0-9]

6[0-9]

e.g.:

P12345andQ9JJS7NCBI序列檢索方法記錄類型索引號(hào)格式GenBank/EMB記錄類型索引號(hào)格式RefSeqNucleotideSequenceRecords