分子數(shù)據(jù)庫及NCBI序列檢索課件

植物分子生物學(xué)生物信息學(xué)基礎(chǔ)(12學(xué)時)唐玉榮tangyurong@植物分子生物學(xué)生物信息學(xué)基礎(chǔ)(12學(xué)時)唐玉榮1.

緒論2.

分子數(shù)據(jù)庫及NCBI序列檢索3.

雙序列比對及BLAST比對工具4.多序列比對和分子系統(tǒng)發(fā)育5.核酸和蛋白質(zhì)序列分析工具6.蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測主要內(nèi)容2學(xué)時(第2周)4學(xué)時(第2周)2學(xué)時(第3周)2學(xué)時(第5周)2學(xué)時(第8周)1.緒論主要內(nèi)容2學(xué)時(第2周)4學(xué)時(第2周)2學(xué)時(第主要參考書基礎(chǔ)生物信息學(xué)及應(yīng)用，蔣彥等，清華大學(xué)出版社生物信息學(xué)方法與實踐，張成崗、賀福初，科學(xué)出版社生物信息學(xué)，趙國屏等，科學(xué)出版社生物信息學(xué)—基因和蛋白質(zhì)分析的使用指南，李衍達(dá)，清華大學(xué)出版社生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)，孫之榮主譯，化學(xué)工業(yè)出版社主要參考書基礎(chǔ)生物信息學(xué)及應(yīng)用，蔣彥等，清華大學(xué)出版社Bioinformatics:sequenceandgenomeanalysis,DavidW.Mount,科學(xué)出版社InstantNotesinBioinformatics(影印版),科學(xué)出版社Bioinformatics:sequenceandg1.1

生物信息學(xué)產(chǎn)生背景數(shù)據(jù)和知識的矛盾產(chǎn)生了生物信息學(xué)1.

緒論1.1生物信息學(xué)產(chǎn)生背景數(shù)據(jù)和知識的矛盾產(chǎn)生了生物信息學(xué)1生物信息學(xué)(Bioinformatics):是一門交叉科學(xué)，它包含了生物信息的獲取、處理、存儲、分發(fā)、分析和解釋等在內(nèi)的所有方面，它綜合運(yùn)用數(shù)學(xué)、計算機(jī)科學(xué)等工具，來闡明和理解大量生物數(shù)據(jù)所包含的生物學(xué)意義。1.2生物信息學(xué)定義生物信息學(xué)(Bioinformatics):1.2生物信息數(shù)學(xué)計算機(jī)生物生物信息學(xué)數(shù)學(xué)計算機(jī)生物生物信息學(xué)收集和管理生物分子數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)分析和挖掘開發(fā)分析工具和實用軟件生物分子序列比較工具基因識別工具生物分子結(jié)構(gòu)預(yù)測工具基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析工具

1.3

生物信息學(xué)目標(biāo)任務(wù)收集和管理生物分子數(shù)據(jù)1.3生物信息學(xué)目標(biāo)任務(wù)1.4

生物信息學(xué)研究內(nèi)容序列比對(SequenceAlignment)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測計算機(jī)輔助基因識別非編碼區(qū)分析和ＤＮＡ語言研究分子進(jìn)化和比較基因組學(xué)序列重疊群裝配遺傳密碼的起源基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計基因表達(dá)譜分析,代謝網(wǎng)絡(luò)分析,基因芯片設(shè)計和蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析等

1.4生物信息學(xué)研究內(nèi)容序列比對(SequenceAl1.5

國內(nèi)外生物信息網(wǎng)址國外美國國家生物技術(shù)與信息中心（NCBI）歐洲分子生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)組織（EMBnet）

專業(yè)節(jié)點：歐洲生物信息研究所（英國，EBI）Sanger研究所（英國，Sanger）國家節(jié)點：瑞士(SIB)澳大利亞(ANGIS)日本國立遺傳學(xué)研究所（NIG）1.5國內(nèi)外生物信息網(wǎng)址國外NCBI網(wǎng)址：/包含了公共數(shù)據(jù)庫、生物信息工具及應(yīng)用等多種資源。與很多生物信息軟件相關(guān)的站點及資源有鏈接。NCBI網(wǎng)址：NCBI站點圖NCBI站點圖http://www.ebi.ac.uk/包含了生物數(shù)據(jù)庫、軟件等多種資源，很多都有相當(dāng)優(yōu)秀的使用指導(dǎo)幫助EBIhttp://www.ebi.ac.uk/EBISanger網(wǎng)址：http://www.sanger.ac.uk主要提供基因組研究相關(guān)的數(shù)據(jù)與分析工具Sanger網(wǎng)址：SIB網(wǎng)址：http://www.isb-sib.ch/SIB網(wǎng)址：網(wǎng)址：.au/ANGIS網(wǎng)址：ANGIS網(wǎng)址：http://www.nig.ac.jp/index-e.htmlNIG網(wǎng)址：NIG國內(nèi)北京大學(xué)生物信息中心（CBI）中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院生物信息中心（BioSino）香港中文大學(xué)生物信息中心（HKBIC）臺灣分子生物信息中心（MBC）天津大學(xué)生物信息中心（TUBIC）國家人類基因組南方研究中心（CHGC）國內(nèi)網(wǎng)址：是EMBnet和亞太生物信息網(wǎng)絡(luò)（APBioNet）的中國節(jié)點。CBI網(wǎng)址：CBI網(wǎng)址：/BioSino網(wǎng)址：BioSino網(wǎng)址：.hk/HKBIC網(wǎng)址：HKBIC網(wǎng)址：.tw/index.phpMBC網(wǎng)址：MBC網(wǎng)址：/TUBIC網(wǎng)址：TUBICCHGC網(wǎng)址：/CHGC網(wǎng)址：2.分子數(shù)據(jù)庫及NCBI序列檢索2.1

分子數(shù)據(jù)類型生物分子信息核酸序列數(shù)據(jù)

蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)

生物分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)

生物分子功能數(shù)據(jù)

最基本直觀復(fù)雜2.分子數(shù)據(jù)庫及NCBI序列檢索2.1分子數(shù)據(jù)類型生核酸2.2

分子數(shù)據(jù)庫核酸數(shù)據(jù)庫EMBL（EuropeanMolecularBiologyLaboratory歐洲分子生物學(xué)實驗室數(shù)據(jù)庫

，EBI維護(hù)）GenBank（

NCBI,NationalCenterforBiotechnologyInformation美國國家生物技術(shù)信息中心數(shù)據(jù)庫）DDBJ（

NIG,NationalInstituteofGenetics日本國立遺傳學(xué)研究所）2.2分子數(shù)據(jù)庫

NCBIEBICIB

EMBLNucleotideSequenceDatabaseGenBank

DNADatabankofJapanPatent

LiteratureIndividualScientists/Groups

GenomeSequencing

CentresNCBIEBICIBEMBLNucleotideSeqGenBank數(shù)據(jù)庫基因組DNA數(shù)據(jù)庫對應(yīng)于表達(dá)基因的cDNA數(shù)據(jù)庫蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫表達(dá)序列標(biāo)簽(ESTs)序列標(biāo)簽位點(STS)基因組測序序列(GSSs)高通量基因組序列(HTGS)GenBank數(shù)據(jù)庫其它核酸數(shù)據(jù)庫HIVDatabase(HIV序列數(shù)據(jù)庫)

/content/indexIMGT(ImMunoGeneTics數(shù)據(jù)庫含有與免疫系統(tǒng)有關(guān)的核酸序列數(shù)據(jù))http://www.ebi.ac.uk/imgt/dbEST

(序列表達(dá)標(biāo)記數(shù)據(jù)庫)/dbEST/index.htmlEPD(真核啟動子數(shù)據(jù)庫)http://www.epd.isb-sib.ch/其它核酸數(shù)據(jù)庫蛋白數(shù)據(jù)庫SWISS-PROT(蛋白序列數(shù)據(jù)庫)http://www.ebi.ac.uk/swissprot/PIR(蛋白序列鑒定數(shù)據(jù)庫)/PDB(蛋白序列三維立體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫)/pdb/home/home.doPROSITE(蛋白特征序列字典)http://www.expasy.ch/prosite/蛋白數(shù)據(jù)庫ENZYME(蛋白酶數(shù)據(jù)庫)http://www.expasy.ch/enzyme/REBASE(限制酶數(shù)據(jù)庫)/rebase/rebase.htmlHSSP(同類二級結(jié)構(gòu)蛋白數(shù)據(jù)庫)

http://www.sander.ebi.ac.uk/hssp/BLOCKS(蛋白序列塊數(shù)據(jù)庫)/ENZYME(蛋白酶數(shù)據(jù)庫)基因組數(shù)據(jù)庫gdb(人類基因組數(shù)據(jù)庫)

/DICTYDB(盤基網(wǎng)柄菌基因組數(shù)據(jù)庫)/others/dsmith/dictydb.htmlEcoGene(大腸桿菌K12基因組數(shù)據(jù)庫)

/FLYBASE(果蠅基因組數(shù)據(jù)庫)/基因組數(shù)據(jù)庫MAIZEDB(玉米基因組數(shù)據(jù)庫)/SGD(酵母菌基因組數(shù)據(jù)庫)

/WORDMPED(蠕蟲基因組計劃蛋白數(shù)據(jù)庫)

http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/TIGR(基因組分析研究中心)

MAIZEDB(玉米基因組數(shù)據(jù)庫)其它數(shù)據(jù)庫OMIM(人類孟德爾遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫)/sites/entrez?db=OMIMPHDP(放射雜交體數(shù)據(jù)庫)http://www.ebi.ac.uk/RHdb/index.htmlSRPDB(信號識別位點數(shù)據(jù)庫)/dbs/SRPDB/SRPDB.htmlEMP(酶和代謝途徑數(shù)據(jù)庫)/EMP/其它數(shù)據(jù)庫2.2

NCBI序列檢索網(wǎng)址:/

2.2NCBI序列檢索NCBI資源包括:PubMedAllDatabasesBLASTOMIMBooksTaxBrowserStructureNCBI資源包括:PubMedPubMed是美國國家醫(yī)學(xué)圖書館提供的搜索服務(wù),提供了來自MEDLINE和其它相關(guān)數(shù)據(jù)庫的文獻(xiàn)記錄,同時提供了許多在線期刊的鏈接.PubMedAllDatabases

Entrez檢索系統(tǒng),將科學(xué)文獻(xiàn)、核酸和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫、蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫、種群研究數(shù)據(jù)以及全基因組數(shù)據(jù)等整合成一個高度集成的系統(tǒng).AllDatabasesBLAST是為了分析核酸和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫而設(shè)計的序列相似性搜索工具BLASTOMIM在線人類孟德爾遺傳性狀數(shù)據(jù)庫,是一個人類基因和遺傳異常的索引Books提供在線的參考書籍Structure提供了分子建模數(shù)據(jù)庫,是一個記錄了大分子三維結(jié)構(gòu),以及使這些結(jié)構(gòu)可視化和進(jìn)行比較分析的工具OMIMTaxBrowser是一個以組織進(jìn)行分類的分類信息瀏覽器TaxBrowser分子數(shù)據(jù)庫及NCBI序列檢索課件NCBI序列檢索方法以索引號進(jìn)行檢索索引號是一段由約4-10個數(shù)字和字符組成的編碼,每個索引號與一個分子的序列記錄相對應(yīng)記錄類型索引號格式GenBank/EMBL/DDBJNucleotideSequenceRecordsOneletterfollowedbyfivedigits,e.g.:

U12345

Twolettersfollowedbysixdigits,e.g.:

AY123456,AF123456ProteinSequenceRecordsfromSWISS-PROTandPIRAllaresixcharacters:

Character/Format

1[O,P,Q]

2[0-9]

3[A-Z,0-9]

4[A-Z,0-9]

5[A-Z,0-9]

6[0-9]

e.g.:

P12345andQ9JJS7NCBI序列檢索方法記錄類型索引號格式GenBank/EMB記錄類型索引號格式RefSeqNucleotideSequenceRecordsTwoletters,anunderscorebar,andsixdigits,e.g.:

mRNArecords(NM_*):

NM_000492

genomicDNAcontigs(NT_*):

NT_000347completegenomeorchromosome(NC_*):

NT_000907genomicregion(NG_*):

NG_000019RefSeqProteinSequenceRecordsTwoletters(NP),anunderscorebar,andsixdigits,e.g.:

NP_000483記錄類型索引號格式RefSeqNucleotideSeq以序列索引號進(jìn)行搜索以序列索引號進(jìn)行搜索分子數(shù)據(jù)庫及NCBI序列檢索課件文本檢索文本可以是作者名字、雜志名字、基因或蛋白名、物種等。如：輸入RBP4文本檢索分子數(shù)據(jù)庫及NCBI序列檢索課件檢索結(jié)果選項Limits用來在檢索中對檢索做出各種附加的限制Previes/Index允許檢索者瀏覽最后三次檢索的結(jié)果History記錄使用者做了幾次檢索,檢索了哪些內(nèi)容Clipbord是一個臨時存放檢索結(jié)果的地方檢索結(jié)果選項如果文本檢索詞為：16SRNAх√如果文本檢索詞為：16SRNAх√檢索邏輯詞ANDORNOT檢索邏輯詞分子數(shù)據(jù)庫及NCBI序列檢索課件數(shù)據(jù)庫記錄格式說明EMBLGenBank含義IDDEACSVKWOSOCRNRARTRLRXRCRPCCDRFHFTSQ空格LOCUSDEFINITIONACCESSIONVERSIONKEYWORDSSOURCEORGANISMREFERENCEAUTHORSTITLEJOURNALMEDLINERAMARKCOMMENTFEATURESBASECOUNTORIGIN序列名稱序列簡單說明序列編號序列版本號與序列相關(guān)的關(guān)鍵詞序列來源的物種名序列來源的物種學(xué)名和分類學(xué)位置相關(guān)文獻(xiàn)編號,或遞交序列的注冊信息相關(guān)文獻(xiàn)作者,或遞交序列的作者相關(guān)文獻(xiàn)題目相關(guān)文獻(xiàn)刊物雜志名,或遞交序列的作者單位相關(guān)文獻(xiàn)Medline引號代碼相關(guān)文獻(xiàn)注釋相關(guān)文獻(xiàn)其他注釋關(guān)于序列的注釋信息相關(guān)數(shù)據(jù)庫交叉引用號序列特征表起始序列特征表子項堿基種類統(tǒng)計數(shù)序列數(shù)據(jù)庫記錄格式說明EMBLGenBank含義IDLOCUS序分子數(shù)據(jù)庫及NCBI序列檢索課件分子數(shù)據(jù)庫及NCBI序列檢索課件分子數(shù)據(jù)庫及NCBI序列檢索課件序列格式FASTA格式序列格式FASTA格式植物分子生物學(xué)生物信息學(xué)基礎(chǔ)(12學(xué)時)唐玉榮tangyurong@植物分子生物學(xué)生物信息學(xué)基礎(chǔ)(12學(xué)時)唐玉榮1.

緒論2.

分子數(shù)據(jù)庫及NCBI序列檢索3.

雙序列比對及BLAST比對工具4.多序列比對和分子系統(tǒng)發(fā)育5.核酸和蛋白質(zhì)序列分析工具6.蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測主要內(nèi)容2學(xué)時(第2周)4學(xué)時(第2周)2學(xué)時(第3周)2學(xué)時(第5周)2學(xué)時(第8周)1.緒論主要內(nèi)容2學(xué)時(第2周)4學(xué)時(第2周)2學(xué)時(第主要參考書基礎(chǔ)生物信息學(xué)及應(yīng)用，蔣彥等，清華大學(xué)出版社生物信息學(xué)方法與實踐，張成崗、賀福初，科學(xué)出版社生物信息學(xué)，趙國屏等，科學(xué)出版社生物信息學(xué)—基因和蛋白質(zhì)分析的使用指南，李衍達(dá)，清華大學(xué)出版社生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)，孫之榮主譯，化學(xué)工業(yè)出版社主要參考書基礎(chǔ)生物信息學(xué)及應(yīng)用，蔣彥等，清華大學(xué)出版社Bioinformatics:sequenceandgenomeanalysis,DavidW.Mount,科學(xué)出版社InstantNotesinBioinformatics(影印版),科學(xué)出版社Bioinformatics:sequenceandg1.1

生物信息學(xué)產(chǎn)生背景數(shù)據(jù)和知識的矛盾產(chǎn)生了生物信息學(xué)1.

緒論1.1生物信息學(xué)產(chǎn)生背景數(shù)據(jù)和知識的矛盾產(chǎn)生了生物信息學(xué)1生物信息學(xué)(Bioinformatics):是一門交叉科學(xué)，它包含了生物信息的獲取、處理、存儲、分發(fā)、分析和解釋等在內(nèi)的所有方面，它綜合運(yùn)用數(shù)學(xué)、計算機(jī)科學(xué)等工具，來闡明和理解大量生物數(shù)據(jù)所包含的生物學(xué)意義。1.2生物信息學(xué)定義生物信息學(xué)(Bioinformatics):1.2生物信息數(shù)學(xué)計算機(jī)生物生物信息學(xué)數(shù)學(xué)計算機(jī)生物生物信息學(xué)收集和管理生物分子數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)分析和挖掘開發(fā)分析工具和實用軟件生物分子序列比較工具基因識別工具生物分子結(jié)構(gòu)預(yù)測工具基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析工具

1.3

生物信息學(xué)目標(biāo)任務(wù)收集和管理生物分子數(shù)據(jù)1.3生物信息學(xué)目標(biāo)任務(wù)1.4

生物信息學(xué)研究內(nèi)容序列比對(SequenceAlignment)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測計算機(jī)輔助基因識別非編碼區(qū)分析和ＤＮＡ語言研究分子進(jìn)化和比較基因組學(xué)序列重疊群裝配遺傳密碼的起源基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計基因表達(dá)譜分析,代謝網(wǎng)絡(luò)分析,基因芯片設(shè)計和蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析等

1.4生物信息學(xué)研究內(nèi)容序列比對(SequenceAl1.5

國內(nèi)外生物信息網(wǎng)址國外美國國家生物技術(shù)與信息中心（NCBI）歐洲分子生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)組織（EMBnet）

專業(yè)節(jié)點：歐洲生物信息研究所（英國，EBI）Sanger研究所（英國，Sanger）國家節(jié)點：瑞士(SIB)澳大利亞(ANGIS)日本國立遺傳學(xué)研究所（NIG）1.5國內(nèi)外生物信息網(wǎng)址國外NCBI網(wǎng)址：/包含了公共數(shù)據(jù)庫、生物信息工具及應(yīng)用等多種資源。與很多生物信息軟件相關(guān)的站點及資源有鏈接。NCBI網(wǎng)址：NCBI站點圖NCBI站點圖http://www.ebi.ac.uk/包含了生物數(shù)據(jù)庫、軟件等多種資源，很多都有相當(dāng)優(yōu)秀的使用指導(dǎo)幫助EBIhttp://www.ebi.ac.uk/EBISanger網(wǎng)址：http://www.sanger.ac.uk主要提供基因組研究相關(guān)的數(shù)據(jù)與分析工具Sanger網(wǎng)址：SIB網(wǎng)址：http://www.isb-sib.ch/SIB網(wǎng)址：網(wǎng)址：.au/ANGIS網(wǎng)址：ANGIS網(wǎng)址：http://www.nig.ac.jp/index-e.htmlNIG網(wǎng)址：NIG國內(nèi)北京大學(xué)生物信息中心（CBI）中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院生物信息中心（BioSino）香港中文大學(xué)生物信息中心（HKBIC）臺灣分子生物信息中心（MBC）天津大學(xué)生物信息中心（TUBIC）國家人類基因組南方研究中心（CHGC）國內(nèi)網(wǎng)址：是EMBnet和亞太生物信息網(wǎng)絡(luò)（APBioNet）的中國節(jié)點。CBI網(wǎng)址：CBI網(wǎng)址：/BioSino網(wǎng)址：BioSino網(wǎng)址：.hk/HKBIC網(wǎng)址：HKBIC網(wǎng)址：.tw/index.phpMBC網(wǎng)址：MBC網(wǎng)址：/TUBIC網(wǎng)址：TUBICCHGC網(wǎng)址：/CHGC網(wǎng)址：2.分子數(shù)據(jù)庫及NCBI序列檢索2.1

分子數(shù)據(jù)類型生物分子信息核酸序列數(shù)據(jù)

蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)

生物分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)

生物分子功能數(shù)據(jù)

最基本直觀復(fù)雜2.分子數(shù)據(jù)庫及NCBI序列檢索2.1分子數(shù)據(jù)類型生核酸2.2

分子數(shù)據(jù)庫核酸數(shù)據(jù)庫EMBL（EuropeanMolecularBiologyLaboratory歐洲分子生物學(xué)實驗室數(shù)據(jù)庫

，EBI維護(hù)）GenBank（

NCBI,NationalCenterforBiotechnologyInformation美國國家生物技術(shù)信息中心數(shù)據(jù)庫）DDBJ（

NIG,NationalInstituteofGenetics日本國立遺傳學(xué)研究所）2.2分子數(shù)據(jù)庫

NCBIEBICIB

EMBLNucleotideSequenceDatabaseGenBank

DNADatabankofJapanPatent

LiteratureIndividualScientists/Groups

GenomeSequencing

CentresNCBIEBICIBEMBLNucleotideSeqGenBank數(shù)據(jù)庫基因組DNA數(shù)據(jù)庫對應(yīng)于表達(dá)基因的cDNA數(shù)據(jù)庫蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫表達(dá)序列標(biāo)簽(ESTs)序列標(biāo)簽位點(STS)基因組測序序列(GSSs)高通量基因組序列(HTGS)GenBank數(shù)據(jù)庫其它核酸數(shù)據(jù)庫HIVDatabase(HIV序列數(shù)據(jù)庫)

/content/indexIMGT(ImMunoGeneTics數(shù)據(jù)庫含有與免疫系統(tǒng)有關(guān)的核酸序列數(shù)據(jù))http://www.ebi.ac.uk/imgt/dbEST

(序列表達(dá)標(biāo)記數(shù)據(jù)庫)/dbEST/index.htmlEPD(真核啟動子數(shù)據(jù)庫)http://www.epd.isb-sib.ch/其它核酸數(shù)據(jù)庫蛋白數(shù)據(jù)庫SWISS-PROT(蛋白序列數(shù)據(jù)庫)http://www.ebi.ac.uk/swissprot/PIR(蛋白序列鑒定數(shù)據(jù)庫)/PDB(蛋白序列三維立體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫)/pdb/home/home.doPROSITE(蛋白特征序列字典)http://www.expasy.ch/prosite/蛋白數(shù)據(jù)庫ENZYME(蛋白酶數(shù)據(jù)庫)http://www.expasy.ch/enzyme/REBASE(限制酶數(shù)據(jù)庫)/rebase/rebase.htmlHSSP(同類二級結(jié)構(gòu)蛋白數(shù)據(jù)庫)

http://www.sander.ebi.ac.uk/hssp/BLOCKS(蛋白序列塊數(shù)據(jù)庫)/ENZYME(蛋白酶數(shù)據(jù)庫)基因組數(shù)據(jù)庫gdb(人類基因組數(shù)據(jù)庫)

/DICTYDB(盤基網(wǎng)柄菌基因組數(shù)據(jù)庫)/others/dsmith/dictydb.htmlEcoGene(大腸桿菌K12基因組數(shù)據(jù)庫)

/FLYBASE(果蠅基因組數(shù)據(jù)庫)/基因組數(shù)據(jù)庫MAIZEDB(玉米基因組數(shù)據(jù)庫)/SGD(酵母菌基因組數(shù)據(jù)庫)

/WORDMPED(蠕蟲基因組計劃蛋白數(shù)據(jù)庫)

http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/TIGR(基因組分析研究中心)

MAIZEDB(玉米基因組數(shù)據(jù)庫)其它數(shù)據(jù)庫OMIM(人類孟德爾遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫)/sites/entrez?db=OMIMPHDP(放射雜交體數(shù)據(jù)庫)http://www.ebi.ac.uk/RHdb/index.htmlSRPDB(信號識別位點數(shù)據(jù)庫)/dbs/SRPDB/SRPDB.htmlEMP(酶和代謝途徑數(shù)據(jù)庫)/EMP/其它數(shù)據(jù)庫2.2

NCBI序列檢索網(wǎng)址:/

2.2NCBI序列檢索NCBI資源包括:PubMedAllDatabasesBLASTOMIMBooksTaxBrowserStructureNCBI資源包括:PubMedPubMed是美國國家醫(yī)學(xué)圖書館提供的搜索服務(wù),提供了來自MEDLINE和其它相關(guān)數(shù)據(jù)庫的文獻(xiàn)記錄,同時提供了許多在線期刊的鏈接.PubMedAllDatabases

Entrez檢索系統(tǒng),將科學(xué)文獻(xiàn)、核酸和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫、蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫、種群研究數(shù)據(jù)以及全基因組數(shù)據(jù)等整合成一個高度集成的系統(tǒng).AllDatabasesBLAST是為了分析核酸和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫而設(shè)計的序列相似性搜索工具BLASTOMIM在線人類孟德爾遺傳性狀數(shù)據(jù)庫,是一個人類基因和遺傳異常的索引Books提供在線的參考書籍Structure提供了分子建模數(shù)據(jù)庫,是一個記錄了大分子三維結(jié)構(gòu),以及使這些結(jié)構(gòu)可視化和進(jìn)行比較分析的工具OMIMTaxBrowser是一個以組織進(jìn)行分類的分類信息瀏覽器TaxBrowser分子數(shù)據(jù)庫及NCBI序列檢索課件NCBI序列檢索方法以索引號進(jìn)行檢索索引號是一段由約4-10個數(shù)字和字符組成的編碼,每個索引號與一個分子的序列記錄相對應(yīng)記錄類型索引號格式GenBank/EMBL/DDBJNucleotideSequenceRecordsOneletterfollowedbyfivedigits,e.g.:

U12345

Twolettersfollowedbysixdigits,e.g.:

AY123456,AF123456ProteinSequenceRecordsfromSWISS-PROTandPIRAllaresixcharacters:

Character/Format

1[O,P,Q]

2[0-9]

3[A-Z,0-9]

4[A-Z,0-9]

5[A-Z,0-9]

6[0-9]

e.g.:

P12345andQ9JJS7NCBI序列檢索方法記錄類型索引號格式GenBank/EMB記錄類型索引號格式RefSeqNucleotideSequenceRecords